เมื่อวันที่ 3 เมษายน พ.ศ. 2539 วอเตอร์สได้รับการแต่งตั้งให้เป็นหัวหน้าโค้ชคนที่ 21 ของมหาวิทยาลัยเคนท์สเตท^{[ 1 ]}เมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม พ.ศ. 2543 วอเตอร์สได้เซ็นสัญญาขยายเวลา 6 ปี^{[ 2 ]}

เมื่อวันที่ 6 เมษายน พ.ศ. 2544 วอเตอร์สได้รับการแต่งตั้งให้เป็นหัวหน้าโค้ชคนที่ 15 ของรัตเกอร์ส^{[ 3 ]}ก่อนหน้านี้เขาเคยเป็นโค้ชที่มหาวิทยาลัยรัตเกอร์สโดยนำทีมสการ์เล็ตไนท์เข้าสู่รอบชิงชนะเลิศของทัวร์นาเมนต์ NIT ในปี พ.ศ. 2547 วอเตอร์สประกาศลาออกจากรัตเกอร์สเมื่อวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2549 และยอมรับเงินชดเชยจากรัตเกอร์สประมาณ 550,000 ดอลลาร์^{[ 4 ] [ 5 ]}เขาลาออกอย่างเป็นทางการหลังจากคุมทีมรัตเกอร์สเป็นนัดสุดท้ายเมื่อวันที่ 16 มีนาคม พ.ศ. 2549 ^{[ 6 ]}

วอเตอร์สได้รับการแต่งตั้งเป็นหัวหน้าโค้ชบาสเกตบอลคนที่ 14 ของมหาวิทยาลัยคลีฟแลนด์สเตทเมื่อวันที่ 6 เมษายน 2549 ^{[ 7 ] [ 8 ]}เมื่อวันที่ 12 กันยายน 2549 เขาได้เซ็นสัญญาโดยมีเงินเดือนพื้นฐาน 225,000 ดอลลาร์ต่อปี ในปี 2551 วอเตอร์สได้รับรางวัลโค้ชแห่งปีของ Horizon League ^{[ 9 ]}เมื่อวันที่ 27 ตุลาคม 2551 วอเตอร์สได้เซ็นสัญญาขยายระยะเวลา 5 ปีกับมหาวิทยาลัยคลีฟแลนด์สเตทโดยมีเงินเดือนพื้นฐาน 283,264 ดอลลาร์ต่อปี^{[ 10 ] [ 11 ]}เมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน 2555 วอเตอร์สได้เซ็นสัญญาขยายระยะเวลา 7 ปีกับมหาวิทยาลัยคลีฟแลนด์สเตทโดยมีเงินเดือนพื้นฐาน 340,000 ดอลลาร์^{[ 12 ] [ 13 ] [ 14 ]}เมื่อวันที่ 7 มีนาคม 2560 แกรี่ วอเตอร์สได้ประกาศเกษียณอายุจากมหาวิทยาลัยคลีฟแลนด์สเตท^{[ 15 ]}