Eligmodontiaอยู่ในวงศ์ย่อยSigmodontinaeและเผ่าPhyllotiniมีการอธิบายEligmodontia ไว้ แปดชนิด^{[ 6 ] โดยสามชนิดในจำนวนนี้มีสองชนิดย่อย ในการแก้ไขเผ่า Phyllotini ในปี 1962 [ 7 ]} Philip Hershkovitzได้รวมรูปแบบที่มีชื่อทั้งหมด 10 รูปแบบของEligmodontiaที่รู้จักในขณะนั้นเข้าเป็นชนิดเดียวที่มีสองชนิดย่อย ประชากรทางเหนือที่มีสีอ่อนกว่าและขนาดใหญ่กว่าเรียกว่าEligmodontia typus puerulusและประชากรทางใต้ที่มีสีเข้มกว่าและขนาดเล็กกว่าเรียกว่าE. typus typusแนวทางของ Hershkovitz ถูกนำมาใช้เกือบ 30 ปี จนกระทั่ง มี ข้อมูลคาริโอไทป์ และข้อมูลโมเลกุล ปัจจุบันมีการอธิบายคาริโอไทป์ที่แตกต่างกันห้าแบบ และ พบกลุ่มสายพันธุ์ที่แตกต่างกันจำนวนมาก^{[ 8 ]}

สามารถระบุสายพันธุ์ทั้ง 5 ชนิดต่อไปนี้ได้อย่างชัดเจน: ^{[ 9 ]}

• เมาส์ Monte Gerbilหรือ Monte Laucha, Eligmodontia moreni
• Andean Gerbil Mouseหรือ Altiplano Laucha, Eligmodontia puerulus
• Eligmodontia hirtipes (Thomas, 1902) (เพิ่งแยกออกมาจาก E. puerulus )
• หนูเจอร์บิลมอร์แกนหรือ หนูเลาชาปาตาโกเนียตะวันตก(Eligmodontia morgani)
• Laucha Patagonian ตะวันออก , Eligmodontia typus
• หนูเจอร์บิลไฮแลนด์ , Eligmodontia bolsonensis Mares, Braun, Coyner & van den Bussche, 2008

กรณีของสายพันธุ์ใหม่ที่เสนอชื่อE. bolsonensisนั้นค่อนข้างน่าสนใจในทางวิวัฒนาการมันเป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มเดียวกันกับE. typusแต่ดูเหมือนว่าจะมีการแยกตัวทางการสืบพันธุ์ ระหว่าง ประชากรพาราพาตริกทั้งสองนี้โดยประชากรที่แยกตัวออกมาเป็นbolsonensisเกิดขึ้นในบริเวณที่ขอบเขตการกระจายของE. typusขยายไปทางเหนือและขึ้นไปบนเทือกเขาแอนดีส และในขณะที่การแยกE. bolsonensis ออก จากE. typusจะทำให้ E. typus ไม่ใช่โมโนฟิเลติกเนื่องจากการคัดแยกสายพันธุ์ที่ไม่สมบูรณ์แต่ทั้งสองสายพันธุ์ก็แตกต่างกันเล็กน้อยแต่สม่ำเสมอในลักษณะทางโมเลกุลและสัณฐานวิทยาหลายประการ^{[ 5 ]}

โดยรวมแล้ว ดูเหมือนว่านี่จะเป็นกรณีของการเกิดสปีชีส์ใหม่ แบบพาราพาตริกอย่างต่อเนื่อง โดยประชากรของE. typusแยกตัวออกจากกันที่ขอบเขตทางเหนือและบนสุดของถิ่นที่อยู่เมื่อไม่กี่แสนปีที่ผ่านมา การที่จะจัดพวกมันเป็นสปีชีส์หรือสปีชีส์ย่อยนั้นขึ้นอยู่กับว่า แต่ละคนชอบ แนวคิดเรื่องสปีชีส์ แบบใด มากกว่า นอกจากนี้ ดูเหมือนว่าคาริโอไทป์ที่รายงานสำหรับE. typusนั้นมาจากประชากรบนที่สูง และคาริโอไทป์ของE. typusที่แท้จริงนั้นยังไม่เป็นที่ทราบแน่ชัด

นาฬิกาโมเลกุล แบบหยาบๆ–ซึ่งไม่ได้ปรับเทียบเนื่องจากไม่มีฟอสซิล ของ Eligmodontia –ได้ถูกนำมาใช้กับสกุลนี้ อย่างไรก็ตาม มันสอดคล้องกับการเกิดขึ้นของ ลักษณะ ทางภูมิศาสตร์ ที่สำคัญ ในภูมิภาคนี้ ข้อมูลชี้ให้เห็นว่าสกุลนี้วิวัฒนาการขึ้นประมาณช่วงกลางถึงปลายสมัยไมโอซีน ( Serravallian – Tortonian ) ประมาณ 13-7 ล้านปีก่อน สันนิษฐานว่า Eligmodontiaดั้งเดิมอาศัยอยู่ในภูมิภาคที่ปัจจุบันเป็นที่อยู่อาศัยของE. typus ความแห้งแล้งที่เพิ่มขึ้นอันเป็นผลมาจากการเริ่มต้นของยุคน้ำแข็งควอเทอร์นารีประกอบกับการยกตัวของเทือกเขาแอนดีสปาตาโก เนีย ในช่วงปลาย สมัย ไพลโอซีน (ปลายPiacenzianถึงGelasianประมาณ 3–1.7 ล้านปีก่อน) ทำให้ประชากรแยกออกเป็นสายพันธุ์ที่อาศัยอยู่ในที่ราบต่ำและ สายพันธุ์ที่อาศัยอยู่ใน ภูเขา สายพันธุ์หลังขยายตัวไปทางใต้ในยุค Gelasian ประชากรเหล่านี้เริ่มแยกตัวออกจากกันมากขึ้นเรื่อยๆ และในที่สุดก็กลายเป็นE. morganiในปัจจุบันของเรา เหตุการณ์เดียวกันนี้เกิดขึ้นในเวลาต่อมาเล็กน้อย ในช่วงต้นยุคไพลสโตซีนตอนต้น (ประมาณ 2–1.5 ล้านปี ก่อน ^{[ 10 ]} ) ที่ปลายเหนือสุดของช่วงการกระจายพันธุ์ของสกุล โดยประชากรที่แยกตัวออกจาก ที่ราบสูง อัลติปลาโนกลายเป็นบรรพบุรุษของE. hirtipesในที่สุด ในช่วงกลางยุคไพลสโตซีนการยกตัวขึ้นในระดับท้องถิ่นใน ภูมิภาค ปัมเปียนได้แยกบรรพบุรุษของE. moreniและE. puerulus ออก จากกัน และประชากรในที่ราบต่ำซึ่งแยกตัวออกจากญาติมานานกว่าหนึ่งล้านปี ก็เริ่มขยายตัวไปยังที่สูงเช่นกัน ทำให้ เกิด E. (t.) bolsonensisซึ่งปัจจุบันกำลังจะกลายเป็นสายพันธุ์ที่แตกต่างอย่างมากอีกสายพันธุ์หนึ่ง^{[ 5 ]}