เมื่อวันที่ 2 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2552 กูสเซนส์ย้ายจากอาแจ็กซ์ไปเนจเมเกนโดยเซ็นสัญญาเป็นเวลาสี่ปี^{[ 6 ]}ก่อนหน้านี้เอฟซี ทเวนเต้สนใจที่จะเซ็นสัญญากับกูสเซนส์เช่นกัน ทั้งสองฝ่ายตกลงกับกูสเซนส์ได้แล้ว แต่ไม่สามารถตกลงกับอาแจ็กซ์ในเงื่อนไขของสัญญาได้ อาแจ็กซ์ต้องการให้สัญญามีเงื่อนไขการซื้อคืน ซึ่งทำให้ทเวนเต้หยุดการเจรจา^{[ 7 ]}กูสเซนส์เซ็นสัญญากับเนจเมเกนจนถึงกลางปี ​​พ.ศ. 2555 ^{[ 8 ]}

เขาประเดิมการเล่นฟุตบอลอาชีพครั้งแรกเมื่อวันที่ 4 กุมภาพันธ์ 2009 โดยลงเล่นเกมแรกกับโกรนิงเงนโดยลงมาเป็นตัวสำรองแทนราชีด บูอาอูซานในนาทีที่ 29 ^{[ 9 ]}จากนั้นกูสเซนส์ก็ทำประตูแรกให้กับสโมสรได้ในเกมที่เสมอกับทเวนเต้ 1-1 เมื่อวันที่ 3 เมษายน 2009 ^{[ 10 ]}ในช่วงครึ่งแรกของอาชีพการค้าแข้งที่ NEC กูสเซนส์ลงเล่น 8 นัดและทำประตูได้ 1 ประตู

ในฤดูกาล 2009–10กูสเซนส์เริ่มต้นฤดูกาลเต็มของเขาที่ NEC โดยที่เขาไม่ได้ถูกใช้งานและนั่งอยู่บนม้านั่งสำรองในช่วงต้นฤดูกาลก่อนที่จะทำประตูแรกของฤดูกาลได้ในเกมที่เสมอกับADO Den Haag 1–1 ^{[ 11 ]}หนึ่งสัปดาห์ต่อมา ในวันที่ 28 ตุลาคม 2009 ในรอบที่สามของ KNVB Cupในเกมที่ชนะExcelsior 2–1 จากนั้นเขาทำประตูที่สองในลีกของฤดูกาลได้ในเกมที่แพ้ Twente 4–3 สองเดือนต่อมา^{[ 12 ]}จากนั้นในรอบที่สี่ของ KNVB Cupกูสเซนส์ก็ทำประตูได้ในเกมที่ชนะ Groningen 2–0 ^{[ 13 ]}ในระหว่างเกมกระชับมิตรกับPelisterกูสเซนส์ได้รับบาดเจ็บที่ข้อเท้าซ้ายทำให้เขาต้องพักรักษาตัวระหว่างสี่ถึงหกสัปดาห์^{[ 14 ]}เขากลับมาลงสนามอีกครั้งในเกมที่แพ้โกรนิงเงน 2-0 เมื่อวันที่ 20 กุมภาพันธ์ 2010 จากนั้นกูสเซนส์ก็ทำประตูที่สามของฤดูกาลได้ในเกมที่แพ้ฮีเรนเฟน 4-1 เมื่อวันที่ 20 มีนาคม 2010 ^{[ 15 ]}เมื่อสิ้นสุดฤดูกาล กูสเซนส์ทำประตูได้ 5 ประตูจากการลงสนาม 24 นัดในทุกรายการแข่งขัน หนึ่งในประตูของเขาในฤดูกาลนี้ทำให้กูสเซนส์ได้รับรางวัลประตูยอดเยี่ยมแห่งฤดูกาล^{[ 16 ]}

ในฤดูกาล 2010–11กูสเซนส์เริ่มต้นฤดูกาลด้วยการทำประตูสุดสวยประจำฤดูกาล โดยทำประตูได้ในเกมที่แพ้พีเอสวี 3–1 เมื่อวันที่ 11 กันยายน 2010 ^{[ 17 ]}แม้จะเป็นฝ่ายแพ้ แต่กูสเซนส์ก็ได้รับเลือกให้เป็นทีมยอดเยี่ยมประจำสัปดาห์ โดย Algemeen Dagblad ^{[ 18 ]}จากนั้น ในรอบที่สามของ KNVB Cupกับดอร์เดรชท์กูสเซนส์ถูกไล่ออกหลังจากได้รับใบแดงโดยตรงในนาทีที่ 45 ซึ่ง NEC แพ้ไป 4–3 ^{[ 19 ]}หลังจบเกม กูสเซนส์ถูกแบน 3 นัด ทำให้สโมสรยื่นอุทธรณ์^{[ 20 ]}ส่งผลให้กูสเซนส์ถูกแบน 1 นัด^{[ 21 ]}ต่อมาการอุทธรณ์ก็ประสบความสำเร็จ^{[ 22 ]}จากนั้นเขายิงประตูที่สองของฤดูกาลได้ในเกมที่ชนะวิลเลม II 3-1 เมื่อวันที่ 11 ธันวาคม 2010 ^{[ 23 ]}ตามมาด้วยประตูที่สามของเขาในวันที่ 22 มกราคม 2011 ในเกมที่เสมอกับNAC Breda 2-2 ^{[ 24 ]}จากนั้นเขายิงประตูที่สี่และห้าได้ในเกมกับอูเทรคต์^{[ 25 ]}และวิเทสส์ อาร์นเฮม [ ^{26 ] ใน}เกมถัดจากวิเทสส์ กูสเซนส์ยิงได้สองประตูในเกมที่ชนะVVV-Venlo 4-1 ^{[ 27 ]}เมื่อสิ้นสุดฤดูกาล 2010–11 กูสเซนส์ยิงได้เจ็ดประตูจากการลงเล่นสิบสามนัด สโมสรเริ่มเจรจาสัญญาฉบับใหม่กับกูสเซนส์ ซึ่งสัญญาของเขาจะหมดอายุเมื่อสิ้นสุดฤดูกาล 2011–12 ^{[ 28 ]}

ในฤดูกาล 2011–12กูสเซนส์ลงเล่นสองนัดก่อนที่จะต้องพักเนื่องจากอาการบาดเจ็บที่หัวเข่าซึ่งเขาได้รับระหว่างการแข่งขัน^{[ 29 ]}กูสเซนส์กลับมาลงเล่นอีกครั้งในเกมที่แพ้อาแจ็กซ์ 3–0 โดยเขาได้ลงเป็นตัวจริง แต่ถูกเปลี่ยนตัวออกหลังจากได้รับบาดเจ็บที่ข้อเท้าเป็นเวลา 25 นาที^{[ 30 ]}กูสเซนส์ทำประตูได้สองครั้งจากลูกฟรีคิกโดยตรงในเกมที่ชนะวีวีวี-เวนโล 2–0 ^{[ 31 ]}หลังจากเกมนั้น กูสเซนส์ไม่เคยฝึกซ้อมการยิงฟรีคิกอีกเลย^{[ 32 ]}จากนั้นกูสเซนส์ก็ทำประตูได้อีกสี่วันต่อมา ในรอบที่สี่ของ KNVB Cupในเกมที่ชนะอคิลลีส '29 (III) 3–0 ^{[ 33 ]}ประตูที่สามของเขาในฤดูกาลนี้มาจากการชนะโกรนิงเกน 4-0 เมื่อวันที่ 25 กุมภาพันธ์ 2012 ^{[ 34 ]}หลังจากนั้นไม่นาน กูสเซนส์ก็จบฤดูกาลและอาชีพของเขาที่ NEC เมื่อเขาเข้ารับการผ่าตัดเข่าและต้องพักรักษาตัวเป็นเวลาแปดสัปดาห์^{[ 35 ]}

เนื่องจากผลงานที่ดีของเขากับ NEC Nijmegen ทำให้ Goossens ได้รับข้อเสนอสัญญาฉบับใหม่ในปี 2012 แต่เขาปฏิเสธข้อเสนอนั้น สโมสรSwansea City ของเวลส์ สนใจที่จะเซ็นสัญญากับ Goossens ซึ่งทำให้ Carlos Aalbers ผู้อำนวยการด้านเทคนิคของสโมสรยอมรับว่าเขามีความรู้สึกผสมปนเปเกี่ยวกับการย้ายทีมของ John Goossens ไปยังสโมสร^{[ 36 ]} NEC ระบุว่าพวกเขาไม่ต้องการเสี่ยงที่จะเสีย Goossens ไปแบบไม่มีค่าตัวในช่วงฤดูร้อน ในที่สุด Goossens ก็ปฏิเสธการย้ายไป Swansea เนื่องจากเขาตัดสินใจที่จะรับใช้จนครบสัญญา^{[ 37 ]}