ในช่วงเริ่มต้นของสงครามโลกครั้งที่หนึ่งบากราตูนิเป็นนายทหารฝ่ายเสนาธิการประจำกองบัญชาการกองทัพที่ 1แห่งเติร์กสถาน ในเดือนกันยายน ค.ศ. 1914 เขาแสดงความกล้าหาญอย่างโดดเด่นในการรบที่แนวรบด้านตะวันตกในบริเวณเมืองลูกา ซึ่งทำให้เขาได้รับเครื่องราชอิสริยาภรณ์เซนต์สตานิสลาอุสชั้นที่ 2 พร้อมดาบ และเครื่องราชอิสริยาภรณ์เซนต์วลาดิมีร์ชั้นที่ 4 พร้อมดาบ ตั้งแต่เดือนตุลาคม ค.ศ. 1914 ถึงมกราคม ค.ศ. 1915 เขาดำรงตำแหน่งเสนาธิการกองทัพที่ 1 แห่งเติร์กสถาน เป็นการชั่วคราว และตั้งแต่เดือนมกราคม ค.ศ. 1915 ถึงพฤศจิกายน ค.ศ. 1916 เขาเป็นเสนาธิการกองพล ทหาร ราบที่ 76 กองพลน้อยทหารราบที่ 2 แห่งเติร์กสถาน และกองพลน้อยปืนใหญ่ทหารราบที่ 2 แห่งเติร์กสถาน บากราตูนีได้รับยศพันเอกเมื่อวันที่ 6 ธันวาคม 1915 และเนื่องจากสร้างความแตกต่างในสมรภูมิรบ เขาจึงได้รับเครื่องราชอิสริยาภรณ์เซนต์วลาดิมีร์ชั้นที่ 3 พร้อมดาบเครื่องราชอิสริยาภรณ์เซนต์อันนาชั้นที่ 2 พร้อมดาบ และเครื่องราชอิสริยาภรณ์เซนต์จอร์จชั้นที่ 4 เมื่อวันที่ 22 พฤศจิกายน 1916 เขาได้ดำรงตำแหน่งผู้บัญชาการกรมทหารราบเติร์กสถานแห่งที่ 8

หลังจากเหตุการณ์ปฏิวัติเดือนกุมภาพันธ์เขาเป็นหนึ่งในผู้สนับสนุนการปฏิรูปประชาธิปไตยในกองทัพ เขาได้รับเลือกเป็นผู้แทนเข้าร่วมการประชุมใหญ่ของนายทหารทั่วรัสเซียในเปโตรกราดในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1917 และตั้งแต่เดือนมิถุนายน ค.ศ. 1917 เขาได้ดำรงตำแหน่งในสำนักงานรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสงครามของรัฐบาลชั่วคราวรัสเซียของอเล็กซานเดอร์ เคเรนสกีซึ่งเป็นน้องเขยของเขา บากราตูนีได้ดำรงตำแหน่งเสนาธิการเขตทหารเปโตรกราดเมื่อวันที่ 12 กรกฎาคม ค.ศ. 1917 และได้รับการเลื่อนยศเป็นพลตรีเมื่อวันที่ 30 สิงหาคม ค.ศ. 1917

เขาเป็นหนึ่งในผู้จัดตั้งหน่วยทหารอาร์เมเนียในกองทัพรัสเซีย ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2460 นอกจากการดำรงตำแหน่งเสนาธิการเขตทหารแล้ว เขายังได้รับเลือกเป็นผู้บัญชาการทหารอาร์เมเนียและประธานสภาทหารอาร์เมเนีย และมีส่วนร่วมอย่างแข็งขันในการจัดตั้งหน่วยอาสาสมัครอาร์เมเนีย^{[ 1 ]}

ก่อนที่พรรคบอลเชวิก จะขึ้นสู่อำนาจ เพื่อดำเนินมาตรการต่อต้านกองกำลังที่ภักดีต่อรัฐบาลชั่วคราว กองบัญชาการแนวรบเหนือได้สั่งให้ส่งหน่วยทหารพิเศษไปยังเปโตรกราด อย่างไรก็ตาม กองบัญชาการแนวรบไม่ได้ปฏิบัติตามคำสั่ง ส่งผลให้บากราตูนีสามารถรวบรวมกำลังทหารได้เพียงเล็กน้อยเท่านั้น ในวันที่ 7 พฤศจิกายน 1917 นิโคไล คิชกิน ผู้เผด็จการคนใหม่ของรัฐบาลชั่วคราว ได้รับอำนาจในการฟื้นฟูความสงบเรียบร้อยในเมือง เขาได้ปลดพันเอก เกออร์กี โพ ลคอฟ นิคอฟ ที่ลังเลออก จากตำแหน่งผู้บัญชาการทหารเขตเปโตรกราดทันที และแต่งตั้งพลเอกฌาคส์ บากราตูนี ผู้กระตือรือร้นกว่าเข้ามาแทนที่ อย่างไรก็ตาม เขาไม่สามารถพลิกสถานการณ์ที่เลวร้ายลงได้ และในไม่ช้าพรรคบอลเชวิกก็ยึดครองกองบัญชาการเขตได้ เขาจึงลาออกและถูกพรรคบอลเชวิกจับกุมในพระราชวังฤดูหนาวบากราตูนีถูกคุมขังในป้อมปราการจนกระทั่งได้รับการปล่อยตัวในวันที่ 15 ธันวาคม 1917 วันรุ่งขึ้น เขากลับเข้ารับตำแหน่งผู้ตรวจการทหารอาร์เมเนียอีกครั้ง^{[ 1 ]}

ตั้งแต่ปลายปี 1917 ถึงต้นปี 1918 บากราตูนีได้ทำงานอย่างต่อเนื่องในการจัดตั้งกองทัพและส่งทหารไปยังอาร์เมเนียและคอเคซัส เขาเดินทางมาถึง บากูในวันที่ 7 มีนาคม 1918 ตามคำเรียกร้องของผู้นำการปฏิวัติวลาดิมีร์ เลนินเพื่อช่วยเหลือระบอบเผด็จการเซ็นโทรแคสเปียนซึ่งนำโดยสเตปาน ชาฮูมยานในคืนวันที่ 15 มีนาคม เขาได้รอดชีวิตจากการพยายามลอบสังหารบนท้องถนนโดยสายลับชาวตุรกีสามคน ซึ่งนำไปสู่การตัดขาข้างหนึ่งของเขา แม้จะได้รับบาดเจ็บสาหัส เขาก็ยังเข้าร่วมในการต่อสู้ในช่วงเดือนมีนาคมและในการป้องกันกองกำลังผสมของตุรกีและตาตาร์ในช่วงฤดูร้อน ในต้นฤดูใบไม้ร่วงปี 1918 เขาได้รับการแต่งตั้งจากระบอบเผด็จการเซ็นโทรแคสเปียนให้ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสงคราม เมื่อวันที่ 15 กันยายน เวลา 11:00 น. กองทัพอังกฤษได้ถอนกำลังออกไปโดยไม่แจ้งล่วงหน้า ทำให้พื้นที่ส่วนใหญ่ของเมืองตกอยู่ในมือของกองทัพอิสลามแห่งคอเคซัสในยุทธการบากู บากราตูนิคาดการณ์ถึงเหตุการณ์ที่จะเกิดขึ้น จึงได้นำทหาร 1,500 นายพร้อมผู้ลี้ภัย 8,000 คน อพยพไปยังเปอร์เซียที่ท่าเรืออันซาลี เมื่อวันที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2461 และเดินทางไปยังท่าเรืออันซา ลี^{[ 1 ]}ในวันเดียวกันกับที่กองทัพตุรกีบุกเข้าบากู การสังหารหมู่ชาวอาร์เมเนียหลายพันคนก็เกิดขึ้นในช่วง เหตุการณ์ วันแห่งเดือนกันยายน ซึ่งเป็นการสังหารหมู่ครั้งใหญ่ครั้งสุดท้ายของสงครามโลกครั้งที่ 1 ^{[ 2 ]}

เมื่อกองทหารอังกฤษกลับมายังบากูในวันที่ 18 พฤศจิกายน บากราตูนิได้เดินทางกลับไปยังสภาแห่งชาติอาร์เมเนียเขายังสนใจอย่างยิ่งในการป้องกันอาร์เมเนียในซานเกซูร์และนากอร์โน-คาราบัคที่นำโดยนายพลอันดรานิก โอซาเนียนจดหมายที่บากราตูนิส่งถึงนายพลอันดรานิก พร้อมกับเงินเพื่อช่วยป้องกันการโจมตีของเติร์กในซานเกซูร์ ลงวันที่ 12 ธันวาคม พ.ศ. 2461 ระบุว่า: "ข้าพเจ้าส่งเงินให้ท่านหนึ่งล้านรูเบิล โดย 400,000 ควรจัดสรรให้กับกองทัพ และอีก 600,000 สำหรับช่วยเหลือผู้ลี้ภัย ทั้งในท้องถิ่นและจากที่ไกลๆ" ^{[ 1 ]}

ในปี 1919 เขาเป็นส่วนหนึ่งของคณะผู้แทนอาร์เมเนียในการประชุมสันติภาพปารีสในฐานะที่ปรึกษา เขาเป็นส่วนหนึ่งของคณะผู้แทนทางทหารของอาร์เมเนียในเดือนสิงหาคม 1919 ที่มุ่งไปยังสหรัฐอเมริกาเพื่อเจรจาความร่วมมือในภาคการป้องกันประเทศ คณะผู้แทนเดินทางถึงนครนิวยอร์กในเดือนพฤศจิกายน 1919 บากราตูนิได้พบกับนักการเมืองและบุคคลสำคัญชาวอเมริกันหลายคน กล่าวปราศรัยในการชุมนุม และยืนกรานที่จะช่วยเหลืออาร์เมเนียและการรับรองอย่างเป็นทางการของสาธารณรัฐอาร์เมเนียแห่งแรกในวันที่ 3 มกราคม 1920 บากราตูนิได้ต้อนรับโรเบิร์ต แลนซิงรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศของสหรัฐอเมริกา รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศได้มอบบันทึกข้อความซึ่งระบุว่าชาวอาร์เมเนียพร้อมด้วยอาวุธและเครื่องแบบ จะทำการยึดคืนดินแดนอาร์เมเนียที่ตกเป็นของชาวเติร์กภายใต้สนธิสัญญาหยุดยิงมูดรอ สด้วยตนเอง แม้ว่าอาร์เมเนียจะจัดตั้งสถานทูตในหลายประเทศแล้วก็ตาม แลนซิงอธิบายว่าทางการสหรัฐฯ ไม่สามารถให้ความช่วยเหลือทางทหารแก่ประเทศที่ไม่ได้รับการรับรองอย่างเป็นทางการได้^{[ 1 ]}

หลังจากเสร็จสิ้นภารกิจ เขากลับไปฝรั่งเศสในปี 1920 และได้รับการแต่งตั้งเป็นเอกอัครราชทูตอาร์เมเนียประจำสหราชอาณาจักร ซึ่งเขาลี้ภัยอยู่ที่นั่น บากราตูนิเสียชีวิตเมื่อวันที่ 23 ธันวาคม 1943 ที่ลอสท์วิทเทียลในคอร์นวอลล์หลังจากพิธีศพที่โบสถ์อาร์เมเนียในลอนดอนเมื่อวันที่ 3 มกราคม 1944 เขาถูกฝังที่สุสานบรอมป์ตัน^{[ 3 ]}