ซานตานเดอร์เริ่มต้นในทีมเยาวชนของกัวรานีซึ่งเขาทำผลงานได้อย่างยอดเยี่ยมและเป็นส่วนหนึ่งของทีม U20 ที่คว้าแชมป์กระชับมิตรระดับนานาชาติที่จัดขึ้นในเมืองวาเลนเซียประเทศสเปนหลังจากคว้าแชมป์ U20 กับกัวรานี เขาก็ได้รับความสนใจจากหลายสโมสรและได้ไปทดสอบฝีเท้ากับเอซี มิลาน [ ^{2 ] ใน}ปี 2008 เมื่ออายุ 16 ปี เขาได้ลงเล่นนัดแรกกับทีมชุดใหญ่ของกัวรานี โดยทำประตูได้ในเกมที่ชนะทาคูอารี 5-2 ^{[ 3 ]}เมื่อวันที่ 31 สิงหาคม 2010 เขาได้เซ็นสัญญากับตูลูสทีม จากฝรั่งเศส

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2555 เขาได้ย้ายไปอยู่กับRacing Clubด้วยสัญญา 3 ปี พร้อมตัวเลือกการซื้อสิทธิ์ในกีฬาของเขา 20% ^{[ 4 ] [ 5 ]}

ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2555 ซานตานเดอร์ย้ายไปร่วมทีมติเกรในลีกอาร์เจนตินาด้วยสัญญายืมตัวหนึ่งปี แม้ว่ากัวรานีจะมีเจตนาที่จะดึงเขากลับมายังปารากวัย ก็ตาม ^{[ 6 ] [ 7 ]}เขาได้รับเสื้อหมายเลข 24 สำหรับฤดูกาล 2012–13 และลงเล่นนัดแรกในเกมที่แพ้คาบ้านให้กับ เอสตูดิอันเตส เด ลา ปลาตา 2–1 เมื่อวันที่ 6 สิงหาคม พ.ศ. 2555 ^{[ 8 ]}

เมื่อวันที่ 14 มิถุนายน 2015 ซานตานเดอร์เซ็นสัญญากับ สโมสร เอฟซี โคเปนเฮเกนทีม ในลีก ซูเปอร์ลีกเดนมาร์ก เป็นเวลา 5 ปี ^{[ 9 ] [ 10 ]}เขาเข้าร่วมสโมสรหลังจากจบการแข่งขันโคปาลิเบอร์ ตาดอเร สกับกัวรานี เขาประเดิมสนามในลีกเมื่อวันที่ 2 สิงหาคม 2015 ในเกมกับ ซอน เดอร์ยิสเก้โดยทำแอสซิสต์ 2 ครั้งให้กับโธมัส เดลานีย์และวิลเลียม ควิสต์สามวันต่อมา เขาทำประตูแรกได้ในเกมที่แพ้เอฟเค ยาโบลเนค 3-2 ​​ทำให้โคเปนเฮเกนไม่ผ่านเข้ารอบแบ่งกลุ่มยูฟ่า ยูโรปา ลีก^{[ 11 ]}เมื่อวันที่ 16 พฤษภาคม 2016 เขาทำประตูได้ 2 ประตู ช่วยให้สโมสรของเขาชนะเอฟซี นอร์ดสเยลลันด์ 2-0 ซึ่งทำให้โคเปนเฮเกนคว้าแชมป์ลีก^{[ 12 ]}ในฤดูกาลแรกของเขาในโคเปนเฮเกน เขากลายเป็นผู้ทำประตูสูงสุดอันดับ 3 ด้วย 14 ประตูและ 4 แอสซิสต์

เมื่อวันที่ 24 สิงหาคม 2559 ประตูของซานตานเดอร์ในการแข่งขันรอบคัดเลือกของโคเปนเฮเกนกับสโมสรAPOEL จากไซปรัส ทำให้สโมสรของเขาได้สิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขันแชมเปี้ยนส์ลีกฤดูกาล 2016–17 ^{[ 13 ] [ 14 ]}

ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2561 ซานตานเดอร์ได้เซ็นสัญญากับสโมสร โบโลญญาของอิตาลีเป็นเวลา 4 ปีด้วยมูลค่า 6 ล้านยูโร^{[ 15 ]}

เมื่อวันที่ 2 สิงหาคม พ.ศ. 2565 ซานแทนเดอร์ย้ายไปเรจจินาด้วยสัญญาหลายปี^{[ 16 ]}

ณ วันที่แข่งขัน 10 มิถุนายน 2023 ^{[ 19 ]}

ตารางคะแนนและผลการแข่งขันแสดงจำนวนประตูที่ปารากวัยทำได้ก่อน โดยคอลัมน์คะแนนจะแสดงคะแนนหลังจากที่ซานตานเดอร์ทำประตูได้แต่ละครั้ง

รายชื่อประตูระดับนานาชาติที่เฟเดริโก ซานตานเดร์ทำได้^{[ 20 ]}

เลขที่	วันที่	สถานที่จัดงาน	ฝ่ายตรงข้าม	คะแนน	ผลลัพธ์	การแข่งขัน
1	4 มิถุนายน 2554	เอสตาดิโอ รามอน ตาฮุยชี อากีเลรา , ซานตา ครูซ เด ลา เซียร์รา , โบลิเวีย	โบลิเวีย	2–0	2–0	เป็นกันเอง
2	20 พฤศจิกายน 2561	โมเสส มาบิดา สเตเดี้ยม , เดอร์บาน , แอฟริกาใต้	แอฟริกาใต้	1–0	1–1	เป็นกันเอง