เส้นทางทั้งหมดที่บริหารจัดการโดย Ferrobaires นั้น เดิมทีเคยดำเนินการโดยFerrocarriles Argentinosซึ่งเป็นบริษัทการรถไฟโดยสารแห่งชาติของประเทศ หลังจากที่ Ferrocarriles Argentinos ถูกแปรรูปเป็นเอกชนตั้งแต่ปี 1989 บริการรถไฟหลายแห่งทั่วประเทศอาร์เจนตินาจึงถูกระงับอย่างไม่มีกำหนด ในปี 1992 ผู้ว่าการจังหวัดบัวโนสไอเรส เอดูอาร์โด ดูฮัลเด ได้ลงนามในพระราชกฤษฎีกา 560/91 ซึ่งบัวโนสไอเรสได้ร้องขอให้รัฐบาลกลางโอนการดำเนินงานของเส้นทางรถไฟที่ถูกปิดใช้งานระหว่างปี 1961 ถึง 1992 ซึ่งประกอบด้วยเส้นทางรถไฟมากกว่า 5,500  กิโลเมตร บัวโนสไอเรสเสนอที่จะร่วมมือกับรัฐบาลท้องถิ่นอื่นๆ เพื่อจัดตั้งบริษัทที่ดำเนินการบริการรถไฟเหล่านั้น

เมื่อวันที่ 28 เมษายน พ.ศ. 2535 บัวโนสไอเรสได้ร้องขอการโอนสายและสาขาที่ไม่ได้ใช้งานจำนวน 52 แห่งอย่างเป็นทางการ ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2536 ได้มีการจัดตั้ง "Unidad Ejecutora del Programa Ferroviario Provincial" (UEPFP) ขึ้น^{[ 6 ]}ตามพระราชกฤษฎีกาหมายเลข 99/93 ^{[ 1 ]}อย่างไรก็ตาม UEPFP ได้ปิดสายรถไฟหลายสาย โดยเฉพาะอย่างยิ่งในช่วงวิกฤตการณ์ทางการเงินในปี พ.ศ. 2544 ^{[ 7 ]}

ตามพระราชกฤษฎีกาแห่งชาติหมายเลข 1168/1992 และ 770/1993 รัฐบาลอาร์เจนตินา ได้โอนการดำเนินงานของสายรถไฟหลายสายใน จังหวัดบัวโนสไอเรสลาปัมปาและริโอเนโกรให้แก่รัฐบาลจังหวัดบัวโนสไอเรส

เส้นทางที่ Ferrobaires จะดำเนินการ ได้แก่ เส้นContituciónถึง เส้น Mar del Plata , เส้นBahía Blanca , Bariloche , QuequénและBolívar ; เส้นOlavarríaถึงBahía Blanca; ครั้งหนึ่งถึงGeneral Villegas , Toay, General Picoและ Darragueira line; สาย Retiro (San Martín)ถึง Alberdi และJunín ; และสายFederico LacrozeถึงRojas

Ferrobaires ได้เปิดใช้งานเส้นทางรถไฟบางสายที่ถูกทิ้งร้างมานานหลายปีอีกครั้ง (เช่น เส้นทาง Mar del Plata – MiramarและGral. Guido – Gral. Madariagaซึ่งปิดให้บริการในปี 1978) ^{[ 8 ]}และยังได้สร้างและเปิดสถานีใหม่ ("Divisadero de Pinamar " ซึ่งมาแทนที่สถานีเดิม) บนเส้นทาง Gral. Guido–Vivoratá ในปี 1996 รถไฟกลับมาวิ่งไปยัง Pinamar อีกครั้งหลังจากหยุดให้บริการไป 29 ปี^{[ 9 ]}

อย่างไรก็ตาม เส้นทางเหล่านั้นจะถูกปิดอีกครั้งเนื่องจากขาดการบำรุงรักษาและขาดแคลนรถไฟ เส้นทางสาขาไปยังปินามาร์ถูกปิดในเดือนเมษายน พ.ศ. 2554 และยังคงปิดอยู่^{[ 10 ]}

ในช่วงต้นปี 2549 กระทรวงการวางแผนแห่งชาติพิจารณาที่จะเข้าควบคุมบริษัทเพื่อแปรรูปเป็นเอกชนอีกครั้ง แต่รัฐบาลท้องถิ่นของเฟลิเป โซลาปฏิเสธที่จะอนุญาตให้เรื่องนี้เกิดขึ้น โดยให้เหตุผลว่าภายใต้การควบคุมของรัฐท้องถิ่น บริษัทดำเนินงานได้อย่างมีประสิทธิภาพมากและมีค่าโดยสารต่ำ

เมื่อวันที่ 8 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2550 รัฐบาลจังหวัดตกลงที่จะโอนบริการทั้งหมดให้กับรัฐบาลแห่งชาติเพื่อให้สายยังคงใช้งานได้^{[ 11 ]}เนื่องจากบริการหลายอย่างบนสายเหล่านี้มักถูกขัดจังหวะบ่อยครั้งเนื่องจากปัญหาทางเทคนิค อย่างไรก็ตาม ข้อตกลงนี้ไม่เคยถูกนำไปปฏิบัติ และ Ferrobaires ยังคงดำเนินการโดยจังหวัดต่อไป^{[ 7 ] [ 12 ]}

ในปี 2011 Ferrobaires ได้รับการวิพากษ์วิจารณ์อย่างกว้างขวางจากผู้ใช้และนักข่าวเนื่องจากปัญหาการดำเนินงานที่รุนแรงในการพยายามให้บริการรถไฟประเภทต่างๆ^{[ 7 ] [ 13 ]}

ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2558 Ferrobaires ประกาศการกลับมาเปิดให้บริการอีกครั้งของบริการจากPlaza ConstituciónไปยังPinamarซึ่งถูกระงับไปในปี พ.ศ. 2553 ^{[ 14 ]}โดยมีบริการสัปดาห์ละ 1 เที่ยว^{[ 15 ]}และมีจุดจอดระหว่างทางที่ Santo Domingo, Segurola, Monsalvo และ Invernadas และ Gral. Madariaga ^{[ 16 ]}บริการดังกล่าวเริ่มดำเนินการอีกครั้งในวันที่ 17 กรกฎาคม^{[ 17 ]}

ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2559 หลังจากรถไฟ Ferrobaires ชนกับ รถไฟบรรทุกสินค้า Belgrano Cargas y Logísticaในเมือง Rawson ซึ่งเป็นเมืองในเขต Chacabucoรัฐบาลจังหวัดบัวโนสไอเรสภายใต้การนำของMaría Eugenia Vidalได้สั่งระงับการให้บริการทั้งหมด (รวม 8 เส้นทาง) ที่ดำเนินการโดย Ferrobaires การตัดสินใจดังกล่าวเกิดขึ้นโดยอ้างว่า "จำเป็นต้องรักษาความปลอดภัยของผู้โดยสารและผู้ให้บริการ" ^{[ 18 ]}

อย่างไรก็ตาม มีการประกาศว่าบริการจาก Constitución ไปยัง Mar del Plata จะยังคงดำเนินการต่อไป เนื่องจากจะถูกโอนไปยังรัฐบาลแห่งชาติ ในทำนองเดียวกัน รายงานของ "Auditoría General de la Nación" (สำนักงานตรวจสอบบัญชีแห่งชาติของอาร์เจนตินา) เปิดเผยว่าขบวนรถ รางรถไฟ และระบบสัญญาณเสื่อมโทรมอย่างมากเนื่องจากขาดการบำรุงรักษา ณ เดือนมิถุนายน 2016 การดำเนินงานบริการของ Ferrobaires มีค่าใช้จ่าย 1,200 ล้าน ดอลลาร์สหรัฐต่อปี โดยมีรายได้ต่อปีเพียง 60 ล้านดอลลาร์สหรัฐ^{[ 5 ]}

ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2559 มีการประกาศว่า Ferrobaires จะถูกปิดตัวลง และบุคลากรและโครงสร้างพื้นฐานทั้งหมดจะถูกโอนไปยังรัฐบาลแห่งชาติ [ ^{19 ] ซึ่ง}เป็นกระบวนการที่เคยพยายามทำแต่ไม่สำเร็จในปี พ.ศ. 2550 ^{[ 20 ]}บริการผู้โดยสารที่เคยดำเนินการโดยฝ่ายบริหารส่วนภูมิภาค (ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2536) จะดำเนินการโดยOperadora Ferroviaria Sociedad del Estado (SOFSE) ^{[ 21 ]}ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2561 ผู้ว่าการ Vidal ได้ลงนามในพระราชกฤษฎีกาเพื่อโอนบริการและทรัพย์สินของ Ferrobaires ไปยังรัฐบาลแห่งชาติ^{[ 3 ] [ 2 ]}

บริการที่ SOFSE เข้ามารับช่วงต่อ ได้แก่ เส้นทางต่อไปนี้: Plaza Constitución ไปยัง Bahía Blanca, Bariloche, Quequén และ Bolívar; Olavarría ไปยัง Bahía Blanca; Once ไปยัง Toay, General Pico, General Villegas, Darregueira และ Lincoln; Lincoln ไปยัง Villegas และ Pasteur; Retiro ไปยัง Alberti และ Junín; Federico Lacroze ไปยัง Rojas บริการทั้งหมดนี้เป็นส่วนหนึ่งของชุดบริการรถไฟดั้งเดิมที่โอนไปยังจังหวัดบัวโนสไอเรสในปี 1992 เส้นทาง Mar del Plata – Miramar และ General Guido – General Madariaga (ไม่ได้รวมอยู่ในพระราชกฤษฎีกาฉบับที่ 1168/92 เดิม) ^{[ 21 ]}ได้รับการจัดตั้งขึ้นใหม่โดยรัฐบาลจังหวัดหลังจากการโอนบริการ^{[ 22 ]}