อินดรา ปุตรา เคยเล่นให้กับ ทีมเยาวชน ของเปรักเมื่อตอนเป็นวัยรุ่น จากนั้นเขาได้รับการเลื่อนชั้นขึ้นสู่ทีมชุดใหญ่ในปี 1999 ภายใต้การ คุมทีม ของคาร์ล-ไฮนซ์ ไวกัง โค้ชชาวเยอรมันผู้ล่วงลับ เขาประเดิมสนามในทีมชุดใหญ่ในรอบคัดเลือกมาเลเซียคัพปี 1999 ^{[ 4 ]} เขาทำประตูแรกได้ในเกมที่ชนะปีนัง 2-1 ในบ้าน ในมาเลเซียคัพปี 1999 ^{[ 5 ]}

ในทีมเปรัก อินดรา ปุตรา เริ่มเล่นในตำแหน่งปีกซ้ายเป็นหลัก และบางครั้งก็เล่นเป็นกองหน้า เขาช่วยให้เปรักคว้า แชมป์ มาเลเซียพรีเมียร์วันลีกสองสมัยติดต่อกันในปี 2002 และ 2003

ในปี 2004 อินดรา ปุตรา ย้ายไปอยู่กับปาหังด้วยการย้ายทีมครั้งสำคัญ ที่นั่น อินดราช่วยให้ปาหังคว้าแชมป์มาเลเซียซูเปอร์ลีก (Malaysian Super League)ในฤดูกาลแรกของเขา

อินดรา ปุตรา ได้รับการยกย่องว่าเป็นนักฟุตบอลชาวมาเลเซียที่ดีที่สุดในยุคของเขาโดยสตีฟ ดาร์บี้ อดีตโค้ชของเปรัก เขาเป็น ผู้ทำประตูสูงสุดในฤดูกาล มาเลเซียซูเปอร์ลีกปี 2004ด้วย 15 ประตูจากการลงเล่นในลีก 19 นัด เขายังคงเป็นผู้เล่นชาวมาเลเซียคนสุดท้ายที่ได้รับรางวัลนี้ในขณะที่มีผู้เล่นต่างชาติอยู่ด้วยจนถึงปัจจุบัน^{[ 6 ]}

อินดรา ปุตรา ย้ายมาร่วมทีมเซลังงอร์ในฤดูกาล 2008 หลังจากสัญญาของเขากับปาหังหมดลง

ในฤดูกาล 2009 อินดรา ปุตรา เข้าร่วมทีมเกลันตันและจับคู่กับเพื่อนร่วมทีมเก่าจากเปรักอย่างคาลิด จัมลุสใน ตำแหน่งกองหน้า ^{[ 7 ]}เมื่อวันที่ 18 เมษายน 2009 เขาเป็นตัวร้ายในหมู่ผู้สนับสนุนเนเกรีเซมบิลันหลังจากเหยียบย่ำราห์มานซาบุล กอง หลังของเนเกรี น่าประหลาดใจที่เขาไม่ได้รับใบแดง เขาเป็นส่วนหนึ่งของทีมเกลันตันที่ลงเล่นใน รอบชิงชนะ เลิศฟุตบอลถ้วยมาเลเซีย ในปีนั้น กับเซลังงอร์ ซึ่งเกลันตันแพ้ในการดวลจุดโทษ 3-1 โดยลูกจุดโทษของเขาชนคาน ทำให้เกลันตันแพ้ในนัดนั้น เกลันตันประสบความพ่ายแพ้อีกครั้งเมื่อแพ้ในรอบชิงชนะเลิศฟุตบอลถ้วยมาเลเซียปี 2009 ให้กับเนเกรีเซมบิลัน อินดราทำประตูปลอบใจได้จากลูกฟรีคิก อย่างไรก็ตาม อินดราได้รับเลือกให้เป็นผู้เล่นทรงคุณค่าที่สุดประจำฤดูกาล 2009 เขาเป็นส่วนหนึ่งของทีมเกลันตันที่คว้าแชมป์ฟุตบอลถ้วยมาเลเซียในปี 2010

อินดราเซ็นสัญญากับสโมสรที-ทีม ในเมืองกัวลาเตเร็งกานู ในปี 2011 เขาลงเล่นในลีก 24 นัด ทำได้ 11 ประตู และยังช่วยให้ที-ทีมเข้าถึงรอบรองชนะเลิศของมาเลเซียคัพอีกด้วย

หลังจากเล่นให้กับที-ทีมหนึ่งฤดูกาล อินดรา ปุตรา กลับไปเล่นให้เกลังตันในฤดูกาล 2012 ในรอบ ชิงชนะ เลิศมาเลเซียคัพ 2012ที่สนามชาห์อาลัมเขาทำประตูชัยในช่วงต่อเวลาพิเศษ ช่วยให้ทีมคว้าชัยชนะอย่างดราม่า 3-2 เหนือเอเอ็มทีในฤดูกาลนั้น เขายังช่วยทีมคว้าแชมป์ซูเปอร์ลีก 2012และแชมป์มาเลเซียเอฟเอคัพ 2012ทำให้ทีมได้แชมป์สามรายการ (เทรเบิล)

อินดรา ปุตรา เข้าร่วมทีมเฟลดา ยูไนเต็ดซึ่งเพิ่งตกชั้นไปพรีเมียร์ลีกเมื่อปลายปี 2013 เขาช่วยให้สโมสรคว้าตำแหน่งรองชนะเลิศในมาเลเซียพรีเมียร์ลีกปี 2014และสโมสรก็ได้รับการเลื่อนชั้นกลับสู่มาเลเซียซูเปอร์ลีกทันทีหลังจากอยู่ในดิวิชั่นสองเพียงฤดูกาลเดียว^{[ 8 ]}

เมื่อวันที่ 30 ธันวาคม พ.ศ. 2558 อินดรา ปุตรา ได้รับการประกาศอย่างเป็นทางการว่าเป็นผู้เล่นใหม่ของเกลังตันระหว่างการแข่งขันกระชับมิตรกับPKNPโดยอันนูอาร์ มูซา ประธานสมาคมฟุตบอลเกลัง ตัน^{[ 9 ]}เขาถูกปล่อยตัวเมื่อสิ้นสุดสัญญา

เมื่อวันที่ 3 ธันวาคม 2017 อินดรา ปุตรา ได้เซ็นสัญญากับทีมกัวลาลัมเปอร์ ซิตี้ ที่เพิ่งเลื่อนชั้นขึ้นมา หลังจากถูกปล่อยตัวจากเกลันตัน^{[ 10 ]}เขาทำประตูแรกได้ในเกมที่เสมอกับปาหัง เอฟเอ 2-2 จากนั้นเขาทำประตูที่สองได้ในเกมที่แพ้เกลันตัน 4-2 ซึ่งเป็นเกมที่เสมอกับอดีตสโมสรของเขา เมื่อวันที่ 27 เมษายน 2019 เขาทำประตูที่ 100 ในมาเลเซียซูเปอร์ลีกได้ในเกมกับพีเคเอ็นเอสโดยประตูแรกของเขาเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 21 กุมภาพันธ์ 2004 ในเกมกับซาบาห์

ในเดือนมกราคมปี 2022 อินดรา ปุตรา กลับมายังรัฐเปรักอีกครั้งหลังจากห่างหายจากสโมสรไปเกือบ 19 ปี

เมื่อวันที่ 3 มกราคม 2023 อินดรา ปุตรา ได้เข้าร่วมทีมเกลันตัน ยูไนเต็ด สโมสร ในมาเลเซีย ซูเปอร์ลีก โดย ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นกัปตันทีมสำหรับฤดูกาล 2023

ในเดือนเมษายน ปี 2024 อินดรา ปุตรา ได้เซ็นสัญญากับสโมสรPT Athletic ในลีกกึ่งอาชีพ A1 ของมาเลเซียโดยได้รับแต่งตั้งให้เป็นกัปตันทีม

ในปี 2545 อินดราถูกเรียกตัวเข้าร่วมการแข่งขันกระชับมิตรระดับนานาชาติกับบราซิล ซึ่ง เป็นแชมป์ฟุตบอลโลก 5 สมัย เขาได้รับเลือกให้เป็นหนึ่งใน 11 คนแรกที่จะได้ลงเล่นกับดาวเด่นของบราซิล เช่นโรนัลโด , ริวัลโดและโรนัลดินโญ^{[ 13 ] [ 14 ] [ 15 ]}

หลังจากนั้น เขาได้เข้าร่วมทีมชาติในการแข่งขันฟุตบอลพรีเมียร์ลีกเอเชียคัพปี 2003และการแข่งขันเอเอฟเอฟแชมเปี้ยนชิพปี 2002ที่ประเทศไทย ซึ่งช่วยให้ทีมชาติมาเลเซียจบอันดับที่ 4

อินดรา ปุตรา ยังได้รับเรียกตัวติดทีมชาติมาเลเซียโดยโค้ชโนริซาน บาการ์สำหรับการ แข่งขัน เอเอฟซี เอเชียนคัพ 2007ในเดือนกรกฎาคม ซึ่งมี 4 ประเทศร่วมเป็นเจ้าภาพ ได้แก่ไทยอินโดนีเซียเวียดนามและมาเลเซียในการแข่งขันครั้งนั้น อินดรา ปุตรา เป็นผู้เล่นมาเลเซียเพียงคนเดียวที่ทำประตูได้ โดยทำประตูได้ในเกมกับจีนก่อนที่มาเลเซียจะตกรอบแบ่งกลุ่มหลังจากแพ้ทุกนัดในรอบแบ่งกลุ่ม

อินดราถูกเรียกตัวกลับมาติดทีมชาติมาเลเซียอย่างไม่คาดคิด หลังจากห่างหายไปนาน เพื่อลงเล่นนัดกับอินโดนีเซียในวันที่ 14 กันยายน 2014 โดยโค้ชทีมชาติดอลลาห์ ซัลเลห์เขาลงสนามในฐานะตัวสำรอง ซึ่งจบลงด้วยความพ่ายแพ้ของมาเลเซีย 2-0 ในการแข่งขัน AFF Championship ปี 2014เขาทำประตูที่สามให้กับมาเลเซียในเกมที่ชนะเจ้าภาพสิงคโปร์ 3-1 ประตูนั้นกลายเป็นมีมไวรัลหลังจากเกมมาเลเซีย-สิงคโปร์^{[ 16 ]}ในเลกที่สองของการแข่งขันรอบชิงชนะเลิศ AFF Championship ปี 2014 อินดรา ปุตรา ทำประตูที่สองก่อนหมดครึ่งแรก ทำให้มาเลเซียตีเสมอด้วยผลรวมสองนัด^{[ 17 ]}มาเลเซียชนะ 3-2 แต่แพ้ 4-3 ด้วยผลรวมสองนัด^{[ 17 ]}

อินทรา ปุตรา ยังเคยเป็นตัวแทนทีมชาติมาเลเซีย ลงแข่งขัน กับ สโมสร ในพรีเมียร์ลีกโดยเขาลงเล่นกับแมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ด สองครั้งในปี 2001 และ 2009 และลงเล่นกับเชลซีที่สนามชาห์ อาลัมเมื่อวันที่ 29 กรกฎาคม 2008

ณ วันที่ 17 ธันวาคม พ.ศ. 2566 ^{[ 18 ] [ 19 ]}

ณ วันที่แข่งขัน 22 ตุลาคม 2020 ^{[ 1 ] [ 20 ]}

ข้อมูล ณ เดือนธันวาคม 2557

ตารางคะแนนและผลการแข่งขันจะแสดงจำนวนประตูที่เทมพลาโทเนียทำได้ก่อน โดยคอลัมน์คะแนนจะแสดงคะแนนหลังจากที่อินทรา ปุตราทำประตูได้แต่ละครั้ง

รายชื่อประตูทีมชาติที่ยิงโดย อินดรา ปุตรา มหายุทธ์

เลขที่	วันที่	สถานที่จัดงาน	ฝ่ายตรงข้าม	คะแนน	ผลลัพธ์	การแข่งขัน
1	11 ธันวาคม พ.ศ. 2545	เปตาลิงจายาประเทศมาเลเซีย	กัมพูชา		5–0	เป็นกันเอง
2	18 ธันวาคม พ.ศ. 2545	สิงคโปร์ สิงคโปร์	สิงคโปร์	2 –0	4–0	ไทเกอร์ คัพ ปี 2002
3				3 –0
4	20 ธันวาคม พ.ศ. 2545	สิงคโปร์ สิงคโปร์	ประเทศไทย	3 –1	3–1	ไทเกอร์ คัพ ปี 2002
5	29 ธันวาคม พ.ศ. 2545	สิงคโปร์ สิงคโปร์	เวียดนาม	1 –1	1–2	ไทเกอร์ คัพ ปี 2002
6	22 ตุลาคม 2546	มานามาประเทศบาห์เรน	บาห์เรน	1 –1	1–3	รอบคัดเลือกเอเอฟซี เอเชียนคัพ 2004
7	23 สิงหาคม 2549	ชาห์อาลัมประเทศมาเลเซีย	พม่า	1 –0	1–2	2006 Pestabola Merdeka
8	10 กรกฎาคม 2550	กัวลาลัมเปอร์ประเทศมาเลเซีย	จีน	1 –4	1–5	เอเอฟซี เอเชียนคัพ 2007
9	22 กรกฎาคม 2551	ไฮเดอราบาดประเทศอินเดีย	อินเดีย	1 –1	1–1	เป็นกันเอง
10	15 ตุลาคม 2551	เคลานาจายาประเทศมาเลเซีย	เนปาล	1 –0	4–0	2008 Pestabola Merdeka
11	23 ตุลาคม 2551	กัวลาลัมเปอร์ ประเทศมาเลเซีย	พม่า	1 –0	4–0	2008 Pestabola Merdeka
12				3 –0
13	6 ธันวาคม พ.ศ. 2551	ภูเก็ตประเทศไทย	ลาว	3 –0	3–0	การแข่งขัน AFF Suzuki Cup ปี 2008
14	8 ธันวาคม พ.ศ. 2551	ภูเก็ต ประเทศไทย	เวียดนาม	1 –1	2–3	การแข่งขัน AFF Suzuki Cup ปี 2008
15				2 –2
16	29 พฤศจิกายน 2557	สิงคโปร์ สิงคโปร์	สิงคโปร์	3 –1	3–1	การแข่งขัน AFF Suzuki Cup ปี 2014
17	20 ธันวาคม 2557	บูกิต จาลิล มาเลเซีย	ประเทศไทย	2 –0	3–2	การแข่งขัน AFF Suzuki Cup ปี 2014

เปรัก

• ลีกา เปอร์ดานา 1 : 2002 , 2003

ปาหัง

• มาเลเซีย ซูเปอร์ลีก : 2004
• มาเลเซีย เอฟเอ คัพ : 2006

เคลันตัน

• มาเลเซีย ซูเปอร์ลีก: 2012
• มาเลเซีย เอฟเอ คัพ: 2012 , 2013
• มาเลเซียคัพ : 2010 , 2012

กรุงกัวลาลัมเปอร์

• มาเลเซีย คัพ : 2021

มาเลเซีย U-23

• ซีเกมส์ : เหรียญเงินปี 2001 ; เหรียญทองแดงปี 2003

มาเลเซีย

• เปสตาโบลา เมอร์เดก้า : รองแชมป์ปี 2008
• รองชนะเลิศการแข่งขัน AFF Championshipปี2014

• รางวัลรองเท้าทองคำ มาเลเซีย ซูเปอร์ลีกปี2004 (15 ประตู)
• เปสตาโบลา เมอร์เดก้าผู้ทำประตูสูงสุด: 2006
• รางวัล FAM Football Awards  – รางวัลนักเตะกองหน้ายอดเยี่ยม: ปี 2009  – สมาคมฟุตบอลเกลังตัน
• รางวัล FAM Football Awards  – ผู้เล่นทรงคุณค่าที่สุด: ประจำปี 2009  – สมาคมฟุตบอลเกลังตัน

• ผู้เล่นคนแรกที่ทำประตูได้ 100 ประตูในมาเลเซียซูเปอร์ลีก^{[ 21 ] [ 22 ]}
• ผู้ทำประตูสูงสุดตลอดกาลในมาเลเซียซูเปอร์ลีก (106 ประตู)