การคัดเลือกทางจีโนม (GS) ทำนายค่าการผสมพันธุ์ของลูกหลานในประชากรโดยเชื่อมโยงลักษณะ (เช่น ความต้านทานต่อศัตรูพืช) กับคะแนนเครื่องหมายทางพันธุกรรมที่มีความหนาแน่นสูง^{[ 1 ]} GS เป็นวิธีการที่เสนอเพื่อแก้ไขข้อบกพร่องของการคัดเลือกโดยใช้เครื่องหมาย (MAS) ในโปรแกรมการผสมพันธุ์ อย่างไรก็ตาม GS เป็นรูปแบบหนึ่งของ MAS ที่แตกต่างจาก MAS ตรงที่ประเมินเครื่องหมายทางพันธุกรรม แฮพลอไทป์ หรือผลกระทบของเครื่องหมายทั้งหมดตลอดทั้งจีโนมในเวลาเดียวกัน เพื่อคำนวณค่าการผสมพันธุ์ที่ประเมินทางจีโนม (GEBV) ^{[ 1 ]}ศักยภาพของ GS คือการอธิบายความหลากหลายทางพันธุกรรมของโปรแกรมการผสมพันธุ์ผ่านการครอบคลุมเครื่องหมายทั่วทั้งจีโนมในระดับสูงและประเมินผลกระทบของเครื่องหมายเหล่านั้นเพื่อทำนายค่าการผสมพันธุ์^{[ 2 ]}

ตรงกันข้ามกับ MAS ซึ่งเน้นที่เครื่องหมายสำคัญเพียงไม่กี่ตัว GS จะตรวจสอบเครื่องหมายทั้งหมดในประชากรร่วมกัน นับตั้งแต่มีการเสนอ GS ^{[ 1 ]} ครั้งแรก เพื่อนำไปใช้ในประชากรการผสมพันธุ์ GS ได้กลายเป็นทางออกสำหรับข้อบกพร่องของ MAS ^{[ 2 ]}

MAS มีข้อจำกัดหลักสองประการในการประยุกต์ใช้ในการผสมพันธุ์ ประการแรก ประชากรแผนที่แบบสองพ่อแม่ถูกใช้สำหรับการวิเคราะห์ QTL ส่วนใหญ่ ซึ่งจำกัดความแม่นยำ^{[ 3 ] [ 4 ]}นี่เป็นปัญหาเพราะประชากรแบบสองพ่อแม่เพียงประชากรเดียวไม่สามารถแสดงถึงความหลากหลายของอัลลีลและผลกระทบของพื้นฐานทางพันธุกรรมในประชากรการผสมพันธุ์ได้

นอกจากนี้ลักษณะทางพันธุกรรมหลายยีน (หรือลักษณะที่ซับซ้อน) ที่ควบคุมโดยเครื่องหมายที่มีผลกระทบเล็กน้อยหลายตัว เป็นปัญหาอย่างมากสำหรับ MAS วิธีการทางสถิติที่ใช้ในการระบุเครื่องหมายเป้าหมายและการนำ MAS ไปใช้เพื่อปรับปรุงลักษณะทางพันธุกรรมหลายยีนนั้นไม่ประสบความสำเร็จ^{[ 2 ]}