อ่าน 1 นาที
แท็กความสัมพันธ์ที่เข้ารหัสด้วยไอโซโทป
แท็ กความสัมพันธ์ที่เข้ารหัสด้วยไอโซโทป ( ICAT ) เป็น วิธี การติดฉลากไอโซโทป ในหลอดทดลอง ที่ใช้สำหรับ โปรตีโอ มิกส์เชิงปริมาณ โดย ใช้ แมสสเปกโทรเมตรี ซึ่งใช้ สาร เคมี ในการติดฉลาก...
แท็กความสัมพันธ์ที่เข้ารหัสด้วยไอโซโทป
แท็กความสัมพันธ์ที่เข้ารหัสด้วยไอโซโทป ( ICAT ) เป็น วิธี การติดฉลากไอโซโทปในหลอดทดลอง ที่ใช้สำหรับ โปรตีโอ มิกส์เชิงปริมาณโดย ใช้ แมสสเปกโทรเมตรีซึ่งใช้ สาร เคมีในการติดฉลาก[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]โพรบเคมีเหล่านี้ประกอบด้วยองค์ประกอบสามส่วน ได้แก่ กลุ่มปฏิกิริยาสำหรับติดฉลาก โซ่ข้าง ของกรดอะมิโน (เช่น ไอโอโดอะซีตาไมด์เพื่อปรับเปลี่ยน หมู่ ซิสเท อีน ) ตัวเชื่อมที่เข้ารหัสด้วยไอโซโทป และแท็ก (เช่นไบโอติน ) สำหรับการแยกโปรตีน/เปปไทด์ที่ติดฉลากด้วยความสัมพันธ์ ตัวอย่างจะถูกรวมเข้าด้วยกันแล้วแยกออกจากกันผ่านโครมาโทกราฟี จากนั้นส่งผ่านแมสสเปกโทรเมตรีเพื่อกำหนดอัตราส่วนมวลต่อประจุระหว่างโปรตีน สามารถวิเคราะห์ได้เฉพาะเปปไทด์ที่มีซิสเทอีนเท่านั้น เนื่องจากวิเคราะห์ได้เฉพาะเปปไทด์ที่มีซิสเทอีนเท่านั้น การดัดแปลงหลังการแปลจึงมักจะสูญหายไป[ 4 ]
การพัฒนา
แท็กดั้งเดิมได้รับการพัฒนาโดยใช้ดิวเทอเรียมแต่ต่อมากลุ่มเดียวกันได้ออกแบบแท็กใหม่โดยใช้13Cแทนเพื่อหลีกเลี่ยงปัญหาการแยกพีคระหว่างโครมาโทกราฟีของเหลวเนื่องจากดิวเทอเรียมทำปฏิกิริยากับเฟสคงที่ของคอลัมน์[ 5 ]
โปรตีโอมิกส์เชิงปริมาณ
สำหรับการเปรียบเทียบเชิงปริมาณของโปรตีนสองตัวอย่าง ตัวอย่างหนึ่งจะถูกติดฉลากด้วยโพรบไอโซโทปเบา (d0) และอีกตัวอย่างหนึ่งจะถูกติดฉลากด้วยโพรบไอโซโทปหนัก (d8) เพื่อลดข้อผิดพลาด ตัวอย่างทั้งสองจะถูกรวมเข้าด้วยกัน จากนั้นย่อยด้วยเอนไซม์โปรตีเอส (เช่นทริปซิน ) และนำไปผ่าน กระบวนการ โครมาโทกราฟีแบบ อาศัยความสัมพันธ์กับ อะวิดิน เพื่อแยกเปปไทด์ที่ติดฉลากด้วยสารติดแท็กไอโซโทป จากนั้นเปปไทด์เหล่านี้จะถูกวิเคราะห์โดยโครมาโทกราฟีของเหลว-แมสสเปกโทรเมตรี (LC-MS) อัตราส่วนของความเข้มของสัญญาณของคู่เปปไทด์ที่มีมวลต่างกันจะถูกวัดปริมาณเพื่อกำหนดระดับสัมพัทธ์ของโปรตีนในตัวอย่างทั้งสอง
สรุปเนื้อหา
ข้อมูลสำคัญจากบทความ
ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ แท็กความสัมพันธ์ที่เข้ารหัสด้วยไอโซโทป
แท็ กความสัมพันธ์ที่เข้ารหัสด้วยไอโซโทป ( ICAT ) เป็น วิธี การติดฉลากไอโซโทป ในหลอดทดลอง ที่ใช้สำหรับ โปรตีโอ มิกส์เชิงปริมาณ โดย ใช้ แมสสเปกโทรเมตรี ซึ่งใช้ สาร เคมี ในการติดฉลาก...
การพัฒนา
แท็กดั้งเดิมได้รับการพัฒนาโดยใช้ ดิวเทอเรียม แต่ต่อมากลุ่มเดียวกันได้ออกแบบแท็กใหม่โดยใช้ 13C แทนเพื่อหลีกเลี่ยงปัญหาการแยกพีคระหว่าง โครมาโทกราฟีของเหลว เนื่องจากดิวเทอเรียมทำปฏิกิริยากับเฟสคงที่ของคอลัมน์ [ 5 ]
โปรตีโอมิกส์เชิงปริมาณ
สำหรับการเปรียบเทียบเชิงปริมาณของโปรตีนสองตัวอย่าง ตัวอย่างหนึ่งจะถูกติดฉลากด้วยโพรบไอโซโทปเบา (d0) และอีกตัวอย่างหนึ่งจะถูกติดฉลากด้วยโพรบไอโซโทปหนัก (d8) เพื่อลดข้อผิดพลาด ตัวอย่างทั้งสองจะถูกรวมเข้าด้วยกัน จากนั้นย่อยด้วย เอนไซม์โปรตีเอส (เช่น ทริปซิน )...