ในช่วงต้นปี 1993 บิ๊ก ไซค์ สมาชิกวง Thug Life ของทูแพค ได้แนะนำจอห์นนี่ให้รู้จักกับทูแพค ทั้งคู่เข้ากันได้ดีอย่างรวดเร็ว และร่วมบันทึกเพลง "Pour Out a Little Liquor" สำหรับซาวด์แทร็กภาพยนตร์ Above the Rim และ "Death Around the Corner" ซึ่งจะปรากฏอยู่ในอัลบั้ม Me Against the World อย่างไรก็ตาม ความร่วมมือของทั้งคู่ต้องหยุดชะงักลงเมื่อทูแพคถูกส่งเข้าคุกในเดือนกุมภาพันธ์ 1995 หลังจากได้รับการปล่อยตัวในเดือนตุลาคมปีเดียวกัน ทั้งคู่ได้กลับมาร่วมงานกันอีกครั้งที่ Can-Am Studios ในลอสแอนเจลิส ทูแพครู้สึกปลอดภัยมากเมื่ออยู่กับจอห์นนี่ในสตูดิโอ ทูแพคและจอห์นนี่ เจ บันทึกเพลงร่วมกันมากกว่าร้อยเพลง โดย 11 เพลง รวมถึง "How Do U Want It" และ "All About U" ได้ถูกนำไปใส่ไว้ในอัลบั้มAll Eyez on Meส่วนที่เหลือเป็นผลงานส่วนใหญ่ของทูแพคที่ปล่อยออกมาหลังเสียชีวิต ตลอดอาชีพการงานของโปรดิวเซอร์จอห์นนี่ เจ เขาขายอัลบั้มได้มากกว่า 100 ล้านแผ่น

เขาผลิตEP Hip Hop Addict ^{[ 4 ]} ในปี 1989 ของเพื่อนร่วมชั้น Candymanและซิงเกิล "Knockin' Boots" ในปี 1990 สำหรับอัลบั้มAin't No Shame in My Game ของเพื่อนร่วมชั้น Candymanซึ่งได้รับรางวัลแพลตินัมจากซิงเกิลนี้^{[ 5 ]}เขายังผลิตผลงานในช่วงแรกของศิลปิน Shady Montage ซึ่งต่อมาได้กลายเป็นShade Sheist

หลังจากได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลมากมายจาก Candyman จอห์นนี่ เจ ได้พบกับ2Pacและบันทึกเสียงเพลงเก้าเพลงกับเขาภายในสามวัน^{[ 6 ]}หลังจากการบันทึกเสียงเหล่านี้ จอห์นนี่ได้โปรดิวซ์เพลง "Pour Out a Little Liquor" ซึ่งปรากฏอยู่ใน ซาวด์ แทร็ก Above the Rim และอัลบั้ม Thug Lifeของ 2Pac ในที่สุดซาวด์แทร็กก็ได้รับรางวัลดับเบิลแพลตินัมและได้รับรางวัลซาวด์แทร็กแห่งปีในงานSource Awardsปี 1995 ^{[ 7 ]}

จอห์นนี่ได้โปรดิวซ์เพลง "Death Around The Corner" ซึ่งต่อมาได้อยู่ในอัลบั้มเดี่ยวชุดที่สามของ 2Pac ที่ชื่อว่าMe Against The Worldอัลบั้มดังกล่าวขึ้นไปอยู่อันดับสูงสุดของ Billboard 200 ในที่สุด^{[ 2 ]}

จอห์นนี่ เจ บันทึกและปล่อยอัลบั้มแร็พชุดแรกของเขาI Gotta Be Meในปี 1994 ซึ่งมีซิงเกิลออกมาสองเพลงคือ "Get Away From Me" และ "Dig Um' Out" มีการถ่ายทำมิวสิกวิดีโอสำหรับเพลง "Get Away From Me" แจ็กสันเป็นโปรดิวเซอร์อัลบั้มทั้งหมด และยังแสดงความสามารถด้านการร้องเพลงของเขาในเพลงต่างๆ เช่น "Love's the Way" บีทของเพลง "Better Off" ต่อมาถูกนำไปใช้ซ้ำใน เพลง "Picture Me Rollin ' " ของ 2Pacในอัลบั้มAll Eyez On Meใน ปี 1996 ^{[ 8 ]} ปัจจุบัน I Gotta Be Meเลิกผลิตและหาได้ยาก

หลังจากที่ 2Pac ได้รับการปล่อยตัวในช่วงปลายปี 1995 ทั้งสองก็เริ่มทำงานร่วมกันในอัลบั้มเปิดตัว ของ 2Pac กับ ค่าย Death Row Records ที่ชื่อว่า All Eyez On Me [ ^{2 ] อัลบั้ม}คู่ชุดนี้วางจำหน่ายในช่วงต้นปีถัดมา และ Johnny J ก็ได้โปรดิวซ์เพลงฮิตติดชาร์ตอย่าง " All Bout U ", " How Do U Want It " และ " Life Goes On " ^{[ 9 ]}นอกจากนี้เขายังโปรดิวซ์เพลง "Thug Passion", "Shorty Wanna Be A Thug", "Wonda Why They Call U Bitch", "Run tha Streetz", "All Eyez on Me", "What'z Ya Phone #" และ "Picture Me Rollin ' " อีกด้วย ^{[ 2 ]}

อัลบั้มนี้เป็นหนึ่งในอัลบั้มที่มีอิทธิพลมากที่สุดในประวัติศาสตร์ฮิปฮอป และตามข้อมูลของ RIAA อัลบั้มนี้ขายได้ถึงเก้าล้านชุดในสหรัฐอเมริกาเพียงประเทศเดียวภายในวันที่ 18 มิถุนายน พ.ศ. 2541 ^{[ 10 ]}

จากข้อมูลของ 2pacworld.com จอห์นนี่ เจ. "ร่วมเขียนและช่วยผลิตเพลง 11 เพลงในอัลบั้ม All Eyez on Me และไม่เคยได้รับเงินล่วงหน้า 100,000 ดอลลาร์หรือค่าลิขสิทธิ์ต่อเพลง 3% ที่เขาควรจะได้รับ" ข้อพิพาททางการเงินนี้ทำให้บางคนเชื่อว่า Death Row มีส่วนรับผิดชอบต่อการเสียชีวิตของเขา โดยเลือกที่จะฆ่าเขามากกว่าที่จะจ่ายค่าลิขสิทธิ์ซึ่งจะมีมูลค่าหลายล้านดอลลาร์เนื่องจากความสำเร็จทางการค้าของอัลบั้มของ 2Pac ที่เขาช่วยผลิต^{[ 11 ]}

ก่อนที่ทูแพค ชาเคอร์จะเสียชีวิต จอห์นนี่ได้ผลิตเพลงมากกว่า 150 เพลงให้กับแร็ปเปอร์คนนี้ ซึ่งส่วนใหญ่ยังไม่เคยเผยแพร่^{[ 12 ]}ผลงานการร่วมมือระหว่างจอห์นนี่กับชาเคอร์หลายชิ้นถูกนำมาทำใหม่ในอัลบั้มที่วางจำหน่ายหลังการเสียชีวิตของเขา เช่น " Until the End of Time ", " Better Dayz " และ " RU Still Down? (Remember Me) " ในขณะที่มีเพียงไม่กี่เพลงเท่านั้นที่ยังคงอยู่ในรูปแบบดั้งเดิม

จอห์นนี่ได้แต่งเพลงประกอบภาพยนตร์หลายเรื่อง เช่นGridlock'd ^{[ 2 ]}ศิลปินคนแรกที่จอห์นนี่ร่วมงานด้วยหลังจากที่ 2Pac เสียชีวิตคือBizzy BoneจากBone Thugs-n-Harmonyจอห์นนี่ได้โปรดิวซ์เพลง " Thugz Cry " และ "Nobody Can Stop Me" จาก อัลบั้ม Heavenz Movieซึ่งได้รับรางวัลแพลตินัม ในปี 2009 Klock Work Entertainment ยืนยันว่าจอห์นนี่ได้โปรดิวซ์อัลบั้มเต็มให้กับ Bizzy แต่ไม่เคยได้รับการวางจำหน่าย^{[ 2 ]}

ในปี 2004 จอห์นนี่ ได้ร่วมกับนาโปเลียนจากวงOutlawzและวาล ยังปล่อยเพลง "Never Forget" ซึ่งเป็นเพลงที่อุทิศให้กับ 2Pac โดยมีการถ่ายทำมิวสิกวิดีโอประกอบเพลงนี้ และมีเพื่อนสนิทของชาเคอร์หลายคนมาร่วมแสดงด้วย

ในช่วงกลางปี ​​2006 จอห์นนี่ เจ ได้เปิดตัวเพลงที่แต่งขึ้นเพื่อรำลึกถึงทูแพคในโอกาสครบรอบ 10 ปี ในอัลบั้มรวมเพลงเพื่อการกุศลของมูตูรู ชาเคอร์ที่ชื่อว่าA 2Pac Tribute: Dare 2 Struggleเพลงนี้แต่งโดยศิลปินหน้าใหม่ที่ทำงานร่วมกับคล็อก เวิร์คในขณะนั้น ชื่อ ที-เจย์

ในช่วงกลางปี ​​2008 แร็ปเปอร์ชาวอิหร่าน-แคนาดา Imaan Faith ได้ร่วมงานกับ Deejay Ra เพื่อปล่อยอัลบั้มเดบิวต์ของเขาLet The Truth Be Knownภายใต้สังกัด Universal Music Canada โดยมีเพลงเปิดอัลบั้มคือ "Goin 2 Da Top" ที่ร่วมงานกับ Johnny J ซึ่งบันทึกเสียงที่สตูดิโอของ Johnny ในแคลิฟอร์เนียเมื่อกลางปี ​​2006

จอห์นนี่ เจ ได้บันทึกเสียงกับนักแสดง/นักร้องทาเตียนา อาลี ตลอดช่วงปี 2008 ในอัลบั้มเพลงชุดที่สองของเธอชื่อThe Light ^{[ 13 ]}

• ฉันต้องเป็นตัวฉันเอง (1994)

• เทเหล้าออกมานิดหน่อย - Thug Life (1994)
• ความตายอยู่ไม่ไกล - 2Pac (1995)
• All About U - 2Pacร่วมกับYaki Kadafi , Hussein Fatal , Nate DoggและSnoop Doggy Dogg (1996)
• How Do U Want It - 2Pacร่วมกับK-Ci & JoJo (1996)
• ชีวิตยังคงดำเนินต่อไป - 2Pac (1996)
• เบอร์โทรศัพท์ของคุณคืออะไร - 2Pacร่วมกับDanny Boy (1996)
• Shorty Wanna Be a Thug - 2Pac (1996)
• Wonda Why They Call UB*tch - 2Pacร่วมกับMichel'le (1996)
• Thug Passion - 2Pacร่วมกับDramacydal , Jewell , StormและDJ Quik (1996)
• Picture Me Rollin' - 2Pacร่วมกับDanny Boy , Big SykeและCPO (1996)
• Check Out Time - 2Pac featuring Kurupt & Big Syke (1996)
• Hit 'Em Up - 2Pacร่วมกับOutlawz (1996)
• Forever Ballin' - Big Syke และ Johnny J (1996) ^{[ 15 ]}
• ไม่เคยมีเพื่อนแบบฉัน - 2Pac (1997) ^{[ 16 ]}
• Are You Still Down? - Jon B. featuring 2Pac (1997) ^{[ 17 ]}
• Rap Hangover - Craig Mackร่วมกับ La Shawn Monet (1997); You! - Craig Mack (1997)
• U Bring Me Up (Remix) - K-Ci & Jo Jo (1997) ^{[ 18 ]}
• Made Niggaz - 2Pac เนื้อเรื่อง Tha Outlawz (1997)
• Fake Ass Bitches; Ready 4 Whatever ^{[ 19 ]} - 2Pac (1997)
• Crazy, Dangerous - Nate Doggร่วมกับ Six Feet Deep และ Nanci Fletcher (1998)
• วันเวลาที่ดีกว่า (เวอร์ชันวิดีโอ) - WC ร่วมกับ Jon B. (1998)
• Thugz Cry - Bizzy Bone (1998); Nobody Can Stop Me
• อย่าหลับ - มาร์ค วอห์ลเบิร์ก (1998) ^{[ 20 ]}
• Troublesome '96 - 2Pac (1998)
• U Can Be Touched; Still I Rise; Secretz of War - 2Pac (1999) ^{[ 21 ]}
• Thugz Mansion - 2Pacร่วมกับNasและ J. Phoenix (2002)

• Vamos a Divertirnos - กาโตส เวอร์เดส (1998)

• "ลิล โฮมี่ส์" (ฉบับดั้งเดิม)

เพลงนี้ได้รับการเผยแพร่อย่างเป็นทางการในอัลบั้มUntil the End of Time (2001) ด้วยการผลิตที่แตกต่างออกไป เวอร์ชั่นดั้งเดิมของ Johnny J ที่บันทึกไว้ประมาณปี 1996 นั้นมีอยู่เฉพาะในคอลเล็กชันส่วนตัวเท่านั้น

• "อย่าเรียกแกว่าอี bitch อีก" (ฉบับดั้งเดิม)

มีเวอร์ชันที่โปรดิวซ์โดย Johnny J อยู่ และเพลงที่รู้จักกันทั่วไปในอัลบั้มBetter Dayz (2002) ก็เป็นเวอร์ชันรีมิกซ์ (ที่ได้ Tyrese มาร่วมร้อง) ส่วนเวอร์ชันต้นฉบับที่แท้จริงยังคงไม่ได้รับการเผยแพร่

• "บ้านแสนสุข" (ฉบับดั้งเดิม)

เพลงนี้ปรากฏอยู่ในอัลบั้มUntil the End of Time (2001) โดยมีการเปลี่ยนแปลงแก้ไขอย่างมากหลังจากที่ Johnny J เสียชีวิตไปแล้ว การเรียบเรียงดนตรีต้นฉบับของ Johnny J ไม่เคยได้รับการเผยแพร่อย่างเป็นทางการ

• "ยังคงเล่นบอลอยู่" (เวอร์ชั่นต้นฉบับ)

ปรากฏอยู่ในอัลบั้มBetter Dayz (2002) โดยมี Trick Daddy มาร่วมฟีเจอร์ริ่งและมีการปรับปรุงบีทใหม่ เพลงของ Johnny J ในปี 1996 เป็นที่รู้จักในหมู่แฟนเพลง แต่ไม่ได้วางจำหน่ายอย่างเป็นทางการ

• "When I Get Free" (เวอร์ชั่นรีมิกซ์โดย Johnny J)

แม้ว่าจะมีเวอร์ชันหนึ่งปรากฏอยู่ในอัลบั้ม RU Still Down? (Remember Me) (1997) แต่ก็มีข่าวลือว่ามีเวอร์ชันที่ Johnny J มิกซ์ไว้ก่อนหน้านี้จาก ช่วงบันทึกเสียง All Eyez on Me ซึ่งเวอร์ชันนี้ไม่ได้อยู่ในอัลบั้มอย่างเป็นทางการใดๆ

• "Catchin' Feelins" (เวอร์ชั่นต้นฉบับ)

เพลง เวอร์ชั่น Better Dayz (2002) ถูกนำมาเรียบเรียงใหม่หลังจากที่เขาเสียชีวิตไปแล้ว ดนตรีดิบๆ ที่โปรดิวซ์โดย Johnny J นั้นยังไม่เคยถูกเผยแพร่อย่างเป็นทางการ นอกจากไฟล์ที่หลุดออกมาคุณภาพต่ำเท่านั้น

• "Niggaz Nature" (ต้นฉบับของ Johnny J)

มีข่าวลือว่าเป็นเพลงที่ไม่ได้ถูกนำมาใช้ในโปรเจกต์อย่างเป็นทางการของ 2Pac ในช่วงกลางยุค 90 มักถูกนำไปทำสำเนาเถื่อนในชื่อต่างๆ เช่น “Niggaz Nature” หรือ “Thug Nature” แต่เวอร์ชั่นที่ Johnny J มิกซ์อย่างแท้จริงนั้นไม่ได้อยู่ในโปรเจกต์ใดๆ อย่างเป็นทางการ

• "LastOnesLeft" (เพลงต้นฉบับของ Johnny J)

แม้ว่าจะมีการอ้างถึงเพลงนี้ในบางครั้งโดยเชื่อมโยงกับอัลบั้มStill I Rise (1999) แต่เพลงนี้ก็ไม่ได้ปรากฏอยู่ในอัลบั้มที่วางจำหน่ายอย่างเป็นทางการ มีข่าวลือว่า Johnny J ได้โปรดิวซ์เวอร์ชันดั้งเดิมในช่วงการบันทึกอัลบั้ม Outlaw Immortalz แต่ปัจจุบันมีเพียงเวอร์ชันเถื่อน/สำหรับนักสะสมเท่านั้น