มูโตะก้าวขึ้นสู่ระดับสูงอย่างรวดเร็วหลังจากกลับมาสู่ New Japan Pro-Wrestling ในเดือนมีนาคม 1990 เขาได้กลับมาขึ้นเวที NJPW อีกครั้งในวันที่ 27 เมษายน โดยจับคู่กับมาซาฮิโร โชโนะ เอาชนะชินยะ ฮาชิโมโตะและมาสะ ไซโตะคว้าแชมป์IWGP Tag Team Championship มาครอง ได้สำเร็จ ซึ่งเป็นการครองแชมป์สมัยที่สองของมูโตะ เขาและโชโนะครองแชมป์นานกว่าหกเดือน ก่อนจะเสียแชมป์ให้กับฮิโรชิ ฮาเซะและเคนสุเกะ ซาซากิในวันที่ 1 พฤศจิกายน ในช่วงเวลานั้น มูโตะยังได้เข้าร่วมการแข่งขัน Kyushu Cup ในวันที่ 12 มิถุนายน ซึ่งเขาเอาชนะโชโนะเพื่อผ่านเข้ารอบชิงชนะเลิศ แต่ก็พ่ายแพ้ให้กับฮาชิโมโตะ ในวันที่ 7 กันยายน มูโตะได้แนะนำฉายา Great Muta ของเขาเป็นครั้งแรกใน NJPW ระหว่างการแข่งขันกับซามูไร ชิโร ซึ่งมูโตะเป็นฝ่ายชนะ มูโตะจะใช้ฉายา Muta ในการแข่งขันสำคัญๆ บ้างเป็นครั้งคราว ในขณะที่ใช้ชื่อจริงของเขาในการแข่งขันปกติ เมื่อวันที่ 30 กันยายน มูตะคว้าชัยชนะครั้งใหญ่เหนือริกกี้ สตีมโบต

มูโตะกลับมาใช้ฉายา "เกรท มูตะ" อีกครั้งในศึกสตาร์เคดที่จัดร่วมกันโดย WCW และ NJPW ณ โตเกียวโดม เมื่อวันที่ 21 มีนาคม 1991 ซึ่งเขาเอาชนะ สติง ได้ ต่อมาในปีเดียวกันนั้น มูโตะและโชโนะ พร้อมด้วยฮาชิโมโตะ ได้สร้างชื่อเสียงในฐานะนักมวยปล้ำรุ่นใหม่ของนิวเจแปน แซงหน้าอันโตนิโอ อิโนกิ , ทัตสึมิ ฟูจินามิและริกิ โชชูหลังจากรอบชิงชนะเลิศของทัวร์นา เมนต์ G1 Climax ครั้งแรก เมื่อวันที่ 11 สิงหาคม เขาแพ้ให้กับสก็อตต์ นอร์ตันแต่เอาชนะทัตสึมิ ฟูจินามิ และบิ๊ก แวน เวเดอร์ในกลุ่มของเขาเพื่อผ่านเข้ารอบชิงชนะเลิศไปเจอกับโชโนะ ซึ่งกลายเป็นแมตช์สุดมันส์ยาวนาน 30 นาที ที่มูโตะพ่ายแพ้ให้กับโชโนะ และทั้งสามคนก็ฉลองชัยชนะร่วมกับฮาชิโมโตะบนเวที จากนั้นพวกเขาก็ได้รับการขนานนามอย่างเป็นทางการว่า "สามทหารเสือ" แห่งนิวเจแปนโปรเรสต์ลิ่ง ในเดือนตุลาคม มูโตะจับคู่กับฮิโรชิ ฮาเซะเข้าร่วมการแข่งขันซูเปอร์แท็กลีกปี 1991ซึ่งพวกเขาแพ้ 3 แมตช์และชนะ 3 แมตช์ ทำให้พลาดโอกาสที่จะผ่านเข้ารอบน็อคเอาท์ไปอย่างหวุดหวิด อย่างไรก็ตาม หลังจากจบการแข่งขันไม่นาน ทั้งคู่ก็ประสบความสำเร็จ โดยเอาชนะริค สไตเนอร์และสก็อตต์ นอร์ตัน คว้าแชมป์แท็กทีม IWGP ที่บูโดกันฮอลล์ในวันที่ 5 พฤศจิกายน

เมื่อวันที่ 4 มกราคม 1992 มูโตะได้ขึ้นปล้ำใน ศึก Super Warriors ที่โตเกียวโดมในนาม Great Muta โดยจับคู่กับสติงเป็นครั้งแรก และเอาชนะThe Steiner Brothersที่โตเกียวโดมนี่เป็นศึกTokyo Dome Show ครั้งแรกในวันที่ 4 มกราคมซึ่งจะกลายเป็นอีเวนต์หลักของ NJPW ในอีกหลายปีข้างหน้า ในศึก NJPW 20th Anniversary Show เมื่อวันที่ 1 มีนาคม มูโตะและฮาเซะเสียแชมป์ IWGP Tag Team Championship ให้กับบิ๊ก แวน เวเดอร์ และครัชเชอร์ แบม แบม บิเกโลว์มูโตะยังคงพัฒนาฝีมือในฐานะนักมวยปล้ำเดี่ยว โดยได้รับโอกาสชิงแชมป์IWGP Heavyweight Championship ครั้งแรก กับริกิ โชชู ในวันที่ 17 พฤษภาคม แต่ก็ไม่สามารถคว้าแชมป์มาได้ มูโตะเข้าร่วมการแข่งขันG1 Climax ปี 1992เพื่อชิงตำแหน่งแชมป์โลกรุ่นเฮฟวี่เวท NWA ที่ว่างอยู่ โดยเอาชนะแบร์รี วินด์แฮมในรอบแรกที่ชิซูโอกะเมื่อวันที่ 6 สิงหาคม และ เอาชนะ สตีฟ ออสตินในรอบก่อนรองชนะเลิศเมื่อวันที่ 10 สิงหาคม ก่อนจะแพ้ให้กับมาซาฮิโร โชโนะ ผู้ชนะเลิศในรอบรองชนะเลิศเมื่อวันที่ 11 สิงหาคม

เมื่อวันที่ 16 สิงหาคม มูตะสวมบทบาทเป็น เกรท มูตะ เพื่อเอาชนะ ริกิ โชชู ตำนานนักมวยปล้ำชาวญี่ปุ่น คว้าแชมป์Greatest 18 Club Championshipและแชมป์ IWGP Heavyweight Championship มาครองได้เป็นครั้งแรก นับเป็นแชมป์โลก ครั้งแรก ในอาชีพนักมวยปล้ำของเขา เขาป้องกันแชมป์ทั้งสองรายการได้สำเร็จจากการเอาชนะ ชินยะ ฮาชิโมโตะ ในวันที่ 23 กันยายน จากนั้นจึงสละแชมป์ Greatest 18 Club Championship เพื่อมุ่งเน้นไปที่การป้องกันแชมป์ IWGP Heavyweight Championship เขาป้องกันแชมป์ได้สำเร็จจากการเอาชนะ สก็อตต์ นอร์ตัน ในวันที่ 18 ตุลาคม และ สติง ในวันที่ 22 พฤศจิกายน เมื่อวันที่ 14 ธันวาคม มูตะเผชิญหน้ากับ ฮิโรชิ ฮาเซะ และได้รับชัยชนะในแมตช์อันโด่งดัง ซึ่งฮาเซะใช้วัตถุแปลกปลอมฟาดหน้าผากของมูตะเพื่อแก้แค้นสำหรับการเผชิญหน้ากันครั้งก่อนๆ รวมถึงการเผชิญหน้ากันเมื่อวันที่ 14 กันยายน 1990 ที่มูตะทำร้ายฮาเซะจนเลือดออก มูตะใช้มีดกรีดหน้าผากของฮาเซะอย่างลึกมาก ผลจากเหตุการณ์นี้ มูตะจึงเสียเลือดมากตลอดการแข่งขันที่เหลือ และจนถึงทุกวันนี้เขาก็ยังคงมีรอยแผลเป็นจากการฟันของเขาอยู่

เมื่อวันที่ 4 มกราคม 1993 มูตะเอาชนะมาซาฮิโร โชโนะ ในแมตช์ชิงแชมป์ที่ศึกFantastic Story ในโตเกียวโดม (หรือที่รู้จักในอเมริกาเหนือในชื่อWCW/New Japan Supershow III ) เพื่อรักษาแชมป์ IWGP Heavyweight Championship และคว้าแชมป์ NWA World Heavyweight Championship มาครอง ทำให้เขากลายเป็นคนที่สองจากสองคนเท่านั้นที่ครองทั้งสองแชมป์ในเวลาเดียวกัน คนแรกคือทัตสึมิ ฟูจินามิ หลังจากเสียแชมป์ NWA ใน WCW มูตะก็มีผู้ท้าชิงมากมายในแมตช์ชิงแชมป์และแมตช์โชว์ตลอดทั้งปี เขาแพ้ให้กับฮัลค์ โฮแกนในศึก Wrestling Dontakuในเดือนพฤษภาคม จากนั้นก็ป้องกันแชมป์ IWGP ได้สำเร็จจากการเอาชนะเดอะเกรทคาบูกิในวันที่ 15 มิถุนายน หลังจากครองแชมป์มานานกว่าหนึ่งปี มูตะก็เสียแชมป์ให้กับชินยะ ฮาชิโมโตะในวันที่ 20 กันยายน หลังจากการเสียแชมป์และแมตช์กับโฮแกนในศึกHell Raisers ( ฮอว์ก วอ ร์ริเออร์ และพาวเวอร์ วอร์ริเออร์ ) ในวันที่ 23 กันยายน มูตะก็กลับมาต่อสู้โดยใช้ชื่อจริงของเขาเป็นหลัก โดยนำชื่อมูตะกลับมาใช้ในบางแมตช์ เมื่อวันที่ 10 ธันวาคม มูโตะได้รับโอกาสแก้ตัวในการชิงแชมป์ IWGP Heavyweight Championship กับฮาชิโมโตะ แต่เขาก็ไม่สามารถคว้าชัยชนะมาได้

มูโตะกลับมาร่วมทีมกับฮิโรชิ ฮาเซะอีกครั้งในฤดูใบไม้ร่วงปี 1993 และทั้งคู่ได้ปล้ำกับพี่น้องสไตเนอร์ในศึกแบทเทิลฟิลด์เมื่อวันที่ 4 มกราคม 1994 แต่พ่ายแพ้ไป มูโตะกลับมาใช้ฉายาเกรท มูตะอีกครั้งในแมตช์ในฝันกับอันโตนิโอ อิโนกิ ในตำนานที่ ศึกเรสลิง ดอนทาคุ ในเดือน พฤษภาคมซึ่งมูตะเป็นฝ่ายแพ้ ในเดือนตุลาคม มูโตะและฮาเซะเข้าร่วมซูเปอร์เกรดแท็กลีกโดยแพ้เพียงสองแมตช์ในทัวร์นาเมนต์ ชนะทุกแมตช์ที่เหลือและทำคะแนนได้สิบสี่แต้ม จึงผ่านเข้ารอบชิงชนะเลิศในวันที่ 30 ตุลาคม ซึ่งพวกเขาเอาชนะมาซาฮิโร โชโนะและซูเปอร์สตรองแมชชีนเพื่อคว้าแชมป์ และได้รับโอกาสชิงแชมป์แท็กทีม IWGP กับเฮลล์ ไรเซอร์สในวันที่ 25 พฤศจิกายน ซึ่งมูโตะและฮาเซะเป็นฝ่ายชนะ นับเป็นการครองแชมป์แท็กทีมครั้งที่สองของพวกเขา และเป็นการครองแชมป์แท็กทีมเดี่ยวครั้งที่สี่ของมูโตะ พวกเขาป้องกันแชมป์ได้สำเร็จในการป้องกันแชมป์ครั้งแรกกับพี่น้องสไตเนอร์ในศึกแบทเทิล 7เมื่อวันที่ 4 มกราคม 1995

เมื่อวันที่ 3 กุมภาพันธ์ มูโตะแพ้ให้กับสก็อตต์ นอร์ตัน ในการแข่งขันชิงสิทธิ์ผู้ท้าชิงอันดับ 1 สำหรับตำแหน่งแชมป์ IWGP Heavyweight Championship อย่างไรก็ตาม มูโตะได้รับโอกาสชิงตำแหน่งกับชินยะ ฮาชิโมโตะ ในศึก Wrestling Dontakuเมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม ซึ่งเขาเอาชนะฮาชิโมโตะได้ คว้าแชมป์ IWGP Heavyweight Championship เป็นสมัยที่สอง และสละตำแหน่งแชมป์ IWGP Tag Team Championship สามวันต่อมาในวันที่ 6 พฤษภาคม เพื่อมุ่งเน้นไปที่การป้องกันตำแหน่งแชมป์ IWGP Heavyweight Championship มูโตะป้องกันตำแหน่งได้สำเร็จในการแข่งขันกับฮิโรโยชิ เทนซันเมื่อวันที่ 14 มิถุนายน และฮอว์ก วอร์ริเออร์ เมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม ก่อนที่จะคว้าแชมป์G1 Climaxในเดือนสิงหาคม โดยเอาชนะฮาชิโมโตะในรอบชิงชนะเลิศ ทำให้เขากลายเป็นคนแรกในสองคนที่คว้าแชมป์ G1 Climax ในฐานะแชมป์ IWGP Heavyweight Championship โดยเคนสุเกะ ซาซากิ ทำได้เช่นเดียวกันในปี 2000มูโตะครองตำแหน่งแชมป์ IWGP ตลอดทั้งปีที่เหลือ เมื่อวันที่ 25 กันยายน มูโตะป้องกันตำแหน่งได้สำเร็จในการแข่งขันกับจุนจิ ฮิราตะ จากนั้นเขาได้นำทีม New Japan เข้าสู่การต่อสู้ครั้งแรกๆ ในศึกกับNobuhiko Takadaและ กองทัพ UWF-iโดยเอาชนะ Takada ในการป้องกันตำแหน่งครั้งที่สี่เมื่อวันที่ 9 ตุลาคม Muto ปิดท้ายปีด้วยการป้องกันตำแหน่งครั้งที่ห้าที่ประสบความสำเร็จกับShiro Koshinakaเมื่อวันที่ 11 ธันวาคม ในที่สุด Muto ก็เสียตำแหน่งให้กับ Takada ในศึก Wrestling Worldเมื่อวันที่ 4 มกราคม 1996

ช่วงครึ่งหลังของปี 1996 มูโตะต้องเผชิญหน้ากับกลุ่ม Ookami Gundan ของมาซาฮิโระ โชโนะ ซึ่งในที่สุดก็ลุกลามกลายเป็นสงครามกับกลุ่มnWo Japan ที่นำโดยโชโนะ ในระหว่างนั้น มูโตะเริ่มส่งสัญญาณถึงความเป็นไปได้ที่จะเปลี่ยนไปอยู่ฝ่าย nWo โดยประกาศตนเองว่าเป็นผู้สืบทอดที่แท้จริงของมรดกของอันโตนิโอ อิโนกิ และ "โดยบังเอิญ" โจมตีเพื่อนร่วมทีมของตัวเองกลางแมตช์ ในช่วงเวลานี้ มูโตะประสบกับช่วงขาลงในแมตช์ใหญ่ๆ แพ้ไม่เพียงแต่ให้กับสมาชิกของ nWo เท่านั้น แต่ยังแพ้ให้กับนักมวยปล้ำจาก New Japan ด้วยกันเอง เช่น พาวเวอร์ วอร์ริเออร์ ใน ศึก Wrestling Worldเมื่อวันที่ 4 มกราคม 1997 และชินยะ ฮาชิโมโตะ ในการชิงแชมป์ IWGP Heavyweight Championship เมื่อวันที่ 5 มิถุนายน การเปลี่ยนฝ่ายถูกส่งสัญญาณหลายครั้ง มูโตะถึงกับสวมเสื้อ nWo ก่อนที่จะประกาศในอีกไม่กี่วันต่อมาว่าเขาปฏิเสธที่จะเข้าร่วมกองทัพของโชโนะ มูโตะยิ่งสร้างความสับสนด้วยการเล่นทั้งสองฝ่ายในความบาดหมางนี้ เขาต่อสู้ในฐานะสมาชิกของ New Japan โดยใช้ชื่อจริงของเขา และในฐานะ The Great Muta ใน nWo Japan ก่อนที่จะเป็น The Great Muta อย่างเต็มตัวเป็นเวลาหลายเดือนในปี 1997 การเปลี่ยนแปลงครั้งสำคัญเกิดขึ้นในเดือนกันยายนปี 1997 เมื่อมูโตะ หลังจากที่หยอกล้อว่าจะหักหลังเพื่อนร่วมทีม nWo ของเขาแล้ว ก็ได้หักหลังเคนสุเกะ ซาซากิ และคาซูโอ ยามาซากิปิดผนึกชื่อมูตะและเข้าร่วม nWo Japan อย่างเป็นทางการในฐานะตัวตนของเขาเอง เกือบจะในทันทีหลังจากนั้น เขาและโชโนก็ครองวงการแท็กทีมใน NJPW โดยเอาชนะยามาซากิและซาซากิเพื่อคว้าแชมป์ IWGP Tag Team Championship สมัยที่สองในฐานะคู่หูเมื่อวันที่ 19 ตุลาคม และพ่นสีดำลงบนแผ่นโลหะของเข็มขัดเพื่อแสดงความไม่เคารพต่อมรดกของแชมป์ พวกเขายังคงครองความยิ่งใหญ่ในดิวิชั่นแท็กทีมโดยการคว้าแชมป์Super Grade Tag Leagueโดยเอาชนะมานาบุ นาคานิชิและชินยะ ฮาชิโมโตะในรอบชิงชนะเลิศเมื่อวันที่ 8 ธันวาคม

เมื่อวันที่ 4 มกราคม 1998 มูโตะเป็นนักมวยปล้ำหลักในศึกFinal Power Hall ที่โตเกียวโดมโดยเขาพยายามท้าชิงแชมป์ IWGP Heavyweight Championship กับเคนสุเกะ ซาซากิ แต่ไม่สำเร็จ มูโตะและโชโนถูกบังคับให้สละแชมป์ IWGP Tag Team Championship เมื่อวันที่ 21 เมษายน เนื่องจากมูโตะได้รับบาดเจ็บที่หัวเข่า จากการใช้ท่าmoonsault pressมานานหลายปี ในช่วงเวลานั้น เขาพักการแข่งขันไป และกลับมาอีกครั้งก่อนศึกG1 Climax ปี 1998ซึ่งเขาถูกเกนิจิโร่ เท็นริว เขี่ยตกรอบแรก แม้จะกลับมาแล้ว มูโตะก็ยังคงทรมานจากอาการบาดเจ็บนี้ เขาต้องต่อสู้กับความเจ็บปวดตลอดปี 1998 และปี 1999 ในช่วงปลายปี 1998 มูโตะได้ขึ้นเป็นผู้นำของ nWo Japan หลังจากที่โชโนได้รับบาดเจ็บที่คอและต้องพักการแข่งขัน ทำให้ nWo กลายเป็นกลุ่มนักมวยปล้ำฝ่ายธรรมะ ต่อมา มูโตะได้จับคู่กับเพื่อนร่วมทีมซาโตชิ โคจิมะและคว้าแชมป์ซูเปอร์เกรดแท็กลีกโดยเอาชนะ ชินยะ ฮาชิโมโตะ และ ทัตสึมิ ฟูจินามิ ในรอบชิงชนะเลิศเมื่อวันที่ 6 ธันวาคม

ในศึก Wrestling World เมื่อวันที่ 4 มกราคม 1999 มูโตะเอาชนะ สก็อตต์ นอร์ตันหนึ่งในลูกน้องคนสนิทของโชโนะเพื่อคว้าแชมป์ IWGP Heavyweight Championship เป็นสมัยที่สาม เดือนต่อมา มาซาฮิโร โชโนะกลับไปที่ NJPW และไม่เห็นด้วยกับปรัชญาและการเป็นผู้นำของมูโตะในกลุ่ม nWo Japan จึงออกจากกลุ่มไป และมูโตะก็เกิดความบาดหมางกับโชโนะเพื่อแย่งชิงชื่อของ nWo ซึ่งพัฒนาไปสู่สงครามระหว่าง nWo ที่นำโดยมูโตะฮิโรโยชิ เทนซันและซาโตชิ โคจิมะ กับกลุ่ม Team 2000ใหม่ของโชโนะซึ่งประกอบด้วยตัวเขาเองดอน ฟรายซูเปอร์ เจและคนอื่นๆ จาก nWo รุ่นเก่า มูโตะป้องกันแชมป์ IWGP Heavyweight Championship ได้สำเร็จจากการต่อสู้กับเคนสุเกะ ซาซากิในศึก St. Valentine's Day Massacre สมาชิก Team 2000 อย่างดอน ฟรายในศึก Strong Style Symphony เกนิจิโร เทนริวในวันที่ 5 พฤษภาคม และซาโตชิ โคจิมะในวันที่ 20 กรกฎาคม

ในเดือนสิงหาคม มูโตะเข้าร่วมการแข่งขันG1 Climaxซึ่งเขาแพ้เพียงแมตช์เดียวให้กับทัตสึมิ ฟูจินามิ นอกนั้นเขาชนะแมตช์ที่เหลือทั้งหมด ทำให้ได้ผ่านเข้ารอบชิงชนะเลิศไปเจอกับมานาบุ นาคานิชิ แต่เขาก็แพ้ ส่งผลให้มูโตะและนาคานิชิได้ชิงแชมป์ IWGP Heavyweight Championship ที่ Final Dome ซึ่งมูโตะสามารถป้องกันแชมป์ไว้ได้ มูโตะกลับมาใช้ตัวละคร Great Muta อีกครั้งในการแข่งขัน Jingu Climax เมื่อวันที่ 28 สิงหาคม ในรูปแบบNo Rope Explosive Barbed Wire Barricade Explosive Land Mine Double Hell DeathmatchกับGreat Nitaซึ่งมูตะเป็นฝ่ายชนะ เดือนต่อมา มูโตะเข้าร่วมการแข่งขันSuper Grade Tag Leagueกับสก็อตต์ นอร์ตัน เพื่อนร่วมทีม ซึ่งพวกเขาคว้าแชมป์ได้ด้วยการเอาชนะมานาบุ นาคานิชิและยูจิ นากาตะในรอบชิงชนะเลิศ ในวันที่ 10 ธันวาคม มูโตะเสียแชมป์ IWGP Heavyweight Championship ให้กับเกนิจิโร เท็นริว ในที่สุด สงครามระหว่างโชโนและมูโตะก็จบลงด้วยความพ่ายแพ้ของมูโตะในงานWrestling World ปี 2000หลังจากนั้น มูโตะได้พักรักษาตัวเป็นเวลานานเพื่อฟื้นฟูอาการบาดเจ็บที่หัวเข่า โดยหันไปมุ่งเน้นการปล้ำครั้งสุดท้ายในอเมริกาให้กับ WCW ซึ่งส่งผลให้กลุ่ม nWo Japan ยุบตัวลงเนื่องจากรวมเข้ากับ Team 2000 ของโชโน

หลังจากแมตช์แท็กทีมที่วางแผนไว้กับฮายาบูสะ จาก FMW ในศึก Wrestling World 2001ถูกยกเลิกเนื่องจากฮายาบูสะได้รับบาดเจ็บที่ข้อศอกทั้งสองข้างและต้องเข้ารับการผ่าตัดซ่อมแซม ดูเหมือนว่ามูโตะจะมาถึงทางแยกที่สับสนในอาชีพการงานของเขา อย่างไรก็ตาม เขาเลือกที่จะเปลี่ยนภาพลักษณ์ของตัวเองอย่างสิ้นเชิง โดยโกนผมจนศีรษะล้าน (เขามีปัญหาผมร่วงอย่างเห็นได้ชัดตลอดปี 2000) ไว้เคราแพะ และร่วมทีมกับชินจิโร โอทา นิ นักมวยปล้ำจาก NJPW ที่ไปต่างประเทศเป็นเวลานาน ทั้งสองกลับมาที่นิวเจแปนในวันที่ 4 มกราคม 2001 ในศึก Wrestling World และเอาชนะมานาบุ นาคานิชิและจูชิน ไลเกอร์ ได้อย่างรวดเร็ว หลังจากนั้นไม่นาน มูโตะก็เริ่มปรากฏตัวในAll Japan Pro Wrestlingโดยเปิดตัวในศึก King's Road New Century ด้วยการเอาชนะไทโย เคอา เมื่อวันที่ 18 กุมภาพันธ์ มูโตะได้เปิดตัวท่าไม้ตายใหม่ของเขาคือShining Wizardเพื่อเอาชนะคาซึนาริ มูราคามินับตั้งแต่การคิดค้นท่านี้ขึ้นมา ท่านี้ก็ได้รับความนิยมอย่างมากทั้งสองฝั่งของมหาสมุทรแปซิฟิก โดยถูกใช้โดยพันธมิตร คู่แข่ง และแฟนๆ ของมูโตะ มูโตะเริ่มปรากฏตัวใน New Japan และใน All Japan แบบพาร์ทไทม์ ซึ่งนำไปสู่การที่มูโตะสร้างกลุ่มใหม่กับดอน ฟราย และชินจิโร โอทานิ ซึ่งต่อมาเป็นที่รู้จักในชื่อBad Ass Translate Trading (BATT) ^{[ 11 ]}สมาชิกที่เพิ่มเข้ามาได้แก่ ไทโย เคอา จากAll Japan Pro Wrestlingและจินเซ ชินซากิจากMichinoku Pro Wrestling มูโตะเอาชนะ โทชิอากิ คาวา ดะ นักมวยปล้ำ รุ่นเก๋าของ AJPW ในแมตช์ในฝันที่ Champion Carnival One Night Special เมื่อวันที่ 14 เมษายน ที่ Super Force Group Declaration มูโตะเอาชนะฮิโรชิ ฮาเซะ ซึ่งขณะนั้นเป็นสมาชิกของ All Japan ซึ่งนำไปสู่การที่ฮาเซะเข้าร่วม BATT ด้วยเช่นกัน

จากนั้น มูโตะได้เข้าร่วมการแข่งขันG1 Climax ปี 2001ซึ่งเขาชนะทุกแมตช์ในกลุ่มของเขา ยกเว้นการแพ้ให้กับซาโตชิ โคจิมะ ทำให้เขาผ่านเข้ารอบรองชนะเลิศในวันที่ 11 สิงหาคม ซึ่งเขาเอาชนะทาดาโอะ ยาสุดะได้ แต่แพ้ให้กับยูจิ นากาตะในรอบชิงชนะเลิศในวันถัดมา ต่อมา มูโตะได้ป้องกันแชมป์ Triple Crown Heavyweight Championship เป็นครั้งแรกใน New Japan กับสก็อตต์ ฮอลล์ในวันที่ 23 กันยายน ซึ่งมูโตะก็สามารถรักษาแชมป์ไว้ได้ จากนั้น มูโตะและฮาเซะก็แพ้ให้กับยูจิ นากาตะและจุน อากิยามะในศึก Indicate of Next

มูโตะคว้าเหรียญทองเพิ่มด้วยการคว้าแชมป์แท็กทีมโลก ของออลเจแปน ร่วมกับไทโย เคอา เพื่อนร่วมทีม โดยเอาชนะเกนิจิโร เท็นริวและโยจิ อันโจเมื่อวันที่ 22 ตุลาคม จากนั้นมูโตะก็ป้องกันแชมป์ทริปเปิลคราวน์เฮฟวี่เวทได้สำเร็จจากการเอาชนะมาซาฮิโร โชโนะในงานออลเจแปนเมื่อวันที่ 27 ตุลาคม วันต่อมาในงานนิวเจแปน มูโตะและเคอา เอาชนะ โอซามุ นิชิมูระและทัตสึมิ ฟูจินามิในการแข่งขันชิงแชมป์เพื่อคว้าแชมป์แท็กทีม IWGP มาครอง ทำให้มูโตะมีเข็มขัดแชมป์รวมทั้งหมด 6 เส้นในเวลาเดียวกัน^{[ 12 ]} มูโตะและเคอาคว้าแชมป์ เรียลเวิลด์แท็กลีกประจำปีนั้นด้วยการเอาชนะมิตสึยะ นากาอิและโทชิอากิ คาวาดะในรอบชิงชนะเลิศ มูโตะปิดท้ายปีด้วยการป้องกันแชมป์ทริปเปิลคราวน์เฮฟวี่เวทได้สำเร็จจากการเอาชนะทัตสึมิ ฟูจินามิในงานนิวเจแปนเมื่อวันที่ 11 ธันวาคม

มูโตะปล้ำแมตช์สุดท้ายในฐานะสมาชิกของนิวเจแปนที่ศึกเรสลิงเวิลด์ 2002เมื่อวันที่ 4 มกราคม 2002 โดยเขาและเพื่อนร่วมทีมอย่างฮิโรชิ ฮาเซะ เอาชนะโอซามุ นิชิมูระและทัตสึมิ ฟูจินามิได้สำเร็จ จากนั้นมูโตะก็ย้ายไปอยู่กับออลเจแปนอย่างเต็มตัว ซึ่งส่งผลให้เขาและเคียถูกริบแชมป์แท็กทีม IWGP เมื่อวันที่ 2 กุมภาพันธ์

ในงาน Clash of the Champions XIIIเมื่อเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2533 มีการประกาศว่า The Great Muta จะกลับมาสู่ World Championship Wrestling ในงาน Starrcade '90: Collision Courseในเดือนถัดไปเพื่อร่วมทีมกับ Mr. Saito ในงาน Starrcade นั้น Muto ได้ร่วมทีมกับ Saito ในการแข่งขัน Pat O'Connor Memorial Tag-Team Tournament ทั้งคู่เอาชนะThe New Zealand Militiaในรอบก่อนรองชนะเลิศ จากนั้นเอาชนะVictor Zangievและ Salmon Hasimikov (ตัวแทนจากสหภาพโซเวียต ) ในรอบรองชนะเลิศ Muta และ Saito พ่ายแพ้ให้กับ The Steiner Brothersซึ่งเป็นแชมป์แท็กทีมของสหรัฐอเมริกาในรอบชิงชนะเลิศ^{[ 13 ]}

มูตะยังคงปรากฏตัวเป็นครั้งคราวใน WCW ตลอดปี 1991 ในขณะที่ปล้ำเป็นประจำในนิวเจแปน เขาปรากฏตัวในงานWrestleWar 91และเอาชนะคู่ปรับเก่าอย่างสติงในงาน Starrcade ที่จัดร่วมกันระหว่างนิวเจแปนและ WCW เมื่อวันที่ 21 มีนาคม 1991 ที่โตเกียว ประเทศญี่ปุ่น มูตะได้เข้าร่วมการแข่งขันกับเล็กซ์ ลูเกอร์ แชมป์เฮฟวี่เวทของสหรัฐอเมริกา เพื่อหาผู้ท้าชิงอันดับหนึ่งสำหรับตำแหน่งแชมป์โลกเฮฟวี่เวทของ WCW เมื่อวันที่ 12 มิถุนายน ในศึก Clash of the Champions XVมูตะถูกลูเกอร์จับกดแพ้ ทำให้ลูเกอร์ได้รับสิทธิ์ในการท้าชิงกับริค แฟลร์ในศึกThe Great American Bash '91เขาได้ไปปล้ำในรายการเฮาส์โชว์หลายรายการในเดือนนั้นก่อนจะกลับไปญี่ปุ่น^{[ 14 ]}

ในเดือนพฤษภาคม เขากลับมาที่ WCW อีกครั้งและเริ่มปรากฏตัวในรายการเฮาส์โชว์ในแมตช์แท็กทีมกับนิกิตา โคโลฟฟ์ ปะทะกับบิ๊ก แวน เวเดอร์ และริค รูด^{[ 15 ]}เขากลับมาปรากฏตัวทางโทรทัศน์ในรายการWCW Saturday Night ตอนวันที่ 30 พฤษภาคม โดยเอาชนะแบรด อาร์มสตรองในการแข่งขันแบบสามแมตช์ ในวันที่ 7 มิถุนายน มูตะถูกสก็อตต์ สไตเนอร์ กดนับสามในรายการเฮาส์โชว์ที่ออมนิในแอตแลนตา รัฐจอร์เจีย เขาจบช่วงเวลาสั้นๆ ของเขาด้วยการเผชิญหน้ากับแลร์รี ไซบิสโกในรายการเฮาส์โชว์ติดต่อกัน จากนั้นก็กลับไปที่นิวเจแปน ในวันที่ 25 ธันวาคม เขากลับมาที่ WCW เพื่อเริ่มต้นช่วงเวลาสั้นๆ อีกครั้ง โดยแพ้ให้กับสติงในแมตช์ที่ไม่ใช่การชิงแชมป์ในแจ็กสันวิลล์ รัฐฟลอริดา เขาปล้ำกับสติงอีกครั้งในรายการเฮาส์โชว์ รวมถึงสตีฟ ออสติน ในวันที่ 28 ธันวาคม เขาปรากฏตัวใน Starrcade เป็นครั้งที่สี่ติดต่อกัน โดยจับคู่กับแบร์รี วินด์แฮม เอาชนะไบรอัน พิลล์แมนและ2 โคลด์ สกอร์ปิโอ ต่อมาในคืนนั้น มูตะได้กำจัดวินด์แฮมเพื่อคว้าชัยชนะในศึกStarrcade '92: Battlebowl – The Lethal Lottery II BattleBowl

เมื่อวันที่ 17 เมษายน 1994 มูโตะกลับมาที่ WCW เพื่อเผชิญหน้ากับสตันติ้ง สตีฟ ออสติน ในศึกสปริง สแตมพีดย์ เพื่อชิงแชมป์ WCW ยูไนเต็ด สเตทส์ แชมเปี้ยนชิพ ออสตินเอาชนะเขาด้วยการปรับแพ้ นี่จะเป็นการปรากฏตัวครั้งสุดท้ายของเขาในสหรัฐอเมริกาเป็นเวลาเกือบหนึ่งปี และเขาจะไม่กลับมาจนกระทั่งวันที่ 19 กุมภาพันธ์ 1995 เมื่อเขาปรากฏตัวในกลุ่มผู้ชมในศึกซูเปอร์บรอว์ล IVเขาหวนกลับมาที่ WCW อีกครั้งในวันที่ 21 พฤษภาคม 1995 เพื่อเอาชนะพอล ออร์นดอร์ฟ ในศึกสแลมโบรี 95: อะ เลเจนด์ส รียูเนียน

หลังจากได้รับบาดเจ็บที่หัวเข่าในช่วงต้นปี 2000 มูโตะได้พักจาก NJPW และกลับไปที่ WCW ในช่วงกลางปี ​​2000 เพื่อร่วมทีมกับแวมไพโรอย่างไรก็ตาม เนื่องจากการวางแผนการแข่งขันที่ไม่ดีและการตกต่ำของ WCW ในช่วงปีสุดท้าย มูโตะจึงไม่สามารถเรียกความนิยมกลับคืนมาได้เหมือนในช่วงปลายทศวรรษ 1980 และต้นทศวรรษ 1990 เขากลับมาปรากฏตัวทางโทรทัศน์ในรายการThunder ตอนวันที่ 11 กรกฎาคม 2000 และร่วมทีมกับThe Jung Dragonsต่อสู้กับThree CountและTank Abbottหนึ่งสัปดาห์ต่อมาเขาปรากฏตัวในรายการNitroโดยเอาชนะแวมไพโรในรอบก่อนรองชนะเลิศของการแข่งขันชิงแชมป์ United States Heavyweight Championship ต่อมาในคืนนั้นเขาถูกไมค์ ออว์ซัม จับกด ในรอบรองชนะเลิศ^{[ 16 ]}เขาชนะ การแข่งขันชิงแชมป์ WCW World Tag-Team Championshipร่วมกับแวมไพโรในรายการNew Blood RisingโดยเอาชนะKroniKพวกเขาเสียแชมป์ในคืนถัดมาในรายการ Nitroโดยแพ้ให้กับทีมของเรย์ มิสเตริโอและจูเวนทุด เกร์เรรา แมตช์สุดท้ายของเขาใน WCW เกิดขึ้นในศึกเฮาส์โชว์เมื่อวันที่ 23 กันยายน 2000 ที่เมืองลูบ็อก รัฐเท็กซัส โดยเป็นการพบกับสติง

หลังจากออกจาก WCW ข้อตกลงห้ามแข่งขันในสัญญาของเขากับ WCW ทำให้เขาไม่สามารถเข้าร่วมแข่งขันในWorld Wrestling Federationได้

มูโตะ ในฐานะสมาชิกของNew Japan Pro-Wrestlingได้ปรากฏตัวเป็นครั้งคราวใน All Japan ในปี 2001 โดยต่อสู้กับโทชิอากิ คาวาดะและ"ดร. เดธ" สตีฟ วิลเลียมส์ในแมตช์เดี่ยวสำคัญๆ บนรายการเพย์เพอร์วิว ปี 2001 พิสูจน์แล้วว่าเป็นปีแห่งการเริ่มต้นใหม่ของมูโตะ นอกเหนือจากการก่อตั้งยูนิต BATT ของเขาใน New Japan แล้ว เขายังได้ท้าชิงและเอาชนะ เกนิจิโร เท็นริว เพื่อชิงแชมป์ Triple Crown Heavyweight Championship อันทรงเกียรติของ All Japan ในวันที่ 8 มิถุนายน ในการป้องกันตำแหน่งครั้งแรกของมูโตะในวันที่ 14 กรกฎาคม สตีฟ วิลเลียมส์ แพ้ให้กับมูโตะในการชิงแชมป์ Triple Crown Heavyweight Championship ในแมตช์หลักของเพย์เพอร์วิว ซึ่งจบลงด้วยการทะเลาะวิวาท หลังจากออกจากบริเวณหลังเวที วิลเลียมส์ก็ระเบิดอารมณ์ด้วยคำหยาบคายมากมาย เขาเตะถังขยะ เกือบจะร้องไห้ และโยนสนับแขนลงพื้นพร้อมกับด่าทออีกครั้ง^{[ 17 ]}ฉากแบบนี้ไม่เคยเกิดขึ้นในออลเจแปนแบบดั้งเดิม และเป็นลักษณะเฉพาะของสไตล์ "crash TV" ของ การเขียนบทของ วินซ์ รัสโซซึ่งในที่สุดจะนำไปสู่ความบาดหมางระหว่างมูโตะกับวิลเลียมส์ในปี 2002

เมื่อวันที่ 11 มกราคม 2545 หลังจากสิ้นสุดการร่วมโปรโมชั่นกับNew Japan Pro-Wrestling ที่ กินเวลานานหนึ่งปี เคจิ มูโตะ สร้างความตกตะลึงให้กับวงการมวยปล้ำญี่ปุ่นด้วยการย้ายไปร่วมทีม All-Japan อย่างเต็มตัว โดยพาซาโตชิ โคจิมะและเคนโด คาชินไปด้วย ในการแข่งขันนัดแรกในฐานะนักมวยปล้ำภายใต้สัญญาของ AJPW มูโตะและไทโย เคอา สามารถป้องกันแชมป์โลกประเภทแท็กทีม ได้สำเร็จจากการแข่งขัน กับไมค์ บาร์ตันและจิม สตีลเมื่อวันที่ 14 มกราคม จากนั้นมูโตะก็เสียแชมป์ Triple Crown Heavyweight Championship ให้กับโทชิอากิ คาวาดะเมื่อวันที่ 24 กุมภาพันธ์ และเพื่อกลับมาแก้แค้นสตีฟ วิลเลียมส์ มูโตะจึงมีแมตช์เดี่ยวกับวิลเลียมส์ในรายการเพย์เพอร์วิว ซึ่งในที่สุดวิลเลียมส์ก็เป็นฝ่ายชนะและได้แก้แค้นที่แพ้ไปเมื่อปีก่อน^{[ 18 ]}ในเดือนเมษายน มูโตะเข้าร่วมการแข่งขัน Champion Carnival ปี 2002โดยเขาแพ้เพียงสองแมตช์ในกลุ่มของเขา ขณะที่ชนะแมตช์ที่เหลือทั้งหมด และผ่านเข้ารอบน็อคเอาท์ในวันที่ 10 เมษายน ซึ่งเขาเอาชนะซาโตชิ โคจิมะในรอบรองชนะเลิศ และไมค์ บาร์ตัน (บาร์ต กันน์) ในรอบชิงชนะเลิศเพื่อคว้าแชมป์ทัวร์นาเมนต์ สามวันต่อมา ในการแข่งขัน Grand Champion Carnival มูโตะเผชิญหน้ากับ เก นิจิโร เทนริวในการแข่งขันชิงแชมป์ Triple Crown Heavyweight Championship ที่ว่างลง หลังจากที่คาวาดะถูกบังคับให้สละตำแหน่งเนื่องจากอาการบาดเจ็บ มูโตะแพ้ในการแข่งขันนั้น เดือนถัดมา ในวันที่ 12 พฤษภาคม มูโตะจับคู่กับจอร์จ ไฮนส์และคาซ ฮายาชิโดยทั้งสามคนชนะการแข่งขัน Giant Baba Six-Man Cup ในวันที่ 17 กรกฎาคม มูโตะและเคียเสียแชมป์ World Tag Team Championship ให้กับโครนิค

ในวันที่ 20 กรกฎาคม ที่นิปปอนบูโดกัน มูโตะปล้ำในบทบาทตัวละครที่แตกต่างกันถึงสามตัวในรายการ ได้แก่ "โคคุชิ มูโซ" เอาชนะคาซ ฮายาชิในแมตช์ที่สอง เอาชนะตัวเองในแมตช์แท็กทีม 6 คนในช่วงกลางรายการ และในแมตช์รองสุดท้าย เขาเอาชนะซาโตชิ โคจิมะ ในบทบาท "เกรท โคจิ" ในฐานะเดอะเกรท มูตะ ในวันที่ 30 กันยายน ระหว่างงานฉลองครบรอบ 30 ปีของออลเจแปนที่โรงแรมโตเกียวซิตี้อันโด่งดัง โมโคโตะ บาบา ได้ประกาศแต่งตั้งมูโตะเป็นประธานคนใหม่ของออลเจแปนอย่างเป็นทางการ โดยโอนหุ้นทั้งหมดของตระกูลบาบาให้กับเขา^{[ 11 ] [ 19 ]}อย่างไรก็ตาม แม้จะมีตำแหน่งนี้ มูโตะก็ยังคงปล้ำเต็มเวลาให้กับสมาคมต่อไป

ในศึก Royal Road 30 Giant Battle In Budokan Final Battle เมื่อวันที่ 27 ตุลาคม มูโตะในนาม Great Muta เอาชนะเกนิจิโร่ เท็นริว คว้าแชมป์ Triple Crown Heavyweight Championship เป็นสมัยที่สอง ในเดือนถัดมา เขาแพ้ให้กับบ็อบ แซปป์ในแมตช์ที่ไม่ใช่การชิงแชมป์ในรายการ Wrestle-1 จากนั้นมูโตะเข้าร่วมReal World Tag Leagueร่วมกับแอนิมอล วอร์ริเออร์แต่ไม่สามารถผ่านเข้ารอบต่อไปได้ มูโตะป้องกันแชมป์ได้สำเร็จจากการต่อสู้ครั้งแรกกับเดอะ แกลดิเอเตอร์เมื่อวันที่ 13 มกราคม 2003 เมื่อวันที่ 19 มกราคม มูโตะจับคู่กับโกลด์เบิร์กเอาชนะโครนิคในแมตช์แท็กทีม ซึ่งส่งผลให้โครนิคได้รับบาดเจ็บและต้องเลิกเล่นมวยปล้ำ เมื่อวันที่ 23 กุมภาพันธ์ มูโตะเสียแชมป์ Triple Crown Heavyweight Championship ให้กับชินยะ ฮาชิโมโตะ

หลังจากเสียตำแหน่งแชมป์ไปไม่นาน มูโตะได้เข้าร่วมการแข่งขันChampion Carnival ปี 2003โดยเอาชนะจอห์น เทนตะในรอบก่อนรองชนะเลิศ แต่แพ้ให้กับอาราชิในรอบรองชนะเลิศ เมื่อวันที่ 8 มิถุนายน มูโตะจับคู่กับอาราชิเข้าร่วมการแข่งขันชิงแชมป์โลกแท็กทีมที่ว่างอยู่ ซึ่งพวกเขาคว้าแชมป์มาได้โดยเอาชนะกิกันเตสและเดอะกลาดิเอเตอร์ในรอบรองชนะเลิศ และจิมมี่ หยางและซาโตชิ โคจิมะในรอบชิงชนะเลิศ เมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม มูโตะพลาดโอกาสที่จะเป็นผู้ท้าชิงอันดับ 1 สำหรับแชมป์ Triple Crown Heavyweight Championship โดยแพ้ให้กับโทชิอากิ คาวาดะ หลังจากป้องกันแชมป์แท็กทีมได้สำเร็จ มูโตะและอาราชิได้เข้าร่วมการ แข่งขัน Real World Tag Leagueแต่พวกเขาไม่สามารถผ่านเข้ารอบต่อไปได้ เมื่อวันที่ 27 ธันวาคม มูโตะกลับมายังสหรัฐอเมริกา โดยปล้ำให้กับ สมาคม Ring of HonorในรายการAll Japan vs. ROHซึ่งมีการแข่งขัน "ในฝัน" ระหว่างสองสมาคมหลายรายการ ในแมตช์หลัก มูโตะกลับมาใช้ตัวตน "เกรท มูตะ" อีกครั้ง และจับคู่กับอาราชิเพื่อเอาชนะสมาชิกกลุ่ม Prophecy อย่าง คริสโตเฟอร์ แดเนียลส์และแดน แมฟฟ์ในที่สุด มูโตะและอาราชิก็เสียแชมป์แท็กทีมให้กับคาซ ฮายาชิและซาโตชิ โคจิมะ ในวันที่ 18 มกราคม 2547

ต่อมา มูโตะได้ให้การสนับสนุน AJPW ในการต่อสู้กับRoughly Obsess and Destroyและใช้เวลาส่วนใหญ่ในฤดูใบไม้ร่วงปี 2003 และ 2004 ในการแข่งขันหลายแมตช์กับสมาชิกของ RO&D มูโตะประสบความสำเร็จในปี 2004 โดยเข้าร่วมChampion Carnival ในปีนั้น ซึ่งเขาชนะด้วยการเอาชนะทาคาโอะ โอโมริในรอบรองชนะเลิศและเคนสุเกะ ซาซากิในรอบชิงชนะเลิศเมื่อวันที่ 20 เมษายน มูโตะคว้าชัยชนะครั้งสำคัญเหนือโอซามุ นิชิมูระใน Battle Banquet ในเดือนพฤศจิกายน มูโตะจับคู่กับนิชิมูระเพื่อเข้าร่วมReal World Tag League ปี 2004 แต่ไม่สามารถผ่านเข้ารอบในกลุ่มของพวกเขาได้ ในปี 2005 มูโตะเอาชนะ ฮิโรชิ ทานาฮาชิลูกศิษย์ของเขาจาก NJPW ใน Realize เมื่อวันที่ 26 กรกฎาคม มูโตะได้รับโอกาสชิงแชมป์ Triple Crown Heavyweight Championship กับซาโตชิ โคจิมะ แต่ไม่สามารถคว้าแชมป์ได้ ขณะที่ยังคงมีเรื่องบาดหมางกับ RO&D อยู่ มูโตะและผู้สนับสนุนของเขาจากค่าย AJPW ก็เริ่มมีเรื่องบาดหมางกับVoodoo Murders ด้วยเช่น กัน ในเดือนพฤศจิกายน มูโตะได้จับคู่กับอาเคโบโนะเข้าร่วมการแข่งขันReal World Tag League ปี 2005และเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศกับTeam 3Dแต่ก็พ่ายแพ้ไป

เมื่อวันที่ 10 มีนาคม 2549 มูโตะได้กลับมาใช้ชื่อ "เกรท มูตะ" อีกครั้ง โดยท้าชิงตำแหน่งแชมป์ทริปเปิลคราวน์เฮฟวี่เวทกับซาโตชิ โคจิมะ แต่ไม่สำเร็จ มูโตะพ่ายแพ้ในรายการแชมเปี้ยนคาร์นิวัลปี 2549และยังคงมีเรื่องบาดหมางกับวูดูเมอร์เดอร์สไปตลอดทั้งปี ในช่วงปลายปี มูโตะได้จับคู่กับโทชิอากิ คาวาดะใน รายการ เรียลเวิลด์แท็กลีกปี 2549ซึ่งพวกเขาได้คะแนนเท่ากับซาโตชิ โคจิมะและฮิโรโยชิ เทนซันที่ 8 คะแนนในรอบแบ่งกลุ่ม ทำให้ต้องมีการแข่งขันระหว่างสองทีมในวันที่ 2 ธันวาคม เพื่อหาคู่ต่อสู้ในรอบชิงชนะเลิศสำหรับทีมอันดับสูงสุดในทัวร์นาเมนต์ ได้แก่RO'Zและซูวามะมูโตะและคาวาดะแพ้ในการแข่งขันนั้น เมื่อวันที่ 15 ธันวาคม มูโตะจับคู่กับคันนาซึกิเอาชนะฮิโรโยชิ เทนซันและอากิมาสะ ฮารากุจิ คว้าแชมป์แท็กทีม F-1 เป็นคน แรก

เขาเปิดตัวในอังกฤษครั้งแรกเมื่อวันที่ 12 มกราคม 2550 โดยปล้ำให้กับ Real Quality Wrestling ที่York Hallใน Bethnal Green กรุงลอนดอนประเทศอังกฤษซึ่งเขาเอาชนะMartin Stone แชมป์เฮฟวี่เวทของ RQW ในแมตช์ที่ไม่ชิงตำแหน่ง เมื่อวันที่ 17 กุมภาพันธ์ มูโตะลงแข่งขันในฐานะ Great Muta ในแมตช์แท็กทีมพิเศษ โดยจับคู่กับTajiriเอาชนะGoldustinและHakushiในเดือนมีนาคม มูโตะเข้าร่วมการ แข่งขัน Champion Carnival ปี 2007ในกลุ่ม A และจบลงด้วยคะแนนรวม 6 คะแนน มูโตะเอาชนะToshiaki Kawadaในรอบชิงชนะเลิศเมื่อวันที่ 30 มีนาคม คว้าแชมป์รายการนี้เป็นครั้งที่สาม ในศึก Pro-Wrestling Love In Yokohama มูโตะท้าชิงตำแหน่งแชมป์ Triple Crown Heavyweight Championship จากMinoru Suzuki แต่ไม่ประสบความสำเร็จ

ในช่วงฤดูใบไม้ร่วงของปีนั้น มูโตะและโจ โดริง คู่หูของเขา ได้เข้าร่วมการแข่งขันReal World Tag League ปี 2007ซึ่งพวกเขาคว้าแชมป์มาได้ด้วยการเอาชนะซาโตชิ โคจิมะและซูวามะในรอบชิงชนะเลิศเมื่อวันที่ 9 ธันวาคม ชัยชนะครั้งนี้ทำให้พวกเขาได้สิทธิ์ชิงแชมป์โลกแท็กทีมกับโคจิมะและทารุในวันที่ 3 มกราคม 2008 ซึ่งมูโตะและโดริงก็คว้าชัยชนะมาได้ ในเดือนเมษายน มูโตะเข้าร่วมการแข่งขัน Champion Carnival ปี 2008แต่ชนะเพียงสองแมตช์และไม่ผ่านเข้ารอบต่อไป มูโตะและโดริงเสียแชมป์โลกแท็กทีมให้กับมินารุ ซูซูกิและไทโย เคอา หลังจากครองแชมป์ได้ห้าเดือน เมื่อวันที่ 28 มิถุนายน

มูโตะเคยคว้าแชมป์ IWGP Heavyweight Championship ใน NJPW มาแล้วเมื่อต้นปี 2008 และป้องกันแชมป์ได้สำเร็จใน All Japan โดยเอาชนะฮิโรคิ โกโตะในศึก Pro-Wrestling Love in Ryogoku Vol. 5 เมื่อวันที่ 29 กันยายน มูโตะปล้ำในนาม The Great Muta และเอาชนะซูวามะคว้าแชมป์ Triple Crown Heavyweight Championship เป็นครั้งที่สาม ทำให้เขากลายเป็นนักมวยปล้ำคนที่สองต่อจากซาโตชิ โคจิมะที่ครองทั้งแชมป์ Triple Crown Heavyweight Championship และ IWGP Heavyweight Championship ในเวลาเดียวกัน มูตะป้องกันแชมป์ได้สำเร็จโดยเอาชนะมินารุ ซูซูกิ ในศึก Pro-Wrestling Love in Ryogoku Vol. 6 มูโตะปิดท้ายปีด้วยการเข้าร่วมReal World Tag League ปี 2008ร่วมกับเรียวตะ ฮามะ แต่ไม่ ประสบความสำเร็จ

ในปี 2009 มูโตะเข้าร่วมการแข่งขันชิงแชมป์แท็กทีมออลเอเชีย ที่ว่างอยู่ โดยจับคู่กับคาซ ฮายาชิ เอาชนะเรียวตะ ฮามะและชูจิ คอนโดะในรอบก่อนรองชนะเลิศ ก่อนจะแพ้ให้กับมินารุ ซูซูกิและโนซาวะ รอนไกในรอบรองชนะเลิศ เมื่อวันที่ 14 มีนาคม มูโตะป้องกันแชมป์ทริปเปิลคราวน์เฮฟวี่เวทกับโยชิฮิโร ทาคายามะเขาทำให้ทาคายามะเลือดออกอย่างหนักตามสไตล์ของเขา และยังใช้ท่าไชน์นิ่งวิซาร์ดใส่คู่ต่อสู้บนแผงกั้นอีกด้วย อย่างไรก็ตาม ในระหว่างการแข่งขัน หน้ากากของเขาถูกฉีกออก และเขาเลือดไหลไม่หยุด ในช่วงท้ายของการแข่งขัน ทาคายามะเป็นฝ่ายได้เปรียบมูโตะ แต่มูโตะพลิกสถานการณ์ด้วยการเตะ และใช้ท่า ดราก้อนสครูว์และพยายามใช้ท่าเอเชียนมิสต์ใส่เขา แต่ทาคายามะป้องกันไว้ได้ และใช้ท่าเอเวอเรสต์ซูเพล็กซ์พินใส่ มูโตะ จนชนะการแข่งขันไป หลังจากนั้น มูโตะก็เดินจากไปด้วยความตกใจกับสิ่งที่เกิดขึ้น

หลังจากการเสียตำแหน่งแชมป์ มูโตะได้เข้าร่วมการแข่งขัน Champion Carnival ปี 2009ซึ่งเขาชนะ 4 จาก 5 แมตช์ในกลุ่มของเขา โดยแพ้ให้กับคาซ ฮายาชิเพียงคนเดียว ส่งผลให้มูโตะผ่านเข้ารอบรองชนะเลิศของทัวร์นาเมนต์ ซึ่งเขาแพ้ให้กับมินารุ ซูซูกิ มูโตะใช้เวลาทั้งปีเป็นตัวแทนของ All Japan ในการแข่งขันกับ Voodoo Murders, Tokyo Gurentaiและ F4 ในเดือนพฤศจิกายน มูโตะจับคู่กับมาซาคัตสึ ฟูนาคิเพื่อเข้าร่วมการแข่งขันReal World Tag League ปี 2009ทั้งคู่คว้าแชมป์ได้โดยเอาชนะมาซายูกิ โคโนะและซูวามะ

ชัยชนะใน Real World Tag League ปี 2009 ทำให้ Muto และ Masakatsu Funaki ได้สิทธิ์ชิงแชมป์โลกแท็กทีมกับ Minoru Suzuki และ Taiyo Kea ในวันที่ 3 มกราคม 2010 ซึ่ง Muto และ Funaki เป็นฝ่ายชนะ ในวันที่ 30 มกราคม Muto ในบทบาท Great Muta ได้ปรากฏตัวเป็นพิเศษในPro Wrestling Guerrillaที่ลอสแอนเจลิส รัฐแคลิฟอร์เนีย ใน ช่วงสุดสัปดาห์ WrestleReunion 4โดยจับคู่กับKaiในการแข่งขัน ซึ่งพวกเขาเอาชนะทีมของJoey RyanและScott Lost ได้ [ ^{20 ] ใน}วันที่ 9 มีนาคม Muto และ Funaki ถูกบังคับให้สละตำแหน่งเนื่องจาก Muto เข้ารับการผ่าตัดซ่อมแซมเข่า ซึ่งทำให้เขาต้องพักการแข่งขันไปตลอดทั้งปี Muto กลับมาที่ All Japan ในฐานะ Great Muta ใน Pro-Wrestling Love in Ryogoku Vol.10 ในเดือนสิงหาคม ซึ่งเขาแพ้ให้กับKensoในการแข่งขัน Tables, Ladders and Chairs เมื่อวันที่ 10 กันยายน มูโตะเผชิญหน้ากับมาซาคัตสึ ฟูนากิ อดีตคู่หูแท็กทีมของเขาในการแข่งขันรีแมตช์พิเศษ ซึ่งจบลงด้วยผลเสมอเมื่อหมดเวลา 30 นาที^{[ 21 ]} เมื่อวันที่ 24 ตุลาคม มูโตะท้าชิง แชมป์โลกจูเนียร์เฮฟวี่เวทกับคาซ ฮายาชิ แต่ไม่สำเร็จเมื่อวันที่ 12 ธันวาคม มูโตะและคันนาซึกิเสียแชมป์แท็กทีม F-1ให้กับเรียวตะ ฮามะและโคริกิ โชชูหลังจากครองแชมป์มา 4 ปี

มูโตะคว้าชัยชนะในการแข่งขันแบทเทิลรอยัลรุ่นจูเนียร์เฮฟวี่เวทและเฮฟวี่เวทที่โคราคุเอ็นฮอลล์ในวันที่ 1 และ 3 มกราคม 2011 ตามลำดับ ในศึกโปรเรสต์ลิ่งเลิฟอินเรียวโกคุ เล่ม 12 มูโตะและเคนโซเอาชนะ SMOP ( อาเคโบโนะและเรียวตะ ฮามะ ) คว้าแชมป์โลกแท็กทีมมาครองได้สำเร็จ ซึ่งเป็นการครองแชมป์ครั้งที่ 5 และครั้งสุดท้ายของมูโตะ ในศึกออลทู เก็ตเตอร์ มูโตะจับคู่กับเคนตะ โคบาชิเอาชนะทาคาชิ อิอิซึกะและโทรู ยา โนะ ในการแข่งขันแท็กทีม เมื่อวันที่ 23 ตุลาคม มูโตะและเคนโซเสียแชมป์โลกแท็กทีมให้กับดาร์ค คูเออร์โวและดาร์ค ออซซ์ทำให้การครองแชมป์ครั้งสุดท้ายของมูโตะในออลเจแปนสิ้นสุดลง

เมื่อวันที่ 7 มิถุนายน 2554 มูโตะประกาศลาออกจากตำแหน่งประธานของ All Japan Pro Wrestling แต่ยังคงอยู่ในสมาคมในฐานะนักมวยปล้ำและสมาชิกคณะกรรมการกำกับดูแล^{[ 19 ] [ 22 ]}การตัดสินใจของมูโตะเกิดจากเหตุการณ์จริงที่โยชิคาซึ ทารุทำร้ายโนบุคาซึ ฮิไรหลังเวทีในงานแสดงของ All Japan Pro Wrestling ซึ่งทำให้ฮิไรเป็นอัมพาตหลังจากแข่งขัน มูโตะรับผิดชอบต่อเหตุการณ์ดังกล่าว ซึ่งนำไปสู่การที่ All Japan สั่งพักงานไม่เพียงแต่ทารุเท่านั้น แต่ยังรวมถึงคาซึฮิโกะ มาซา ดะ มาซายูกิ โคโนะและมินารุ ทานากะที่อยู่ในเหตุการณ์ขณะที่เกิดการทำร้ายร่างกาย ด้วย ^{[ 23 ]}หลังจากอยู่ในระดับกลางและไม่มีคู่ปรับสำคัญตลอดปี 2554 มูโตะก็กลายเป็นผู้ท้าชิงหลักของจุน อากิยามะ จาก Noah ซึ่งได้รับรางวัล Triple Crown Championship จากซูวามะ มูโตะกลับมาร่วมทีมกับเคนตะ โคบาชิอีกครั้ง ในศึกออล ทูเก็ตตี้ และเอาชนะอากิยามะและทาคาโอะ โอโมริได้สำเร็จ อากิยามะท้ามูโตะชิงตำแหน่งแชมป์ ซึ่งจัดขึ้นในวันที่ 20 มีนาคม 2012 และสุดท้ายมูโตะก็พ่ายแพ้ไป

เมื่อวันที่ 1 มิถุนายน มูโตะเดินทางกลับไปยังสหรัฐอเมริกาเพื่อปรากฏตัวในรายการ Pro Wrestling Syndicate (PWS) ที่เมืองราห์เวย์ รัฐนิวเจอร์ซีย์ โดยร่วมทีมกับไคเพื่อเอาชนะแอนโทนี เนสและซามี คัลลิฮานในการแข่งขันแท็กทีม^{[ 24 ]}ในเดือนพฤศจิกายน 2012 มูโตะและหุ้นส่วนทางธุรกิจของเขาขายหุ้นทั้งหมดของ All Japan ให้กับบริษัท Speed ​​Partners ในราคา 200 ล้าน เยน ^{[ 19 ] [ 25 ] [ 26 ]}เมื่อวันที่ 1 มิถุนายน 2013 โนบุโอ ชิไรชิ ประธานของ Speed ​​Partners เข้ารับตำแหน่งประธานคนใหม่ของ All Japan โดยไล่มาซายูกิ อุจิดะ ประธานคนก่อนซึ่งเป็นมือขวาของมูโตะมาอย่างยาวนาน ออกจากตำแหน่ง ซึ่งนำไปสู่การที่มูโตะลาออกจากสมาคม โดยมีผลตั้งแต่วันที่ 30 มิถุนายน 2013 ^{[ 19 ] [ 27 ] [ 28 ]}

มูโตะกลับมาสู่ NJPW ในฐานะสมาชิกของทีม All Japan ในศึก Wrestling Worldเมื่อวันที่ 4 มกราคม 2004 โดยจับคู่กับบ็อบ แซปป์เอาชนะโชเท็นได้ ต่อมามูโตะปรากฏตัวในศึก Pro-Wrestlers Be Strongest โดยจับคู่กับโอซามุ นิชิมูระ แต่พ่ายแพ้ให้กับฮิโรชิ ทานาฮาชิและชินสุเกะ นากามูระมูโตะปล้ำให้กับ NJPW เพียงแมตช์เดียวในปี 2005 ในศึก Nexess VI ซึ่งเขาเอาชนะรอน วอเตอร์แมนได้

จากนั้นเขาได้ปรากฏตัวในศึก Wrestle Kingdom Iในปี 2007 ซึ่งเขาได้กลับมาร่วมทีมกับอดีตคู่หูและคู่ปรับอย่างมาซาฮิโร โชโนะเพื่อเอาชนะเทนโคซีในแมตช์ "Super Dream Tag Match" ซึ่งเป็นการรวมตัวของนักมวยปล้ำจาก NJPW และ AJPW

เมื่อวันที่ 4 มกราคม 2008 ในศึก Wrestle Kingdom II ที่โตเกียวโดมภายใต้ตัวตนของเกรท มูตะ เขาเอาชนะฮิโรคิ โกโตะได้ เมื่อวันที่ 27 เมษายน มูตะเอาชนะชินสุเกะ นากามูระเพื่อคว้าแชมป์ IWGP Heavyweight Championship สมัยที่ 4 ซึ่งเป็นการปรากฏตัวครั้งที่สองของเขาในปี 2008 ใน NJPW และเขาไม่ได้ครองตำแหน่งนี้มาเป็นเวลา 8 ปี 4 เดือนก่อนที่จะชนะ หลังจากป้องกันตำแหน่งแชมป์กับมานาบุ นากานิชิและโทกิ มาคาเบะได้มูตะก็ป้องกันตำแหน่งแชมป์กับอดีตแชมป์ชินสุเกะ นากามูระในศึกDestructionเมื่อวันที่ 13 ตุลาคม และรักษาตำแหน่งไว้ได้ด้วยท่าFrankensteiner [ ^{29 ] เขา}จะเสียตำแหน่งแชมป์ให้กับอดีตลูกศิษย์ของเขา ฮิโรชิ ทานาฮาชิ ในศึก Wrestle Kingdom IIIเมื่อวันที่ 4 มกราคม 2009 หลังจากที่ทานาฮาชิใช้ท่าHigh Fly Flow อันเป็นเอกลักษณ์ของเขา ถึงสองครั้งเพื่อเอาชนะไปได้^{[ 30 ]}หลังจากการแข่งขัน มูโตะกล่าวหลังเวทีว่าเขาได้ส่งมอบสายสะพายให้กับทานาฮาชิหลังจากพยายามอย่างเต็มที่มานานกว่าครึ่งปีเพื่อเพิ่มคุณค่าของตำแหน่ง และแนะนำว่าเขาจะถอนตัวและออกจากนิวเจแปนเพื่อพัฒนาบริษัทต่อไป^{[ 30 ]}มูโตะจะปรากฏตัวครั้งที่สองใน NJPW ในวันที่ 12 ตุลาคม เพื่อเป็นการรำลึกถึงปีที่ 25 ของมาซาฮิโร โชโนะในวงการมวยปล้ำอาชีพ โดยมูโตะจับคู่กับโชโนะและเคนตะ โคบาชิเอาชนะจุน อากิยามะ มานาบุ นาคานิชิ และซาโตชิ โคจิมะ ในการแข่งขันแท็กทีม 6 คน

เมื่อวันที่ 4 มกราคม 2012 มูโตะกลับมาที่นิวเจแปนในศึก Wrestle Kingdom VI ที่โตเกียวโดมโดยเขาเอาชนะเท็ตสึยะ นาอิโตะในการแข่งขันเดี่ยว^{[ 31 ]}หนึ่งปีต่อมาในศึก Wrestle Kingdom 7 ที่โตเกียวโดมมูโตะจับคู่กับชินจิโร โอทานิ ซึ่งมาแทนที่ไดจิ ฮาชิโมโตะ ที่ได้รับบาดเจ็บ ในการแข่งขันแท็กทีม โดยพวกเขาพ่ายแพ้ให้กับฮิโรโยชิ เทนซันและซาโตชิ โคจิมะ^{[ 32 ]}หนึ่งปีต่อมา มูโตะกลับมาที่นิวเจแปนอีกครั้งในศึก Wrestle Kingdom 8 ที่โตเกียวโดมโดยครั้งนี้เขาใช้ชื่อว่า เดอะ เกรท มูตะ ในการแข่งขันแท็กทีม โดยเขาและโทรู ยาโนะเอาชนะซูซูกิ-กัน ( มิโนรุ ซูซูกิและเชลตัน เอ็กซ์ เบนจามิน ) ในฐานะฝ่ายธรรมะเพียงคนเดียวในการแข่งขัน มูตะหักหลังยาโนะในช่วงท้ายของการแข่งขัน แต่หมอกสีเขียวของเขากลับไปโดนซูซูกิโดยไม่ได้ตั้งใจ ทำให้ยาโนะจับกดเขาและคว้าชัยชนะไปได้^{[ 33 ] [ 34 ]}

มูโตะ ในบทบาท เกรท มูตะ เป็นผู้เข้าแข่งขันคนสุดท้ายในศึกHonor Rumbleที่งานG1 Supercard Show เมื่อวันที่ 6 เมษายน 2019 ซึ่งนับเป็นการปรากฏตัวครั้งแรกของเขาในสมาคมนี้ในรอบ 5 ปี ต่อมาเมื่อวันที่ 19 กุมภาพันธ์ 2020 มูโตะได้ปรากฏตัวในงานTiger Hattori Retirement Show ร่วมกับอดีตนักมวยปล้ำ NJPW อย่างริกิ โชชู , เดอะ เกรท คาบู กิ และฮิโรชิ ฮาเซะ

เมื่อวันที่ 8 มกราคม 2022 ในศึก Wrestle Kingdom 16มูโตะจับคู่กับไคโตะ คิโยมิยะแต่พ่ายแพ้ให้กับคาซูชิกะ โอคาดะและฮิโรชิ ทานาฮาชิในแมตช์หลักของรายการ เมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน มูโตะในบทบาทเกรท มูตะ ได้ลงแข่งขันในแมตช์รองสุดท้ายของเขาใน NJPW ใน รายการ Historic X-Overโดยมูตะจับคู่กับChaos ( คาซูชิกะ โอคาดะและโทรู ยาโนะ ) เอาชนะUnited Empire ( เกรท-โอ-ข่าน , เจฟฟ์ คอบบ์และแอรอน เฮนาร์ ) เมื่อวันที่ 4 มกราคม 2023 ในศึก Wrestle Kingdom 17คืนแรก มูโตะได้ลงแข่งขันในแมตช์สุดท้ายของเขาใน NJPW โดยจับคู่กับฮิโรชิ ทานาฮาชิและโชตะ อุมิโนะ เอาชนะLos Ingobernables de Japon ( เท็ตสึยะ นาอิโตะ , ซานาดะและบุชิ ) มูโตะปรากฏตัวในคืนที่ 2 ของศึก Wrestle Kingdom 17 โดยท้าทายนาอิโตะให้มาแข่งขันแมตช์อำลาวงการ ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของ งานKeiji Muto Grand Final Pro-Wrestling "Last-Love"ของ Noah