การจำแนกประเภทโดเมนโปรตีนตามวิวัฒนาการ

อีโคด
เนื้อหา
ประเภทข้อมูลที่บันทึกไว้	โดเมนโปรตีน
ติดต่อ
ศูนย์วิจัย	ห้องปฏิบัติการกริชินศูนย์การแพทย์มหาวิทยาลัยเท็กซัสเซาท์เวสเทิร์น
ผู้เขียน	H. Cheng, RD Schaeffer, Y. Liao, LN Kinch, J. Pei, S. Shi, BH Kim, NV Grishin
การอ้างอิงหลัก	PMID 25474468
วันที่วางจำหน่าย	2014
เข้าถึง
เว็บไซต์	http://prodata.swmed.edu/ecod/
เบ็ดเตล็ด
เวอร์ชั่น	อัปเดตอย่างต่อเนื่อง
นโยบายการคัดสรร	สำหรับโปรตีนใหม่ ให้ใช้การตั้งค่าแบบแมนนวล ส่วนโปรตีนที่มีความคล้ายคลึงกันมาก จะใช้การตั้งค่าแบบอัตโนมัติ

ฐาน ข้อมูล การจำแนกประเภทโดเมนโปรตีนตามวิวัฒนาการ ( ECOD ) เป็นฐานข้อมูลทางชีววิทยาที่จำแนกประเภทโดเมนโปรตีนที่มีอยู่ในฐานข้อมูลโปรตีน (Protein Data Bank ) ECOD พยายามที่จะกำหนดความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการระหว่างโปรตีนต่างๆ

เช่นเดียวกับPfam , CATHและSCOP , ECOD รวบรวมโดเมนแทนที่จะเป็นโปรตีนทั้งหมด อย่างไรก็ตาม ECOD มุ่งเน้นไปที่ความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการมากกว่า: แทนที่จะจัดกลุ่มโปรตีนตามโครงสร้างพับซึ่งอาจเป็นเพียงการวิวัฒนาการแบบลู่เข้า ECOD จะจัดกลุ่มโปรตีนตาม ความเหมือนกันที่พิสูจน์ได้จากนั้นตามโครงสร้างและตระกูลโปรตีนโดยละเอียด^{[ 1 ]}

ฐานข้อมูลนี้ใช้ลำดับชั้นห้าระดับในการจัดหมวดหมู่โดเมนโปรตีน ตั้งแต่รูปร่างโดยรวมไปจนถึงตระกูลเฉพาะ:

(A) สถาปัตยกรรม: ระดับสูงสุด โดยจัดกลุ่มโดเมนตามองค์ประกอบโครงสร้างรองที่คล้ายคลึงกันและการจัดเรียงทางเรขาคณิต (เช่น กลุ่มอัลฟาหรือแซนด์วิชเบตา)

(X) ความคล้ายคลึงที่เป็นไปได้: จัดกลุ่มโดเมนที่มีความคล้ายคลึงกันทางโครงสร้าง โดยสงสัยว่ามีความคล้ายคลึงกัน แต่ยังไม่ได้รับการพิสูจน์อย่างแน่ชัด

(H) ความคล้ายคลึงกัน: ระดับหลักของฐานข้อมูล ซึ่งจัดกลุ่มโดเมนที่มีหลักฐานชัดเจนถึงบรรพบุรุษร่วมกันโดยพิจารณาจากคะแนนโครงสร้างลำดับและลักษณะการทำงานที่คล้ายคลึงกัน

(T) โครงสร้างทางทอพอโลยี: จัดกลุ่มโดเมนที่มีการเชื่อมต่อทางทอพอโลยีที่คล้ายคลึงกัน ระดับนี้ยอมรับว่าโปรตีนที่คล้ายคลึงกันบางครั้งอาจมีการวิวัฒนาการโครงสร้างที่แตกต่างกันได้

(F) แฟมิลี: ระดับที่เฉพาะเจาะจงที่สุด โดยจัดกลุ่มโดเมนที่มีความคล้ายคลึงกันของลำดับอย่างมีนัยสำคัญ ซึ่งมักอิงตามการจำแนกประเภทของ Pfam

ECOD ได้ถูกนำไปใช้กับชุดย่อยของฐานข้อมูล AlphaFold (ลำดับโปรตีนใน SwissProt ) ^{[ 2 ]}

ข้อมูลสำคัญจากบทความ