วาเนอร์เล่นให้กับสโมสรเอสปอร์เต คลับ บาเฮียในฤดูกาล 2000/2001 โดยทำได้ 7 ประตูจากการลงเล่น 23 นัด

จากนั้นเขาย้ายไปอยู่กับครูเซโร เอสปอร์เต คลับซึ่งเขาลงเล่นในลีก 33 นัดและทำได้ 4 ประตู

จากนั้น วากเนอร์ ย้ายไปอยู่กับสโมสรโลโคโมทีฟ มอสโกในปี 2003 เขาลงเล่นในลีกเพียง 7 นัด ก่อนจะถูกยืมตัวไปอยู่กับโครินเธียนส์ซึ่งเขาลงเล่นในลีก 18 นัด ก่อนจะกลับมาอยู่กับโลโคโมทีฟ มอสโกอีกครั้ง แต่ลงเล่นในลีกเพียง 6 นัดเท่านั้น

จากนั้น วากเนอร์ย้ายไปอยู่กับอินเตอร์นาซิอองนาลในปี 2005 โดยลงเล่นในทีมชุดใหญ่ 13 นัดและทำได้ 4 ประตู ในปี 2006 ในฤดูกาลที่สองของเขากับอินเตอร์ นาซิอองนา ลเขาคว้าแชมป์โคปาลิเบอร์ตาดอเรส ได้สำเร็จ โดยเอาชนะคู่ปรับอย่างเซาเปาโล ฟุตบอลคลับ

วากเนอร์ย้ายมาอยู่กับเบติสในเดือนสิงหาคมปี 2006 โดยถูกซื้อตัวด้วยราคา 200,000 ยูโร วากเนอร์ ประเดิมสนามให้กับ เบติสในเกมกับแอธเลติก บิลเบาเมื่อวันที่ 10 กันยายน 2006 ที่ สนาม มานูเอล รุยซ์ เด โลเปราซึ่งเบติสชนะ 3-0 โดยลงมาเป็นตัวสำรองในครึ่งหลัง

จากนั้น Wágner ถูกยืมตัวจาก Betis ไปยัง São Paulo สำหรับฤดูกาล 2007 ซึ่งเขาพลาดการแข่งขันในช่วงต้นฤดูกาลเนื่องจากอาการบาดเจ็บ อย่างไรก็ตาม หลังจากหายดีแล้ว เขาก็ได้ลงเล่นในทีมชุดใหญ่และคว้าแชมป์Campeonato Brasileiroในปี 2007 และได้รับการโหวตให้เป็นกองกลางฝั่งซ้ายยอดเยี่ยมโดยCBFต่อมา São Paulo ได้ตกลงทำสัญญากับBetis อย่างถาวร และ Wágner ได้เซ็นสัญญา 3 ปี^{[ 2 ]}

เมื่อวันที่ 7 กรกฎาคม 2553 ฮอร์เก้ วากเนอร์ เซ็นสัญญากับสโมสรคาชิวะ เรย์โซล ในญี่ปุ่นจนถึงปี 2554 เขาเป็นหนึ่งในผู้เล่นสำคัญในการพาทีมเรย์โซล คว้าแชมป์ เจลีก ครั้งแรก ในประวัติศาสตร์ โดยทำไป 11 ประตูจาก 31 นัด และยังได้รับการคัดเลือกให้เป็นหนึ่งในผู้เล่นยอดเยี่ยมประจำฤดูกาลของเจ ลีกอีกด้วย

เมื่อวันที่ 20 มกราคม พ.ศ. 2558 Jorge Wágner ได้รับการเซ็นสัญญาจากสโมสรVitória ของ บราซิล^{[ 3 ]}