หลังจากเซ็นสัญญากับทีม Mariners แล้ว Pagán ได้ประเดิมการเล่นระดับอาชีพในปีนั้นกับทีมPulaski Marinersเขาได้รับการเลื่อนชั้นขึ้นไปเล่นกับทีมEverett AquaSoxในเดือนสิงหาคม ในการลงสนามเป็นผู้ช่วยปิดเกม 26.1 อินนิ่งระหว่างสองทีม เขาทำสถิติชนะ 1 แพ้ 1 ด้วยค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม 1.03 และทำสไตรค์เอาท์ได้ 35 ครั้ง ในปี 2014 เขาเล่นให้กับทีมClinton LumberKingsโดยทำสถิติชนะ 2 แพ้ 3 และมีค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม 2.89 ในการลงสนามเป็นผู้ช่วยปิดเกม 42 ครั้ง และในปี 2015 เขาเล่นให้กับทีมBakersfield Blazeโดยทำสถิติชนะ 3 แพ้ 8 และมีค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม 2.53 Pagán ใช้เวลาในปี 2016 กับทีมJackson GeneralsและTacoma Rainiersโดยทำสถิติชนะ 5 แพ้ 3 และมีค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม 2.49 ในการลงสนามเป็นผู้ช่วยปิดเกม 65 อินนิ่ง

ปาแกนอยู่ใน รายชื่อผู้เล่น ของเปอร์โตริโกสำหรับการแข่งขันเวิลด์เบสบอลคลาสสิกปี 2017 [ ^{2 ] เขา}เริ่มต้นฤดูกาลกับทาโคมาและได้รับการเลื่อนชั้นขึ้นสู่เมเจอร์ลีกในวันที่ 2 พฤษภาคม ในวันที่ 3 พฤษภาคม 2017 เขาได้ลงเล่นเมเจอร์ลีกครั้งแรกให้กับมาริเนอร์สในการแข่งขันกับลอสแอนเจลิสแองเจิลส์ออฟอนาไฮม์ที่สนามซาเฟโกฟิลด์เขาถูกส่งลงไปเล่นในลีกรองและถูกเรียกตัวกลับหลายครั้งในระหว่างฤดูกาลก่อนที่จะถูกเรียกตัวกลับขึ้นมาเล่นในส่วนที่เหลือของฤดูกาลในวันที่ 7 กรกฎาคม ในการลงเล่นเป็นตัวสำรอง 34 ครั้งให้กับซีแอตเติล เขาทำผลงานได้ 2–3 ด้วยค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม 3.22 และในการลงเล่น 23 ครั้งให้กับทาโคมา เขาทำผลงานได้ 2–1 ด้วยค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม 2.56 ^{[ 3 ]}

เมื่อวันที่ 15 พฤศจิกายน 2017 ปาแกนถูกเทรดไปยังโอ๊คแลนด์ แอธเลติกส์พร้อมกับอเล็กซานเดอร์ แคมโปส โดยแลกกับไรออน ฮีลี [ ^{4 ] เขา}เริ่มต้นฤดูกาลกับโอ๊คแลนด์ แต่ถูกส่งลงไปเล่นให้กับแนชวิลล์ ซาวด์สเมื่อวันที่ 2 พฤษภาคม เขาถูกเรียกตัวกลับมาที่โอ๊คแลนด์เมื่อวันที่ 18 พฤษภาคม

เมื่อวันที่ 21 ธันวาคม 2018 แอธเลติกส์ได้แลกเปลี่ยนปาแกนกับแทมปาเบย์เรย์สในข้อตกลงสามทีม โดยเรย์สได้รับโรลลี่ เลซี่และสิทธิ์เลือกตัวผู้เล่นในรอบดราฟต์ MLB ปี 2019แอธเลติกส์ได้รับจูริคสัน โปรฟาร์และเท็กซัสเรนเจอร์สได้รับบร็อค เบิร์ค , ไคล์ เบิร์ด , โยเอล เอสปินัล, อีไล ไวท์และเงินโบนัสเซ็นสัญญากับผู้เล่นต่างชาติจำนวน 750,000 ดอลลาร์^{[ 5 ]}

ในปี 2019 หลังจากฝึกซ้อมช่วงฤดูใบไม้ ผลิได้อย่างน่าประทับใจ ปาแกนถูกส่งตัวไปที่เดอร์แฮม บูลส์ ทีม ทริปเปิลเอ เขาถูกเรียกตัวกลับมาในวันที่ 16 เมษายน หลังจากเบลค สเนลล์กระดูกนิ้วเท้าหัก ในวันที่ 19 เมษายน ปาแกนถูกส่งตัวไปที่เดอร์แฮมอีกครั้งเมื่อเคซีย์ แซดเลอร์ถูกเรียกตัวกลับมา^{[ 6 ]}จากนั้นปาแกนก็ถูกเรียกตัวกลับมาในอีกสองวันต่อมา^{[ 7 ]}ต่อมาปาแกนกลายเป็นผู้ปิดเกมของทีมและจบฤดูกาลด้วยการทำเซฟได้ 20 ครั้ง เขาจบฤดูกาลด้วยค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม 2.31 และตีลูกออก 96 ครั้งใน 70 อินนิง

เมื่อวันที่ 8 กุมภาพันธ์ 2020 เรย์สได้เทรดปาแกนให้กับซานดิเอโก พาเดรสโดยแลกกับมานูเอล มาร์ก็อตและโลแกน ดริสคอล [ ^{8 ] จนถึง}วันที่ 20 สิงหาคม 2020 ปาแกนทำพลาดเซฟไป 4 ครั้งและมีค่าเฉลี่ย ERA 7.36 แต่หลังจากนั้นเขาทำผลงานได้อย่างยอดเยี่ยมด้วยการไม่เสียแต้มเลย 10 จาก 11 อินนิ่ง เสียเพียง 2 แต้ม และมีค่าเฉลี่ย ERA 1.64 เพื่อจบฤดูกาล^{[ 9 ]}เอมิลิโอจบฤดูกาล 2020 ด้วยค่าเฉลี่ย ERA 4.50 สำหรับพาเดรส และค่าเฉลี่ย ERA 4.83 ในปี 2021 ^{[ 10 ]}

เมื่อวันที่ 7 เมษายน 2022 ทีม Padres ได้แลกเปลี่ยน Pagán, Chris Paddackและผู้เล่นที่จะระบุชื่อในภายหลังกับทีมMinnesota TwinsโดยแลกกับTaylor Rogers , Brent Rookerและเงินสด ผู้เล่นที่จะระบุชื่อในภายหลังคือ Brayan Medina นักขว้างจากลีกรอง^{[ 11 ]} Pagán ทำผลงาน 4–6 ด้วย ERA 4.43 ในการลงสนามเป็นตัวสำรอง 59 ครั้งในฤดูกาล 2022 เขายังทำสถิติเซฟได้ 9 ครั้ง^{[ 12 ]}

 ทีมทวินส์และปาแกนหลีกเลี่ยงการไกล่เกลี่ยค่าจ้างโดยตกลงทำ สัญญาหนึ่งปีมูลค่า 3.5 ล้านดอลลาร์ เมื่อวันที่ 13 มกราคม 2023 ^{[ 13 ]} เขาทำผลงาน 5–2 ด้วยค่าเฉลี่ย ERA 2.99 ในฤดูกาล 2023 และเซฟได้ 1 ครั้ง ปาแกนยังได้ลงเล่นเป็นตัวจริงในเมเจอร์ลีกเป็นครั้งแรกในอาชีพการงาน โดยลงเล่น เป็นตัวเปิดเกมกับโคโลราโด ร็อกกีส์เมื่อวันที่ 30 กันยายน^{[ 14 ]}

ทีมซินซินเนติ เรดส์เซ็นสัญญากับปาแกนเป็นเวลาหนึ่งปี โดยมีออปชั่นต่อสัญญาอีกหนึ่งฤดูกาลในวันที่ 1 ธันวาคม 2023 ^{[ 15 ]}เขาเริ่มต้นฤดูกาล 2024 ในฐานะผู้เล่นสำรอง ของซินซินเนติ โดยทำสถิติ ERA 4.43 พร้อมกับ 26 สไตรค์เอาท์ใน 22 เกม ปาแกนถูกขึ้นบัญชีผู้เล่นบาดเจ็บเนื่องจาก กล้าม เนื้อหลัง ด้านขวาตึง ในวันที่ 9 มิถุนายน และถูกย้ายไปบัญชีผู้เล่นบาดเจ็บ 60 วันในวันที่ 27 มิถุนายน^{[ 16 ]}เขากลับมาลงสนามได้ในวันที่ 10 สิงหาคม^{[ 17 ]}

เมื่อวันที่ 4 ธันวาคม พ.ศ. 2568 ปาแกนเซ็นสัญญากับซินซินแนติอีกครั้งเป็นเวลาสองปี มูลค่า 20 ล้านดอลลาร์สหรัฐ^{[ 18 ]}