อ่าน 2 นาที
รูปแบบยีน
GenePattern เป็น ซอฟต์แวร์โอเพนซอร์ส ทางชีววิทยาเชิง คำนวณ ที่ใช้งานได้ฟรี ซึ่งเดิมทีถูกสร้างและพัฒนาขึ้นที่ สถาบันบรอด (Broad Institute) เพื่อใช้ในการวิเคราะห์ ข้อมูล จีโนม...
รูปแบบยีน
| รูปแบบยีน | |
|---|---|
 | |
| นักพัฒนา | สถาบันบรอดมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย ซานดิเอโก |
| เวอร์ชันเสถียร | 3.9.11 rc4 b216 / พฤษภาคม 2019 |
| ระบบปฏิบัติการ |
|
| พิมพ์ | การวิเคราะห์จีโนม |
| ใบอนุญาต | บีเอสดี[ 1 ] |
| เว็บไซต์ | www.genepattern.org |
GenePatternเป็น ซอฟต์แวร์โอเพนซอร์ส ทางชีววิทยาเชิงคำนวณ ที่ใช้งานได้ฟรี ซึ่งเดิมทีถูกสร้างและพัฒนาขึ้นที่สถาบันบรอด (Broad Institute)เพื่อใช้ในการวิเคราะห์ ข้อมูล จีโนม GenePattern ถูกออกแบบมาเพื่อช่วยให้นักวิจัยสามารถพัฒนา บันทึก และทำซ้ำวิธีการวิเคราะห์จีโนมได้ โดยเปิดตัวครั้งแรกในปี 2547 ปัจจุบัน GenePattern ได้รับการพัฒนาโดยมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย ซานดิเอโก
ฟังก์ชันการทำงาน
GenePattern คือระบบเวิร์กโฟลว์ทางวิทยาศาสตร์ ที่มีประสิทธิภาพสูง ซึ่งช่วยให้เข้าถึงเครื่องมือวิเคราะห์จีโนมิกส์ได้หลายร้อยรายการ ใช้เครื่องมือวิเคราะห์เหล่านี้เป็นส่วนประกอบในการออกแบบไปป์ไลน์การวิเคราะห์ที่ซับซ้อน ซึ่งจะบันทึกวิธีการ พารามิเตอร์ และข้อมูลที่ใช้ในการสร้างผลลัพธ์การวิเคราะห์ ไปป์ไลน์เหล่านี้สามารถใช้ในการสร้าง แก้ไข และแบ่งปันผลลัพธ์การจำลองในคอมพิวเตอร์ที่สามารถทำซ้ำได้
วัตถุประสงค์ของโครงการ
- การเข้าถึง:สามารถใช้งานเครื่องมือวิเคราะห์และแสดงผลข้อมูลกว่า 200 รายการที่ได้รับการอัปเดตอย่างสม่ำเสมอ (ซึ่งรองรับการประมวลผลข้อมูลเบื้องต้นการวิเคราะห์การแสดงออกของยีนโปรตีโอมิกส์ การวิเคราะห์โพลีมอร์ฟิซึม ของนิวคลีโอไทด์เดี่ยว (SNP) โฟลว์ไซโตเมทรีและการจัดลำดับดีเอ็นเอรุ่นใหม่ ) และสร้างเวิร์กโฟลว์การวิเคราะห์โดยไม่ต้องเขียนโปรแกรมใดๆ ผ่านอินเทอร์เฟซผู้ใช้แบบชี้และคลิก
- ความสามารถในการทำซ้ำ:การติดตามประวัติและที่มาโดยอัตโนมัติ พร้อมการกำหนดเวอร์ชัน เพื่อให้ผู้ใช้ทุกคนสามารถแบ่งปัน ทำซ้ำ และเข้าใจการวิเคราะห์เชิงคำนวณได้อย่างสมบูรณ์
- ความสามารถในการขยาย:ผู้ใช้งานด้านการคำนวณสามารถนำเข้าวิธีการและโค้ดของตนเพื่อแบ่งปันโดยใช้เครื่องมือที่รองรับการสร้างและการผสานรวมได้อย่างง่ายดาย
- อินเทอร์เฟซหลากหลายรูปแบบ:อินเทอร์เฟซผ่านเว็บเบราว์เซอร์ แอปพลิเคชัน และการเขียนโปรแกรม ทำให้โมดูลการวิเคราะห์และไปป์ไลน์พร้อมใช้งานสำหรับผู้ใช้หลากหลายกลุ่ม เซิร์ฟเวอร์ที่โฮสต์แบบสาธารณะ
คุณสมบัติ
- คลังข้อมูลที่มีการอัปเดตอย่างสม่ำเสมอของโมดูลการวิเคราะห์เชิงคำนวณหลายร้อยโมดูลที่สนับสนุนการประมวลผลข้อมูลเบื้องต้นการวิเคราะห์การแสดงออกของยีนโปรตีโอมิกส์ การวิเคราะห์โพลีมอร์ฟิซึม ของ นิ วคลีโอไทด์เดี่ยว (SNP) โฟลว์ไซโตเมตรีและการจัดลำดับแบบอ่านสั้น[ 2 ]
- อินเทอร์เฟซเชิงโปรแกรมที่ทำให้โมดูลการวิเคราะห์พร้อมใช้งานสำหรับนักชีววิทยาเชิงคำนวณและนักพัฒนาจาก Python, Java, MATLAB และ R
- สภาพแวดล้อม GenePattern Notebook : สร้างขึ้นบน สภาพแวดล้อม Jupyter Notebookทำให้ GenePattern Notebook ช่วยให้นักวิจัยสามารถเรียกใช้การวิเคราะห์ GenePattern ภายในโน้ตบุ๊กที่ผสมผสานข้อความ กราฟิก และโค้ดที่สามารถเรียกใช้งานได้ ทำให้เกิดเป็น "เรื่องราวการวิจัย" เดียว
- GParc:คลังเก็บข้อมูลและชุมชนสำหรับผู้ใช้ GenePattern เพื่อแบ่งปันและพูดคุยเกี่ยวกับโมดูล GenePattern ของตนเอง
ความพร้อมใช้งาน
GenePattern พร้อมใช้งานแล้ว:
- ในฐานะแอปพลิเคชันเว็บสาธารณะฟรี[ 3 ]ที่โฮสต์บน Amazon Web Services ผู้ใช้สามารถสร้างบัญชี ดำเนินการวิเคราะห์ และสร้างไปป์ไลน์บนเซิร์ฟเวอร์ได้
- เนื่องจากเป็นซอฟต์แวร์โอเพนซอร์สที่สามารถดาวน์โหลดและติดตั้งในเครื่องได้[ 4 ]
- เว็บเซิร์ฟเวอร์สาธารณะที่โฮสต์โดยองค์กรอื่น[ 5 ]
หมายเหตุ
- ^ "GenePattern: แพลตฟอร์มสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลชีวภาพที่สามารถทำซ้ำได้" . GitHub . 5 พฤศจิกายน 2021.
- ^ Kuehn, Heidi; Liberzon, Arthur; Reich, Michael; Mesirov, Jill P. (มิถุนายน 2551). "การใช้ GenePattern สำหรับการวิเคราะห์การแสดงออกของยีน" Current Protocols in Bioinformatics . 22 (1): 7.12.1–7.12.39. doi : 10.1002/0471250953.bi0712s22 . ISSN 1934-3396 . PMC 3893799 . PMID 18551415 .
- ^ "GenePattern" . cloud.genepattern.org . สืบค้นเมื่อ2012-05-07 .
- ^ "GenePattern: ดาวน์โหลด GenePattern" . Broadinstitute.org. เก็บถาวรจากต้นฉบับเมื่อ 2012-05-09 . เรียกดูเมื่อ2012-05-07 .
- ^ "ใช้ GenePattern" . genepattern.org. 2006-10-07. เก็บถาวรจากต้นฉบับเมื่อ 2012-06-07 . เรียกดูเมื่อ2012-05-07 .
ลิงก์ภายนอก
- เว็บไซต์อย่างเป็นทางการของ GenePattern
- เว็บไซต์โน๊ตบุ๊ค GenePattern อย่างเป็นทางการ
- GParc ถูกเก็บถาวรเมื่อวันที่ 10 ตุลาคม 2017 ที่Wayback Machine
- GenePatternบน GitHub
ซอฟต์แวร์ที่เกี่ยวข้อง:
- จีโนมสเปซ
- โปรแกรมดูข้อมูลจีโนมิกส์แบบบูรณาการ
สรุปเนื้อหา
ข้อมูลสำคัญจากบทความ
ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ รูปแบบยีน
GenePattern เป็น ซอฟต์แวร์โอเพนซอร์ส ทางชีววิทยาเชิง คำนวณ ที่ใช้งานได้ฟรี ซึ่งเดิมทีถูกสร้างและพัฒนาขึ้นที่ สถาบันบรอด (Broad Institute) เพื่อใช้ในการวิเคราะห์ ข้อมูล จีโนม...
ฟังก์ชันการทำงาน
GenePattern คือ ระบบเวิร์กโฟลว์ทางวิทยาศาสตร์ ที่มีประสิทธิภาพสูง ซึ่งช่วยให้เข้าถึงเครื่องมือวิเคราะห์จีโนมิกส์ได้หลายร้อยรายการ ใช้เครื่องมือวิเคราะห์เหล่านี้เป็นส่วนประกอบในการออกแบบไปป์ไลน์การวิเคราะห์ที่ซับซ้อน ซึ่งจะบันทึกวิธีการ พารามิเตอร์...
วัตถุประสงค์ของโครงการ
การเข้าถึง: สามารถใช้งานเครื่องมือวิเคราะห์และแสดงผลข้อมูลกว่า 200 รายการที่ได้รับการอัปเดตอย่างสม่ำเสมอ (ซึ่งรองรับ การประมวลผลข้อมูล เบื้องต้นการวิเคราะห์ การแสดงออกของยีน โปรตีโอมิกส์ การวิเคราะห์โพลีมอร์ฟิซึม ของ นิวคลีโอไทด์เดี่ยว (SNP) โฟลว์ไซโตเมทรี...
คุณสมบัติ
คลังข้อมูลที่มีการอัปเดตอย่างสม่ำเสมอของโมดูลการวิเคราะห์เชิงคำนวณหลายร้อยโมดูลที่สนับสนุนการประมวลผลข้อมูลเบื้องต้นการวิเคราะห์ การแสดงออกของยีน โปรตีโอมิกส์ การวิเคราะห์โพลีมอร์ฟิซึม ของ นิ วคลีโอไทด์เดี่ยว (SNP) โฟลว์ไซโตเมตรี และการจัดลำดับแบบอ่านสั้น [ 2...