ในช่วงเริ่มต้นของการรบที่เกตตีสเบิร์กเมื่อวันที่ 9 มิถุนายน ค.ศ. 1863 คิลแพทริกได้เข้าร่วมการรบที่แบรนดีสเตชั่นซึ่งเป็นการรบของทหารม้าที่ใหญ่ที่สุดในสงคราม เขาได้รับ ยศ นายพลจัตวาเมื่ออายุ 27 ปี ในวันที่ 13 มิถุนายน เข้าร่วมการรบที่อัลดีและอัปเปอร์วิลล์และรับตำแหน่งผู้บัญชาการกองพลสามวันก่อนที่การรบที่เกตตีสเบิร์กจะเริ่มต้นขึ้น ในวันที่ 21 มิถุนายน เขาถูกจับที่อัปเปอร์วิลล์ แต่ได้รับการช่วยเหลืออย่างรวดเร็ว และในวันเดียวกันนั้น เขายังเสี่ยงชีวิตเพื่อช่วยเหลือผู้บัญชาการที่ได้รับบาดเจ็บของกองทหารม้าที่ 5 แห่งนอร์ทแคโรไลนา^{[ 6 ]}ในวันที่ 30 มิถุนายน เขาปะทะกับกองทหารม้าของเจบีอี สจ๊วต ที่ ฮาโนเวอร์ รัฐเพนซิลเวเนียแต่จากนั้นก็ออกไปไล่ล่าสจ๊วตโดยไร้จุดหมาย แทนที่จะทำภารกิจรวบรวมข้อมูลข่าวกรองให้สำเร็จ

ในวันที่สองของการรบที่เกตตีสเบิร์ก วันที่ 2 กรกฎาคม ค.ศ. 1863 กองพลของคิลแพทริกได้ปะทะกับเวด แฮมป์ตันห่างจากตัวเมืองไปทางตะวันออกเฉียงเหนือ 5 ไมล์ ที่ฮันเตอร์สทาวน์จากนั้นเขาตั้งค่ายพักแรมในคืนนั้นทางตะวันออกเฉียงใต้ที่ทูทาเวิร์น หนึ่งในผู้บัญชาการกองพลน้อยของเขา พลจัตวาจอร์จ เอ. คัสเตอร์ ได้รับคำสั่งให้ไปเข้าร่วม กองพลของพลจัตวาเดวิด แมคเอ็ม. เกรก ก์ เพื่อปฏิบัติการในวันรุ่งขึ้นเพื่อต่อต้านทหารม้าของสจวร์ตทางตะวันออกของเมือง ดังนั้นคิลแพทริกจึงเหลือกองพลน้อยเพียงกองเดียว ในวันที่ 3 กรกฎาคม หลังจาก การโจมตีของพิกเก็ตต์เขาได้รับคำสั่งจากผู้บัญชาการกองทัพ พลตรีจอร์จ จี. มีดและผู้บัญชาการกองทหารม้าอัลเฟรด เพลียสันตันให้เปิดฉากโจมตีด้วยทหารม้าใส่ตำแหน่งทหารราบของกองทัพของพลโทเจมส์ ลองสตรีท ทางปีกขวาของฝ่ายสัมพันธมิตร ทางตะวันตกของ ลิตเติล ราวด์ท็อปผู้บัญชาการกองพลน้อยเพียงคนเดียวของคิลแพทริกคือ พลจัตวา... พลเอกอีลอน เจ. ฟาร์นสเวิร์ธคัดค้านการกระทำที่ไร้ประโยชน์เช่นนั้น คิลแพทริกตั้งคำถามถึงความกล้าหาญของเขาและกล่าวหาว่าท้าทายให้เขาบุกโจมตี โดยกล่าวว่า "ถ้าอย่างนั้น ขอสาบานต่อพระเจ้า ถ้าเจ้ากลัวที่จะไป ข้าจะนำทัพบุกเอง" ฟาร์นสเวิร์ธจำใจทำตามคำสั่ง เขาเสียชีวิตในการโจมตีครั้งนั้น และกองพลของเขาก็ได้รับความสูญเสียอย่างมาก

คิลแพทริกและทหารม้าที่เหลือไล่ล่าและก่อกวนลีระหว่างการถอยทัพกลับไปยังเวอร์จิเนีย ในปลายเดือนสิงหาคม เขาเข้าร่วมในปฏิบัติการทำลายเรือปืนของฝ่ายสัมพันธมิตรชื่อแซทเทลไลท์และรีไลแอนซ์ในแม่น้ำแรปปาแฮนโนคโดยขึ้นไปบนเรือและจับกุมลูกเรือได้สำเร็จ

กองทหารม้าของคิลแพทริกเข้าร่วมในยุทธการบริสโตในเดือนตุลาคมปีนั้น แต่ประสบความพ่ายแพ้อย่างน่าอับอายในตอนท้าย เมื่อพวกเขาถูกล่อให้ติดกับดักและแตกพ่ายที่บัคแลนด์มิลส์

ในเดือนพฤศจิกายน เขาได้รับข่าวการเสียชีวิตของภรรยาวัยเยาว์ และไม่ได้เข้าร่วมการรณรงค์ที่ไมน์รันในอีกสองเดือนต่อมา ลูกชายวัยทารกของเขาก็เสียชีวิตเช่นกัน

ก่อนที่พลโทยูลิสเซส เอส.แก รนต์ จะเริ่ม การรณรงค์โอเวอร์แลนด์ในฤดูใบไม้ผลิปี 1864 คิลแพทริกได้นำทัพบุกโจมตีริชมอนด์และผ่านคาบสมุทรเวอร์จิเนียโดยหวังจะช่วยเหลือเชลยศึกฝ่ายสหภาพที่ถูกคุมขังอยู่ที่เบลล์ไอล์และเรือนจำลิบบีในริชมอนด์ คิลแพทริกนำกองพลของเขาออกปฏิบัติการในวันที่ 28 กุมภาพันธ์ โดยลอบผ่านปีกของโรเบิร์ต อี. ลี และรุกคืบลงใต้ไปยังริชมอนด์ ในวันที่ 1 มีนาคม พวกเขาอยู่ห่างจากเมืองเพียง 5 ไมล์ อย่างไรก็ตาม การป้องกันรอบเมืองนั้นแข็งแกร่งเกินไป และกองกำลังทหารอาสาสมัครและทหารม้าฝ่ายสัมพันธมิตรจำนวนมากได้ไล่ตามพวกเขาตลอดทาง รวมถึงทหารบางส่วนของพลเอกเวด แฮมป์ตันที่ถูกส่งมาจากกองทัพเวอร์จิเนียเหนือ ด้วย

เนื่องจากไม่สามารถเดินทางไปยังริชมอนด์หรือกลับไปยังกองทัพแห่งโปโตแมคได้ คิลแพทริกจึงตัดสินใจหนีลงไปตามคาบสมุทรเวอร์จิเนีย ซึ่ง เป็นที่ตั้ง ของกองทัพแห่งเจมส์ของเบนบัตเลอ ร์ ในขณะเดียวกัน นายพลก็รู้สึกผิดหวังเมื่อพบว่า กองพลของ อุลริค ดาห์ลเกรน (ที่แยกตัวออกมาจากกองกำลังหลัก) ไม่สามารถข้ามแม่น้ำเจมส์ได้ ในที่สุด ทหาร 300 นายของดาห์ลเกรนก็เดินทางมาถึงค่าย ส่วนดาห์ลเกรนและคนอื่นๆ ดูเหมือนจะหายสาบสูญไปในอากาศ ผู้รอดชีวิตรายงานว่าพวกเขาได้เดินทางอย่างยากลำบากผ่านชนบทโดยรอบริชมอนด์ในความมืดและพายุลูกเห็บ ป่าเต็มไปด้วยทหารข้าศึกและพลเรือนที่ไม่เป็นมิตรทุกหนทุกแห่ง ดาห์ลเกรนและทหารม้า 200 นายที่เขาเดินทางไปด้วยได้รับแจ้งจากทาสคนหนึ่งเกี่ยวกับสถานที่ที่แม่น้ำเจมส์ตื้นและสามารถข้ามได้ เมื่อพวกเขาไปถึงที่นั่น แม่น้ำกลับเอ่อล้นและไหลเชี่ยวกราก ดาห์ลเกรนเชื่อว่าเขาถูกหลอก จึงสั่งแขวนคอทาสคนนั้น พวกเขากลับไปทางเหนือและพบว่าคิลแพทริกหายไปแล้ว พวกเขาจึงอยู่เพียงลำพังในดินแดนที่ไม่เป็นมิตร

ทหารม้าต่อสู้ฝ่าฟันไปจนถึงแม่น้ำแมตตาโปนีข้ามแม่น้ำไป และดูเหมือนจะปลอดภัยจากอันตราย แต่ในความมืด พวกเขากลับไปเจอการซุ่มโจมตีของฝ่ายสัมพันธมิตร ดาห์ลเกรนถูกยิงเสียชีวิตพร้อมกับลูกน้องอีกหลายคน ส่วนที่เหลือถูกจับเป็นเชลย ศพของเขาถูกนำไปจัดแสดงในริชมอนด์ในฐานะของที่ระลึกจากสงคราม เอกสารที่พบในตัวของดาห์ลเกรนหลังจากเสียชีวิตไม่นาน อธิบายถึงวัตถุประสงค์ของการเดินทางครั้งนี้ ซึ่งดูเหมือนจะบ่งชี้ว่าเขามีเจตนาที่จะเผาและปล้นสะดมริชมอนด์ และลอบสังหารเจฟเฟอร์สัน เดวิสและคณะรัฐมนตรีของฝ่ายสัมพันธมิตรทั้งหมด

การบุกโจมตีครั้งนี้ส่งผลให้ทหารม้า 324 นายเสียชีวิตและบาดเจ็บ และอีก 1,000 นายถูกจับเป็นเชลย ทหารของคิลแพทริกได้สร้างความเสียหายเป็นวงกว้างทั่วบริเวณรอบนอกของริชมอนด์ ทำลายโรงนาใบยาสูบ เรือ รถไฟและรางรถไฟ และโครงสร้างพื้นฐานอื่นๆ พวกเขายังได้วางแผ่นพับจำนวนมากไว้ในและรอบๆ บ้านและอาคารอื่นๆ โดยเสนอการนิรโทษกรรมแก่พลเรือนทางใต้คนใดก็ตามที่สาบานตนว่าจะจงรักภักดีต่อสหรัฐอเมริกา ในระหว่างการบุกโจมตี พลตรี จอห์น เอช. วินเดอร์ ผู้บัญชาการทหารรักษาการณ์ของริชมอนด์ มีความกังวลอย่างมากว่าเชลยศึกฝ่ายสหภาพที่ถูกคุมขังในเรือนจำริชมอนด์ลิบบี้จะพยายามหลบหนี เขาจึงสั่งให้วางดินปืนไว้ใต้อาคาร เพื่อจุดระเบิดหากพวกเขาพยายามหลบหนี^{[ 7 ]}

การค้นพบและการตีพิมพ์เอกสารดาลเกรนก่อให้เกิดความขัดแย้งระดับนานาชาติ นายพลแบร็กซ์ตัน แบร็กก์ประณามเอกสารเหล่านั้นว่าเป็น "สิ่งชั่วร้าย" และเจมส์ เซดดอน รัฐมนตรี ว่าการกระทรวงสงครามของฝ่ายใต้ เสนอให้แขวนคอเชลยศึกฝ่ายเหนือ โรเบิร์ต อี. ลีเห็นด้วยว่าเอกสารเหล่านั้นเป็นเอกสารที่น่าสยดสยอง แต่ขอให้ใจเย็น โดยกล่าวว่าไม่มีการทำลายเอกสารจริงเกิดขึ้น และเอกสารเหล่านั้นอาจเป็นของปลอม นอกจากนี้ ลียังกังวลเพราะกองกำลังกองโจรฝ่ายใต้บางส่วนเพิ่งถูกกองทัพโปโตแมคจับกุม ซึ่งกำลังพิจารณาที่จะแขวนคอพวกเขา และการประหารชีวิตคนของดาลเกรนอาจก่อให้เกิดปฏิกิริยาลูกโซ่ นายพลฝ่ายใต้จึงส่งเอกสารไปยังจอร์จ มีดภายใต้ธงแห่งการสงบศึก และขอให้เขาอธิบาย มีดเขียนตอบกลับมาว่าไม่มีใครในวอชิงตันหรือกองทัพสั่งให้เผาหรือลอบสังหาร

ในขณะเดียวกัน หนังสือพิมพ์และนักการเมืองทางภาคเหนือและภาคใต้ต่างก็โจมตีกันไปมา ฝ่ายแรกประณามการใช้ศพของอุลริค ดาห์ลเกรนเป็นสิ่งดึงดูดใจในงานเทศกาล ส่วนฝ่ายหลังกล่าวหาว่ารัฐบาลของลินคอล์นต้องการปล้นสะดมและสังหารพลเรือนในเวอร์จิเนียอย่างไม่เลือกหน้า รวมถึงข้อกล่าวอ้างที่ว่าคิลแพทริกต้องการปล่อยตัวเชลยศึกฝ่ายสหภาพและปล่อยให้พวกเขาไปทำร้ายผู้หญิงในริชมอนด์ หนังสือพิมพ์ทางภาคเหนือยังแสดงความยินดีกับการทำลายล้างที่เกิดจากการโจมตีและสนุกกับการบรรยายสภาพที่เสียหายยับเยินของชนบทในเวอร์จิเนีย

หลังจากเดินทางถึงฐานทัพของเบน บัตเลอร์ที่ป้อมมอนโรว์ทหารของคิลแพทริกก็ขึ้นเรือกลไฟกลับไปยังวอชิงตัน ปัญหาต่างๆ ตามมาอีกเมื่อพวกเขาได้รับอนุญาตให้พักผ่อนเพียงไม่กี่วันใน เมือง อเล็กซานเดรีย รัฐเวอร์จิเนียก่อนที่จะกลับไปรวมกับกองทัพแห่งโปโตแมค เมืองนั้นมีทหารผิวดำประจำการอยู่ และมีทหารคนหนึ่งหยุดเพื่อแจ้งทหารม้าอีกคนหนึ่งว่า เฉพาะผู้ที่ปฏิบัติหน้าที่อยู่เท่านั้นที่ได้รับอนุญาตให้ขี่ม้าผ่านถนน ทหารคนนั้นรู้สึกว่าเป็นการดูถูกที่ต้องรับคำสั่งจากคนผิวดำ และใช้ดาบฟันเขาเสียชีวิตทันที กองพลของคิลแพทริกถูกลงโทษโดยถูกบังคับให้ขึ้นเรือไปยังแม่น้ำราปิดาน ทันที โดยไม่ได้พักผ่อนหรือรับเครื่องแบบใหม่

การปฏิบัติการ "คิลแพทริก-ดาห์ลเกรน" ล้มเหลวอย่างสิ้นเชิง จนคิลแพทริกพบว่าเขาไม่เป็นที่ต้อนรับในสมรภูมิฝั่งตะวันออก อีกต่อไป เขาจึงย้ายไปทางตะวันตกเพื่อบัญชาการกองพลทหารม้าที่ 3 แห่งกองทัพคัมเบอร์แลนด์ภายใต้การบังคับบัญชาของพลตรี วิลเลียม เทคัมเซห์ เชอ ร์แมน

เชอร์แมนสรุปเกี่ยวกับจูดสัน คิลแพทริกในปี พ.ศ. 2407 ว่า "ฉันรู้ว่าคิลแพทริกเป็นคนโง่เง่าสิ้นดี แต่ฉันต้องการคนประเภทนั้นมาบัญชาการทหารม้าของฉันในการเดินทางครั้งนี้" ^{[ 8 ]}

ตั้งแต่เดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1864 คิลแพทริกได้เข้าร่วมในยุทธการแอตแลนตาในวันที่ 13 พฤษภาคม เขาได้รับบาดเจ็บสาหัสที่ต้นขาในยุทธการเรซากาและอาการบาดเจ็บทำให้เขาต้องพักรักษาตัวจนถึงปลายเดือนกรกฎาคม เขามีความสำเร็จอย่างมากในการโจมตีหลังแนวรบของฝ่ายสัมพันธมิตร ทำลายทางรถไฟ และในบางช่วง เขาได้นำกองพลของเขาอ้อมแนวข้าศึกในแอตแลนตา ทั้งหมด กองพลของเขามีบทบาทสำคัญในยุทธการโจนส์โบโรห์เมื่อวันที่ 31 สิงหาคม ค.ศ. 1864

คิลแพทริกยังคงร่วมรบกับเชอร์แมนต่อไปในระหว่างการเดินทัพสู่ทะเลไปยังซาวานนาห์และขึ้นเหนือในแคมเปญแคโรไลนาเขาชื่นชอบการทำลายทรัพย์สินของฝ่ายใต้ ในสองโอกาส สัญชาตญาณส่วนตัวที่หยาบคายของเขากลับทำให้เขาพ่ายแพ้: ทหารม้าฝ่ายสัมพันธมิตรภายใต้การบัญชาการของพลตรีเวด แฮมป์ตันบุกโจมตีค่ายของเขาขณะที่เขานอนอยู่บนเตียง ในการรบที่มอนโรส์ครอสโรดส์เขาถูกบังคับให้หนีเอาชีวิตรอดในชุดชั้นในจนกว่ากองทหารของเขาจะรวมตัวกันใหม่ได้ คิลแพทริกจะเดินทัพไปยังเมืองไอเคนซึ่งเขาจะปะทะกับกองทหารภายใต้การบัญชาการของโจเซฟ วีลเลอร์ [ ^{9 ] คิ}ลแพทริกพ่ายแพ้ในการรบและถูกผลักดันกลับไปยังแนวป้องกันของเขาที่มอนต์โมเรนซี^{[ 10 ]}

เมื่อวันที่ 13 เมษายน ค.ศ. 1865 นายพลคิลแพทริกถูกยิงโดยร้อยโททหารม้าจากเท็กซัส สังกัดกองทหารม้าของวีลเลอร์ ซึ่งมีรายงานว่าเมาสุรา และอ้างว่าตนเองชื่อโรเบิร์ต วอลช์ วอลช์ยิงปืนพกใส่พลเอกและคณะเจ้าหน้าที่ที่กำลังเดินเข้ามา 6 นัด ขณะที่พลเมืองหลายคนในเมืองราลีขอร้องไม่ให้เขาทำเช่นนั้น เพราะเกรงว่าเมืองที่เพิ่งยอมจำนนไปเมื่อหลายวันก่อนจะถูกทำลาย หลังจากสอบสวนคิลแพทริกเพียงครู่เดียว เขาก็สั่งให้ลูกน้องนำตัววอลช์ไปให้พ้นสายตาของผู้หญิงและนำไปแขวนคอ

คิลแพทริกได้ร่วมเดินทางไปกับพลตรีวิลเลียม ที. เชอร์แมนในการเจรจายอมจำนนที่เบนเน็ตต์เพลสใกล้เมืองเดอร์แฮม รัฐนอร์ทแคโรไลนาเมื่อวันที่ 17 เมษายน ค.ศ. 1865

ต่อมา คิลแพทริกได้บัญชาการกองพลทหารม้าในกองทัพภาคแม่น้ำมิสซิสซิปปีตั้งแต่เดือนเมษายนถึงมิถุนายน ค.ศ. 1865 และได้รับการเลื่อนยศเป็นพลตรีอาสาสมัครเมื่อวันที่ 18 มิถุนายน ค.ศ. 1865 เขาลาออกจากกองทัพเมื่อวันที่ 1 ธันวาคม ค.ศ. 1865