The Embargo Act of 1807 was a general embargo enacted by the United States Congress against Great Britain and France for actions during the Napoleonic Wars under Great Britain's Orders in Council (1807), and the second attempt at building a fort to protect the town and port at Beaufort, North Carolina began as a part of the United States Government's program to build a national defense chain of coastal fortifications. This program was later called the Second System of US fortifications. Thus construction began on Fort Hampton, a small masonry fort with a horseshoe-shaped parapet facing the channel. The parapet was seven feet high and made using oyster shell cement called tabby, or tapia. The parapet wall was fourteen feet thick at its base, tapering down to eight feet as the wall rose to its top. Located behind the parapet was a gun platform 23 feet wide where there were to be five 18-pounder cannons mounted. Each cannon could fire an 18-pound iron shot with an estimated effective range of just under one mile.

At the rear of this fort at the two prongs of the horseshoe were located, the walls were eighteen inches thick at the top and were loopholed for riflemen to fire their rifles through. Connecting the two prongs and enclosing the fortification's rear was a two-story barracks roughly 82 feet long and 30 feet wide. Each story contained five 13×16-foot rooms, three laid out for enlisted men and two for the fort's officers. The barracks could accommodate a single company consisting of fifty men. Beside the barracks on the right-hand prong was a small 15×16-foot brick building for a gunpowder magazine. From rear wall to front the fort was 90 feet long, 123 feet wide and had a perimeter of about 440 feet.

ในเดือนกรกฎาคม สหรัฐอเมริกาเข้าร่วมสงครามปี 1812และทหารของป้อมแฮมป์ตันได้ถอนกำลังออกจากป้อมไปปฏิบัติหน้าที่อื่นในสงคราม อย่างไรก็ตาม ผู้ว่าการรัฐนอร์ทแคโรไลนา วิลเลียม ฮอว์กินส์ ได้สั่งให้กองกำลังอาสาสมัครท้องถิ่น 4 กองร้อยเข้าประจำการในป้อมและบริเวณท่าเรือโดยรอบเพื่อเตรียมรับมือกับการโจมตีของอังกฤษ เมื่อไม่มีการโจมตีเกิดขึ้น กองกำลังอาสาสมัครจึงถูกถอนออกไปจนถึงเดือนพฤศจิกายนปี 1812 เมื่อกองทหารราบที่ 10 ของสหรัฐฯ เข้ามาประจำการและอยู่ที่นั่นเป็นเวลา 9 เดือน จนกระทั่งถูกย้ายไปประจำการที่อื่นในเดือนมิถุนายนปี 1813 ในเดือนกรกฎาคมปี 1813 อังกฤษได้โจมตีอ่าวโอคราโคกในเวลานั้นกองกำลังอาสาสมัครของนอร์ทแคโรไลนาจึงถูกเรียกตัวกลับมาเพื่อปกป้องโบฟอร์ตและผลประโยชน์ของรัฐ อาวุธของป้อมได้รับการเพิ่มขึ้นด้วยการเพิ่มปืนใหญ่ขนาด 6 ปอนด์สองกระบอกและปืนใหญ่ขนาด 4 ปอนด์หนึ่งกระบอก เพื่อเสริมปืนใหญ่ขนาด 18 ปอนด์หลักที่มีอยู่แล้วในป้อม ในปี ค.ศ. 1814 หลังจากความขัดแย้งภายในอย่างหนัก รัฐนอร์ทแคโรไลนาได้โน้มน้าวให้กระทรวงกลาโหมสหรัฐฯเข้ายึดป้อมปราการด้วยกองกำลังของรัฐบาลกลาง กระทรวงกลาโหมได้ส่งกองกำลังทหารราบที่ 43 ของสหรัฐฯ มาประจำการ และอยู่ที่นั่นจนกระทั่งสงครามสิ้นสุดลง

ในช่วงปี ค.ศ. 1820 และ 1821 วิศวกรที่สำรวจป้อมได้สังเกตว่าระดับน้ำขึ้นสูงสุดได้รุกคืบมาจนถึงจุดที่ท่วมฐานด้านหน้าโค้งมนของป้อมแล้ว อย่างไรก็ตาม ความสนใจในป้อมแฮมป์ตันมีจำกัด เนื่องจากในขณะนั้นรัฐบาลกลางได้เริ่มก่อสร้างป้อมปราการถาวรหลายแห่งสำหรับระบบป้องกันชายฝั่งทะเลแบบใหม่ของสหรัฐอเมริกาซึ่งรู้จักกันในชื่อระบบที่สามป้อมแฮมป์ตันถูกรื้อถอนเนื่องจากด้านหน้าและชายหาดที่โบกพอยต์กำลังถูกกัดเซาะ ระหว่างการสำรวจในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1826 ระดับน้ำขึ้นสูงสุดอยู่ห่างจากจุดที่ป้อมแฮมป์ตันตั้งอยู่ไปทางด้านหลังกว่า 200 ฟุต ในปี ค.ศ. 1834 ป้อมแฮมป์ตันตั้งอยู่ในอ่าวโบฟอร์ตในปัจจุบัน ตามแนวร่องน้ำเดินเรือที่มีความลึก 12 ฟุต

เดิมที วิศวกรได้กำหนดให้ป้อมใหม่ที่โบกพอยต์อยู่ห่างจากป้อมแฮมป์ตันไปทางทิศตะวันตกเฉียงใต้ 130 ฟุต แต่ในปี 1826 เมื่อป้อมแฮมป์ตันเข้ามาอยู่ในร่องน้ำแล้วกองทัพวิศวกรของสหรัฐฯจึงตัดสินใจย้ายไปทางทิศตะวันตกของป้อมแฮมป์ตัน 300 หลา ซึ่งปัจจุบันเป็นที่ตั้งของป้อมมาคอน

สงครามปี 1812 แสดงให้เห็นถึงความอ่อนแอของระบบป้องกันชายฝั่งที่มีอยู่เดิมของสหรัฐอเมริกา และกระตุ้นให้รัฐบาลสหรัฐฯ พัฒนาระบบป้องกันชายฝั่งที่ดีขึ้นโดยการสร้างป้อมปราการชายฝั่งเป็นเครือข่าย ป้อมมาคอนในปัจจุบันเป็นส่วนหนึ่งของเครือข่ายนี้ จุดประสงค์ของป้อมมาคอนคือการป้องกันปากอ่าวโบฟอร์ตและท่าเรือโบฟอร์ต ซึ่งเป็นท่าเรือน้ำลึกที่สำคัญเพียงแห่งเดียวของรัฐนอร์ทแคโรไลนา

ป้อมมาคอนตั้งชื่อตาม นาธาเนียล มาคอนสมาชิกวุฒิสภาสหรัฐฯ จากรัฐนอร์ทแคโรไลนาผู้จัดหาเงินทุนในการก่อสร้าง ป้อมแห่งนี้ได้รับการออกแบบโดยพลจัตวาไซมอน เบอร์นาร์ดและสร้างโดยกองวิศวกรกองทัพบกสหรัฐฯการก่อสร้างเริ่มขึ้นในปี 1826 และกินเวลาแปดปี ภายใต้ระบบป้อมปราการที่สามของสหรัฐฯ ป้อมสร้างเสร็จสมบูรณ์ในเดือนธันวาคม 1834 และได้รับการปรับปรุงเพิ่มเติมในช่วงปี 1841-1846 ค่าใช้จ่ายทั้งหมดของป้อมอยู่ที่ 463,790 ดอลลาร์ ในช่วงทศวรรษ 1840 ระบบควบคุมการกัดเซาะได้รับการออกแบบครั้งแรกโดยโรเบิร์ต อี. ลีผู้ซึ่งต่อมาได้เป็นนายพลของกองทัพฝ่ายใต้แห่งเวอร์จิเนียเหนือ ในช่วงเริ่มต้นของสงครามกลางเมืองนอร์ทแคโรไลนายึดป้อมจากกองกำลังฝ่าย เหนือ ป้อมถูกโจมตีอีกครั้งในปี 1862 และตกกลับไปอยู่ในมือของฝ่ายเหนือ ตลอดช่วงสงคราม ป้อมแห่งนี้ทำหน้าที่เป็นสถานีเติมถ่านหินสำหรับเรือรบของกองทัพเรือ บ่อยครั้งที่จ่าสิบเอกฝ่ายสรรพาวุธซึ่งทำหน้าที่ดูแลป้อม เป็นเพียงคนเดียวที่ประจำการอยู่ที่ป้อมนั้น