อินท์โฟลด์

IntFOLD (Integrated Fold Recognition) เป็นไปป์ไลน์แบบอัตโนมัติเต็มรูปแบบและบูรณาการสำหรับการทำนายโครงสร้าง 3 มิติและฟังก์ชันจากลำดับกรดอะมิโน^{[ 1 ]}ไปป์ไลน์นี้ถูกรวมและใช้งานในรูปแบบเว็บเซิร์ฟเวอร์ ที่เปิดให้สาธารณะเข้าถึง ได้^{[ 2 ]}หัวใจหลักของวิธีการเซิร์ฟเวอร์คือการประเมินคุณภาพโดยใช้การประเมินความแม่นยำด้วยตนเอง (ASE) ที่สร้างขึ้นภายใน ซึ่งช่วยปรับปรุงประสิทธิภาพการทำนายโมเดล 3 มิติโดยใช้ ModFOLD ^{[ 3 ]}

เซิร์ฟเวอร์ IntFOLD ให้การทำนายโครงสร้างระดับตติยภูมิด้วยความแม่นยำที่แข่งขันได้ และรวมวิธีการที่ทันสมัยต่างๆ เข้าด้วยกัน ได้แก่ IntFOLD-TS สำหรับการสร้างแบบจำลอง 3 มิติ^{[ 1 ]} ModFOLD สำหรับการประเมินคุณภาพแบบจำลอง 3 มิติ^{[ 3 ]} ReFOLD สำหรับการปรับปรุงแบบจำลอง 3 มิติ^{[ 4 ]} DisoCLUST สำหรับการทำนายความไม่เป็นระเบียบ^{[ 5 ]} DomFOLD สำหรับการทำนายโดเมนโครงสร้าง^{[ 6 ]}และ FunFOLD สำหรับการทำนายตำแหน่งการจับลิแกนด์ของโปรตีน^{[ 7 ]}การบูรณาการเครื่องมือเหล่านี้ทำให้ผู้ใช้สามารถเข้าถึงข้อมูลที่เกี่ยวข้องทั้งหมดได้ในขั้นตอนเดียว เซิร์ฟเวอร์เว็บ IntFOLD ได้ทำการทำนายโครงสร้างไปแล้วกว่า 200,000 ครั้งตั้งแต่เดือนมกราคม 2010 ^{[ 1 ]}

ข้อมูลป้อนเข้าที่จำเป็นเพียงอย่างเดียวคือลำดับโปรตีนสำหรับการทำนายโครงสร้างสามมิติและหน้าที่ของโปรตีน^{[ 1 ]}ผลลัพธ์ของ IntFOLD จะถูกนำเสนอผ่านอินเทอร์เฟซที่ใช้งานง่ายสำหรับนักวิทยาศาสตร์ชีวภาพ ข้อมูลดิบยังได้รับการจัดรูปแบบตาม มาตรฐาน Critical Assessment of Methods for Protein Structure Prediction (CASP) พร้อมหน้าช่วยเหลือโดยละเอียด^{[ 1 ]}

วิธี IntFOLD ได้รับการประเมินมาตรฐานครั้งแรกในCritical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction 9 (CASP9) และได้รับการจัดอันดับอยู่ใน 5 อันดับแรก^{[ 8 ]}เซิร์ฟเวอร์ IntFOLD ได้รวบรวมประสิทธิภาพในการทดลองCASP ต่อไปนี้ ^{[ 1 ]}

ประสิทธิภาพของมันได้รับการประเมินอย่างต่อเนื่องใน การทดลอง Continuous Automated Model Evaluation (CAMEO) ^{[ 9 ]}

IntFOLD ถูกใช้เพื่อสร้างแบบจำลอง 3 มิติของเป้าหมาย SARS-CoV-2 สำหรับโครงการ CASP Commons COVID-19 ^{[ 10 ]}และที่อื่นๆ^{[ 11 ]}ซึ่งช่วยเร่งการพัฒนาวัคซีนและวิธีการรักษาอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับการระบาดใหญ่ของ COVID-19 ในด้านอื่นๆ ของโรคเรื้อรัง IntFOLD ถูกใช้เพื่อสร้างแบบจำลอง HEV PCP ซึ่งเป็นโปรตีนสำคัญของไวรัสตับอักเสบอีที่ทำให้เกิดโรคตับอักเสบอี^{[ 12 ]}นอกจากนี้ IntFOLD ยังถูกใช้เพื่อสร้างแบบจำลองบริเวณที่ไม่เป็นระเบียบของโปรตีน αS2-casein ในนมวัว ซึ่งเกี่ยวข้องกับการก่อตัวของเส้นใยอะไมลอยด์ ซึ่งบางส่วนเป็นสาเหตุหลักของโรคทางระบบประสาทเสื่อม^{[ 13 ]}

IntFOLD ถูกนำมาใช้ในด้านต่างๆ ของความมั่นคงทางอาหาร ตัวอย่างเช่น ถูกนำมาใช้เพื่อสร้างแบบจำลองโมเลกุลโปรตีนตัวกระตุ้นที่ทำให้เกิดเชื้อราในข้าวบาร์เลย์^{[ 14 ]}นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสร้างแบบจำลองโปรตีนหลายชนิดที่เกี่ยวข้องกับการทำงานของระบบสำคัญในปลาแซลมอนแอตแลนติกและโปรตีน HaACBP1 ซึ่งมีความสำคัญต่อการพัฒนาและการเจริญเติบโตของดอกทานตะวัน ซึ่งเป็นพืชเศรษฐกิจที่สำคัญที่ใช้ในการผลิตน้ำมันปรุงอาหารที่ ใช้กันอย่างแพร่หลาย ^{[ 15 ] [ 16 ]} IntFOLD ถูกนำมาใช้เพื่อสร้างแบบจำลอง โปรตีน ไคตินในPodosphaera xanthiiซึ่งเป็นสาเหตุของโรคราแป้งในพืชตระกูลแตง ซึ่งขัดขวางผลผลิตของพืช^{[ 17 ]}

IntFOLD ถูกใช้เป็นหนึ่งในวิธีการมาตรฐานบนเซิร์ฟเวอร์ในการตรวจสอบประสิทธิภาพของวิธีการใหม่ๆ บางวิธีที่ใช้ในการทำนายโมเดลโปรตีน 3 มิติ ซึ่งมีความสำคัญในการพัฒนาสาขาชีวสารสนเทศเชิงโครงสร้าง^{[ 18 ]}