ในเดือนกรกฎาคม ปี 2000 เออร์กิชเซ็นสัญญากับทีม ยูเวน ตุส ใน เซเรียอา อิตาลี อย่างไรก็ตาม เขาถูกปล่อยยืมตัวไปเล่นให้กับเอฟซี บาเซิล ทีมจากสวิตเซอร์แลนด์ทันที เพื่อให้เขาได้เก็บเกี่ยวประสบการณ์การเล่น เขาเข้าร่วมทีมชุดใหญ่ของบาเซิลในฤดูกาล 2000–01ภายใต้การคุมทีมของโค้ชคริสเตียน กรอ สส์ ซึ่งเริ่มต้นฤดูกาลที่สองกับสโมสรในตำแหน่งนั้น หลังจากลงเล่นในเกมทดสอบหนึ่งนัด เออร์กิชได้ลงเล่น นัดแรก ในลีกภายในประเทศให้กับสโมสรใหม่ของเขาในเกมเยือนเมื่อวันที่ 5 สิงหาคม ซึ่งบาเซิลพ่ายแพ้ให้กับอีเวอร์ดอน-สปอร์ต 1–0 ^{[ 5 ]}บาเซิลเริ่มต้นฤดูกาลได้อย่างไม่สม่ำเสมอ มีเกมที่ทำประตูได้สูงหลายเกม ชนะ 3 เกม แพ้ 3 เกม จากนั้นพวกเขาก็รวมตัวกันและไต่ขึ้นไปอยู่บนสุดของตาราง อย่างไรก็ตาม การแพ้ 4 เกมจาก 5 เกมสุดท้าย ทำให้พวกเขาตกไปอยู่อันดับที่ 5 ในตอนท้ายของรอบคัดเลือก เออร์กิชทำประตูแรกให้กับทีมใหม่ของเขาในเกมเหย้าที่สนามสตาเดียน ชูทเซนแมทเทอเมื่อวันที่ 10 ธันวาคม แต่ประตูของเขาไม่สามารถช่วยทีมได้ เนื่องจากบาเซิลพ่ายแพ้ให้กับโลซาน-สปอร์ต 3-2 ^{[ 6 ]}บาเซิลสามารถเล่นเกมเหย้าของกลุ่มชิงแชมป์ในสนามกีฬาแห่งใหม่ของพวกเขา คือสนามเซนต์จาคอบ-พาร์คซึ่งเปิดเมื่อวันที่ 15 มีนาคม พ.ศ. 2544 และมีผู้ชมเต็มสนามถึง 33,433 คนถึง 3 ครั้ง อย่างไรก็ตาม ในครึ่งหลังของฤดูกาล ทีมเสมอกัน 8 ครั้งจาก 14 นัด ทำให้จบฤดูกาลในอันดับที่ 4 ^{[ 7 ]}

บาเซิลลงเล่นในรายการยูฟ่า อินเตอร์โตโต คัพ ปี 2001บาเซิลผ่านเข้ารอบชิงชนะเลิศ แต่พ่ายแพ้ให้กับแอสตัน วิลลาเออร์กิชลงเล่นในแมตช์ UIC เหล่านี้ 6 นัด แต่พลาดนัดที่สองของรอบชิงชนะเลิศเนื่องจากอาการบาดเจ็บ^{[ 8 ]}ฤดูกาลลีก 2001–02เริ่มต้นอย่างย่ำแย่ที่สุด ในเกมเยือนนัดแรกกับเอฟซี ซิออนบาเซิลพ่ายแพ้อย่างน่าอับอาย 8–1 พวกเขายังแพ้อีก 2 ใน 4 เกมถัดไป จากนั้นทีมก็เริ่มทำสถิติไม่แพ้ใคร 11 นัดติดต่อกัน โดยชนะ 9 เกม บาเซิลจบการแข่งขันรอบคัดเลือกในฐานะผู้นำลีก นำหน้าลูกาโน 5 คะแนน เออร์กิชก้าวขึ้นมาเป็นตัวจริงอย่างสม่ำเสมอ ในฤดูกาลแรกของเขา เขาถูกใช้เป็นตัวสำรองเป็นส่วนใหญ่ บาเซิลเริ่มต้นครึ่งหลังของฤดูกาลได้ดี และในช่วงเวลานี้ เอฟซีบีเล่นฟุตบอลได้ดีที่สุด แซงหน้าทีมอื่นๆ ในตาราง และคว้าแชมป์ได้ก่อนกำหนด บาเซิลชนะเกมสุดท้ายของฤดูกาลเมื่อวันที่ 8 พฤษภาคม 2545 และกลายเป็นแชมป์โดยมีคะแนนนำห่าง 10 คะแนนในตารางคะแนน เพียง 4 วันต่อมา พวกเขาได้เล่นในรอบชิงชนะเลิศฟุตบอลถ้วยกับกราสฮอปเปอร์คลับและชนะ 2–1 หลังช่วงต่อเวลาพิเศษ ส่งผลให้พวกเขาคว้าแชมป์ในประเทศได้ทั้งสองรายการ^{[ 9 ]}

ฤดูกาล ยูฟ่าแชมเปียนส์ลีก 2002–03ของบาเซิลเริ่มต้นในรอบคัดเลือกที่สอง หลังจากเอาชนะซิลินาด้วยผลรวม 4–1 และ เอาชนะ เซลติกด้วยกฎประตูทีมเยือนหลังจากผลรวม 3–3 บาเซิลจึงผ่านเข้ารอบแบ่งกลุ่มพวกเขาจบฤดูกาลในอันดับที่สองรองจากบาเลนเซียแต่เหนือกว่าลิเวอร์พูลและสปาร์ตักมอสโกเพื่อผ่านเข้ารอบแบ่งกลุ่มรอบที่สองเออร์กิชกลายเป็นหนึ่งในผู้เล่นหลักของทีมอย่างรวดเร็ว ในแชมเปียนส์ลีก เขาลงเล่น 9 จาก 11 เกมแรกของทีมและแสดงผลงานที่แข็งแกร่ง ขณะที่ยูเวนตุสต้องการเรียกเขากลับไป เขากลับได้รับบาดเจ็บ หลังจากผ่าตัดบริเวณขาหนีบทั้งสองข้าง เขายังป่วยเป็นไข้ต่อมน้ำเหลือง เขาพลาดการแข่งขันที่เหลือของฤดูกาลและตลอดทั้งฤดูกาลถัดไป ยกเว้นเพียงนัดเดียวในช่วงท้ายฤดูกาล 2003–04 ^{[ 10 ] [ 11 ]}

ในช่วงฤดูร้อนปี 2547 เนื่องจากภาวะซึมเศร้า เออร์กิชจึงถูกส่งตัวไปที่คลินิกจิตเวชของมหาวิทยาลัย "UPK" บาเซิล ซึ่งเขาใช้เวลาสี่เดือนในการรักษาแบบผู้ป่วยใน เมื่อเขาเปิดเผยอาการป่วยของเขาต่อสาธารณะ สโมสรฟุตบอลบาเซิลก็ให้การสนับสนุนเขา จีจี โอเอรี ผู้อุปถัมภ์ในขณะนั้น ได้ไปเยี่ยมเออร์กิชหลายครั้งที่คลินิก และคริสเตียน กรอสส์ หัวหน้าสโมสร ได้ให้เวลาที่จำเป็นแก่เขาและรณรงค์เพื่อต่อสัญญา เขาเซ็นสัญญากับสโมสรฟุตบอลบาเซิลอย่างถาวรด้วยมูลค่าประมาณ1.6 ล้าน ฟรัง ก์สวิส^{[ 11 ]}

เออร์กิชกลับมาร่วมทีมในช่วงพักฤดูหนาวของฤดูกาล 2004–05และลงเล่นในลีก 10 นัด โดยเป็นตัวสำรองเสมอ พวกเขาจบฤดูกาลในฐานะแชมป์สวิสด้วยคะแนนนำทีมอันดับสองอย่างธูนถึง 10 คะแนน ^{[ 12 ]}

ในช่วงเริ่มต้นฤดูกาล 2005–06เขากลับมาเป็นส่วนหนึ่งของทีมอีกครั้ง ในเกมแรก Ergić ทำประตูชัยให้ FCB เอาชนะSchaffhausen ไปได้ 1–0 ^{[ 13 ]}ในฐานะแชมป์สวิส บาเซิลได้เข้าร่วม การแข่งขันรอบคัดเลือกที่สาม ของแชมเปี้ยนส์ลีกฤดูกาล 2005–06อย่างไรก็ตาม พวกเขาถูกจับฉลากให้เจอกับสโมสรแวร์เดอร์ เบรเมน จากบุน เดสลีกาเยอรมันและแพ้ไปด้วยสกอร์รวม 4–2 ^{[ 14 ]}ต่อมา บาเซิลได้ลงไปเล่นในยูฟ่าคัพฤดูกาล 2005–06โดยในรอบแรก พวกเขาเอาชนะNK Široki Brijeg ไป ด้วยสกอร์รวม 6–0 ทำให้ผ่านเข้ารอบแบ่งกลุ่มได้สำเร็จ บาเซิลถูกจับฉลากอยู่ในกลุ่ม E ร่วมกับสตราสบูร์ก โรม่าเรดสตาร์ เบลเกรดและทรอมโซ บาเซิลผ่านเข้ารอบน็อกเอาต์ และในรอบ 32 ทีม บาเซิลถูกจับฉลากให้เจอกับAS โมนาโก ซึ่งพวก เขาชนะไปด้วยสกอร์รวม 2–1 ในรอบ 16 ทีมสุดท้าย บาเซิลจับฉลากเจอกับสตราสบูร์ก และชนะด้วยผลรวม 4–2 ในรอบก่อนรองชนะเลิศพวกเขาจับฉลากเจอกับมิดเดิลสโบรห์ และชนะในเลกแรก 2–0 แต่มิดเดิลสโบรห์กลับมาเอาชนะในเลกที่สอง 4–1 และชนะด้วยผลรวม 4–3 เออร์กิชลงเล่นในทุกเกมยกเว้นเกมเดียว^{[ 15 ]}

บาเซิลเริ่มต้นฤดูกาลซูเปอร์ลีก 2005–06ได้ดีและนำเป็นจ่าฝูงจนถึงวันสุดท้ายของฤดูกาล ในวันสุดท้ายของฤดูกาล บาเซิลเล่นในบ้านพบกับซูริค มลาเดน เปทริชทำประตูตีเสมอได้หลังจากที่เอฟซีซีขึ้นนำไปก่อน แต่แล้วประตูในช่วงนาทีสุดท้ายจากยูเลียน ฟิลิเปสคู ของซูริค ทำให้สกอร์สุดท้ายเป็น 1–2 ซึ่งทำให้ทีมเยือนเป็นฝ่ายชนะและคว้าแชมป์ระดับชาติเป็นครั้งแรกนับตั้งแต่ฤดูกาล 1980–81 บาเซิลเสียแชมป์ไปเพราะผลต่างประตู เออร์กิชลงเล่นใน 31 จาก 36 เกมลีกของทีมและทำได้ 4 ประตู^{[ 16 ]}การเสียแชมป์ในนาทีสุดท้ายและการจลาจลที่เกิดขึ้นตามมา หรือที่เรียกว่าเหตุการณ์อันธพาลบาเซิลหมายความว่าสโมสรต้องรับผลที่ตามมา^{[ 17 ]}

เออร์กิชได้รับแต่งตั้งเป็นกัปตันทีมหลังจากปาสคาล ซูเบอร์บูห์เลอร์ย้ายไปเวสต์บรอมวิช อัลเบียนในช่วงฤดูร้อนปี 2006 การแข่งขันในยุโรปของเอฟซี บาเซิลเริ่มต้นในรอบคัดเลือกแรกของยูฟ่าคัพ ฤดูกาล 2006–07โดยพวกเขาเอาชนะเอฟซี โทบอลทีม จากคาซั คสถานด้วยสกอร์รวม 3–1 ในรอบคัดเลือกที่สอง พวกเขาจับฉลากพบกับเอฟซี วาดุซจากลิกเตนสไตน์และผ่านเข้ารอบไปได้อย่างหวุดหวิดด้วยกฎประตูทีมเยือนหลังจากเสมอกันด้วยสกอร์รวม 2–2 ในรอบแรก บาเซิลเอาชนะเอฟเค ราบอตนิชกี ด้วยสกอร์รวม 7–2 ผ่าน เข้ารอบแบ่งกลุ่ม ในรอบนี้ บาเซิลลงเล่นนัดแรกในบ้านกับเฟ เยนอร์ด ซึ่งจบลงด้วยผลเสมอ 1–1 นัดที่สองเป็นการเล่นนอกบ้านและเอฟซีบาเซิลแพ้แบล็คเบิร์น โรเวอร์ส 3–0 นัดที่สอง ในบ้านกับเอเอส น็องซีเสมอกัน 2–2 และนัดสุดท้ายจบลงด้วยความพ่ายแพ้ต่อวิสวา คราคอฟ 3–1 บาเซิลจบการแข่งขันรอบแบ่งกลุ่มในอันดับสุดท้ายของตารางและตกรอบ กัปตันทีม Ergić ลงเล่นในทุกแมตช์ทั้ง 10 นัด^{[ 18 ]}เมื่อสิ้นสุดฤดูกาลซูเปอร์ลีก 2006–07บาเซิลได้รองแชมป์ โดยมีคะแนนตามหลังซูริคผู้ ชนะเลิศเพียง 1 คะแนน ^{[ 19 ]}ในการแข่งขันสวิสคัพ บาเซิลผ่านเข้ารอบชิงชนะเลิศ โดยเอาชนะ FC Liestal ในรอบแรก, Lugano , FC Baulmes , AarauและWilในรอบรองชนะเลิศ ในรอบชิงชนะเลิศพวกเขาพบกับลูเซิร์นและชนะด้วยสกอร์ 1–0 จากลูกจุดโทษในนาทีที่สามของช่วงทดเวลาบาดเจ็บ^{[ 20 ]}

บาเซิลลงเล่นในยูฟ่าคัพฤดูกาล 2007–08โดยชนะทั้งสองนัดในรอบคัดเลือกและทั้งสองนัดในรอบเพลย์ออฟ ทำให้ทีมผ่านเข้ารอบแบ่งกลุ่ม ซึ่งจบฤดูกาลด้วยอันดับสองโดยไม่แพ้ใคร หลังจากชนะสตาด แรน ส์ 1-0 ในบ้าน, ชนะดินาโม ซาเกร็ บ 0-0 นอกบ้าน, ชนะ บรานน์ 1-0 ในบ้านและชนะฮัมบูร์ก เอสวี 1-1 นอกบ้าน ทำให้ผ่านเข้ารอบน็อกเอาต์ แต่สุดท้ายก็ตกรอบด้วยฝีมือของสปอร์ติ้ง ซีพีเออร์กิชลงเล่นใน 9 จาก 10 นัดดังกล่าว และยิงได้ 4 ประตู^{[ 21 ]}ในตอนท้ายของฤดูกาล 2007–08 เขาคว้าแชมป์สองรายการกับสโมสร โดยคว้า แชมป์ ลีก ด้วยคะแนนนำยัง บอยส์ ทีมอันดับสองอยู่ 4 คะแนน^{[ 22 ]}ในการแข่งขันSwiss Cupผ่านทาง FC Léchelles, SC Binningen , Grasshopper Club , Stade NyonnaisและในรอบรองชนะเลิศThunทำให้ Basel ผ่านเข้าสู่รอบชิงชนะเลิศ และชนะAC Bellinzona ด้วยสกอร์ 4–1 ทำให้ พวกเขาคว้าแชมป์การแข่งขัน^{[ 23 ]}

ในช่วงต้นฤดูกาล 2008–09 เขาเป็นสมาชิกของทีมบาเซิลที่คว้าแชมป์อูเรนคัพพวกเขาเอาชนะเลเกีย วอร์ซอ 6–1 และเสมอกับโบรุสเซีย ดอร์ทมุนด์ 2–2 ทำให้จบฤดูกาลด้วยอันดับสูงสุดเหนือดอร์ทมุนด์และลูเซิร์น [ ^{24 ] แต่}ก่อนเริ่มฤดูกาล 2008–09เออร์กิชลาออกจากตำแหน่งกัปตันทีมและมอบตำแหน่งนี้ให้กับเพื่อนร่วมทีมของเขาฟรังโก คอสแตนโซบาเซิลเข้าร่วมยูฟ่าแชมเปียนส์ลีก 2008–09ในรอบคัดเลือกที่สอง และด้วยผลรวม 5–3 พวกเขาเอาชนะไอเอฟเค โกเตบอร์กในรอบต่อไปพวกเขาเล่นกับวิตอเรีย เดอ กิมาไรส์ นัดแรกจบลงด้วยผลเสมอ 0-0 แต่ด้วยชัยชนะ 2–1 ในนัดที่สอง พวกเขาเอาชนะวิตอเรียและผ่านเข้ารอบแบ่งกลุ่ม ที่นี่บาเซิลต้องแข่งขันกับบาร์เซโลนาสปอร์ติ้ง ซีพีและชัคตาร์ โดเนตส์ก แต่จบกลุ่มในอันดับสุดท้ายโดยได้เพียง 1 คะแนนหลังจากเสมอกัน 1-1 ที่คัมป์นูเออร์กิชลงเล่นใน 9 จาก 10 เกมยุโรปเหล่านี้และยิงได้ 2 ประตู^{[ 25 ]}เมื่อสิ้นสุดฤดูกาลซูเปอร์ลีก 2008–09บาเซิลอยู่อันดับที่ 3 ของตาราง ตามหลังแชมป์ใหม่ซูริค 7 คะแนน และตามหลังรองแชมป์ยังบอยส์ 1 คะแนน ^{[ 26 ]}

หัวหน้าโค้ชคริสเตียน กรอสส์ออกจากสโมสรเมื่อสิ้นสุดฤดูกาล จากนั้นในวันที่ 16 มิถุนายน 2009 เออร์กิชถูกปล่อยตัวออกจากเอฟซี บาเซิลหลังจากที่ผู้จัดการทีมคนใหม่ธอร์สเตน ฟิงค์ตัดสินใจไม่เสนอสัญญาฉบับใหม่ให้เขา เขาใช้เวลาอยู่กับสโมสรเป็นเวลาเก้าปี^{[ 11 ]}ระหว่างปี 2000 ถึง 2009 เขาลงเล่นให้บาเซิลทั้งหมด 365 เกม ทำประตูได้ทั้งหมด 64 ประตู โดย 202 เกมอยู่ในสวิสซูเปอร์ลีก 23 เกมอยู่ในสวิสคัพ 58 เกมอยู่ในรายการแข่งขันของยูฟ่า (แชมเปียนส์ลีก ยูฟ่าคัพ และยูไอซี ) และ 82 เกมเป็นเกมกระชับมิตร เขาทำประตูได้ 31 ประตูในลีกภายในประเทศ 5 ประตูในถ้วย 9 ประตูในเกมยุโรป และอีก 19 ประตูทำได้ในเกมทดสอบ^{[ 27 ]}