สโมสรแห่งนี้ก่อตั้งขึ้นในปี 2544 โดยคณะกรรมการก่อตั้งนำโดย ฮริสติยาน ปาร์วานอฟ, กาลิน มิไฮลอฟ, สลาฟโช ทาเนฟ, ตองโก โทเตฟ และ ดิโม ฮริสตอฟ จนถึงฤดูกาล 2548/06 สโมสรเล่นอยู่ในกลุ่มระดับภูมิภาค ก่อนที่จะเลื่อนชั้นขึ้นสู่ลีกV AFGในชื่อ FC Vereya-Arsenal หลังจากการควบรวมกับ Arsenal Kazanlak แต่หลังจากฤดูกาล 2549/07 Vereya-Arsenal ก็เปลี่ยนชื่อเป็น Arsenal Kazanlak และทีมที่สอง Vereya Bulsatkom ก็ย้ายไปที่เมืองสตาราซาโกราอีกครั้งและจดทะเบียนในชื่อ FC Vereya พวกเขาคว้าแชมป์ A RFG ได้ 3 ครั้งใน 5 ฤดูกาลถัดมา โดยได้เลื่อนชั้นในฤดูกาล 2554–12

ในปี 2012 บริษัทก่อสร้าง Trace Group ของบัลแกเรียเริ่มลงทุนในสโมสร และโครงการสนามกีฬาแห่งใหม่Trace Arenaก็ได้ถูกนำเสนอขึ้น เมื่อวันที่ 21 พฤษภาคม 2014 สโมสรคว้าแชมป์ฟุตบอลสมัครเล่นบัลแกเรีย ได้สำเร็จ หลังจากเอาชนะMinyor Pernik 2–0 ในรอบชิงชนะเลิศ^{[ 1 ]}ในฤดูกาลเดียวกันนั้น Vereya จบอันดับที่ 3 ในกลุ่ม Vและได้เลื่อนชั้นสู่ลีกฟุตบอลอาชีพที่มีอันดับสูงกว่า คือกลุ่มB

ในปี 2016 สโมสรได้ยื่นใบสมัครเข้าร่วมลีกสูงสุดของบัลแกเรียที่ได้รับการปรับโครงสร้างใหม่ เมื่อวันที่ 1 มิถุนายน 2016 Elias Alves da Silva ชาวบราซิล ซึ่งเป็นหนึ่งในผู้เล่นใหม่ที่เซ็นสัญญากับสโมสรสำหรับฤดูกาลที่จะมา ถึง ได้ประกาศว่าเขาเข้าร่วมสโมสร เนื่องจากสโมสรจะแข่งขันในลีกสูงสุดของบัลแกเรีย ก่อนที่เจ้าหน้าที่ BFU จะออกแถลงการณ์อย่างเป็นทางการเกี่ยวกับจำนวนทีมที่แข่งขันในลีกใหม่ ซึ่งก่อให้เกิดข้อโต้แย้ง^{[ 2 ]}

เมื่อวันที่ 7 มิถุนายน 2559 เวเรยา พร้อมด้วยอีก 5 ทีมจากกลุ่มบี ได้รับการอนุมัติจากสหพันธ์ฟุตบอลบัลแกเรียให้เลื่อนชั้นขึ้นไปแข่งขันในลีกสูงสุดของบัลแกเรียฤดูกาล 2016-17 ที่กำลังจะมาถึง เวเรยาเป็นหนึ่งในสโมสรที่มีคุณสมบัติทางการเงินและโครงสร้างพื้นฐานที่จำเป็นสำหรับลีกระดับสูงสุดใหม่นี้

ในฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมการแข่งขันระดับสูงสุด (2016–17) เวเรยาทำผลงานได้อันดับที่ 7 ทำให้ยังคงอยู่ในกลุ่มทีมชั้นนำสำหรับฤดูกาลถัดไป

ในฤดูกาลที่สองของการแข่งขันในระดับสูงสุด (2017–18) เวเรยาทำให้หลายคนประหลาดใจด้วยการจบอันดับท็อป 6 ในฤดูกาลปกติ

อย่างไรก็ตาม ฤดูกาลที่สามในลีกสูงสุดนั้นไม่ประสบความสำเร็จเท่าที่ควร ฤดูกาลนั้นเต็มไปด้วยปัญหาทางการเงิน เมื่อวันที่ 7 พฤษภาคม 2019 เวเรยาถูกตัดสิทธิ์จากการแข่งขันในลีกเนื่องจากการล็อกผลการแข่งขัน ผลการแข่งขันทั้งหมดที่เกี่ยวข้องกับเวเรยาถูกคงไว้ โดยสหพันธ์ฟุตบอลบัลแกเรียให้เซปเทมเวรี โซเฟียชนะ 2 นัดด้วยสกอร์ 3-0 ในการแข่งขันเพลย์ออฟหนีตกชั้นที่กำหนดไว้กับเวเรยา และทีมที่แพ้ในการแข่งขันเพลย์ออฟหนีตกชั้นระหว่างดูนาฟ รูเซและวิตอชา บิสทริตซา (ทีมหลัง) จะต้องเผชิญหน้ากับทีมอันดับสองจากลีกรอง ( มอนทานา ) โดยตรง ^{[ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]}จากนั้นเวเรยาถูกตัดสิทธิ์จากลีกรองเนื่องจากปัญหาทางการเงิน หลังจากนั้นพวกเขาก็ถูกตัดสิทธิ์จากลีกระดับสามด้วย ซึ่งหมายความว่าทีมจะเริ่มต้นฤดูกาล 2019–20 จากลีกระดับสี่ของฟุตบอลบัลแกเรีย ในกรณีนี้คือลีกระดับภูมิภาคสตาราซาโกรา

• จำนวนฤดูกาลในลีกสูงสุด : 3
• จำนวนฤดูกาลในกลุ่ม B (ปัจจุบันคือลีกรอง ): 2
• จำนวนฤดูกาลในกลุ่ม V (ปัจจุบันคือลีกระดับสาม ): 5
• ฤดูกาลในกลุ่มภูมิภาค : 13