รายการเสียงของภาษาอิดูนาประกอบด้วยหน่วยเสียงพยัญชนะ 14 หน่วย ^{[ 2 ]}

โดยทั่วไปแล้วเสียงระเบิดที่มีเสียงจะแตกต่างจากเสียงระเบิดที่ไม่มีเสียง ยกเว้นในกลุ่มเสียงริมฝีปาก ซึ่ง/b/จะแปรผันได้อย่างอิสระระหว่าง[b]และ[p]ยิ่งไปกว่านั้น เสียง/g/มักจะออกเสียงเป็น[g]แม้ว่าสำหรับผู้พูดบางคนอาจออกเสียงเป็นเสียงเสียดแทรกที่มีเสียง[ɣ]โดยไม่มีความแตกต่าง สุดท้าย/t/ยังมี การออกเสียง ย่อย อีกสองแบบ คือ[t]ปรากฏที่ต้นคำและกลางคำก่อนสระที่ไม่ใช่สระหน้า/a/ , /o/หรือ/u/ในขณะที่[s]ปรากฏเฉพาะก่อนสระหน้า/i/หรือ/e/เท่านั้น^{[ 3 ]}อาจมีการออกเสียงย่อยเล็กน้อยอื่นๆ เกิดขึ้นได้ ในบรรดาการเปลี่ยนแปลงเหล่านี้ มีเพียงการเปลี่ยนแปลงสุดท้ายเท่านั้นที่สะท้อนให้เห็นในระบบการเขียน

ในภาษาอิดูนามี หน่วย เสียงสระ 5 หน่วย ^{[ 2 ]}

สระก็มีหน่วยเสียงย่อยเช่นกัน การเปลี่ยนแปลงหน่วยเสียงย่อยที่สำคัญมีอธิบายไว้ในตารางต่อไปนี้ ซึ่งรวมถึงการออกเสียง/a/ สองครั้ง ซึ่งสอดคล้องกับ[a]เมื่อพบในพยางค์ที่เน้นเสียง ในขณะที่ใกล้เคียงกับ[ʌ]ในสภาพแวดล้อมที่ไม่เน้นเสียง และหน่วยเสียงย่อยนาสิกของ/u / ^{[ 4 ]}

ภาษานี้ยังมีสระประสมโมโนโมราอิก สี่ตัว ได้แก่/ai/ , /au/ , /ao/และ/oi/ซึ่งแตกต่างจากลำดับสระที่ประกอบด้วยสองโมราอิก เช่น คำว่าgiyauna [gi.jau.nʌ] 'เขาขูดมัน' แตกต่างจากgiyauna [gi.ja.u.nʌ] 'เขาแก้เชือกมัน' ^{[ 5 ]}

ในภาษาอิดูนา ห้ามใช้ กลุ่มพยัญชนะดังนั้นจึงมีเฉพาะพยางค์เปิดประเภท V, CV และ CVV เท่านั้น นอกจากนี้ ลำดับพยัญชนะชนิดพิเศษ CuV โดยทั่วไปจะถูกตีความว่าเป็น CʷV