สโมสรฟุตบอลเวียนนาแห่งแรกก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 22 สิงหาคม พ.ศ. 2437 ในเมืองดอบลิงทำให้เป็นสโมสรฟุตบอลที่เก่าแก่ที่สุดในออสเตรีย^{[ 1 ]}สีประจำสโมสรคือสีน้ำเงินและสีเหลือง ซึ่งได้มาจาก ชุดแข่งม้า ของตระกูลรอธส์ไชลด์ส่วน โลโก้ รูปสามเหลี่ยมนั้นออกแบบโดยวิลเลียม บีล นักเตะชาวแมนซ์^{[ 2 ]} เมื่อวันที่ 15 พฤศจิกายน พ.ศ. 2437 เวียนนาได้ลงเล่นแมตช์อย่างเป็นทางการนัดแรก ซึ่งแพ้ให้กับ สโมสรคริกเก็ตและฟุตบอลเวียนนาด้วยคะแนน0-4 ^{[ 3 ]}

สโมสรคว้าถ้วยชาเลนจ์คัพในปี พ.ศ. 2442 และ พ.ศ. 2443 ซึ่งเป็นหนึ่งในทัวร์นาเมนต์ระดับนานาชาติครั้งแรกในยุโรปกลาง^{[ 4 ]}

เวียนนาประสบความสำเร็จอย่างมากในช่วงปลายทศวรรษ 1920 และทศวรรษ 1930 โดยคว้าแชมป์ออสเตรียนคัพในปี 1929 และ 1930 แชมป์ออสเตรียนแชมเปี้ยนชิพในปี 1931 และ 1933 และแชมป์มิโทรปาคัพในปี 1931 โดยไม่แพ้ใครเลยตลอดการแข่งขัน^{[ 5 ]}ทีมยังคว้าแชมป์ออสเตรียนคัพอีกครั้งในปี 1937

หลังจากการผนวกออสเตรียเข้ากับเยอรมนีในปี 1938 เวียนนาได้เล่นในลีกGauliga Ostmarkพวกเขาคว้าแชมป์ลีกในปี 1942, 1943 และ 1944 และเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศของลีกเยอรมันในปี 1942 (แพ้ให้กับชาลเก้ 04 ด้วยคะแนน 0–2 ) ในปี 1943 สโมสรกลายเป็น ผู้ชนะเลิศถ้วยเยอรมัน ( Tschammerpokal ) โดยเอาชนะลุฟท์วาฟเฟน-เอสวี ฮัมบูร์ก 3–2 หลังต่อเวลาพิเศษ^{[ 6 ]}

หลังจากออสเตรียได้รับเอกราชคืน เวียนนาได้ครองแชมป์ออสเตรียในปี พ.ศ. 2498 โดยเอาชนะWiener Sport-Clubด้วยผลต่างประตูได้เสีย^{[ 7 ]}

ตั้งแต่ทศวรรษ 1960 เวียนนาต้องเผชิญกับการตกชั้นหลายครั้ง พวกเขากลับมาสู่ลีกสูงสุดอีกครั้งในปี 1986 และไฮไลท์สำคัญคือการ ได้เข้าร่วม ยูฟ่าคัพ สองครั้ง (1988–89, 1989–90) ^{[ 4 ]}

เวียนนาเข้าถึง รอบชิงชนะ เลิศฟุตบอลถ้วยออสเตรียในปี 1997 (แพ้ให้กับสตวร์ม กราซ 1-2 ) แต่ปัญหาทางการเงินกลับทวีความรุนแรงขึ้น ในปี 2000 สโมสรตกชั้นไปอยู่ในRegionalliga Ost (ลีกระดับสาม) ในปี 2017 หลังจากที่สปอนเซอร์ Care-Energy ล้มละลาย สโมสรจึงเข้าสู่กระบวนการล้มละลาย และถูกศาลสั่งให้ลดชั้นไปอยู่ในลีกระดับห้า^{[ 8 ]}

หลังจากการประกาศในเดือนพฤษภาคม 2017 Vienna FC ได้รับการสนับสนุนจาก UNIQA ทำให้สามารถยุติกระบวนการล้มละลายและหลีกเลี่ยงการล้มละลายได้^{[ 9 ]}

Vienna FC ได้รับสปอนเซอร์เพิ่มอีกรายในเดือนกันยายน 2020 จากIMMOunitedซึ่งกลายเป็นพันธมิตรหลักของอะคาเดมีเยาวชนของ First Vienna FC 1894 ^{[ 10 ]}

แม้จะประสบปัญหาทางการเงิน เวียนนาก็เริ่มไต่ระดับกลับขึ้นมาได้ โดยคว้าแชมป์ 2. Landesliga Wien ในปี 2019 และต่อมาได้เลื่อนชั้นสู่ Regionalliga Ost (2021) และAustrian Second Leagueในปี 2022 ^{[ 11 ]}