สองปีเต็มหลังจากชัยชนะเหนือโรฮาส เฮอร์นันเดซได้โอกาสชิงแชมป์โลกครั้งแรกกับแดเนียล ลอนดาสในวันที่ 22 พฤศจิกายน 1991 ที่เมืองเอแปร์เนย์ประเทศฝรั่งเศสเฮอร์นันเดซน็อกลอนดาสในยกที่ 9 ต่อหน้าผู้ชมในบ้านเกิดของลอนดาส ทำให้เขากลายเป็นแชมป์โลกรุ่นจูเนียร์ไลท์เวท โดยคว้าแชมป์ที่ว่างอยู่จนถึงขณะนั้น^{[ 7 ]}ในปี 1992 เขาป้องกันตำแหน่งแชมป์ได้สองครั้ง โดยน็อกโอมาร์ คาตารีในยกที่ 6 และเดินทางไปญี่ปุ่นอีกครั้ง เอาชนะผู้ท้าชิง มาสุอากิ ทาเคดะ และยูจิ วาตานาเบะ โดยทาเคดะชนะด้วยคะแนน และวาตานาเบะชนะน็อกในยกที่ 6 ^{[ 8 ]}

ในวันที่ 26 เมษายน 1993 เฮอร์นันเดซป้องกันตำแหน่งอีกครั้งที่อิงเกิลวูด โดยพบกับราอูล เปเรซ อดีต แชมป์ โลกรุ่น เฟเธอร์เวท เฮอร์นันเดซต้องจบลงด้วยผลเสมอทางเทคนิคในรอบแรก นี่เป็นการชิงแชมป์โลกครั้งแรกและครั้งเดียวจนถึงปัจจุบันที่ไม่มีการชกเข้าเป้าเลย ทันทีหลังจากเสียงระฆังดังขึ้น เปเรซใช้ศีรษะโขกเฮอร์นันเดซ ทำให้เปเรซเลือดไหลไม่หยุดจากเส้นเลือดแดงที่หน้าผาก กรรมการจึงเรียกแพทย์สนามมา ซึ่งแพทย์ตัดสินใจว่าควรยุติการชกเนื่องจากเปเรซต้องเข้ารับการผ่าตัดทันที^{[ 9 ]}ในการชกแก้ตัวในวันที่ 28 มิถุนายนปลายปีนั้น เฮอร์นันเดซรักษาตำแหน่งแชมป์โลกไว้ได้ด้วยการน็อกเอาต์ในรอบที่แปด จากนั้นเฮอร์นันเดซก็ปิดท้ายปีด้วยการเอาชนะแฮโรลด์ วอร์เรนด้วยคะแนนเพื่อรักษาตำแหน่งแชมป์ไว้อีกครั้ง ในปี 1994 เฮอร์นันเดซรักษาตำแหน่งแชมป์ไว้ได้สองครั้ง รวมถึงชัยชนะเหนือจิมมี่ การ์เซีย (ซึ่งเสียชีวิตในภายหลังจากการชกกับกาเบรียล รูเอลาส ) เมื่อสิ้นปี 1994 เฮอร์นันเดซเรียกร้องขอชิงแชมป์โลกกับคู่ปรับร่วมเมืองและแชมป์รุ่นไลท์เวทWBO อย่างออสการ์ เดอ ลา โฮยา^{[ 10 ]}

หลังจากป้องกันตำแหน่งได้สำเร็จ 8 ครั้ง เฮอร์นันเดซได้สละตำแหน่งแชมป์รุ่นซูเปอร์เฟเธอร์เวทของ WBA เพื่อเผชิญหน้ากับเดอ ลา โฮยาในปีถัดไป เฮอร์นันเดซเริ่มต้นปี 1995 ด้วยการเอาชนะนักมวยชาวเม็กซิกันชื่อดังอย่างฮอร์เก "มาโรเมโร" ปาเอซด้วยการน็อกเอาต์ในรอบที่ 8 ที่อิงเกิลวูด^{[ 11 ]}

เมื่อวันที่ 9 กันยายน การเผชิญหน้ากันระหว่างเฮอร์นันเดซและเดอ ลา โฮยา เกิดขึ้นที่ลาสเวกัส เฮอร์นันเดซแพ้เป็นครั้งแรกในอาชีพการงาน โดยถอนตัวจากการแข่งขันเมื่อสิ้นสุดยกที่หก จมูกของเขาเลือดออก เขาเดินกลับไปที่มุมของเขา แต่ไม่ได้นั่งลงและส่งสัญญาณให้ทีมงานของเขาว่าเขาไม่ต้องการชกต่อ มีรายงานว่าเขามาเข้าร่วมการแข่งขันโดยที่จมูกได้รับบาดเจ็บจากการซ้อมก่อนหน้านี้^{[ 12 ]}จนกระทั่งการแข่งขันสิ้นสุดลง กรรมการทั้งสามคนให้คะแนนเดอ ลา โฮยานำอยู่ หลังจากความพ่ายแพ้ เฮอร์นันเดซได้พักไปช่วงสั้นๆ แต่ในปี 1996 เขาก็กลับมาขึ้นชกอีกครั้งและชนะสองไฟต์ในปีนั้น^{[ 13 ]}

ในปี 1997 เขาได้ขึ้นชกในไฟต์ที่เกือบจะกลายเป็นไฟต์ที่มีข้อโต้แย้งอีกครั้ง เมื่อเขาท้าชิงตำแหน่งแชมป์ WBC และแชมป์รุ่นซูเปอร์เฟเธอร์เวทของเนลสันกับอาซู มาห์ เนลสัน ที่ เมืองคอร์ปัสคริสตี รัฐเท็กซัส [ ^{14 ] แม้}จะมีคะแนนนำอยู่ทุกกรรมการเมื่อจบยกที่เจ็ด แต่เนลสันก็ชกเข้าที่คอของเขาหลังจากเสียงระฆังดังขึ้น เขาต้องใช้เวลาพักฟื้นจากการถูกชกอย่างผิดกติกา และประธาน WBC โฮเซ่ ซูไลมานได้มาที่มุมของเขาและแจ้งว่าหากเขาไม่สามารถชกต่อได้ เขาจะถูกประกาศให้เป็นผู้ชนะโดยการตัดสิทธิ์^{[ 15 ]}เอร์นันเดซบอกกับซูไลมานทำนองว่าผมอยากชนะแบบที่แชมป์ตัวจริงทำ และเขาก็กลับไปชกต่อในต้นยกที่แปด การชกจบลงหลังจากสิบสองยก และเอร์นันเดซคว้าแชมป์รุ่น ซูเปอร์เฟเธอร์ เวท ได้สำเร็จด้วยการเอาชนะเนลสันด้วยคะแนนเสียงไม่เป็นเอกฉันท์^{[ 16 ]}

เฮอร์นันเดซได้ป้องกันตำแหน่งกับอนาโตลี อเล็กซานดรอฟ, คาร์ลอส เกเรนาและ คาร์ลอส ฟาโมโซ เฮอร์นันเดซซึ่งเป็นเพื่อนร่วมยิมและเพื่อนสนิทที่ต่อมากลายเป็นแชมป์โลกมวยสากลคนแรกของเอลซัลวาดอร์ ในประวัติศาสตร์ ^{[ 17 ]}

ในการชกครั้งสุดท้ายของเขา ในวันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2541 เขาเสียตำแหน่งแชมป์ให้กับฟลอยด์ เมย์เวทเธอร์ จูเนียร์ด้วยการยอมแพ้ในรอบที่ 8 ^{[ 18 ]}

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2541 หลังจากที่เขาได้รับการวินิจฉัยว่าเป็นลิ่มเลือดและกล้ามเนื้ออ่อนแรงฉีกขาด เขาได้ประกาศเลิกชกมวยโดยมีสถิติชนะ 38 ครั้ง แพ้ 2 ครั้ง และเสมอ 1 ครั้ง โดยชนะน็อก 17 ครั้ง เขาตั้งใจจะท้าชิงแชมป์รุ่นไลท์เวท WBC กับเซซาร์ บาซานก่อนที่จะได้รับการวินิจฉัย^{[ 19 ]}