ลำดับยีนคือการเรียงสับเปลี่ยนของ การจัดเรียง จีโนมมีการวิจัยจำนวนมากที่พยายามตรวจสอบว่า ลำดับ ยีนวิวัฒนาการตามนาฬิกาโมเลกุล ( สมมติฐานนาฬิกาโมเลกุล ) หรือแบบกระโดด ( สมดุลแบบไม่ต่อเนื่อง ) โดยการเปรียบเทียบลำดับยีนในสิ่งมีชีวิตที่แตกต่างกัน นักวิทยาศาสตร์สามารถสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการโมเลกุล ได้ ^{[ 1 ]}เมื่อสิ่งมีชีวิตมีลำดับยีนที่คล้ายคลึงกัน หมายความว่าพวกมันน่าจะแยกสายวิวัฒนาการกันเมื่อไม่นานมานี้ เรียกว่าซินเทนี

งานวิจัยบางชิ้นเกี่ยวกับลำดับยีนในจีโนมไมโทคอนเดรียของสัตว์เผยให้เห็นว่าอัตราการกลายพันธุ์ของลำดับยีนไม่ได้คงที่ในระดับหนึ่ง^{[ 2 ]}

วิธีการทำแผนที่จีโนมการกำหนดลำดับยีน ได้แก่: ^{[ 3 ] [ 4 ]}

• การทำแผนที่ไฮบริดรังสี
• การทำแผนที่ความเชื่อมโยงทางพันธุกรรม (ความถี่ของการเกิดการรวมตัวใหม่)
• การตรวจหาตำแหน่งของยีนด้วยวิธีฟลูออเรสเซนต์ (FISH)
• การทำแผนที่ข้อจำกัด
• การแมปเนื้อหาเว็บไซต์ที่ติดแท็กตามลำดับ
• การผสมพันธุ์แบบใต้
• พีซีอาร์
• การถอดรหัสลำดับจีโนมทั้งหมด (ซึ่งมีการใช้มากขึ้นเรื่อยๆ เนื่องจากต้นทุนในการถอดรหัสลดลง)

วิธีการทั้งหมดเหล่านี้สามารถนำไปสู่ลำดับยีนหรือลำดับดีเอ็นเอ ซึ่งสามารถใช้ในการระบุและเปรียบเทียบยีนได้