โจนาธาน เอฟ.เค. เอิร์ลสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาเอกที่มหาวิทยาลัยฟลอริดาในปี 1985 และเข้าร่วมเป็นอาจารย์ประจำภาควิชาวิศวกรรมเกษตรและชีววิทยาในปี 1987 เขาได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้ช่วยคณบดีฝ่ายกิจการนักศึกษาของวิทยาลัยวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยฟลอริดาในปี 1992 ต่อมาตำแหน่งนี้ได้รับการเลื่อนขั้นเป็นรองคณบดี เขาดำรงตำแหน่งนี้จนกระทั่งเกษียณอายุในเดือนธันวาคม 2007 ปัจจุบันเขาดำรงตำแหน่ง "รองคณบดีกิตติคุณ"

ในตำแหน่งนี้ เขาได้ก่อตั้งศูนย์บริการนักศึกษาคณะวิศวกรรมศาสตร์ เพื่อให้คำปรึกษา ทรัพยากร และการสนับสนุนด้านวิชาการแก่นักศึกษาคณะวิศวกรรมศาสตร์ อย่างไรก็ตาม เขาเป็นที่รู้จักมากที่สุดจากความทุ่มเทในการเพิ่มอัตราการคงอยู่และการสำเร็จการศึกษาของนักศึกษาชนกลุ่มน้อยในสาขาวิศวกรรมศาสตร์ ในปี 1993 เขาได้ริเริ่มโครงการ STEPUP (Successful Transition through Enhanced Preparation for Undergraduate Programs) ซึ่งอิงตามแบบจำลองของ Meyerhoff โครงการ STEPUP เป็นโปรแกรมแบบเข้มข้น 6 สัปดาห์สำหรับนักศึกษาที่ได้รับการคัดเลือก โดยประกอบด้วยการให้คำปรึกษาจากเพื่อน การเตรียมความพร้อมด้านวิชาการในวิชาแคลคูลัสและเคมี รวมถึงโอกาสในการสร้างเครือข่ายกับภาคอุตสาหกรรม ในปี 2000-2001 เขาเป็นผู้รับผิดชอบในการดำเนินโครงการ EFTP (Engineering Freshman Transition Program) ซึ่งเป็นประสบการณ์แบบไม่พักอาศัยสำหรับนักศึกษาปีหนึ่งคณะวิศวกรรมศาสตร์ทุกคน รวมถึงโครงการ Engineering GatorTrax Math Excellence Program ซึ่งออกแบบมาเพื่อมอบการประยุกต์ใช้จริงของแนวคิดทางคณิตศาสตร์ในห้องเรียนแก่นักเรียนระดับมัธยมต้นและมัธยมปลายในรัฐฟลอริดา นอกจากนี้เขายังได้ริเริ่มโครงการ Gator Engineering Outreach Program อีกด้วย

ในปี 2007 เขาได้รับรางวัลประธานาธิบดีจากมูลนิธิวิทยาศาสตร์แห่งชาติ (National Science Foundation Presidential Award for Excellence in Science, Mathematics and Engineering Mentoring)

เอิร์ลได้รับการเลือกตั้งเข้าสู่สภาบริหารแห่งชาติของ สมาคมเกียรติยศด้านวิศวกรรม Tau Beta Piในปี 2549 ซึ่งปัจจุบันเขากำลังขยายโมเดล GatorTrax ไปสู่ระดับชาติภายใต้ชื่อ MindSET

เอิร์ลได้รับทั้งปริญญาโทและปริญญาเอก (ปี 1985) จากมหาวิทยาลัยฟลอริดา