เมื่อสงครามโลกครั้งที่สองปะทุขึ้นในยุโรปจึงมีการตัดสินใจสร้างสนามบินทหารในฮาร์ลิงเกน พันเอกจอห์น อาร์. มอร์แกน เป็นผู้บัญชาการคนแรกของโรงเรียนฝึกยิงปืนทางอากาศฮาร์ลิงเกนโดยเดินทางมาถึงในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2484 และดำรงตำแหน่งนี้ตลอดช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง ในวันที่ 30 มิถุนายน พ.ศ. 2484 ได้มีการทำสัญญากับมอร์แกนและแซคารี ผู้รับเหมาก่อสร้างจากเอลปาโซและลาเรโด เพื่อเริ่มการก่อสร้างสนามบินทหาร^{[ 1 ]} ภารกิจของสนามบินทหารฮาร์ลิงเกนคือการฝึกพลปืนทางอากาศ โรงเรียนได้รับบุคลากรชุดแรกในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2484 ภารกิจหลักของโรงเรียน โดยมีจำนวนนักเรียนเริ่มต้น 600 คน คือการฝึกนักเรียนพลปืนทางอากาศในหลักสูตรฝึกอบรมห้าสัปดาห์ (ขยายเป็นหกสัปดาห์ในปี พ.ศ. 2486) ทหารกว่า 48,000 นายได้รับการฝึกฝนจนกระทั่งโรงเรียนแห่งนี้ ซึ่งเป็นหนึ่งในสามโรงเรียนประเภทนี้ในประเทศ ปิดตัวลงในปี พ.ศ. 2488 ^{[ 2 ]} ในตอนแรก โรงเรียนนี้ถูกมอบหมายให้ ศูนย์ฝึกอบรมชายฝั่งอ่าว ของกองทัพอากาศสหรัฐ (USAAF) เป็นโรงเรียนฝึกยิงปืนแบบยืดหยุ่น โดยกลุ่มบริการที่ 78 ได้รับการกำหนดให้เป็นหน่วยงานเจ้าภาพแห่งแรกที่สนามบินแห่งใหม่^{[ 3 ]}

สนามบินมีรันเวย์ขนานกันสองเส้นในแนวเหนือ-ใต้ ยาว 6,000 ฟุต และรันเวย์ยาว 5,200 ฟุตอีกสองเส้นวางตัวในแนวตะวันออกเฉียงเหนือ/ตะวันตกเฉียงใต้ และตะวันตกเฉียงเหนือ/ตะวันออกเฉียงใต้ มีการสร้างลานจอดเครื่องบินขนาดใหญ่และโรงเก็บเครื่องบินหลายแห่ง พร้อมด้วยคลังสินค้า หอพัก สถานีดับเพลิง หอเก็บน้ำ และอาคารสนับสนุนอีกจำนวนหนึ่ง ซึ่งทั้งหมดสร้างจากไม้และกระดาษชุบน้ำมันดินบนบล็อกคอนกรีต^{[ ​​4 ]} มีการสร้างสนามบินสำรองที่พอร์ตอิซาเบล รัฐเท็กซัสเพื่อสนับสนุนการฝึกอบรมและปฏิบัติการบินที่ฮาร์ลิงเกน การฝึกอบรมดำเนินการในด้านการยิงปืนจากอากาศสู่อากาศและจากอากาศสู่พื้นดิน การฝึกอบรมจากอากาศสู่อากาศใช้เครื่องบินหลากหลายประเภท รวมถึงAT-6 Texans , BT-13 Valiants , P-63 Kingcobras , B-17 Flying Fortresses , B-26 Marauder ^{[ 5 ]}และB-24 Liberatorsสำหรับการฝึกอบรมภาคพื้นดิน สิ่งอำนวยความสะดวกประกอบด้วยสนามยิงเป้าเคลื่อนที่และเครื่องจำลองการยิงปืน พลปืนประจำเครื่องบินรุ่นแรกสำเร็จการศึกษาจากโรงเรียนฝึกยิงปืนในเดือนมกราคม พ.ศ. 2485 ^{[ 3 ]}

ในช่วงสงครามเกาหลีฐานทัพแห่งนี้ถูกเปิดใช้งานอีกครั้งในวันที่ 17 มีนาคม 1952 โดยอยู่ภายใต้การดูแลของกองบัญชาการฝึกอบรมทางอากาศ (Air Training Command หรือ ATC) ซึ่งได้เปลี่ยนชื่อสนามบินเป็นฐานทัพอากาศฮาร์ลิงเกน (Harlingen Air Force Base) และอยู่ภายใต้การควบคุมการปฏิบัติงานของกองบินฝึกอบรมผู้สังเกตการณ์ที่ 3610 (3610th Observer Training Wing หรือ ATC) ในฐานะส่วนหนึ่งของโครงการฝึกอบรมผู้สังเกตการณ์ การฝึกอบรมส่วนใหญ่ดำเนินการโดยใช้ เครื่องบิน Convair T-29ในวันที่ 1 กันยายน 1953 ATC ยังได้จัดตั้งโรงเรียนฝึกนักบินเครื่องยนต์หลายเครื่องที่ฮาร์ลิงเกน และปรับปรุงโครงการฝึกอบรมผู้สังเกตการณ์ใหม่ โดยเปลี่ยนการฝึกอบรมผู้สังเกตการณ์ขั้นต้นเป็นหลักสูตรขั้นต้นขั้นพื้นฐาน และให้การสอนขั้นสูงในหลักสูตรขั้นพื้นฐาน ภายใต้โครงการใหม่นี้ ผู้สำเร็จการฝึกอบรมขั้นต้นขั้นพื้นฐานทุกคนจะมีคุณสมบัติเป็นนักเดินเรืออากาศยาน มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 15 พฤศจิกายน 1956 กองบัญชาการกองทัพอากาศสหรัฐฯ ได้สั่งให้ใช้คำว่า "นักเดินเรือ" แทนคำว่า "ผู้สังเกตการณ์" หรือ "ผู้สังเกตการณ์อากาศยาน" ในทุกกรณี คำสั่งดังกล่าวส่งผลให้มีการเปลี่ยนชื่อกองฝึกอบรมผู้สังเกตการณ์ที่ 3610 เป็นกองฝึกอบรมผู้เดินเรือที่ 3610 ^{[ 6 ]}

ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2492 ATC ได้สั่งให้ฐานทัพอากาศ Matherรัฐแคลิฟอร์เนีย ย้ายการฝึกอบรมนักบินนำทางขั้นพื้นฐานไปที่ฐานทัพอากาศ Harlingen ภายในต้นปี พ.ศ. 2505 การฝึกอบรมนี้ต้องย้ายที่ตั้งเพื่อให้ Mather สามารถรับช่วง การฝึกอบรม เจ้าหน้าที่สงครามอิเล็กทรอนิกส์ (EWO) ของฐานทัพอากาศ Keeslerได้ภายในต้นปี พ.ศ. 2506 ^{[ 6 ]}

ในช่วงต้นปี พ.ศ. 2503 กองทัพอากาศสหรัฐฯ อนุญาตให้ ATC ยุติหลักสูตรฝึกอบรมก่อนบินสำหรับนักบินและนักเดินเรือที่ฐานทัพอากาศ Lackland รัฐเท็กซัส การฝึกอบรมก่อนบินสำหรับนักบินกลายเป็นความรับผิดชอบของฐานฝึกอบรมหลัก และการฝึกอบรมก่อนบินสำหรับนักเดินเรือได้ย้ายไปที่โรงเรียนนักเดินเรือ โปรแกรมฝึกอบรมก่อนบินสำหรับนักเดินเรือใหม่มีผลบังคับใช้ที่ Harlingen ในวันที่ 6 เมษายน^{[ 6 ]}

ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2504 ระหว่างการกล่าวสุนทรพจน์เรื่องงบประมาณต่อรัฐสภา ประธานาธิบดีจอห์น เอฟ. เคนเนดี แห่งสหรัฐอเมริกา ได้ประกาศว่ากระทรวงกลาโหมจะปิดฐานทัพอากาศ 73 แห่ง (70 แห่งในสหรัฐอเมริกา) รวมถึงฐานทัพอากาศฮาร์ลิงเกน รัฐเท็กซัส ซึ่งเป็นฐานทัพอากาศควบคุมการจราจรทางอากาศเพียงแห่งเดียวในรายชื่อดังกล่าว ฮาร์ลิงเกนรับนักเรียนกลุ่มสุดท้ายเข้าสู่การฝึกอบรมนักเดินเรือเมื่อวันที่ 9 สิงหาคม นับจากนั้นเป็นต้นมาฐานทัพอากาศเจมส์ คอนนอลลีรัฐเท็กซัส ได้จัดการฝึกอบรมนักเดินเรือระดับปริญญาตรีทั้งหมด จนกระทั่งปิดตัวลงในภายหลังและย้ายการฝึกอบรมนักเดินเรือกลับไปยังฐานทัพอากาศมาเธอร์^{[ 6 ]}

ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2505 โรงอาหารถูกรวมเข้าด้วยกันเนื่องจากจำนวนเจ้าหน้าที่ฐานทัพลดลง และโรงพยาบาลของฐานทัพประกาศเปลี่ยนสถานะเป็นสถานจ่ายยา ฐานทัพได้จัดงานประชุมครั้งสุดท้าย ซึ่งเป็นการประชุมเกี่ยวกับการควบคุมการกัดกร่อน ในเดือนเมษายน ขณะที่โรงยิม ห้องสมุด และร้านขายเครื่องแต่งกายทหารปิดตัวลง การฝึกอบรมนักบินนำทางระดับปริญญาตรีที่ฐานทัพอากาศฮาร์ลิงเกนสิ้นสุดลงในวันที่ 6 มิถุนายน พ.ศ. 2505 ด้วยการสำเร็จการศึกษาของรุ่น 62-22N กองฝึกอบรมนักบินนำทางที่ 3610 และหน่วยย่อยถูกยุบในวันที่ 1 กรกฎาคม ในเวลาเดียวกัน กองบัญชาการฝึกอบรมทางอากาศได้กำหนดให้ฐานทัพอากาศฮาร์ลิงเกนอยู่ในสถานะไม่ใช้งาน^{[ 6 ] [ 7 ]}

ในปี 1963 การก่อสร้างและปรับปรุงพื้นที่เพื่อเปลี่ยนเป็นโรงเรียนนายทหารตามแบบอย่างของนาวิกโยธินสหรัฐฯ ได้เริ่มต้นขึ้น โรงเรียนแห่งนี้มีชื่อว่า โรงเรียน นายทหารนาวิกโยธิน (Marine Military Academy ) เปิดทำการเรียนการสอนปีแรกในปี 1965 โรงเรียนแห่งนี้ยังคงตั้งอยู่จนถึงทุกวันนี้และสามารถรองรับนักเรียนนายทหารได้ประมาณ 250 คน