ฐานข้อมูลอ้างอิงโปรตีนของมนุษย์ ( HPRD ) เป็นฐานข้อมูลโปรตีน ที่สามารถเข้าถึงได้ทางอินเทอร์เน็ต^{[ 1 ]} ฐานข้อมูลนี้ มีความเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับสถาบันวิจัยชีวสารสนเทศ (IOB) ซึ่ง เป็นองค์กรวิจัยที่ไม่แสวงหาผลกำไร ชั้นนำ ของอินเดียในเมืองบังกาลอร์ประเทศอินเดียฐานข้อมูลนี้เป็นผลงานความร่วมมือระหว่าง IOB และห้องปฏิบัติการ Pandey ของมหาวิทยาลัย Johns Hopkins

ฐานข้อมูล HPRD เป็นผลมาจากความร่วมมือระหว่างประเทศระหว่างสถาบันชีวสารสนเทศศาสตร์ในบังกาลอร์ ประเทศอินเดีย และห้องปฏิบัติการ Pandeyที่มหาวิทยาลัย Johns Hopkinsในบัลติมอร์ สหรัฐอเมริกา HPRD ประกอบด้วยข้อมูลทางวิทยาศาสตร์ที่คัดกรองด้วยตนเองเกี่ยวกับชีววิทยาของโปรตีนส่วนใหญ่ในมนุษย์ ข้อมูลเกี่ยวกับโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับโรคในมนุษย์ได้รับการระบุและเชื่อมโยงกับฐานข้อมูล Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) ศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ (National Center for Biotechnology Information) ให้การเชื่อมโยงไปยัง HPRD ผ่านฐานข้อมูลโปรตีนของมนุษย์ (เช่น Entrez Gene, RefSeq protein ที่เกี่ยวข้องกับยีนและโปรตีน)

แหล่งข้อมูลนี้แสดงข้อมูลเกี่ยวกับหน้าที่ของโปรตีนในมนุษย์ รวมถึง ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีน กับโปรตีนการดัดแปลงหลังการแปลความสัมพันธ์ระหว่างเอนไซม์กับสารตั้งต้น และความเกี่ยวข้องกับโรค ข้อมูลคำอธิบายประกอบโปรตีนที่จัดทำเป็นแคตตาล็อกได้มาจากการคัดเลือกด้วยตนเองโดยใช้เอกสารที่ตีพิมพ์โดยนักชีววิทยาผู้เชี่ยวชาญ และผ่านการวิเคราะห์ข้อมูลชีวสารสนเทศของลำดับโปรตีน ข้อมูลปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนกับโปรตีนและการระบุตำแหน่งภายในเซลล์จาก HPRD ได้ถูกนำมาใช้เพื่อพัฒนาเครือข่ายปฏิสัมพันธ์ของโปรตีนในมนุษย์^{[ 2 ]}

จุดเด่นของ HPRD มีดังนี้:

• จากปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนกับโปรตีน (PPIs) จำนวน 10,000 รายการที่ระบุสำหรับโปรตีน 3,000 ตัวในปี 2546 HPRD ได้เติบโตขึ้นเป็น PPIs ที่ไม่ซ้ำกันมากกว่า 36,500 รายการที่ระบุสำหรับโปรตีน 25,000 ตัว รวมถึงไอโซฟอร์ม 6,360 รายการภายในสิ้นปี 2550 ^{[ 3 ]}
• โมเลกุลมากกว่า 50% ที่ได้รับการระบุใน HPRD มีปฏิสัมพันธ์กับโปรตีนอย่างน้อยหนึ่งรายการ และ 10% มีปฏิสัมพันธ์กับโปรตีนมากกว่า 10 รายการ
• การทดลองเกี่ยวกับปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีน (PPIs) แบ่งออกเป็น 3 ประเภทหลัก ได้แก่ การทดลองในหลอดทดลอง (in vitro), การทดลองในสิ่งมีชีวิต (in vivo) และการทดลองยีสต์ทูไฮบริด (Y2H) ร้อยละ 60 ของ PPIs ที่ระบุไว้ใน HPRD ได้รับการสนับสนุนจากการทดลองเพียงวิธีเดียว ในขณะที่ร้อยละ 26 พบว่ามีการระบุวิธีการทดลอง 2 ใน 3 วิธีดังกล่าว
• ฐานข้อมูล HPRD ประกอบด้วยข้อมูลการดัดแปลงโปรตีนหลังการสังเคราะห์ (PTMs) ที่ได้รับการคัดกรองด้วยตนเองจำนวน 18,000 รายการ ซึ่งแบ่งออกเป็น 26 ประเภทการฟอสฟอริเลชันเป็นรูปแบบการดัดแปลงโปรตีนที่พบมากที่สุด โดยคิดเป็น 63% ของข้อมูล PTM ทั้งหมดที่บันทึกไว้ใน HPRD รอง ลงมาคือ การไกลโคซิเลชันการแตกตัวด้วยเอนไซม์โปรตีเอสและการสร้างพันธะไดซัลไฟด์
• ข้อมูล HPRD สามารถดาวน์โหลดได้ในรูปแบบไฟล์คั่นด้วยแท็บและไฟล์XML ^{[ 4 ]}

นอกจากนี้ HPRD ยังรวมข้อมูลจากHuman Proteinpediaซึ่งเป็นพอร์ทัลชุมชนสำหรับการรวมข้อมูลโปรตีนของมนุษย์ ข้อมูลจาก HPRD สามารถเข้าถึงและใช้งานได้ฟรีโดยผู้ใช้ทางวิชาการ ในขณะที่หน่วยงานเชิงพาณิชย์จำเป็นต้องได้รับใบอนุญาตในการใช้งาน เนื้อหาของ Human Proteinpedia ^{[ 5 ]}สามารถดาวน์โหลดและใช้งานได้ฟรีสำหรับทุกคน

PhosphoMotif Finder ^{[ 6 ]}ประกอบด้วยซับสเตรตไคเนส/ฟอสฟาเทสที่รู้จัก รวมถึงโมทีฟการจับที่รวบรวมจากวรรณกรรมที่ตีพิมพ์ โดยจะรายงานการมีอยู่ของโมทีฟที่ได้จากวรรณกรรมในลำดับคำถาม PhosphoMotif Finder ไม่ได้ทำนายโมทีฟใดๆ ในลำดับโปรตีนคำถามโดยใช้อัลกอริทึมหรือกลยุทธ์การคำนวณอื่นๆ

มีฐานข้อมูลอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับโปรตีโอมของมนุษย์ (เช่น BioGRID, BIND, DIP, HPRD, IntAct, MINT, MIPS, PDZBase และ Reactome) แต่ละฐานข้อมูลมีรูปแบบการนำเสนอข้อมูลที่แตกต่างกัน การเปรียบเทียบข้อมูลจำนวนมากจากฐานข้อมูลเหล่านี้เพื่อสรุปจุดแข็งและจุดอ่อนของแต่ละฐานข้อมูลเป็นเรื่องยากสำหรับนักวิจัยส่วนใหญ่ Mathivanan และเพื่อนร่วมงาน^{[ 7 ]}พยายามแก้ไขปัญหานี้ในขณะที่วิเคราะห์ข้อมูลโปรตีนโดยการตั้งคำถามต่างๆ การวิเคราะห์นี้จะช่วยให้นักชีววิทยาเลือกใช้ฐานข้อมูลเหล่านี้ได้ตามความต้องการ

• http://www.humanproteinpedia.org เก็บถาวรเมื่อ 2007-03-14 ที่Wayback Machine
• http://www.hprd.org เก็บถาวรเมื่อ 2006-04-24 ที่Wayback Machine