โจนาธาน เชพเพิร์ด (เกิด 31 มีนาคม 1981) เป็นอดีตนักฟุตบอล อาชีพ ที่เล่นในฟุตบอลลีกให้กับ อ็อกซ์ฟอร์ ดยูไนเต็ด

เชพเพิร์ดปรากฏตัวครั้งแรกในรายการฟุตบอลลีกโทรฟี่เมื่อวันที่ 11 มกราคม พ.ศ. 2543 ตามมาด้วยการปรากฏตัวอีกครั้งในรายการเดียวกันและอีกสองนัดในฟุตบอลลีกเมื่อสิ้นสุดฤดูกาล พ.ศ. 2542–2543 ใน ฤดูกาลถัดมาเขาลงเล่นห้าเกมในลีกและสองเกมในลีกคัพเขาทำประตูได้หนึ่งประตูให้กับสโมสร ซึ่งเป็นประตูที่ยิงใส่ วูล์ฟแฮมป์ตัน วันเดอเรอร์สในเกมที่แพ้ 3–1 ในลีกคัพ^{[ 2 ]}