ตั้งแต่ปี 2009 ถึง 2013 อัลเลนเป็นสมาชิกของทีมสื่อสารของรองประธานาธิบดีโจ ไบเดนและได้รับการเลื่อนตำแหน่งให้ดำรงตำแหน่งรองผู้อำนวยการฝ่ายสื่อสาร ตั้งแต่ปี 2014 ถึง 2015 เธอทำหน้าที่เป็นผู้อำนวยการฝ่ายกิจการสาธารณะและการสื่อสารเชิงกลยุทธ์ของสำนักกิจการการศึกษาและวัฒนธรรม ของกระทรวงการต่างประเทศ สหรัฐฯ^{[ 7 ]}ตั้งแต่ปี 2015 ถึง 2017 อัลเลนดำรงตำแหน่งรองผู้อำนวยการฝ่ายสื่อสารของทำเนียบขาวในขณะที่ทำงานให้กับโอบามา เธอวางแผนกิจกรรมของประธานาธิบดีครั้งแรกหลายครั้ง เช่น การเยือนอาร์กติกเซอร์เคิลของโอบามา และการพบปะกับนักโทษของรัฐบาลกลางในโอคลาโฮมา^{[ 4 ]}

แอลเลนลาออกจากตำแหน่งหุ้นส่วนที่ Finsbury Glover Hering (FGH) เมื่อประธานาธิบดีไบเดนแต่งตั้งเธอเป็นผู้ช่วยรัฐมนตรีต่างประเทศฝ่ายกิจการสาธารณะระดับโลกเมื่อวันที่ 25 สิงหาคม 2021 ^{[ 8 ] [ 9 ]}เธอสาบานตนเข้ารับตำแหน่งเมื่อวันที่ 13 กันยายน 2021 ^{[ 10 ]}แอลเลนเป็นบุคคลสำคัญในความพยายามของรัฐบาลสหรัฐฯ ในการต่อสู้กับข้อมูลเท็จที่เกี่ยวข้องกับการรุกรานยูเครนของรัสเซียในปี 2022และเพิ่มการสนับสนุนประชาชนและรัฐบาลยูเครนในสงครามกับรัสเซีย^{[ 11 ]}

เมื่อวันที่ 4 เมษายน 2565 รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศแอนโทนี บลิงเคนได้มอบหมายหน้าที่และอำนาจของรองปลัดกระทรวงการต่างประเทศด้านการทูตสาธารณะและกิจการสาธารณะ ให้แก่ เธอ^{[ 5 ]}เมื่อวันที่ 23 มกราคม 2566 ประธานาธิบดีไบเดน ได้เสนอชื่อแอลเลนให้ดำรงตำแหน่งรองปลัดกระทรวงอย่างถาวร^{[ 12 ]}มีการจัดประชุมพิจารณาการเสนอชื่อของเธอต่อหน้าคณะกรรมการความสัมพันธ์ต่างประเทศของวุฒิสภาเมื่อวันที่ 15 มีนาคม 2566 คณะกรรมการได้รายงานการเสนอชื่อของเธอต่อวุฒิสภาด้วยความเห็นชอบเมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม 2566 ^{[ 13 ]}เมื่อวันที่ 12 มิถุนายน 2566 วุฒิสภาสหรัฐอเมริกาได้ลงมติยุติการอภิปรายเกี่ยวกับการเสนอชื่อของเธอด้วยคะแนนเสียง 66 ต่อ 29 ^{[ 14 ]}เมื่อวันที่ 13 มิถุนายน 2566 แอลเลนได้รับการยืนยันด้วยคะแนนเสียง 66 ต่อ 33 ^{[ 15 ]}

ในระหว่างดำรงตำแหน่งเป็นรองปลัดกระทรวงการต่างประเทศด้านการทูตสาธารณะและกิจการสาธารณะ ลิซ อัลเลน มุ่งเน้นไปที่การพัฒนานโยบายต่างประเทศของสหรัฐฯ ผ่านการสื่อสารเชิงกลยุทธ์ การแลกเปลี่ยนทางวัฒนธรรม และการต่อต้านอิทธิพลที่เป็นอันตรายจากต่างประเทศ^{[ 16 ]}ในช่วงที่เธอดำรงตำแหน่ง เธอได้ใช้แนวทางเชิงรุกในการใช้ประโยชน์จากเทคโนโลยีที่เป็นนวัตกรรม โดยเฉพาะปัญญาประดิษฐ์ (AI) เพื่อปรับปรุงโครงการการทูตสาธารณะให้ทันสมัย ​​ที่น่าสังเกตคือ เธอได้เข้าร่วมการประชุมสุดยอด Tech Freedom Summit ประจำปีของสถาบัน Krach เมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน 2023 ร่วมกับมิเชล กุยดาอดีตเจ้าหน้าที่อาวุโสรักษาการด้านการทูตสาธารณะภายใต้รัฐบาลทรัมป์ โดยเน้นย้ำถึงบทบาทของเทคโนโลยีเกิดใหม่และ AI ในการทูตสาธารณะ^{[ 17 ]}

รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงการต่างประเทศ อัลเลน ให้ความสำคัญกับการขยายขอบเขตของโครงการด้านวัฒนธรรมและการแลกเปลี่ยนภายใต้สำนักกิจการการศึกษาและวัฒนธรรม เมื่อวันที่ 27 กันยายน 2023 ภายใต้การนำของเธอ สำนักฯ ได้เปิดตัวโครงการริเริ่มการทูตดนตรีระดับโลกของกระทรวงการต่างประเทศ โดยใช้ดนตรีเป็นเครื่องมือทางการทูตเพื่อสนับสนุนเป้าหมายนโยบายต่างประเทศของสหรัฐฯ โครงการริเริ่มนี้เปิดตัวด้วยงานสำคัญที่มีควินซี โจนส์ เข้าร่วม ซึ่งเขาได้รับรางวัลสันติภาพผ่านดนตรีเป็นครั้งแรก^{[ 18 ]}นอกจากนี้ อัลเลนยังได้เสริมสร้างโครงการเยาวชนระดับโลกของสหรัฐฯ ดังที่เห็นได้จากการเข้าร่วมการประชุมสุดยอด Mandela Washington Fellowship Summit สำหรับผู้นำเยาวชนชาวแอฟริกันเมื่อวันที่ 2 สิงหาคม 2023 และการรำลึกครบรอบ 10 ปีของโครงการ Young Southeast Asian Leaders Initiative (YSEALI) ในบาหลี ประเทศอินโดนีเซียเมื่อวันที่ 4 ธันวาคม 2023 ^{[ 19 ] [ 20 ]}เมื่อวันที่ 15 ธันวาคม 2023 ทีมของเธอได้อำนวยความสะดวกในการขยายบันทึกความเข้าใจระหว่างสถาบันสมิธโซเนียนและกระทรวงการต่างประเทศ โดยมีเป้าหมายเพื่อเสริมสร้างความร่วมมือด้านวัฒนธรรม การศึกษา และวิทยาศาสตร์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศแอนโทนี บลิงเคนและเลขาธิการสถาบันสมิธโซเนียนลอนนี จี. บันช์ที่ 3 ได้ลงนามในบันทึกความเข้าใจที่ขยายออกไปในนามขององค์กรของตน^{[ 21 ] [ 22 ]}

อัลเลนยังเน้นย้ำถึงการเสริมสร้างกลยุทธ์การสื่อสารของกระทรวงเพื่อต่อต้านอิทธิพลที่เป็นอันตรายและการบิดเบือนข้อมูลจากต่างประเทศอย่างมีประสิทธิภาพ ซึ่งรวมถึงการจัดตั้งความร่วมมือทวิภาคีผ่านศูนย์การมีส่วนร่วมระดับโลก ของกระทรวง ความพยายามภายใต้การนำของเธอ ได้แก่ การลงนามบันทึกความเข้าใจกับรองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศของบัลแกเรียมาริยา กาเบรียลเมื่อวันที่ 25 กันยายน 2023 เพื่อต่อสู้กับการบิดเบือนข้อมูลและการบิดเบือนสื่อในยุโรปกลางและยุโรปตะวันออก^{[ 23 ]} เธอยังเปิดตัวการสนทนาทางการทูตสาธารณะระหว่างสหรัฐฯ และเกาหลีใต้เป็นครั้งแรก และลงนาม บันทึกความเข้าใจกับสาธารณรัฐเกาหลีเมื่อวันที่ 1 ธันวาคม 2023 ร่วมกับรองรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศฝ่ายกิจการสาธารณะ เอกอัครราชทูต ฮง ซอก-อิน โดยมุ่งเน้นที่การต่อต้านการบิดเบือนข้อมูลจากต่างประเทศ^{[ 24 ]}นอกจากนี้ เมื่อวันที่ 6 ธันวาคม พ.ศ. 2566 อัลเลนได้ลงนามในบันทึกความร่วมมือกับญี่ปุ่นโดยร่วมมือกับโคบายาชิ มากิ เลขานุการฝ่ายสื่อสารมวลชน รัฐมนตรีช่วยว่าการ และอธิบดีกรมสื่อสารมวลชนและการทูตสาธารณะของกระทรวงการต่างประเทศญี่ปุ่น เพื่อแก้ไขปัญหาภัยคุกคามระดับภูมิภาคและระดับโลกจากการบิดเบือนข้อมูล^{[ 25 ]}

ตลอดระยะเวลาดำรงตำแหน่งรองปลัด กระทรวง อัลเลนได้เดินทางไปทั่ว โลกเพื่อเป็นตัวแทนของสหรัฐอเมริกา และมีส่วนร่วมกับบุคคลสำคัญจากต่างประเทศ เวทีระหว่างประเทศ และชุมชนท้องถิ่น การเดินทางของเธอรวมถึงการเยือนฝรั่งเศสฟิจิวานูอาตูออสเตรเลีย นอร์เวย์บัลแกเรียสาธารณรัฐเช็กสาธารณรัฐเกาหลีอินโดนีเซียญี่ปุ่นและสิ้นสุดลงด้วยการเปิดศูนย์สหรัฐฯ-อาเซียนที่ ศูนย์ Barrett & O'Connor Washington Center มหาวิทยาลัยรัฐแอริโซนา ในกรุงวอชิงตัน ดี.ซี. การเยือนของเธอเน้นย้ำถึงความมุ่งมั่นของสหรัฐฯ ในการ สร้างความเข้าใจและความร่วมมือระดับโลก และความสำคัญของ ประเทศ อาเซียนในนโยบายต่างประเทศของสหรัฐฯ^{[ 26 ] [ 27 ] [ 28 ] [ 29 ] [ 30 ] [ 31 ]}

อัลเลนลาออกจากกระทรวงการต่างประเทศเมื่อวันที่ 2 สิงหาคม พ.ศ. 2567 เพื่อเข้าร่วมแคมเปญหาเสียงของแฮร์ริส^{[ 32 ] [ 33 ]}

หลังจากสิ้นสุดการบริหารงานของโอบามาอัลเลนได้เข้าร่วมกลุ่ม Glover Parkซึ่งเป็นบริษัทที่ปรึกษาด้านการสื่อสาร (ปัจจุบันเรียกว่า Finsbury Glover Hering) ในตำแหน่งรองประธานอาวุโส^{[ 34 ] [ 35 ] [ 36 ]}

ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2563 อัลเลนได้ลาพักงานจาก Glover Park Group เพื่อทำหน้าที่เป็นผู้อำนวยการฝ่ายสื่อสารให้กับคามาลา แฮร์ริสหลังจากที่เธอได้รับการประกาศให้เป็นคู่หูของโจ ไบเดน ใน การเลือกตั้งประธานาธิบดีสหรัฐอเมริกา พ.ศ. 2563 ^{[ 37 ] [ 38 ] [ 39 ] [ 40 ] [ 41 ]}

หลังจากรับราชการในรัฐบาลไบเดนเกือบสามปี อัลเลนได้เข้าร่วมทีมหาเสียงของแฮร์ริสในฐานะหัวหน้าเจ้าหน้าที่ของทิม วอลซ์ซึ่งเป็นคู่หูในการลงสมัครรับเลือกตั้งประธานาธิบดีสหรัฐฯ ปี 2024 ของรองประธานาธิบดี ไบเดน หลังจากที่ประธานาธิบดีไบเดนถอนตัวจากการแข่งขันในเดือนสิงหาคมของปีนั้น^{[ 33 ] [ 42 ]}ในขณะที่อัลเลนเข้ารับตำแหน่ง แฮร์ริสยังไม่ได้เลือกวอลซ์เป็นคู่หูในการลงสมัครรับเลือกตั้งของเธอ^{[ 43 ]}

ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2568 อัลเลนได้รับการแต่งตั้งให้เป็นหัวหน้าเจ้าหน้าที่ฝ่ายกิจการภายนอกคนใหม่ของสมาคมผู้เล่น NFLในบทบาทนี้ เธอเป็นผู้นำกลยุทธ์ด้านการสื่อสารและกิจการสาธารณะของสหภาพแรงงาน เพื่อให้มั่นใจว่าลำดับความสำคัญของผู้เล่น NFL ได้รับการนำเสนออย่างชัดเจนต่อผู้มีส่วนได้ส่วนเสียทั้งหมดในวงการฟุตบอล งานของเธอมุ่งเน้นไปที่การเสริมสร้างความพยายามในการสนับสนุนและขยายการรับรู้ถึงภารกิจของสหภาพแรงงาน^{[ 44 ] [ 45 ] [ 46 ]}