เซลล์จะถูกนับเมื่อถูกบังคับให้ผ่านช่องเล็กๆ (มักเรียกว่าเซลล์ไหล) ซึ่งทำให้เกิดการรบกวนใน ลำแสง เลเซอร์หรือการไหลของกระแสไฟฟ้า การรบกวนเหล่านี้จะถูกวิเคราะห์โดยเครื่องมือ การสร้างอุโมงค์ที่แคบพอสำหรับวัตถุประสงค์นี้โดยใช้กระบวนการผลิตแบบปกติทำได้ยาก เนื่องจากเส้นผ่านศูนย์กลางต้องมีขนาดระดับไมโครเมตร และความยาวของอุโมงค์ต้องเกินหลายมิลลิเมตร ขนาดช่องมาตรฐานที่ใช้ในเครื่องนับเซลล์ไหลที่ผลิตในเชิงพาณิชย์ส่วนใหญ่คือ 250 x 250 ไมโครเมตร

การโฟกัสแบบไฮโดรไดนามิกแก้ปัญหานี้โดยการสร้างผนังของอุโมงค์จากของเหลว โดยใช้ผลของพลศาสตร์ของไหลใช้ท่อกว้าง (เส้นผ่านศูนย์กลางหลายร้อยไมโครเมตร) ที่ทำจากแก้วหรือพลาสติก ซึ่งมีการสูบของเหลวที่เรียกว่า "ผนัง" ของการไหลแบบชีทผ่านเข้าไป ตัวอย่างจะถูกฉีดเข้าไปตรงกลางของการไหลแบบชีท หากของเหลวทั้งสองชนิดมีความเร็วหรือความหนาแน่นแตกต่างกันมากพอ พวกมันจะไม่ผสมกัน: พวกมันจะก่อตัวเป็นการไหลที่เสถียรสองชั้น^{[ 2 ]}การโฟกัสแบบไฮโดรไดนามิกยังได้รับการสาธิตในสภาพแวดล้อมที่มีแรงโน้มถ่วงต่ำ ซึ่งความเสถียรของการไหลแบบชีทจะคงอยู่ภายใต้สภาวะ ศูนย์ g ^{[ 3 ]}