ในการคำนวณทางวิวัฒนาการการจัดเรียงต้นไม้แบบทั่วไปคือปัญหาของการสร้างการจัดเรียงลำดับหลายลำดับและต้นไม้วิวัฒนาการบนชุดลำดับพร้อมกัน แทนที่จะแยกกัน^{[ 1 ]}

ในทางทฤษฎีแล้วการจัดเรียงต้นไม้แบบทั่วไปเป็นปัญหาการหาค่าเหมาะสมที่สุดดังต่อไปนี้

อินพุต : ชุดข้อมูลและฟังก์ชันระยะห่างการแก้ไขระหว่างลำดับ ${\displaystyle S}$${\displaystyle d}$

เอาต์พุต : ใบต้นไม้ที่ติดป้ายกำกับด้วยและติดป้ายกำกับด้วยลำดับที่โหนดภายใน โดยที่มีค่าน้อยที่สุด โดยที่คือระยะทางแก้ไขระหว่างจุดปลายของ^{[ 2 ]}${\displaystyle T}$${\displaystyle S}$${\displaystyle \Sigma _{e\in T}d(e)}$${\displaystyle d(e)}$${\displaystyle e}$

โปรดทราบว่านี่แตกต่างจากการจัดเรียงต้นไม้ซึ่งต้นไม้จะถูกป้อนเป็นข้อมูลเข้า