ในช่วงกลางศตวรรษที่ 19 หมู่บ้านแห่งนี้มี ชุมชนชาว แอฟริกันอเมริกัน ที่ใหญ่ที่สุด ในเมือง พร้อมด้วยผู้อพยพชาวเยอรมัน ฝรั่งเศส และไอริช และทางทิศใต้สุดมีผู้อพยพชาวอิตาลีเป็นส่วนใหญ่ ก่อนหน้านี้ชุมชนที่มีฐานะร่ำรวยกว่าได้เริ่มอพยพออกจากย่านใกล้เคียงทางทิศใต้และทิศตะวันออก จูดสันสังเกตว่า "แนวโน้มคือผู้คนที่มีสติปัญญา มีฐานะดี และไปโบสถ์จะถอนตัวออกจากส่วนนี้ของเมือง" ^{[ 6 ]}สวนสาธารณะและโบสถ์ใหม่ตั้งอยู่ตรงทางแยกระหว่างความร่ำรวยของถนนฟิฟธ์อเวนิวและความยากจนของแมนฮัตตันตอนล่าง

โบสถ์แห่งนี้ก่อตั้งโดยเอ็ดเวิร์ด จูดสันผู้ซึ่งเคยเทศนาอยู่ที่โบสถ์แบ๊บติสต์เบเรอันบนถนนดาวนิง ซึ่งอยู่ในหมู่บ้านเดียวกัน แต่ความพยายามของเขาในการขยายกลุ่มผู้ศรัทธาประสบความสำเร็จอย่างมากจนต้องสร้างโบสถ์ใหม่^{[ 7 ]} ในปี 1888 ด้วยการสนับสนุนจากจอห์น ดี. ร็อกกีเฟลเลอร์และแบ๊บติสต์ ผู้มีชื่อเสียงคนอื่นๆ การก่อสร้างโบสถ์ใหม่ทางทิศใต้ของสวนสาธารณะจึงเริ่มต้นขึ้น จูดสันเลือกสถานที่นี้เพราะเขาต้องการเข้าถึงชุมชนใกล้เคียง โบสถ์แห่งนี้สร้างขึ้นเพื่อเป็นอนุสรณ์แด่อดอนิราม จูดสัน บิดาของจูดสัน ซึ่งเป็นหนึ่งในมิชชันนารีโปรเตสแตนต์คนแรกๆ ที่มายังพม่า อาคารโบสถ์ได้รับการออกแบบโดยสถาปนิกสแตนฟอร์ด ไวท์โดยมีหน้าต่างกระจกสี โดย จอห์น ลา ฟาร์จ^{[ 8 ]}โบสถ์แห่งนี้มี อิทธิพล จากยุคเร เนสซองส์ผสมผสานกับ รูปแบบอิตาเลียนพื้นฐาน ประติมากรออ กัสตัส เซนต์-กอเดนส์ออกแบบภาพนูนต่ำหินอ่อน ในห้องบัพติศมาซึ่งดำเนินการโดยเฮอร์เบิร์ต อดัมส์^{[ 1 ]}สร้างเสร็จในปี พ.ศ. 2436 ^{[ 1 ]}

นอกจากการประกอบพิธีกรรมทางศาสนาและการศึกษาด้านศาสนาแล้ว โบสถ์ยังให้บริการด้านสุขภาพและการช่วยเหลือแก่ผู้ที่ไม่ใช่สมาชิกและสมาชิกด้วย อย่างไรก็ตาม โบสถ์ไม่สามารถดึงดูดการสนับสนุนที่เพียงพอจากเพื่อนบ้านผู้ร่ำรวยทางด้านเหนือของจัตุรัส และในปี 1912 โบสถ์ก็ประสบปัญหาทางการเงิน สมาคมแบ๊บติสต์แห่งเมือง (สมาคมโบสถ์แบ๊บติสต์ระดับมหานคร) ได้รับการชักชวนให้เข้าครอบครองทรัพย์สินและรับผิดชอบทางการเงิน ซึ่งในที่สุดก็ถือครองไว้จนกระทั่งคณะผู้ศรัทธาสามารถกลับมาเป็นเจ้าของและควบคุมได้อีกครั้งในปี 1973

ในปี ค.ศ. 1921 ภายใต้การนำของบาทหลวง เอ. เรย์ เพ็ตตี้ โบสถ์ได้เสนอให้เช่าห้องใต้ดินก่อน แล้วจึงให้เช่าบ้านพักของโบสถ์บนถนนทอมป์สันแก่ดร. เอลีนอร์ เอ. แคมป์เบลแพทย์หญิงผู้บุกเบิกซึ่งบริหารศูนย์สุขภาพจูดสันคลินิกทางการแพทย์และทันตกรรมฟรี ศูนย์ดังกล่าวเปิดดำเนินการที่ 237 ถนนทอมป์สัน ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1922 ถึง 1950 เมื่อคลินิกย้ายไปยังที่ตั้งปัจจุบันบนถนนสปริงใน ย่าน โซโฮซึ่งอยู่ทางใต้ ในช่วงทศวรรษ ค.ศ. 1920 โบสถ์ยังได้รับความช่วยเหลือจากนิกายแบปติสต์อเมริกันแห่งชาติ ในการดำเนินงานบ้านพักชุมชนจูดสัน ที่ 179 ถนนซัลลิแวน

ในช่วงภาวะเศรษฐกิจตกต่ำครั้งใหญ่ในต้นศตวรรษที่ 20 ลอเรนซ์ โฮซี ดำรงตำแหน่งเป็นศิษยาภิบาล แม้จำนวนสมาชิกในโบสถ์จะลดลง แต่โบสถ์ก็ยังคงดำเนินกิจกรรมเพื่อสังคมต่างๆ อย่างต่อเนื่อง รวมถึงการอนุญาตให้คนไร้บ้านนอนบนม้านั่งในโบสถ์ได้ในบางครั้ง ในปี 1937 สมาคมแบ๊บติสต์แห่งเมืองได้แต่งตั้งเรนาโต จาโคเมลลี อัลเดน เป็นศิษยาภิบาล

หลังสงครามโลกครั้งที่สองด้วยจำนวนนักศึกษาที่หลั่งไหลเข้ามามากมาย บ้านพักของบาทหลวงและศูนย์สุขภาพเดิมจึงถูกดัดแปลงเป็นหอพักสำหรับนักศึกษาต่างชาติและนักศึกษาจากหลากหลายเชื้อชาติ โดยมีดีน อาร์. ไรท์ บาทหลวงแบปติสต์ประจำมหาวิทยาลัยนิวยอร์กซึ่งเป็นเพื่อนบ้านของโบสถ์ เป็นผู้ดูแล ในขณะเดียวกัน บาทหลวงคนใหม่โรเบิร์ต สไปค์ได้เริ่มสำรวจหลักศาสนศาสตร์กับทหารผ่านศึกและศิลปินที่ทำงานอยู่ในหมู่บ้านในขณะนั้น ซึ่งนำมาซึ่งกลุ่มผู้ศรัทธากลุ่มใหม่และนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงรูปแบบการนมัสการของโบสถ์ให้มีความทันสมัยมากขึ้น

ในปี 1956 ฮาวาร์ด มูดี้ได้ดำรงตำแหน่งศิษยาภิบาลอาวุโส โดยสานต่อจุดยืนของคริสตจักรในการสนับสนุนประเด็นสิทธิพลเมืองและเสรีภาพในการแสดงออก รวมถึงการละทิ้งความเข้าใจแบบอีแวนเจลิคัลในอดีต ด้วยการออกมาพูดในประเด็นที่ครั้งหนึ่งคริสเตียนโดยทั่วไปถือว่าผิดศีลธรรม (เช่น การทำแท้งและการยกเลิกการลงโทษทางกฎหมายสำหรับการค้าประเวณี) ซึ่งเป็นนโยบายที่ยังคงดำเนินต่อไปภายใต้การนำของผู้นำคริสตจักรในปัจจุบันอัล คาร์ไมน์ส ศิษยาภิบาลผู้ช่วยตั้งแต่ปี 1962 ถึง 1979 ได้มุ่งเน้นการปฏิบัติศาสนกิจไปที่ศิลปะ(ดูด้านล่าง)ในช่วงเวลานี้ คริสตจักรได้ขยายตัว ทำให้คริสตจักรสามารถควบคุมทรัพย์สินของตนเองคืนจากองค์กรแบ๊บติสต์ทั่วเมืองที่ทำหน้าที่เป็นผู้ดูแลจนถึงปี 1973 หลังจากที่มูดี้เกษียณอายุในปี 1990 ปีเตอร์ ลาร์แมน ก็ได้ดำรงตำแหน่งศิษยาภิบาลอาวุโส ด้วยพื้นฐานจากการจัดตั้งสหภาพแรงงาน ลาอาร์แมนได้นำคริสตจักรเข้าสู่พันธกิจที่เกี่ยวข้องกับปัญหาเศรษฐกิจ ขณะเดียวกันก็ยังคงทำงานด้านศิลปะและประเด็นทางสังคมอื่นๆ และริเริ่มโครงการบูรณะและปรับปรุงอาคารเก่าแก่ของคริสตจักรซึ่งดำเนินการเป็นเวลาหลายปี

หลังจากดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีอาวุโสในปี 2548 ดอนนา ชาเปอร์ ศิษยาภิบาลอาวุโสได้สร้างโปรแกรมบุกเบิกเพื่อฝึกอบรมนักบวชในอนาคตเกี่ยวกับวิธีการทำ "การปฏิบัติศาสนกิจสาธารณะ" จากฐานประชาคม โดยจัดให้มีการฝึกงานนอกเวลาสำหรับนักศึกษาศาสนศาสตร์และผู้สำเร็จการศึกษาใหม่ นอกจากนี้ ภายใต้การนำของเธอ คริสตจักรยังมีบทบาทนำในขบวนการ New Sanctuary Movement เพื่อสิทธิของผู้อพยพ^{[ 9 ]}