อ่าน 6 นาที
โครงการโปรตีโอมของมนุษย์
โครงการ Human Proteome Project [ 1 ] ( HPP ) เป็นความพยายามร่วมกันที่ประสานงานโดย Human Proteome Organization [ 2 ] เป้าหมายที่ระบุไว้คือการสังเกต โปรตีน...
โครงการโปรตีโอมของมนุษย์
| เนื้อหา | |
|---|---|
| คำอธิบาย | การวิเคราะห์ลักษณะเฉพาะของโปรตีนทั้งหมด |
| ประเภทข้อมูลที่บันทึกไว้ | ลำดับโปรตีน, ฟอสโฟรีเลชัน, อะเซทิเลชัน, ไกลโคซิเลชัน |
| สิ่งมีชีวิต | โฮโมเซเปียนส์ |
| ติดต่อ | |
| ศูนย์วิจัย | การจัดระเบียบโปรตีโอมของมนุษย์ |
| ห้องปฏิบัติการ | หลากหลาย |
| การอ้างอิงหลัก | PMID 22398612 |
| เข้าถึง | |
| เว็บไซต์ | www.thehpp.org |
| URL ของเว็บเซอร์วิส | NextProt REST |
โครงการHuman Proteome Project [ 1 ] ( HPP ) เป็นความพยายามร่วมกันที่ประสานงานโดยHuman Proteome Organization [ 2 ] เป้าหมายที่ระบุไว้คือการสังเกต โปรตีนทั้งหมดที่ผลิตโดยลำดับที่แปลจากจีโนมมนุษย์ด้วย วิธี การทดลอง
ประวัติศาสตร์
องค์กรโปรตีโอมของมนุษย์ ทำหน้าที่เป็นหน่วย งาน ประสานงานสำหรับโครงการวิจัย โปรตีโอมิกส์ระยะยาวหลายโครงการที่เกี่ยวข้องกับเนื้อเยื่อของมนุษย์ที่มีความสำคัญทางคลินิก เช่นพลาสมาในเลือด [ 3 ]ตับ [ 4 ]สมอง[ 5 ]และปัสสาวะ [ 6 ] นอกจาก นี้ ยังรับผิดชอบโครงการที่เกี่ยวข้องกับเทคโนโลยีเฉพาะ[ 7 ]และมาตรฐาน[ 8 ] ที่จำเป็นสำหรับการ ศึกษาโปรตีนในวงกว้าง
โครงสร้างและเป้าหมายของโครงการขนาดใหญ่ที่จะดำเนินควบคู่ไปกับโครงการจีโนมมนุษย์ได้รับการถกเถียงกันในเอกสารทางวิทยาศาสตร์[ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ]ผลจากการถกเถียงนี้และการประชุมหลายครั้งในการประชุมระดับโลกขององค์การโปรตีโอมมนุษย์ในปี 2009, 2010 และ 2011 ส่งผลให้มีการตัดสินใจที่จะกำหนดให้โครงการโปรตีโอมมนุษย์ประกอบด้วยโครงการย่อยสองโครงการ คือ C-HPP และ B/D-HPP [ 14 ] C-HPP จะถูกจัดกลุ่มเป็น 25 กลุ่ม กลุ่มละหนึ่งโครโมโซมของมนุษย์ ส่วน B/D-HPP จะถูกจัดกลุ่มตามความเกี่ยวข้องทางชีววิทยาและโรคของโปรตีน[ 15 ]
โครงการและกลุ่ม
รายชื่อคณะทำงานปัจจุบันเรียงตามลำดับโครโมโซมที่จะศึกษา แสดงไว้ด้านล่าง
| โครโมโซม | หัวหน้ากลุ่ม | สังกัดระดับชาติ |
|---|---|---|
| 1 | ปิง ซู | จีน |
| 2 | ลิดี้ เลน | สวิตเซอร์แลนด์ |
| 3 | ทาเคชิ คาวามูระ | ญี่ปุ่น |
| 4 | หยู จู เฉิน | ไต้หวัน |
| 5 | ปีเตอร์ ฮอร์วาโตวิช | เนเธอร์แลนด์ |
| 6 | คริสตอฟ บอร์เชอร์ส | แคนาดา |
| 7 | เอ็ดเวิร์ด ไนซ์ | ออสเตรเลีย นิวซีแลนด์ |
| 8 | เผิงหยวน หยาง | จีน |
| 9 | เจ-โยเอล โช | โซล ประเทศเกาหลี |
| 10 | โจชัว ลาแบร์ | สหรัฐอเมริกา |
| 11 | จงชินยู | เกาหลี |
| 12 | ราวี สิรเดชมุข | อินเดีย สิงคโปร์ ไต้หวัน ไทย |
| 13 | ยัง กี ไพค์ | เกาหลี |
| 14 | ชาร์ลส์ ไพโน | ฝรั่งเศส |
| 15 | กิลแบร์โต บี โดมอนต์ | บราซิล |
| 16 | เฟอร์นันโด คอร์ราเลส | สเปน |
| 17 | กิลเบิร์ต เอส. โอเมนน์ | สหรัฐอเมริกา |
| 18 | อเล็กซ์ อาร์ชาคอฟ | รัสเซีย |
| 19 | จอร์จี มาร์โก-วาร์กา | สวีเดน |
| 20 | ซีชิว หลิว | จีน |
| 21 | อัลเบิร์ต ซิกแมนน์ | เยอรมนี |
| 22 | อัคฮิเลช ปันเดย์ | สหรัฐอเมริกา |
| X | ยาสุชิ อิชิฮามะ | ญี่ปุ่น |
| วาย | กาเซม ฮอสเซนี ซาเลกเดห์ | อิหร่าน |
| เอ็มที | อันเดรีย อูร์บานี | อิตาลี |
ทรัพยากรการคำนวณ
การลดขนาดข้อมูล การวิเคราะห์ และการตรวจสอบความถูกต้องของผลลัพธ์โปรตีโอมิกส์แบบ MS/MS นั้น ดำเนินการโดย Eric Deutsch ที่ Institute for Systems Biology, Seattle, USA ( PeptideAtlas ) การจัดการข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับวิธีการใช้แอนติบอดีนั้น ประสานงานโดย Kalle von Feilitzen, Stockholm, Sweden ( Human Protein Atlas ) การบูรณาการโดยรวมและการรายงานข้อมูลทางสารสนเทศเป็นความรับผิดชอบของ Lydie Lane ที่ SIB, Geneva, Switzerland ( NeXtProt ) ข้อมูลทั้งหมดที่สร้างขึ้นจากส่วนร่วมของ HPP จะถูกฝากไว้ในคลังข้อมูล ProteomeXchange แห่งใดแห่งหนึ่ง
สถานะปัจจุบัน
มีการเผยแพร่ข้อมูลอัปเดตเกี่ยวกับโครงการ Human Proteome Project เป็นประจำ เช่น ใน Journal of Proteome Research (2014) [ 16 ]มีการเผยแพร่เมตริกสำหรับระดับความเชื่อมั่นที่เกี่ยวข้องกับการสังเกตโปรตีน[ 17 ]เช่นเดียวกับ "MissingProteinPedia" [ 18 ] [ 19 ]
การตรวจสอบพอร์ทัลคำอธิบายหลักเก้าแห่งให้การกระจายของจำนวนโปรตีนของมนุษย์ตั้งแต่ 18,891 ถึง 21,819 (ณ ปี 2017) [ 20 ]เมตริกของ HPP ในปี 2021 แสดงให้เห็นว่าขณะนี้สามารถตรวจพบการแสดงออกของโปรตีนได้อย่างน่าเชื่อถือถึง 92.8% ของโปรตีนที่คาดการณ์ไว้ซึ่งเข้ารหัสในจีโนมของมนุษย์[ 21 ]
ดูเพิ่มเติม
ลิงก์ภายนอก
- หน้าโครงการ HPP (www.hupo.org)
- เว็บไซต์ของ HPP (www.thehpp.org)
- เว็บไซต์ HPP ที่เน้นเรื่องโครโมโซม (www.c-hpp.org)
- เว็บไซต์ BD HPP (www.hupo.org/B/D-HPP)
สรุปเนื้อหา
ข้อมูลสำคัญจากบทความ
ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ โครงการโปรตีโอมของมนุษย์
โครงการ Human Proteome Project [ 1 ] ( HPP ) เป็นความพยายามร่วมกันที่ประสานงานโดย Human Proteome Organization [ 2 ] เป้าหมายที่ระบุไว้คือการสังเกต โปรตีน...
ประวัติศาสตร์
องค์กร โปรตีโอมของมนุษย์ ทำหน้าที่เป็นหน่วย งาน ประสานงานสำหรับโครงการวิจัย โปรตีโอมิกส์ ระยะยาวหลายโครงการที่เกี่ยวข้องกับเนื้อเยื่อของมนุษย์ที่มีความสำคัญทางคลินิก เช่น พลาสมาในเลือด [ 3 ] ตับ [ 4 ] สมอง [ 5 ] และ ปัสสาวะ [ 6 ] นอกจาก นี้...
โครงการและกลุ่ม
รายชื่อคณะทำงานปัจจุบันเรียงตามลำดับโครโมโซมที่จะศึกษา แสดงไว้ด้านล่าง
ทรัพยากรการคำนวณ
การลดขนาดข้อมูล การวิเคราะห์ และการตรวจสอบความถูกต้องของผลลัพธ์โปรตีโอมิกส์แบบ MS/MS นั้น ดำเนินการโดย Eric Deutsch ที่ Institute for Systems Biology, Seattle, USA ( PeptideAtlas ) การจัดการข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับวิธีการใช้แอนติบอดีนั้น ประสานงานโดย Kalle von...