ฟลาเฮอร์ตีเริ่มต้นอาชีพนักบาสเกตบอลที่โรงเรียนมัธยมมานาสควานในฐานะนักเรียนปีหนึ่งที่มานาสควาน เธอทำคะแนนได้ 579 คะแนน เฉลี่ย 22.3 คะแนนต่อเกม^{[ 1 ]}ในฐานะนักเรียนปีสองที่มานาสควาน เธอทำคะแนนได้ 673 คะแนน เฉลี่ย 21 คะแนนต่อเกม และช่วยนำทีมของเธอขึ้นเป็นอันดับ 1 ของรัฐ ด้วยสถิติ 32–2 และคว้าแชมป์ทัวร์นาเมนต์ออฟแชมเปียนส์ ซึ่งเป็นทัวร์นาเมนต์ระหว่างผู้ชนะของแต่ละดิวิชั่นโรงเรียนมัธยมในนิวเจอร์ซีย์ เธอทำคะแนนสูงสุดในเกมรอบชิงชนะเลิศ 27 คะแนน และได้รับการเสนอชื่อให้เป็น MVP ของรอบชิงชนะเลิศในเวลาต่อมา^{[ 2 ] [ 3 ]}

ในช่วงฤดูร้อนปี 2012 เธอได้ย้ายไปเรียนที่โรงเรียนมัธยมปลาย Point Pleasant Beachในฐานะนักเรียนชั้นปีที่สาม เธอทำคะแนนได้ 860 คะแนน โดยเฉลี่ย 30.7 คะแนน 5.8 แอสซิสต์ 4.1 รีบาวด์ และ 3.5 สตีลต่อเกม ช่วยนำ Point Pleasant Beach ไปสู่สถิติ 26–2 และคว้าแชมป์ระดับรัฐ New Jersey Group 1 ซึ่งเป็นแชมป์แรกในประวัติศาสตร์ของโรงเรียน^{[ 4 ]}หลังจบฤดูกาล เธอได้รับเลือกให้เป็นทีม All-State ทีมแรก ทีม All-Shore ทีม All-New Jersey ทีมแรกโดย MSG และทีม All-Metro ทีมแรก^{[ 5 ]}เธอทำคะแนนรวม 2,075 คะแนนในสามฤดูกาลแรก กลายเป็น ผู้เล่น Shore Conference คนแรก ที่ทำคะแนนรวมเกิน 2,000 คะแนนในฐานะนักเรียนชั้นปี ที่สาม ^{[ 6 ]} ในปีสุดท้ายของเธอ เธอได้ย้ายไปเรียนที่ โรงเรียนมัธยมปลาย Metuchen ซึ่งเป็นโรงเรียนที่พ่อและลุงของเธอเคยเล่น^{[ 7 ]}เธอได้รับบาดเจ็บที่เท้า (Lisfranc injury) ในช่วงต้นฤดูกาล ทำให้ต้องยุติอาชีพการเล่นบาสเก็ต บอลระดับมัธยมปลายก่อนกำหนด^{[ 8 ]}

ในฤดูกาล 2014–15ในปีแรกของเธอ ฟลาเฮอร์ตีลงเล่นในทุกเกมทั้ง 35 เกมให้กับวูล์ฟเวอรีนส์ รวมถึงลงเป็นตัวจริง 8 เกม ทำคะแนนเฉลี่ย 14.3 แต้มต่อเกม นำทีมมิชิแกนทำคะแนนสูงสุด เธอกลายเป็นนักศึกษาปี 1 คนที่ 6 ในประวัติศาสตร์ของโรงเรียนที่ทำคะแนนสูงสุดให้กับทีม และยังเป็นนักศึกษาปี 1 ที่ทำคะแนนสูงสุดเป็นอันดับ 3 ของลีก เธอทำลายสถิตินักศึกษาปี 1 ด้วยการทำ 3 แต้มได้ 78 ครั้ง หลังจบฤดูกาล เธอได้รับเลือกให้ติดทีม All-Freshman และได้รับรางวัลผู้เล่นสำรองยอดเยี่ยมแห่งปี กลายเป็นผู้เล่นมิชิแกนคนแรกที่ได้รับเกียรตินี้^{[ 9 ]}

ในฤดูกาล 2015–16ในปีที่สองของเธอ ฟลาเฮอร์ตีลงเล่นเป็นตัวจริงครบทั้ง 35 เกม ทำคะแนนได้สองหลักใน 34 เกม และสร้างสถิติของโปรแกรมสำหรับคะแนนรวม (774) และคะแนนเฉลี่ยต่อเกม (22.3) เธออยู่อันดับที่แปดของประเทศและอันดับที่สามในบิ๊กเทนในด้านคะแนนเฉลี่ยที่ 22.3 คะแนนต่อเกม เธอกลายเป็นนักศึกษาปีสองคนที่สองในประวัติศาสตร์ของโรงเรียนที่ทำคะแนนเกิน 1,000 คะแนน เมื่อเธอทำคะแนนสูงสุดในอาชีพในขณะนั้นที่ 36 คะแนนในการแข่งขันกับอิลลินอยส์เมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2016 หลังจบฤดูกาล เธอได้รับการเสนอชื่อเป็นเอกฉันท์ให้เป็นทีมแรกของออลบิ๊กเทนจากทั้งโค้ชและสื่อ ทำให้เธอกลายเป็นวูล์ฟเวอรีนคนที่สี่ในประวัติศาสตร์ของโรงเรียนที่ได้รับเลือกให้เป็นทีมแรก^{[ 10 ]}

ในฤดูกาล 2016–17ในปีที่สามของเธอ เธอทำคะแนนเฉลี่ยสูงสุดในทีมที่ 20.2 คะแนนและ 3.0 แอสซิสต์ในเวลา 33.9 นาทีต่อเกม เธอทำคะแนนได้สองหลักใน 34 เกม โดยทำคะแนนได้ 20 คะแนนขึ้นไป 20 เกม และ 3 เกมที่ทำได้ 30 คะแนนขึ้นไป เมื่อวันที่ 7 มกราคม 2017 เธอทำคะแนนสูงสุดในอาชีพ 38 คะแนนและสร้างสถิติของโปรแกรมในขณะนั้นด้วยการยิงสามแต้ม 8 ครั้งในเกมกับโอไฮโอสเตท [ ^{11 ] หลัง}จบฤดูกาล เธอได้รับการเสนอชื่อให้เป็นทีมแรกของ All-Big Ten อย่างเป็นเอกฉันท์จากทั้งโค้ชและสื่อเป็นปีที่สองติดต่อกัน^{[ 12 ]}ในการ แข่งขัน Women's National Invitation Tournament ปี 2017กับจอร์เจียเทคเธอทำคะแนนได้ 27 คะแนน รวมถึงการยิงสามแต้มสองครั้งในช่วง 1:06 นาทีสุดท้ายของเวลาปกติเพื่อบังคับให้มีการต่อเวลาพิเศษ ช่วยให้มิชิแกนชนะ การแข่งขัน Women's National Invitation Tournament ซึ่งเป็นแชมป์หลังฤดูกาลครั้งแรกในประวัติศาสตร์ของโปรแกรม และต่อมาได้รับการเสนอชื่อให้เป็น MVP ของทัวร์นาเมนต์^{[ 13 ] [ 14 ]}

ในฤดูกาล 2017–18ในปีสุดท้ายของเธอ ฟลาเฮอร์ตีลงเล่นเป็นตัวจริงครบทั้ง 33 เกม ทำคะแนนเฉลี่ย 22.9 แต้มต่อเกม ซึ่งเป็นค่าเฉลี่ยสูงสุดอันดับ 5 ของประเทศ ทำรีบาวด์ 2.8 ครั้ง และแอสซิสต์ 4.2 ครั้ง ในเวลา 36.8 นาทีต่อเกม เธอทำคะแนนได้สองหลักในทุกเกม ยกเว้นเพียงเกมเดียว โดยทำคะแนนได้ 20 แต้มขึ้นไป 25 เกม และ 30 แต้มขึ้นไป 3 เกม เมื่อวันที่ 16 พฤศจิกายน 2017 ฟลาเฮอร์ตีทำคะแนนได้ 23 แต้มในเกมกับลุยส์วิลล์ทำให้เธอกลายเป็นผู้ทำคะแนนสูงสุดของทีมบาสเกตบอลหญิงมิชิแกน แซงหน้าสถิติเดิม 2,076 แต้มที่ไดแอน ไดทซ์ ทำไว้ ในปี 1982 ^{[ 15 ] [ 16 ]}เมื่อวันที่ 28 ธันวาคม 2017 เธอทำสถิติใหม่ของโปรแกรมด้วยการยิงสามแต้ม 10 ครั้งในเกมกับเพนน์สเตทจบเกมด้วยคะแนน 33 แต้ม^{[ 17 ]}เมื่อวันที่ 13 มกราคม 2018 เธอทำคะแนนได้ 26 แต้มในเกมกับเนบราสกาทำให้เธอกลายเป็นผู้ทำคะแนนสูงสุดตลอดกาลของมิชิแกน ไม่ว่าจะเป็นชายหรือหญิง แซงหน้าสถิติของเกล็น ไรซ์ ที่ 2,442 แต้ม ^{[ 18 ] [ 19 ] [ 20 ]}เมื่อวันที่ 20 มกราคม 2018 เธอทำคะแนนได้ 27 แต้มในเกมกับอิลลินอยส์ทำให้เธอกลายเป็นผู้เล่นบาสเกตบอลหญิงของบิ๊กเทนคนที่ 7 ที่ทำคะแนนรวมในอาชีพได้ 2,500 แต้ม^{[ 21 ]}ฟลาเฮอร์ตีจบฤดูกาลด้วยการยิงสามแต้มได้ 118 ครั้ง สร้างสถิติใหม่ของโปรแกรมในฤดูกาลเดียว เธอช่วยให้มิชิแกนผ่านเข้ารอบการแข่งขันบาสเกตบอลหญิง NCAA Division Iเป็นครั้งแรกนับตั้งแต่ปี 2013หลังจากฤดูกาลที่ยอดเยี่ยม เธอได้รับการเสนอชื่อเป็นผู้เข้ารอบสุดท้ายสำหรับรางวัลแนนซี ลีเบอร์แมนและนักกีฬาหญิงยอดเยี่ยมแห่งปีของมหาวิทยาลัยมิชิแกน^{[ 22 ] [ 23 ]}เธอยังได้รับการเสนอชื่อให้เป็นทีมแรกของ All-Big Ten อย่างเป็นเอกฉันท์จากทั้งโค้ชและสื่อ ซึ่งนับเป็นฤดูกาลที่สามติดต่อกันที่เธอได้รับเกียรติเป็นทีมแรกอย่างเป็นเอกฉันท์^{[ 24 ]}เธอได้รับการเสนอชื่อให้เป็น ทีม WBCA All-Region และได้รับรางวัล WBCA All-America honorable mention เป็นปีที่สามติดต่อกัน เธอยังได้รับรางวัล All-America honorable mention จากAssociated Pressทำให้เธอกลายเป็นผู้เล่น Wolverine คนแรกที่ได้รับรางวัล AP Flaherty กลายเป็นผู้ได้รับรางวัลระดับภูมิภาคสามครั้งคนแรกในประวัติศาสตร์ของโปรแกรม^{[ 25 ]}

ฟลาเฮอร์ตีจบอาชีพการเล่นที่มิชิแกนด้วยการเป็นผู้ทำคะแนนสูงสุดตลอดกาลในประวัติศาสตร์บาสเกตบอลของมิชิแกน ไม่ว่าจะเป็นชายหรือหญิง ด้วยคะแนนรวม 2,776 คะแนน โดยแบ่งเป็น การทำฟิลด์โกล (984) การทำฟิลด์โกลสามแต้ม (410) เกมที่ทำคะแนนได้สองหลัก (127) และเกมที่ทำคะแนนได้ 30 คะแนนขึ้นไป (13) เธอเป็นผู้หญิงคนที่สองในประวัติศาสตร์ NCAA ที่ทำฟิลด์โกลสามแต้มได้เกิน 400 ครั้ง ต่อจากเคลซี มิตเชลล์ ซึ่ง จบอาชีพด้วย 410 ฟิลด์โกลสามแต้ม^{[ 26 ] [ 27 ]}