เอฟเอ็ม114เอ1
| เอฟเอ็ม114เอ1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ตัวระบุ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ชื่อเรียกอื่น | FAM114A1 , Noxp20, ตระกูลที่มีลำดับคล้ายคลึงกัน 114 สมาชิก A1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| รหัสภายนอก | MGI : 1915553 ; HomoloGene : 12259 ; GeneCards : FAM114A1 ; OMA : FAM114A1 - orthologs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| วิกิดาต้า | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
โปรตีน FAM114A1หรือที่รู้จักกันในชื่อโปรตีนที่แสดงออกมากเกินไปในระบบประสาท 20 (NOXP20) เป็นโปรตีนที่ในมนุษย์ถูกเข้ารหัสโดยยีน FAM114A1 [ 4 ]ออร์โธล็อกของ FAM114A1 สามารถพบได้ในสิ่งมีชีวิตที่อยู่ห่างไกลจากHomo sapiens มาก เช่น Drosophilaอย่างไรก็ตาม ตามที่คาดไว้ FAM114A1 ของมนุษย์นั้นคล้ายกับของไพรเมตมากกว่าออร์โธล็อกอื่นๆ FAM114A1 มีพาราล็อก หนึ่งตัว คือ FAM114A2 ซึ่งเข้ารหัสโปรตีนที่มีหน้าที่ไม่ทราบแน่ชัดเช่นกัน
ยีน
FAM114A1ตั้งอยู่บนแขนสั้นของโครโมโซม 4 (4.p14) ในมนุษย์บนสายไปข้างหน้าเริ่มต้นที่เบสคู่ที่ 38869354 และสิ้นสุดที่ 38947365 [ 4 ] mRNA ของยีนนี้มี 4138 bp ยีนนี้มีเพื่อนบ้านดังต่อไปนี้บนโครโมโซมเดียวกัน:
- TLR1 : ตัวรับ Toll-like receptor (TLR) 1 มีบทบาทใน การตรวจ จับเชื้อโรคและการกระตุ้นภูมิคุ้มกันโดยกำเนิด
- TLR6 : ตัวรับ Toll-like receptor (TLR) 6 มีบทบาทใน การตรวจ จับเชื้อโรคและการกระตุ้นภูมิคุ้มกันโดยกำเนิด
- TMEM156: ยีนนี้สร้างโปรตีนที่อยู่ภายในเยื่อหุ้มเซลล์
- KLHL5: Kelch-like 5 โปรตีนนี้เชื่อว่ามีบทบาทในการกระตุ้นลิมโฟไซต์[ 5 ]
ความเหมือนกัน
| สกุลและชนิด | ชื่อสามัญ | หมายเลขการเข้าถึง | ความยาวลำดับ | เอกลักษณ์ลำดับ | ความคล้ายคลึงของลำดับ |
| แพน โทรกลอดิตส์ | ชิมแปนซี | XP_517149.2 | 563 ก | 99% | 99% |
| Macaca mulatta | ลิงแรซัส | EHH25809.1 | 563 ก | 97% | 98% |
| โนมาสคัส ลิวโคเจนิส | ชะนีแก้มขาวเหนือ | XP_003258632.1 | 562 ก. | 97% | 98% |
| Macaca fascicularis | ลิงแสมกินปู | EHH53615.1 | 563 ก | 96% | 98% |
| ปองโก อาเบลี | อุรังอุตังสุมาตรา | XP_002814719.1 | 563 ก | 98% | 96% |
| Equus caballus | ม้า | XP_001498667.1 | 562 ก. | 88% | 93% |
| ลอโซดอนตา แอฟริคานา | ช้างป่าแอฟริกา | XP_003411349.1 | 558 ก | 85% | 91% |
| เฮเทอโรเซฟาลัส กลาเบอร์ | หนูตุ่นไร้ขน | อีเอชบี16215.1 | 561 ก | 86% | 90% |
| Cavia porcellus | หนูตะเภา | XP_003471670.1 | 569 ก | 86% | 90% |
| บอส ทอรัส | วัว | XP_588946.3 | 563 ก | 84% | 90% |
| ซัส สครอฟา | หมูป่า | XP_003128969.1 | 562 ก. | 84% | 90% |
| Ailuropoda melanoleuca | แพนด้ายักษ์ | XP_002928170.1 | 570 ก. | 83% | 89% |
| สุนัขลูปัส แฟมิลี่ริส | สุนัข | XP_536261.3 | 560 ก. | 83% | 88% |
| หนู Rattus norvegicus | หนู | XP_573600.2 | 567 ก | 78% | 83% |
| มัส มัสคูลัส | หนู | BAB30694.1 | 569 ก | 77% | 83% |
| โมโนเดลฟิส โดเมสติกา | โอพอสซัมหางสั้นสีเทา | XP_001374188.1 | 562 ก. | 72% | 81% |
| เมเลียกริส กัลโลปาโว | ไก่งวงป่า | XP_003205919.1 | 563 ก | 64% | 76% |
| ไก่ตัวผู้ ไก่ตัวผู้ | ไก่ | XP_423859.3 | 561 ก | 64% | 75% |
| Taeniopygia guttata | นกฟินช์ลายม้าลาย | XP_002189709.1 | 565 ก | 61% | 75% |
| อโนลิส คาโรลิเนนซิส | กิ้งก่าแคโรไลนา | XP_003226293.1 | 539 ก. | 61% | 75% |
| ดานิโอ เรริโอ | ปลาลายม้าลาย | NP_001082947.1 | 546 ก | 57% | 72% |
| Xenopus (silurana) tropicalis | กบเล็บตะวันตก | XP_002938704.1 | 424 ก | 66% | 79% |
การแสดงออก
NOXP20 มีการแสดงออกมากเกินไปในสมอง[ 6 ] ข้อมูลไมโครอาร์เรย์[ 7 ]โดยใช้Allen Brain Atlasให้หลักฐานของการแสดงออกนั้น ข้อมูลจาก NCBI GEO Profile [ 8 ]แสดงให้เห็นว่าถึงแม้ FAM114A1 จะมีการแสดงออกในสมอง แต่การแสดงออกของมันก็ไม่ได้จำกัดอยู่แค่เนื้อเยื่อประสาทเท่านั้น แต่ยังรวมถึงเนื้อเยื่อส่วนใหญ่ในร่างกายมนุษย์ด้วย GEO Profiles ยังแสดงให้เห็นว่า FAM114A1 มีการแสดงออกใน เซลล์ต้น กำเนิดมีเซนไคม์มากกว่าในเซลล์ต้นกำเนิดที่ยังไม่แตกต่าง การทดลองเพิ่มเติม[ 8 ]แสดงให้เห็นว่ามีปัจจัยบางอย่างที่ส่งผลต่อการแสดงออกของ FAM114A1 ตัวอย่างหนึ่งคือความสัมพันธ์โดยตรงระหว่างการแสดงออกมากเกินไปของ CLDN-1 และการแสดงออกมากเกินไปของ FAM114A1
โปรตีน
โปรตีน NOXP20 ประกอบด้วยกรดอะมิโน 563 ตัว มีน้ำหนัก 60742 ดาลตัน และมีจุดไอโซอิเล็กทริกที่ 4.415999 รายละเอียดเกี่ยวกับโปรตีนนี้ยังไม่เป็นที่ทราบแน่ชัดนัก แต่มีการคาดการณ์ทางวิทยาศาสตร์เกี่ยวกับโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีนนี้อยู่มาก เช่นเดียวกับโปรตีนอื่นๆ โปรตีนนี้ก็มีการเปลี่ยนแปลงหลังการสังเคราะห์ (post-translational modifications) การเปลี่ยนแปลงที่ได้รับการยืนยันแล้วคือการเติมหมู่ฟอสเฟต (phosphorylation)บนกรดอะมิโนสองตัวของโปรตีน คือ กรดอะมิโนลำดับที่ 196 และ 199
โครงสร้าง
มีเครื่องมือหลายอย่างที่ใช้ในการทำนายโครงสร้างทุติยภูมิของโปรตีน เครื่องมือหนึ่งที่รวมผลลัพธ์จากเครื่องมือหลายอย่างเข้าด้วยกันคือ PELE บน SDSC Biology WorkBench [ 9 ]ตามเครื่องมือนี้ โครงสร้างทุติยภูมิของโปรตีนส่วนใหญ่ประกอบด้วยเกลียวอัลฟาและขดลวด โดยมีสายเบต้าบางส่วนอยู่รอบโครงสร้าง
ปฏิสัมพันธ์
ไม่มีหลักฐานยืนยันปฏิสัมพันธ์ใดๆ ที่โปรตีน FAM114A1 มีกับโปรตีนอื่นๆ ในร่างกายมนุษย์ อย่างไรก็ตาม ตรวจพบปฏิสัมพันธ์ระหว่าง FAM114A1 และโดเมนเหล็กซัลเฟอร์ 2 ของ CDGSH ในหนู[ 10 ] มีความเหมือนกัน 77% และความคล้ายคลึงกัน 83% ระหว่างกรดอะมิโนของ NOXP20 ในสองสายพันธุ์ ( Homo sapiensและMus musculus ) เนื่องจากความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดระหว่างสองสายพันธุ์ เราจึงสามารถสันนิษฐานได้ว่า NOXP20 มีปฏิสัมพันธ์แบบเดียวกันในมนุษย์
การทำงาน
หน้าที่ที่แท้จริงของ NOXP20 ยังไม่เป็นที่เข้าใจอย่างถ่องแท้ อย่างไรก็ตาม มีหลักฐานว่าโปรตีนนี้มี โดเมนดึงดูด แคสเปสอยู่[ 6 ]เมื่อทราบว่าแคสเปสมีส่วนเกี่ยวข้องกับอะพอพโทซิส ข้อมูลนี้ทำให้เราเชื่อว่า NOXP20 อาจมีบทบาทในอะพอพโทซิสและการควบคุมการ แพร่กระจายของเซลล์
อ่านเพิ่มเติม
- Boucquey M, De Plaen E, Locker M, Poliard A, Mouillet-Richard S, Boon T, Kellermann O (ต.ค. 2549). "Noxp20 และ Noxp70 เครื่องหมายใหม่สองตัวของการแยกตัวของเซลล์ประสาทในระยะเริ่มต้น ตรวจพบในเซลล์ต้นกำเนิดประสาทจากเทอราโตคาร์ซิโนมา"วารสารเคมีประสาท99 (2): 657– 69. doi : 10.1111/j.1471-4159.2006.04093.x . PMID 17029606 .