ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2465 เกิดการเผชิญหน้าครั้งใหญ่ระหว่างกองทัพแห่งชาติที่มีกำลังพลมากถึง 700 นายกับIRA ที่ต่อต้านสนธิสัญญา ในเมืองลิเมอริกเกี่ยวกับการแย่งชิงค่ายทหารที่ทหารอังกฤษกำลังจะถอนกำลังออกไป สถานการณ์คลี่คลายลงชั่วคราวในเดือนเมษายน เมื่อทั้งสองฝ่ายตกลงที่จะเข้าครอบครองค่ายทหารฝ่ายละสองแห่ง^{[ 5 ]}ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2465 พลจัตวาจอร์จ อดัมสันหนึ่งในผู้ก่อตั้งกองทัพแห่งชาติ ถูก IRA ยิงเสียชีวิตในเมืองแอธโลนในต้นเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2465 เกิดการปะทะกันที่รุนแรงยิ่งกว่าในเมืองคิลเคนนีเมื่อ IRA เข้ายึดครองใจกลางเมือง และกองทัพแห่งชาติ 200 นายถูกส่งมาจากดับลินเพื่อสลายการชุมนุม^{[ 6 ]}มีผู้เสียชีวิต 18 คนในการต่อสู้ที่คิลเคนนี เพื่อหลีกเลี่ยงสงครามกลางเมืองเต็มรูปแบบ ทั้งสองฝ่ายตกลงที่จะสงบศึกในวันที่ 3 พฤษภาคม พ.ศ. 2465

เมื่อวันที่ 14 เมษายน พ.ศ. 2465 ทหาร IRA ฝ่ายต่อต้านสนธิสัญญาจำนวน 200 นาย นำโดยRory O'Connorได้เข้ายึดครองFour Courtsและอาคารอื่นๆ อีกหลายแห่งในใจกลางกรุงดับลิน ในเวลานั้น Collins กำลังจัดหาอาวุธของอังกฤษให้กับ IRA ฝ่ายต่อต้านสนธิสัญญาเพื่อใช้ในไอร์แลนด์เหนือ^{[ 7 ]}เมื่อวันที่ 27 มิถุนายน พ.ศ. 2465 กองกำลัง IRA ที่ Four Courts ได้ลักพาตัวJJ "Ginger" O'Connellนายพลในกองทัพแห่งชาติ หลังจากที่ Leo Henderson อาสาสมัคร IRA ถูกจับกุมในข้อหายึดรถยนต์เพื่อใช้ในไอร์แลนด์เหนือ หลังจากที่ให้คำขาดครั้งสุดท้ายแก่กองกำลัง Four Courts ให้ออกจากอาคาร กองทัพฝ่ายสนับสนุนสนธิสัญญาตัดสินใจยุติการเผชิญหน้าโดยการยิงปืนใหญ่ใส่กองกำลัง Four Courts จนยอมจำนน: เวลา 4.29 น. ของวันที่ 28 มิถุนายน พ.ศ. 2465 ปืน ใหญ่ขนาด 18 ปอนด์ที่ยืมมาจากกองทัพอังกฤษได้เปิดฉากยิงใส่ Four Courts บางครั้งมีการสันนิษฐานว่ารัฐบาลชั่วคราวแต่งตั้งไมเคิล คอลลินส์เป็นผู้บัญชาการทหารสูงสุดของกองทัพแห่งชาติ แต่ไม่มีหลักฐานใดสนับสนุนข้อกล่าวอ้างนี้นี่คือจุดที่ไม่อาจหวนกลับและถือเป็นจุดเริ่มต้นของสงครามกลางเมืองไอร์แลนด์ [ ^{8 ] กอง}กำลัง IRA ในโฟร์คอร์ทส์ ซึ่งมีเพียงอาวุธขนาดเล็ก ยอมจำนนหลังจากถูกยิงถล่มเป็นเวลาสองวัน และอาคารต่างๆ ก็ถูกกองทหารของกองทัพแห่งชาติบุกโจมตีการต่อสู้ยังคงดำเนินต่อไปในดับลินจนถึงวันที่ 5 กรกฎาคม พ.ศ. 2465เมื่อหน่วย IRA จากกองพลดับลินที่นำโดยออสการ์ เทรย์ เนอร์ เข้า ยึดครองถนนโอคอนเน ลล์ ทำให้เกิดการต่อสู้บนท้องถนนอีกหนึ่งสัปดาห์ การต่อสู้ครั้งนี้ทำให้ทั้งสองฝ่ายสูญเสีย โดยมีผู้เสียชีวิต 65 คนและบาดเจ็บ 280 คน

The British supplied artillery, aircraft, armoured cars, machine guns, small arms and ammunition to the National Army.^[9] Michael Collins, Richard Mulcahy and Eoin O'Duffy planned a nationwide offensive, sending columns overland to take Limerick and Waterford and seaborne forces to Counties Cork, Kerry and Mayo. The only true conventional battle during the offensive was the Battle of Killmallock. Collins was killed in an ambush by IRA forces at Béal na Bláth in County Cork on 22 August 1922; General Richard Mulcahy then took command.

Some of the National Army's most effective troops were the Dublin Guard, who were to the forefront of the Free state offensive in the summer of 1922. The Guard was formed in June 1921 by an amalgamation of the IRA Squad and Dublin IRA Active Service Unit – both pro-Treaty in sympathy due to their links with Michael Collins. Its officers "formed the cadre of the Dublin Guard".^[10] After the onset of civil war, the Guard was rapidly expanded by the recruitment of many more men, including Irish veterans of the British Army.^[11] The Guard acted, particularly in County Kerry, which they occupied after a successful assault on Tralee in August 1922, with fearsome brutality, beginning the summary execution of captured IRA soldiers. The most notorious example of this occurred at Ballyseedy where nine IRA prisoners were tied to a landmine; the detonation killed eight and only left one, Stephen Fuller, who was blown clear by the blast to escape.^[12]

Frank Aiken, IRA Chief of Staff ordered IRA volunteers to dump arms on 24 May 1923, ending the fighting.

With the end of the Civil War, the National Army had grown too big for a peacetime role and was too expensive for the new Irish state to maintain. In addition, many of the civil war recruits were badly trained and undisciplined, making them unsuitable material for a full-time professional army. In the autumn of 1923, the government started to reduce the size of the National Army. This entailed a reduction of 30,000 personnel (including 2,200 officers) by March 1924.

เมื่อวันที่ 3 สิงหาคม พ.ศ. 2466 รัฐอิสระไอร์แลนด์ได้ผ่านพระราชบัญญัติกองกำลังป้องกันประเทศ (บทบัญญัติชั่วคราว) ซึ่งจัดตั้ง "กองกำลังติดอาวุธที่เรียกว่าÓglaigh na hÉireann (ต่อไปนี้จะเรียกว่ากองกำลัง) ซึ่งประกอบด้วยเจ้าหน้าที่ นายทหารชั้นประทับ และพลทหารจำนวนหนึ่งตามที่รัฐสภากำหนดเป็นครั้งคราว" พระราชบัญญัติดังกล่าวระบุว่า "กองกำลังจะจัดตั้งขึ้นตั้งแต่วันที่กำหนดโดยประกาศของสภาบริหารในรัฐสภาไอร์แลนด์ " ^{[ 13 ]}การจัดตั้งกองกำลังป้องกันประเทศเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2467

วันที่นี้ถือเป็นจุดสิ้นสุดของระยะเริ่มต้นของกองทัพแห่งชาติและการจัดตั้งกองกำลังป้องกัน ประเทศอย่างเป็นทางการ ในฐานะ กองกำลังทหารของ รัฐอิสระไอร์แลนด์อย่างไรก็ตาม กองกำลังนี้ไม่ได้เป็นกองกำลังใหม่ กฎหมายระบุไว้อย่างชัดเจนว่ากองกำลังป้องกันประเทศจะมีสถานะทางกฎหมาย องค์กร บุคลากร คำสั่ง และระเบียบข้อบังคับเช่นเดียวกับกองกำลังในช่วงปี 1922–24 ^{[ 14 ] [ 15 ] [ 16 ] [ 17 ]}

กองทหารราบพิเศษ^{[ 18 ]}ก่อตั้งขึ้นในช่วงสุดท้ายของสงครามกลางเมือง เพื่อแก้ไขการยึดครองที่ดินอย่างผิดกฎหมายและปราบปรามการประท้วงของแรงงานเกษตรในมุนสเตอร์และเลนสเตอร์ตอนใต้ รวมถึงแก้ไขการยึดโรงงานโดยคนงานที่ประท้วง^{[ 19 ]}

ในปี พ.ศ. 2467 เจ้าหน้าที่กลุ่มเล็กๆ กลุ่มหนึ่งซึ่งนำโดยอดีตสมาชิกของหน่วย The Squad เป็นหลัก ได้พยายามต่อต้านความพยายามในการปลดประจำการ สถานการณ์นี้พัฒนาไปสู่สิ่งที่เรียกว่า " การก่อกบฏของกองทัพ " ^{[ 20 ]}ซึ่งหลังจากคำขาดแล้ว สถานการณ์ก็คลี่คลายลงอย่างค่อนข้างสงบด้วยการยอมรับอำนาจของรัฐบาล รัฐอิสระ ไอร์แลนด์^{[ 20 ] [ 18 ]}

เครื่องหมายยศเริ่มต้นทำจากผ้าและติดไว้ที่ข้อมือ เครื่องหมายยศบนหมวกติดบนแผ่นรองผ้ารูปเพชร ซึ่งมีสีตามยศ นายทหารฝ่ายเสนาธิการติดแถบสีตามแนวกึ่งกลางของสายสะพายไหล่ กองพัน - สีม่วง กองพลน้อย - สีน้ำตาล กองพล - สีแดง นายทหารฝ่ายเสนาธิการกองบัญชาการใหญ่ติดเครื่องหมายยศรูปเพชรสองสี ร้อยโทและร้อยเอก - สีน้ำเงิน/เหลือง และร้อยโทถึงพันเอก - สีแดง/เหลือง^{[ 23 ] [ 24 ] [ 25 ] [ 26 ]}

เครื่องหมายของนายพล ได้แก่ แถบผ้าบนสายบ่า ปลอกคอ และเพชรบนหมวก

เมื่อวันที่ 31 มกราคม พ.ศ. 2466 ได้มีการจัดเรียงยศและเครื่องหมายใหม่: ^{[ 23 ] [ 24 ]}

• รถหุ้มเกราะโรลส์-รอยซ์ 13 คัน
• รถหุ้มเกราะเพียร์เลส 7 คัน
• รถหุ้มเกราะ Lancia จำนวน 64 คัน

• 1 × Martinsyde Type A Mk2
• 6 × Avro 504 K
• 1 × SE5a
• 8 × บริสตอล เอฟ.2บี
• 4 × Martinsyde F4
• 8 × เดอ ฮาวิลแลนด์ ดีเอช.9

• ปืนไรเฟิลลี-เอนฟิลด์
• ปืนกลลูอิส
• ปืนกลมือทอมป์สัน
• ปืนกลวิคเกอร์ส
• ปืนกลฮอตช์คิส
• ปืนใหญ่ขนาด 18 ปอนด์จำนวน 9 กระบอก(รุ่น Mk I จำนวน 4 กระบอก และรุ่น Mk II จำนวน 5 กระบอก)
• ปืนพกเวบลีย์