สิ่งที่ต่อมากลายเป็นมหาวิทยาลัยฮูรอน ก่อตั้งขึ้นในปี 1883 ในชื่อมหาวิทยาลัยเพรสไบทีเรียนแห่งเซาท์เทิร์นดาโกตา ก่อตั้งขึ้นในเมืองปิแอร์ขณะที่ยังคงเป็นดินแดนดาโกตาหนึ่งปีต่อมา โรงเรียนแห่งนี้ได้เปลี่ยนชื่อเป็นมหาวิทยาลัยปิแอร์ แต่โดยทั่วไปรู้จักกันในชื่อวิทยาลัยปิแอร์ เมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม 1887 มหาวิทยาลัยได้มอบปริญญาแรก ซึ่งเป็นปริญญาแรกที่มอบให้ในดินแดนดาโกตา^{[ 1 ] [ 2 ]}

ในปี ค.ศ. 1897 ความพยายามของJohn L. Pyle , Mamie Shields Pyleและผู้อยู่อาศัยใน Huron คนอื่นๆ นำไปสู่การย้ายมหาวิทยาลัยไปยัง Huron ซึ่งต่อมาได้กลายเป็น Huron College ^{[ 3 ] [ 4 ]}ในปี ค.ศ. 1915 โรงเรียนได้รับการรับรองจากNorth Central Association of Colleges and Schools (NCA) สองปีต่อมา ศิษย์เก่าคนหนึ่งได้รับทุนRhodes Scholarshipและในปี ค.ศ. 1932 นักศึกษาที่กำลังศึกษาอยู่คนหนึ่งก็ได้รับรางวัลนี้เช่นกัน นักศึกษาคนนั้นคือGeorge M. McCuneผู้ร่วมพัฒนาระบบ การถอดเสียง ภาษาเกาหลีเป็นอักษร โรมัน McCune–Reischauer ^{[ 5 ]}

By the 1980s the school had fallen into debt. After the town of Huron agreed to take over existing debt as well as to purchase the school's Fine Arts Center for $1.5m, Midwest Educational Systems Inc. (owner of Rapid City-based for-profit business school National College) agreed to manage the school. The deal was finalized on July 11, 1984, marking the end of the school's 100 years of Presbyterian affiliation. The new owner shifted the school's emphasis from liberal arts education to business. After three years of managing the school, Midwest Educational Systems exercised an option to buy the school for $1 and became the Higher Education Corporation of America.

In January 1989, the school was sold to Lansdowne University Ltd., a South Dakota corporation with ties to a college in London. The board of trustees of the school changed the name to Huron University, and soon opened a new branch: Huron University USA in London, which became an independent institution.

In February 1992, Eastern International Education Association, a Delaware-based corporation headed by a member of the Japanese House of Representatives, purchased the school and set up a branch campus in Tokyo. Businessman Chikara Higashi was assigned as president of the university and chairman of the board of trustees.^[6] Different management styles and a lack of understanding of the American education system caused problems for the school, and the North Central Association threatened to not renew the school's accreditation in 1996. Higashi resigned in July of that year and the school went up for sale once again.

In December 1996, the Huron and Sioux Falls campuses were sold for $3.5 million to for-profit Whitman Education Group, Inc., then owners of Colorado Technical University (CTU). The Sioux Falls campus currently remains a part of the CTU system. A group of local investors bought the Huron campus from Whitman Education Group in August 1999.

In April 2001, the university was purchased by Si Tanka College, a former community-college chartered by the Cheyenne River Sioux Tribe of the Cheyenne River Indian Reservation.^[2] Si Tanka College, named after the Teton Sioux chief of the same name, already had a campus in Eagle Butte, and both campuses became the two-campus Si Tanka University. The Huron campus became Si Tanka University-Huron, the first off-reservation university controlled by a Native American tribe.^[6]

ชนเผ่าได้จัดหาเงินทุนสำหรับข้อตกลงนี้ด้วยเงินกู้และการค้ำประกันมูลค่า 6.6 ล้านดอลลาร์สหรัฐจาก^{กระทรวง}เกษตรของสหรัฐอเมริกา [ ^{7 ]}เงินช่วยเหลือจากรัฐบาลกลางกำหนดให้ มีนักเรียน ชาวอเมริกันพื้นเมือง อย่างน้อย 50% และ Si Tanka ไม่สามารถบรรลุเกณฑ์ดังกล่าวได้เนื่องจากวิทยาเขต Huron แห่งใหม่ส่วนใหญ่เป็นชาวผิวขาว ปัญหาทางการเงินและข้อกล่าวหาเกี่ยวกับการใช้จ่ายที่ไม่เหมาะสมของคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยปรากฏขึ้นในช่วงปลายปี 2544 ^{[ 8 ]}สถานการณ์ยิ่งซับซ้อนขึ้นไปอีกจากเรื่องอื้อฉาวในเดือนเมษายน 2545 เมื่อนักบาสเกตบอลปีหนึ่งของ Si Tanka ถูกจับกุมและในที่สุดก็สารภาพผิดในข้อหาจงใจทำให้เพื่อนนักเรียนคนอื่นติดเชื้อไวรัสเอดส์คดีนี้ได้รับความสนใจจากสื่อระดับชาติ และจำนวนนักเรียนที่ลงทะเบียนเรียนในฤดูใบไม้ร่วงปีถัดมาลดลง 53 คน เหลือ 475 คน

ทรัพย์สินตกเป็นของศาลยึดทรัพย์ในปี 2547 หลังจากที่ชนเผ่าผิดนัดชำระหนี้มูลค่า 6.6 ล้านดอลลาร์ และเผชิญกับภาระภาษีของรัฐบาลกลางมูลค่า 2 ล้านดอลลาร์^{[ 6 ]}เมื่อวันที่ 26 กุมภาพันธ์ 2549 คณะกรรมการการเรียนรู้ระดับสูงของ NCA ได้ลงมติเพิกถอนการรับรองของโรงเรียน โดยมีผลในวันที่ 7 สิงหาคม 2549 เนื่องจากคณะกรรมการของโรงเรียนได้ลงมติยุติการดำเนินงานในฐานะมหาวิทยาลัยในเดือนมกราคมก่อนหน้านั้น^{[ 9 ]}ภายในเดือนมีนาคม 2548 ครูและเจ้าหน้าที่ไม่ได้รับเงินเดือนตั้งแต่กลางเดือนกุมภาพันธ์ และได้ลงมติไม่ไว้วางใจฝ่ายบริหาร โดยเดินออกไปและยุติการเรียนการสอนอย่างมีประสิทธิภาพในปลายเดือนมีนาคม^{[ 10 ]}

วิทยาเขตฮูรอนปิดตัวลงอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2548 ^{[ 11 ]}เมื่อวันที่ 9 เมษายน Si Tanka ได้ยื่นขอความคุ้มครองจากการล้มละลายตามบทที่ 11 เมื่อวันที่ 25 เมษายนกระทรวงศึกษาธิการสหรัฐฯได้แจ้งให้โรงเรียนทราบว่าโรงเรียนไม่ได้รับอนุญาตให้เข้าร่วมโครงการเงินอุดหนุนของรัฐบาลกลางอีกต่อไป และนักเรียนของโรงเรียนไม่มีสิทธิ์ได้รับเงินกู้ยืมเพื่อการศึกษา จากรัฐบาลกลางอีกต่อไป ^{[ 12 ] [ 13 ]} เมื่อวันที่ 30 เมษายน ได้มีการจัดพิธีสำเร็จการศึกษาอย่างไม่เป็นทางการสำหรับนักเรียนรุ่นพี่ปีสุดท้ายของโรงเรียนมหาวิทยาลัยนอร์เทิร์นสเตท ซึ่งเป็นมหาวิทยาลัยของรัฐในเมืองอะเบอร์ดีน ได้เข้าควบคุม เอกสารการเรียนของโรงเรียน^{[ 14 ]}

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2549 คดีล้มละลายตามมาตรา 11 ถูกยกฟ้องเมื่อผู้พิพากษาของรัฐบาลกลางพบว่าไม่มีสินทรัพย์เหลือเพียงพอสำหรับเจ้าหนี้ที่ไม่มีหลักประกัน^{[ 6 ]}เมื่อวันที่ 5 พฤษภาคม พ.ศ. 2549 วิทยาเขตและทรัพย์สินทั้งหมดถูกนำออกประมูล รวมถึงที่ดิน 23 เอเคอร์ (93,000 ^{ตาราง}เมตร)พร้อมห้องเรียน ศูนย์วิทยาเขต หอพัก ห้องสมุด และโรงยิม พร้อมด้วยอัฒจันทร์ เครื่องแบบวงดนตรี ตู้หนังสือ และป้ายบาสเก็ตบอล^{[ 6 ]}ที่ดินเปล่าสองแปลง รวมถึงสนามฟุตบอล ถูกขายไปทันที 

ในปี 2551 เขตการศึกษาฮูรอนได้ซื้อสนามกีฬาของมหาวิทยาลัย ปัจจุบันศูนย์ศิลปะแห่งนี้เป็นของเมืองฮูรอนและเป็นศูนย์ศิลปะชุมชน^{[ 1 ]}

ในปี 2011 เมืองฮูรอนได้ลงมติให้รื้อถอนวิทยาเขตเพื่อสร้างเซ็นทรัลพาร์ค ซึ่งจะรวมถึงสวนสาธารณะและสระว่ายน้ำแห่งใหม่^{[ 1 ]}การรื้อถอนเริ่มขึ้นในวันที่ 19 กันยายน 2011 การก่อสร้างมีกำหนดเริ่มในต้นปี 2012 และสวนสาธารณะเปิดให้บริการในปี 2013 ณ ปี 2021 อาคารเกือบทั้งหมดในวิทยาเขตเก่าถูกรื้อถอน ยกเว้นเพียงไม่กี่หลัง ได้แก่ หอพักแมคดูกัล (1953) ซึ่งเดิมเป็นหอพักหญิง ถูกขายและดัดแปลงเป็นศูนย์ผู้สูงอายุฮูรอนในปี 1978 เมืองได้ปรับปรุงและเก็บรักษาศูนย์วิทยาเขต (1970) และศูนย์ศิลปะ (1973) ไว้^{[ 15 ]}