ในขณะที่ Šušak ได้รับการแต่งตั้งเป็นรัฐมนตรี โครเอเชียกำลังเผชิญกับการปะทะอย่างรุนแรงทั่วประเทศ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในภาคตะวันออกของโครเอเชีย การรุกของ JNA มุ่งเน้นไปที่VinkovciและVukovarซึ่ง Šušak เปรียบเทียบกับการรบที่สตาลินกราดและกล่าวว่า "ประชาชนชาวโครเอเชีย 4 ล้านครึ่งคน ด้วยความมุ่งมั่นเช่นนี้ จะไม่มีวันพ่ายแพ้ต่อยานเกราะใดๆ" ^{[ 20 ]}กระทรวงกลาโหมได้ใช้ยุทโธปกรณ์ส่วนใหญ่ที่มีอยู่ในการรบที่แนวรบด้านตะวันออกและในการรบที่ Vukovarกระสุนประมาณ 50-60% ถูกใช้ในพื้นที่ Vukovar ซึ่งกองกำลัง JNA ยึดครองได้ในวันที่ 18 พฤศจิกายน^{[ 21 ]}ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2534 กองกำลังพิทักษ์ชาติโครเอเชีย (ZNG) ซึ่งต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็นกองทัพโครเอเชีย (HV) มีเพียงสามถึงสี่กองพล แต่มีกำลังตำรวจค่อนข้างมาก ด้วยการแต่งตั้งพลเอกอันตอน ทัสเป็นเสนาธิการกองทัพโครเอเชียและการปรับโครงสร้างที่ดำเนินการโดยชูชัค ในช่วงต้นเดือนธันวาคม จึงมีการจัดตั้งกองพลน้อยของกองทัพโครเอเชียขึ้น 60 กองพล^{[ 22 ]}เมื่อวันที่ 25 กันยายนสหประชาชาติได้กำหนดมาตรการคว่ำบาตรอาวุธ รัฐบาลโครเอเชียยังคงซื้ออาวุธต่อไป แต่ก็เริ่มผลิตปืนครก ปืนกล และรถถังของตนเองด้วย^{[ 23 ]}

กองทัพยูโกสลาเวีย (JNA) เข้ายึดครองดินแดนประมาณหนึ่งในสี่ของโครเอเชียภายในสิ้นปี 1991 ซึ่งถูกประกาศให้เป็นส่วนหนึ่งของสาธารณรัฐเซอร์เบียคราจินา (RSK) ^{[ 24 ]}เมื่อวันที่ 2 มกราคม 1992 ชูชักและนายพลอันดริยา ราเชตาแห่ง JNA ได้ลงนามในข้อตกลงหยุดยิงในซาราเยโว ซึ่งมีผลบังคับใช้ในวันถัดไป^{[ 25 ]}ชูชักใช้เวลานั้นในการสะสมอาวุธและเสริมสร้างกองกำลังติดอาวุธ^{[ 23 ]}เขายังให้ความสำคัญกับการสร้างความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดกับสหรัฐอเมริกามากขึ้น^{[ 26 ]}

ในช่วงต้นปี 1992 สงครามได้ลุกลามไปยังบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนาที่อยู่ใกล้เคียง ซึ่งรัฐบาลโครเอเชียได้ช่วยติดอาวุธให้กับสภาป้องกันโครเอเชีย (HVO) ซึ่งเป็นกองทัพโครเอเชียหลัก และกองทัพบอสเนียกแห่งสาธารณรัฐบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนา (ARBiH) กระทรวงกลาโหมได้จัดตั้งศูนย์โลจิสติกส์เพื่อส่งกำลังพล อาวุธ และกระสุนไปยัง ARBiH หน่วย HVO ถูกส่งไปประจำการในบอสเนียโปซาวีนาและเข้าร่วมในปฏิบัติการแจ็กกัลต่อต้าน VRS ^{[ 27 ]}เมื่อวันที่ 18 พฤศจิกายน 1991 ชุมชนโครเอเชียแห่งเฮอร์เซก-บอสเนียได้รับการจัดตั้งขึ้นเป็นหน่วยดินแดนโครเอเชียปกครองตนเอง^{[ 28 ]}ชูชักเป็นหนึ่งในผู้สนับสนุนหลักของเฮอร์เซก-บอสเนียในรัฐบาล^{[ 29 ]}และตามที่นักประวัติศาสตร์มาร์โก อัตติลา โฮเร กล่าวไว้ เขาทำหน้าที่เป็น "ช่องทาง" ในการสนับสนุนของโครเอเชียต่อการแบ่งแยกดินแดนของชาวโครเอเชียในบอสเนีย^{[ 30 ]}ความสัมพันธ์ระหว่างชาวโครเอเชียและชาวบอสเนียกแย่ลงในช่วงปลายปี 1992 ส่งผลให้เกิดสงครามโครเอเชีย-บอสเนียก [ ^{31 ] ใน}ระหว่างสงคราม หน่วย HV ถูกส่งไปประจำการที่แนวหน้าเพื่อต่อต้าน VRS ในเฮอร์เซโกวีนาตะวันออก อาสาสมัครที่มีต้นกำเนิดจากเฮอร์เซก-บอสเนียถูกส่งโดยกระทรวงกลาโหมไปยัง HVO ซึ่งเป็นหน่วยทหารอย่างเป็นทางการของเฮอร์เซก-บอสเนีย^{[ 32 ]}ในช่วงสูงสุด จำนวนเงินจากโครเอเชียที่ให้ทุนสนับสนุน HVO มีมูลค่ามากกว่า 500,000 ดอลลาร์สหรัฐต่อวัน^{[ 33 ]} Šušak สนับสนุนแผน Vance-Owen ที่จะจัดตั้งจังหวัดตามชาติพันธุ์ 10 จังหวัดในบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนา เขาทำงานอย่างใกล้ชิดกับDavid Owen ตัวแทนของ EC ซึ่งได้นำข้อเสนอบางส่วนของเขาไปใช้^{[ 34 ]} เมื่อวันที่ 18 มีนาคม พ.ศ. 2537 ได้มีการลงนาม ข้อตกลงวอชิงตันที่สหรัฐฯ เป็นผู้ไกล่เกลี่ยซึ่งยุติความขัดแย้งระหว่างโครเอเชียและบอสเนียก และก่อตั้งสหพันธ์โครเอเชีย-บอสเนียกขึ้น^{[ 35 ]}

Šušak ไม่ค่อยชอบเจ้าหน้าที่หรือนักการเมืองที่เคยใกล้ชิดกับพรรคคอมมิวนิสต์หรือ JNA ^{[ 36 ]}ในปี 1994 กลุ่มเจ้าหน้าที่ HDZ ซึ่งรวมถึงStjepan Mesićว่าที่ประธานาธิบดีโครเอเชีย ได้ออกจากพรรคเนื่องจากประเด็นนโยบายที่ Mesić และ Manolić ถูกวิพากษ์วิจารณ์ภายใน HDZ Mesić กล่าวว่า Šušak ไม่ชอบเขาเพราะเขามีมุมมองว่าโครเอเชียถูกสร้างขึ้นมาได้ด้วยการต่อสู้ต่อต้านฟาสซิสต์ในช่วงสงครามโลกครั้งที่^สอง [ ^{37 ]}

รัฐบาลบุชวางตัวเป็นกลางในการจัดการกับสงครามในสโลวีเนีย โครเอเชีย และบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนา โดยปล่อยให้สหภาพยุโรปจัดการกับวิกฤต^{[ 38 ]}นโยบายของสหรัฐฯ ในภูมิภาคนี้เปลี่ยนแปลงไปอย่างมากหลังจากการเลือกตั้งของบิล คลินตันเป็นประธานาธิบดีรัฐบาลคลินตันมีท่าทีที่แข็งกร้าวมากขึ้นต่อสโลโบดัน มิโลเชวิช^{[ 39 ]}ชูชักกล่าวหลังสงครามว่า "นโยบายของสหรัฐฯ ในปี 1991 และปัจจุบันนั้นแตกต่างกันราวฟ้ากับดิน วันนี้เราเป็นหุ้นส่วนกัน แต่ในตอนแรกเราเป็นคนที่คอยสั่นคลอนระเบียบที่เอื้อประโยชน์ต่อพวกเขา" ^{[ 40 ]}

รัฐบาลสหรัฐฯ เริ่มทำงานร่วมกับรัฐบาลโครเอเชียอย่างใกล้ชิดในฤดูใบไม้ผลิปี 1994 ^{[ 41 ]} Šušak กลายเป็นบุคคลสำคัญทางการทูตของโครเอเชียที่มีต่อสหรัฐฯ และกระทรวงกลาโหมถูกมองว่าเป็นหน่วยงานหลักในความสัมพันธ์ระหว่างโครเอเชียและสหรัฐฯ [ ^{40 ] เขา}ได้รับการเคารพนับถือจากแวดวงทหารในเพนตากอนโดยเฉพาะอย่างยิ่งจากรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมสหรัฐฯWilliam Perryซึ่งถือว่าเขาเป็น "คนรักษาคำพูด" ^{[ 42 ] [ 41 ]}

ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2537 Šušak ได้ขอความช่วยเหลือทางทหารจาก Perry แต่เนื่องจากมาตรการคว่ำบาตรอาวุธของสหประชาชาติยังคงมีผลบังคับใช้ รัฐบาลสหรัฐฯ จึงแนะนำให้ Šušak ไปติดต่อMilitary Professional Resources Inc. (MPRI) ซึ่งเป็นผู้รับเหมาทางทหารเอกชน เจ้าหน้าที่สหรัฐฯ ที่เกษียณแล้วของ MRPI ได้ให้ความช่วยเหลือทางเทคนิคแก่เจ้าหน้าที่โครเอเชีย^{[ 43 ]}ในวันที่ 29 พฤศจิกายน พ.ศ. 2537 คณะผู้แทนโครเอเชียที่นำโดย Šušak ได้เข้าพบตัวแทนสหรัฐฯ ที่เพนตากอน ซึ่งรวมถึงรัฐมนตรี Perry และพลเอกWesley Clarkมีการลงนามในความร่วมมือทางทหารระหว่างสหรัฐฯ และโครเอเชีย และมีการเจรจาเกี่ยวกับสถานการณ์ในภูมิภาค โดยเฉพาะพื้นที่ Bihać Šušak กล่าวว่าโครเอเชียไม่ต้องการความช่วยเหลือทางทหาร แต่ขอความเข้าใจหากโครเอเชียต้องดำเนินการเพื่อปกป้องพรมแดนของตน^{[ 44 ]}

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2538 ชูชัคได้เดินทางไปเยือนวอชิงตันและแสดงเจตจำนงที่จะเข้ายึดครองดินแดนที่ถูกยึดครองด้วยกำลังทหาร เขาได้รับแจ้งว่าการรุกทางทหารจะเป็นความท้าทายอย่างมาก และสหรัฐฯ ไม่สามารถให้ความช่วยเหลือได้ ในการประชุมที่มิวนิก โฮลบรูกและเพอร์รีได้บอกกับชูชัคว่ากองทัพโครเอเชียขาดกำลังที่จะเอาชนะกองกำลัง RSK ได้^{[ 45 ] [ 46 ]}สหรัฐฯ สนับสนุนความช่วยเหลือของโครเอเชียในการป้องกันบิฮาช แต่ฝ่ายบริหารของคลินตันมีความเห็นแตกแยกกันเกี่ยวกับท่าทีที่จะใช้ในกรณีที่มีการรุกโจมตี RSK ^{[ 47 ]}

กระทรวงกลาโหมมีแผนการที่ทะเยอทะยานเกี่ยวกับการปรับปรุงให้ทันสมัย ​​การจัดระเบียบใหม่ และการติดอาวุธให้กับกองทัพโครเอเชีย มีการใช้เงินประมาณหนึ่งพันล้านดอลลาร์ไปกับอาวุธขนาดเล็กและอาวุธหนัก ซึ่งส่วนใหญ่ซื้อมาจากอดีตประเทศสมาชิกสนธิสัญญาวอร์ซอ MPRI ให้ความช่วยเหลือในการฝึกอบรมเจ้าหน้าที่โครเอเชีย^{[ 48 ]}ตั้งแต่เดือนตุลาคม พ.ศ. 2537 ชูชัคได้นำโปรแกรมการศึกษาใหม่สำหรับนายทหารสัญญาบัตรและนายทหารชั้นประทวนมาใช้ โดยอิงตามแนวปฏิบัติของนาโต^{[ 49 ]}

กองบัญชาการหลักของกองทัพบกคือกองบัญชาการทหารสูงสุดโครเอเชีย (HV General Staff)และอยู่ภายใต้กองบัญชาการนี้ มีเขตกองทัพ 6 เขต ( zborno područjeในซาเกร็บ สปลิต กอสปิช โอซิเยก คาร์โลวัค และบิเยโลวาร์) และเขตการรบ 1 แห่ง รวมถึงกองทัพเรือโครเอเชียกองทัพอากาศโครเอเชีย และหน่วยป้องกันภัยทางอากาศโครเอเชีย เขตกองทัพมักประกอบด้วยกองพลทหารรักษาพระองค์ยานยนต์ 3-6 กองพลทหารราบ 3-6 กรมทหารรักษาพระองค์ ฐานส่งกำลังบำรุง กองพันสนับสนุนปืนใหญ่ หน่วยต่อต้านรถถังและป้องกันภัยทางอากาศ และหน่วยย่อยจำนวนหนึ่ง นอกจากนี้ยังรวมถึงหน่วยสำรองด้วย มีกองพลทหารรักษาพระองค์ 7 กองพล ซึ่งเป็นกำลังหลักของกองทัพบกโครเอเชีย หน่วยสำรองประกอบด้วยกองพลทหารราบ 28 กองพล และกรมทหารรักษาพระองค์ 38 กรมกองทัพรักษาพระองค์โครเอเชียที่ 1ซึ่งก่อตั้งขึ้นในปี 1994 อยู่ภายใต้การบังคับบัญชาโดยตรงของกระทรวงกลาโหม^{[ 50 ]}

ภายในสิ้นปี 1994 การปรับโครงสร้างกองทัพโครเอเชียเสร็จสมบูรณ์ มีกำลังพล 96,000 นาย และปืนใหญ่ขนาด 105 ถึง 203  มม. จำนวน 320 กระบอก กองทัพอากาศโครเอเชียมีเครื่องบิน 40 ลำ และเฮลิคอปเตอร์ 22 ลำ ขณะที่กองทัพเรือมีเรือ 28 ลำ^{[ 51 ]}ในปี 1995 กองทัพถูกจัดตั้งเป็น 8 กองพล และมีกำลังพลรักษาบ้านเกิดรวม 140,000 นาย กระทรวงกลาโหมมีงบประมาณ 5.6 พันล้านดอลลาร์สหรัฐ^{[ 52 ]}งบประมาณด้านกลาโหมสูงสุดในปี 1995 โดยคิดเป็น 11.38% ของ GDP เพิ่มขึ้นจากประมาณ 5% ในปี 1991 และมากกว่า 35% ของงบประมาณแผ่นดิน^{[ 53 ]}กองทัพโครเอเชียกลายเป็นมหาอำนาจระดับภูมิภาค^{[ 54 ]}

ในช่วงปลายเดือนพฤศจิกายน การโจมตีของ VSK-VRS ยังคงดำเนินต่อไปที่บิฮาช หากบิฮาชตกอยู่ภายใต้การควบคุมของฝ่ายตรงข้าม RSK และ Republika Srpska จะถูกผนวกเข้าด้วยกัน ซึ่งจะทำให้สถานการณ์ของโครเอเชียยากลำบากยิ่งขึ้น ด้วยเหตุนี้ Šušak จึงจัดการประชุมของผู้บัญชาการ HV และ HVO เพื่อวางแผนปฏิบัติการที่กว้างขึ้นในพื้นที่^{[ 55 ]}ในวันที่ 2 ธันวาคม Šušak กล่าวว่า "โครเอเชียจะไม่รอให้บิฮาชตกอยู่ภายใต้การควบคุม" ^{[ 56 ]}ไม่กี่วันก่อนหน้านั้น Šušak ได้สั่งการปฏิบัติการ HV-HVO ในฤดูหนาวปี 1994ในบอสเนียตะวันตกเฉียงใต้ ซึ่งบัญชาการโดยTihomir Blaškić , Janko BobetkoและAnte Gotovina ^{[ 55 ]}

ประธานาธิบดีทูจมันวางแผนการโจมตีทางทหารต่อ RSK มาเป็นเวลานาน ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2538 เขาเรียกร้องให้ยุติภารกิจของ UNPROFOR ในโครเอเชีย แต่ได้เลื่อนการดำเนินการใดๆ ออกไปชั่วคราว^{[ 47 ]}สำหรับการโจมตีทางทหารที่ตามมา จำนวนทหารได้เพิ่มขึ้นผ่านการระดมพลเพิ่มเติมและการระดมกำลังสำรอง^{[ 57 ]} ในวันที่ 1 พฤษภาคม กองทัพโครเอเชียได้ดำเนินการปฏิบัติการที่มีชื่อรหัสว่าปฏิบัติการแฟลช ในสลาโวเนียตะวันตก มีทหารมากกว่า 7,000 นายเข้าร่วมในการโจมตีที่กินเวลา 36 ชั่วโมงและส่งผลให้โครเอเชีย ได้รับชัยชนะ สามารถยึดคืนดินแดนที่ RSK ยึดครองได้558 ^{ตาราง}กิโลเมตร(215 ตารางไมล์) ^{[ 58 ]}ในขณะนั้น HV มีรถหุ้มเกราะ 393 คัน ซึ่ง 232 คันเป็นรถถัง^{[ 50 ]}   

ในเดือนกรกฎาคม Šušak ได้เดินทางไปวอชิงตันอีกครั้งและได้แสดงความคิดที่จะโจมตี RSK ด้วยกำลังทหารอีกครั้ง^{[ 59 ]}ในวันที่ 11 กรกฎาคม กองทัพของสาธารณรัฐเซิร์บสกาได้ยึดเมืองสเรเบรนิกาได้สำเร็จ ในช่วงปลายเดือน การต่อสู้ในพื้นที่ Bihać ก็ทวีความรุนแรงขึ้น Tuđman ได้ลงนามในข้อตกลงSplit Agreementว่าด้วยการป้องกันร่วมกันกับ Izetbegović กองกำลังร่วม HV และ HVO ได้เริ่มปฏิบัติการ Summer '95ในบอสเนียตะวันตกและแยก Knin ออกจากสาธารณรัฐเซิร์บสกา^{[ 60 ]}

จากนั้นผู้นำโครเอเชียจึงตัดสินใจเปิดฉากโจมตี RSK อย่างเต็มรูปแบบ^{[ 60 ]}การประชุมของผู้นำทางทหารและการเมืองของโครเอเชียจัดขึ้นที่เกาะบริยูนีเมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม 1995 ซึ่งมีการหารือ รายละเอียดของ ปฏิบัติการพายุ ที่จะเกิดขึ้น ^{[ 61 ]}พวกเขาประเมินว่าสามารถบรรลุชัยชนะได้ภายในสี่ถึงแปดวัน เพนตากอนคิดว่าคำกล่าวอ้างดังกล่าวดูมองโลกในแง่ดีเกินไป^{[ 62 ]}ในเช้าวันที่ 4 สิงหาคม การโจมตีได้เริ่มขึ้นในแนวรบยาว 630 กิโลเมตร^{[ 63 ]}ในวันที่สองของการโจมตี กองพลน้อยรักษาการณ์ที่ 7 เข้าสู่เมืองคนินโดยมีผู้บาดเจ็บน้อยที่สุด หนึ่งวันต่อมา ทูจมันได้ไปเยือนคนินพร้อมกับชูชักและสมาชิกคนอื่นๆ ของรัฐบาล^{[ 64 ]}ปฏิบัติการสิ้นสุดลงในวันที่ 8 สิงหาคม ซึ่งทำให้ RSK สลายไปอย่างมีประสิทธิภาพ เหลือเพียงสลาโวเนียตะวันออกที่อยู่นอกเหนือการควบคุมของโครเอเชีย^{[ 65 ]}และเปลี่ยนแปลงดุลอำนาจในภูมิภาค^{[ 66 ]}

ในการแถลงข่าวที่จัดขึ้นหลังปฏิบัติการสิ้นสุดลง Šušak กล่าวว่า "หลังจากการล่มสลายของ Srebrenica และ Žepa เราไม่สามารถรอและปล่อยให้เหตุการณ์ที่คล้ายกันเกิดขึ้นใน Bihać ได้อีกต่อไป เราใช้เวลาหลายวันในการเตรียมการ เราได้ส่งรายงานไปยังผู้บัญชาการสูงสุดซึ่งระบุว่าเราสามารถทำได้ และเขาได้ตัดสินใจและลงนามในคำสั่ง" ^{[ 67 ]}

ปฏิบัติการ รุกที่มีชื่อรหัสว่าOperation Mistral 2ต่อ VRS ในบอสเนียตะวันตกและเหนือเกิดขึ้นในเดือนกันยายน กองกำลังโครเอเชียรุกคืบไปยังบันยา ลูคา เมืองหลวงของสาธารณรัฐเซิร์บสกา^{[ 68 ]}ตัวแทนของสหรัฐฯ บางคน รวมถึง Galbraith, Clark และ Holbrooke แนะนำให้ Šušak ยึดครองดินแดนจากสาธารณรัฐเซิร์บสกาให้ได้มากที่สุดเท่าที่จะทำได้ ยกเว้นบันยา ลูคา^{[ 69 ] [ 70 ]}ในเดือนตุลาคม กองกำลัง HV-HVO เข้ามาใกล้บันยา ลูคาทางใต้เพียง 16 ไมล์ ผู้นำเซิร์บถูกบังคับให้เริ่มการเจรจาสันติภาพ มิฉะนั้นอาจเสี่ยงต่อการถูกยึดเมืองหลวง^{[ 71 ]}การเจรจาได้ก่อให้เกิดข้อตกลงเดย์ตันซึ่ง Šušak เป็นหนึ่งในผู้เจรจาหลักของโครเอเชียในเดย์ตันเขายังทำงานเกี่ยวกับข้อตกลงเกี่ยวกับการผนวกสลาโวเนียตะวันออกเข้ากับโครเอเชียอย่างสันติ^{[ 72 ]}

ในการกล่าวสุนทรพจน์ต่อรัฐสภาในเดือนมกราคม พ.ศ. 2539 Tuđman ประกาศการเปลี่ยนผ่านจากกองทัพในยามสงครามไปสู่กองทัพในยามสงบ การใช้ทรัพยากรของชาติอย่างประหยัดมากขึ้นโดยกระทรวงกลาโหม และการเริ่มต้นกระบวนการเข้าร่วมเป็นพันธมิตรเพื่อสันติภาพและนาโต ของโครเอเชีย ^{[ 49 ]}งบประมาณด้านกลาโหมถูกตัดลดลงในปีแรกหลังสงครามเหลือเพียงเล็กน้อยต่ำกว่า 25% ของงบประมาณของประเทศ บุคลากรผู้เชี่ยวชาญจะเป็นแกนหลักของกองทัพโครเอเชียหลังสงคราม และกระทรวงกลาโหมยังคงได้รับความช่วยเหลือจาก MPRI โครงสร้างองค์กรใหม่ได้รับการแนะนำในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2540 ^{[ 53 ]}

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2539 Šušak วิพากษ์วิจารณ์ผู้บัญชาการทหารบอสเนียกเกี่ยวกับการสะสมอาวุธที่ควบคุมไม่ได้ ซึ่งเขาอธิบายว่าเป็นภัยคุกคามต่อข้อตกลงสันติภาพเดย์ตัน^{[ 29 ]}ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2540 ศาลอาญาระหว่างประเทศสำหรับอดีตยูโกสลาเวีย (ICTY) พิจารณาที่จะออกหมายเรียก Šušak ศาล ICTY ขอให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมส่งมอบเอกสารสำคัญของกองทัพและเอกสารทั้งหมดที่เกี่ยวข้องกับการสื่อสารของกระทรวงกลาโหมและ HVO ในช่วงเวลาระหว่างเดือนเมษายน พ.ศ. 2535 ถึงมกราคม พ.ศ. 2537 การออกหมายเรียกดังกล่าวกลายเป็นประเด็นข้อพิพาททางกฎหมายระหว่างสำนักงานอัยการและโครเอเชีย^{[ 73 ]} Šušak ได้รับการเป็นตัวแทนโดย Ivo Josipovićซึ่งต่อมาเป็นประธานาธิบดีของโครเอเชียในการพิจารณาคดีเหล่านี้^{[ 1 ]}ในการประชุมใหญ่ครั้งที่ 4 ของ HDZ ซึ่งจัดขึ้นในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2541 Šušak ได้รับเลือกเป็นรองประธานด้วยคะแนนเสียงส่วนใหญ่^{[ 74 ]}