อ่าน 4 นาที
ฟิจิ (ซอฟต์แวร์)
จุดประสงค์หลักของ Fiji คือการจัดหา ImageJ2 เวอร์ชันที่มีปลั๊กอิน มากมายรวม อยู่ด้วย Fiji มีระบบอัปเดตแบบบูรณาการ และมุ่งเน้นที่จะมอบโครงสร้างเมนูที่สอดคล้องกัน
ฟิจิ (ซอฟต์แวร์)
| ฟิจิ | |
|---|---|
| นักพัฒนา | โยฮันเนส ชินเดลิน, อิกนาซิโอ อาร์กันดา-การ์เรราส, อัลเบิร์ต คาร์โดนา, มาร์ค ลองแอร์, เบนจามิน ชมิด และคนอื่นๆ |
| เวอร์ชันเสถียร | |
| เขียนเป็น | ชวา |
| ระบบปฏิบัติการ | ใดๆ ที่รองรับJava |
| พิมพ์ | การประมวลผลภาพและการวิเคราะห์ภาพ |
| ใบอนุญาต | GPL v3 [ 2 ] (ปลั๊กอินบางตัวมีใบอนุญาตที่แตกต่างกัน[ 3 ] ) |
| เว็บไซต์ | ฟิจิ |
| ที่เก็บข้อมูล | github.com/fiji/fiji |

Fiji [ 4 ] [ 5 ]เป็นแพ็คเกจประมวลผลภาพโอเพนซอร์สที่ใช้ ImageJ2
จุดประสงค์หลักของ Fiji คือการจัดหา ImageJ2 เวอร์ชันที่มีปลั๊กอิน มากมายรวม อยู่ด้วย Fiji มีระบบอัปเดตแบบบูรณาการ และมุ่งเน้นที่จะมอบโครงสร้างเมนูที่สอดคล้องกัน เอกสารประกอบที่ครอบคลุมในรูปแบบของคำอธิบายอัลกอริธึมโดยละเอียดและบทช่วยสอน และความสามารถในการหลีกเลี่ยงความจำเป็นในการติดตั้งส่วนประกอบหลายอย่างจากแหล่งที่มาต่างกัน
นอกจากนี้ Fiji ยังมุ่งเป้าไปที่นักพัฒนาซอฟต์แวร์ด้วยการใช้ระบบควบคุมเวอร์ชัน ระบบติดตามปัญหา ช่องทางการพัฒนาเฉพาะ และโครงสร้างพื้นฐานสำหรับการสร้างต้นแบบอย่างรวดเร็วในรูปแบบของโปรแกรมแก้ไขสคริปต์ที่รองรับBeanShell , Jython , JRuby , Clojure , Groovy , JavaScriptและภาษาเขียนสคริปต์อื่นๆ รวมถึงการพัฒนา Java แบบทันที (just-in-time )
ปลั๊กอิน
มีปลั๊กอินมากมายสำหรับ ImageJ ซึ่งมีแอปพลิเคชันที่หลากหลาย แต่ก็มีคุณภาพที่หลากหลายเช่นกัน[ 6 ]
นอกจากนี้ ปลั๊กอินบางตัวยังต้องการ ImageJ เวอร์ชันเฉพาะ ไลบรารีของบุคคลที่สามเวอร์ชันเฉพาะ หรือส่วนประกอบ Java เพิ่มเติม เช่น คอมไพเลอร์ Java หรือJava 3D
หนึ่งในเป้าหมายหลักของ Fiji คือการทำให้การติดตั้ง ImageJ, Java, Java 3D, ปลั๊กอิน และส่วนประกอบอำนวยความสะดวกอื่นๆ ทำได้ง่ายที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้ ส่งผลให้ Fiji มีผู้ใช้งานเพิ่มมากขึ้นเรื่อยๆ[ 7 ]
ผู้ชม
แม้ว่าเดิมที Fiji จะมีจุดประสงค์เพื่อนักประสาทวิทยาศาสตร์ (และยังคงเป็นเช่นนั้น[ 8 ] ) แต่ก็มีฟังก์ชันการทำงานมากพอที่จะดึงดูดนักวิทยาศาสตร์จากหลากหลายสาขา เช่น ชีววิทยาของเซลล์[ 9 ]ปรสิตวิทยา[ 10 ]พันธุศาสตร์ วิทยาศาสตร์ชีวภาพโดยทั่วไป วิทยาศาสตร์วัสดุ เป็นต้น ดังที่ระบุไว้ในเว็บไซต์อย่างเป็นทางการ จุดเน้นหลักคือ "วิทยาศาสตร์ชีวภาพ" แม้ว่า Fiji จะมีเครื่องมือมากมายที่ช่วยในการวิเคราะห์ภาพทางวิทยาศาสตร์โดยทั่วไป[ 11 ]
Fiji เป็นที่นิยมมากที่สุดใน ชุมชน วิทยาศาสตร์ชีวภาพโดยที่ 3D Viewer [ 12 ]ช่วยในการแสดงภาพข้อมูลที่ได้รับผ่านกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงและ Fiji ยังให้บริการการลงทะเบียน [ 13 ] การแบ่งส่วนและอัลกอริธึมการประมวลผลภาพขั้นสูงอื่นๆ อีกด้วย
ส่วนประกอบ Fiji TrakEM2 ถูกนำมาใช้และปรับปรุงเพื่อวิเคราะห์ สายพันธุ์ เซลล์ประสาทในสมองของตัวอ่อนแมลง หวี่ได้สำเร็จ [ 14 ]
ฟิจิได้รับการนำเสนออย่างโดดเด่นใน Nature Methods ฉบับเสริมเกี่ยวกับการแสดงภาพ[ 15 ]
ระยะห่างของแถบแลตติสของควอนตัมดอต CdSe ได้รับการวิเคราะห์โดยใช้ Fiji [ 16 ]
การพัฒนา
Fiji เป็นโอเพนซอร์ส อย่างสมบูรณ์ ซอร์สโค้ดของมันอยู่ในที่เก็บ Git สาธารณะ
ประเทศฟิจิได้รับการคัดเลือกให้เข้าร่วมโครงการGoogle Summer of Codeปี 2009 และได้ทำโครงการสำเร็จไปสองโครงการ
เฟรมเวิร์กการเขียนสคริปต์ ซึ่งรองรับJavaScript , Jython , JRuby , Clojure , BeanShellและภาษาอื่นๆ เป็นส่วนสำคัญในการพัฒนา Fiji นักพัฒนาหลายคนสร้างต้นแบบปลั๊กอินของตนในภาษาเขียนสคริปต์ที่กล่าวมาข้างต้น และค่อยๆ เปลี่ยนต้นแบบเหล่านั้นให้เป็น โค้ด Java ที่สมบูรณ์ ด้วย เหตุนี้ ในโครงการ Google Summer of Code โครงการหนึ่งที่กล่าวถึงข้างต้น จึงได้เพิ่มตัวแก้ไขสคริปต์ที่มีการเน้นไวยากรณ์และการเรียกใช้โค้ดแบบในตัว
เฟรมเวิร์กสำหรับการเขียนสคริปต์นั้นรวมอยู่ในเวอร์ชันของ Fiji แล้ว เพื่อให้ผู้ใช้ขั้นสูงสามารถใช้สคริปต์เหล่านั้นในขั้นตอนการทำงานทั่วไปของตนได้
การพัฒนาได้รับประโยชน์จากการจัดงานแฮกกาธอน เป็นครั้งคราว ซึ่งเป็นเวทีที่นักวิทยาศาสตร์ชีวภาพที่มีพื้นฐานด้านการคำนวณได้มาพบปะและพัฒนาปลั๊กอินที่ตนเองสนใจให้ดียิ่งขึ้น
โปรแกรมแก้ไขสคริปต์
โปรแกรมแก้ไขสคริปต์ใน Fiji รองรับการสร้างต้นแบบสคริปต์และปลั๊กอิน ImageJ อย่างรวดเร็ว ทำให้ Fiji เป็นเครื่องมือที่มีประสิทธิภาพในการพัฒนาอัลกอริทึมการประมวลผลภาพใหม่และสำรวจเทคนิคการประมวลผลภาพใหม่ด้วย ImageJ [ 17 ] [ 18 ]
แพลตฟอร์มที่รองรับ
Fiji สามารถทำงานได้บน Windows, Linux และ Mac OS X ทั้งแบบ Intel 32 บิตและ 64 บิต โดยมีการรองรับ MacOSX/PPC อย่างจำกัด
ลิงก์ภายนอก
สรุปเนื้อหา
ข้อมูลสำคัญจากบทความ
ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ ฟิจิ (ซอฟต์แวร์)
จุดประสงค์หลักของ Fiji คือการจัดหา ImageJ2 เวอร์ชันที่มีปลั๊กอิน มากมายรวม อยู่ด้วย Fiji มีระบบอัปเดตแบบบูรณาการ และมุ่งเน้นที่จะมอบโครงสร้างเมนูที่สอดคล้องกัน
ปลั๊กอิน
มีปลั๊กอินมากมายสำหรับ ImageJ ซึ่งมีแอปพลิเคชันที่หลากหลาย แต่ก็มีคุณภาพที่หลากหลายเช่นกัน [ 6 ]
ผู้ชม
แม้ว่าเดิมที Fiji จะมีจุดประสงค์เพื่อนักประสาทวิทยาศาสตร์ (และยังคงเป็นเช่นนั้น [ 8 ] ) แต่ก็มีฟังก์ชันการทำงานมากพอที่จะดึงดูดนักวิทยาศาสตร์จากหลากหลายสาขา เช่น ชีววิทยาของเซลล์ [ 9 ] ปรสิตวิทยา [ 10 ] พันธุศาสตร์ วิทยาศาสตร์ชีวภาพโดยทั่วไป วิทยาศาสตร์วัสดุ...
การพัฒนา
Fiji เป็น โอเพนซอร์ส อย่างสมบูรณ์ ซอร์สโค้ดของมันอยู่ในที่เก็บ Git สาธารณะ