ทฤษฎีหลักถือว่า Tatar Murza Chetซึ่งรับบัพติศมาเป็น Zachary เป็นผู้ก่อตั้งอาราม Ipatievsky ตำนานเล่าว่าเขาได้รับการรักษาจากโรคอย่างปาฏิหาริย์ด้วยนิมิตของพระแม่มารี นักบุญฟิลิป และนักบุญไฮพาเทียส และตัดสินใจสร้างอารามเพื่อแสดงความกตัญญู^{[ 1 ]}

นักประวัติศาสตร์บางคนระบุว่าอารามแห่งนี้ก่อตั้งขึ้นในปี 1275 โดยยาโรสลาวิชแต่เสื่อมโทรมลงพร้อมกับอาณาจักรคอสโตรมาหลังจากที่เขาเสียชีวิต ในกรณีนี้ อารามอาจไม่ได้ถูกสร้างขึ้นใหม่ทั้งหมด แต่ได้รับการบูรณะขึ้นใหม่โดยมูร์ซา เชต^{[ 1 ]}

ในปี ค.ศ. 1435 พระเจ้าวาซีลีที่ 2ทรงทำสนธิสัญญาสันติภาพกับพระเจ้าวาซีลี โคซอย พระญาติของพระองค์ ณ ที่แห่งนี้ ในเวลานั้น อารามแห่งนี้เป็นศูนย์กลางการเรียนรู้ที่โดดเด่นนิโคไล คารัมซิน ได้ค้นพบ พงศาวดารสามเล่มจากศตวรรษที่ 14 ณ ที่แห่ง นี้ ซึ่งรวมถึงพงศาวดารหลักหรือที่รู้จักกันในชื่อคัมภีร์ไฮพาเทียน

ในช่วงเวลาแห่งความวุ่นวายในรัสเซียอารามอิปาติเยฟถูกยึดครองโดยผู้สนับสนุนของดมิทรีที่ 2 ผู้ปลอมแปลงในฤดูใบไม้ผลิปี 1609 ในเดือนกันยายนของปีเดียวกันนั้น อารามถูกยึดครองโดย กองทัพ มอสโก หลังจาก ปิดล้อมเป็นเวลานานในวันที่ 14 มีนาคม 1613 สภาเซมสกีประกาศว่ามิคาอิล โรมานอฟซึ่งอยู่ในอารามแห่งนี้ในขณะนั้น จะเป็นซาร์ แห่ง รัสเซีย

อาคารอารามส่วนใหญ่มีอายุตั้งแต่ศตวรรษที่ 16 และ 17 วิหารตรีเอกภาพมีชื่อเสียงในด้านการตกแต่งภายในที่วาดอย่างประณีตโบสถ์พระแม่มารีประสูติได้รับการสร้างใหม่โดยคอนสแตนติน ธอน ผู้มีชื่อเสียง ตามคำขอของซาร์นิโคลัสที่ 1เพื่อเฉลิมฉลองครบรอบ 250 ปีแห่งราชวงศ์โรมานอฟ ทางการโซเวียตได้ทำลายโบสถ์นี้ในปี 1932 แต่ได้รับการสร้างใหม่ในปี 2013 ทางเข้าหลักจากฝั่งแม่น้ำก็ได้รับการออกแบบโดยคอนสแตนติน ธอนเช่นกัน บ้านส่วนตัวของมิคาอิล โรมานอฟได้รับการบูรณะตามคำสั่งของซาร์อเล็กซานเดอร์ที่ 2แม้ว่าความถูกต้องของการบูรณะจะถูกตั้งคำถามโดยคอนสแตนติน โปเบโดโนสเซฟ^{[ 2 ]}

อารามอิปาติเยฟถูกยุบหลังจากเหตุการณ์ปฏิวัติเดือนตุลาคมในปี 1917 เดิมทีอารามแห่งนี้เป็นส่วนหนึ่งของการอนุรักษ์ทางประวัติศาสตร์และสถาปัตยกรรมของสมาคมพิพิธภัณฑ์รัสเซีย แต่ในปี 1991 ทางการได้ออกคำสั่งโอนกรรมสิทธิ์ทรัพย์สินกลับคืนให้แก่คริสตจักรนิกายออร์โธดอกซ์รัสเซียแม้จะมีเสียงคัดค้านอย่างรุนแรงจากเจ้าหน้าที่พิพิธภัณฑ์ก็ตาม

เมื่อวันที่ 30 ธันวาคม พ.ศ. 2547 รัฐบาลรัสเซียได้ลงนามในคำสั่งโอนอารามแห่งนี้ให้แก่สังฆมณฑลคอสโตรมา