ในปี พ.ศ. 2516 ในฐานะสมาชิกใหม่ของเขตทางใต้ ดัฟฟีได้รับมอบหมายให้พิจารณาคดีอาชญากรรมยาเสพติดที่ซับซ้อนและยากที่สุดคดีหนึ่งที่พิจารณาในศาลรัฐบาลกลางแมนฮัตตัน คือคดีUnited States v. Tramunti ^{[ 7 ]}คาร์ไมน์ ทรามุนติและคนอื่นๆ อีก 30 คนถูกตั้งข้อหาสมคบคิดเพื่อละเมิดกฎหมายยาเสพติดของรัฐบาลกลางที่เกี่ยวข้องกับการขายเฮโรอีนจำนวนมาก จำเลยหลายคนสารภาพผิด บางคนให้ความร่วมมือและเป็นพยาน สามคนหลบหนีก่อนการพิจารณาคดี หนึ่งคนถูกฆาตกรรมก่อนการพิจารณาคดี อีกคนหนึ่งซึ่งได้รับการประกันตัว ตกบันไดและกะโหลกศีรษะแตกในระหว่างการพิจารณาคดี และทนายความของจำเลยอีกคนหนึ่งเสียชีวิตกะทันหันในระหว่างการพิจารณาคดี “ตลอดการพิจารณาคดี ผู้พิพากษาดัฟฟีผู้ยังหนุ่มและค่อนข้างไม่มีประสบการณ์ ได้ทำหน้าที่ด้วยความสง่างาม ความสงบ และความมีน้ำใจ” ^{[ 5 ]}

ในปี พ.ศ. 2520 ดัฟฟี่ขู่จะดำเนินคดีกับ ฮิวจ์ แครีย์ผู้ว่าการรัฐนิวยอร์กในข้อหาดูหมิ่นศาลเนื่องจากแครีย์ไม่เรียกเก็บค่าผ่านทางสะพานตามที่ดัฟฟี่เรียกร้องภายใต้พระราชบัญญัติอากาศสะอาด พ.ศ. 2506 ^{[ 8 ] [ 9 ]}

ในปี พ.ศ. 2526 ดัฟฟีเป็นประธานในการพิจารณาคดีหนึ่งที่เป็นผลสืบเนื่องมาจากการปล้นบริงค์ (พ.ศ. 2524)โดย กองทัพ ปลดปล่อยคนผิวดำ^{[ 10 ]}

ในปี พ.ศ. 2528 ดัฟฟี่ได้เริ่มการพิจารณาคดีที่ซับซ้อนซึ่งมีจำเลยหลายคน โดยเกี่ยวข้องกับผู้นำที่ถูกกล่าวหาในขณะนั้นและสมาชิกคนอื่นๆ ของกลุ่มอาชญากรรมแกมบิโน ในการตัดสินใจก่อนการพิจารณาคดี เขาได้แยกจำเลยหลายคนออกจากคดี โดยชี้ให้เห็นว่าหากการพิจารณาคดีดำเนินไปตามคำฟ้องเดิม คดีจะยุ่งยากและใช้เวลานานเกินไป และจะใช้เวลามากกว่าหนึ่งปี แม้จะมีการแยกจำเลยแล้ว การพิจารณาคดีของคาสเตลลาโนก็ยังเป็นคดีที่จัดการได้ยาก และในวันที่ 16 ธันวาคม พ.ศ. 2528 พอล คาสเตลลาโนผู้นำแกมบิโนที่ถูกกล่าวหา และบอดี้การ์ดของเขาถูกยิงเสียชีวิตนอกร้านสเต็กสปาร์คส์บนถนนอีสต์โฟร์ตี้ซิกซ์ในแมนฮัตตัน^{[ 5 ]}

นอกจากนี้ ดัฟฟียังเป็นประธานในการพิจารณาคดีและตัดสินลงโทษผู้กระทำความผิดหลักทั้งสี่คนในเหตุการณ์ระเบิดเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ปี 1993ในหนังสือเกี่ยวกับการพิจารณาคดีชื่อ "Defending Mohammad: Justice on Trial" โรเบิร์ต อี. เพรชต์ ทนายความฝ่ายจำเลยของโมฮัมหมัด ซาลาเมห์ (ผู้เช่ารถตู้ไรเดอร์สีเหลืองที่บรรทุกวัตถุระเบิด) กล่าวหาดัฟฟีว่ามีอคติและ "ตัดสินลงโทษลูกความของเขาก่อนที่การพิจารณาคดีจะสิ้นสุดลง" ^{[ 11 ]}ทนายความฝ่ายจำเลยคนอื่นๆ ต่างชื่นชมการจัดการคดีอย่างยุติธรรมของผู้พิพากษา และหลังจากการพิจารณาคดี หนังสือพิมพ์นิวยอร์กโพสต์ได้พาดหัวข่าวเรียกเขาว่า "อเวนเจอร์"

ดัฟฟีเป็นประธานในการพิจารณาคดีของรามซี ยูเซฟผู้บงการแผนการโบจิงกา (แผนการวางระเบิดมะนิลา) ในการจี้เครื่องบินที่มุ่งหน้าไปยังชายฝั่งตะวันตกของสหรัฐอเมริกาและบินลงสู่มหาสมุทรแปซิฟิกตามกำหนดเวลาที่ประสานงานกัน ศาลอุทธรณ์เขตที่สองกล่าวว่า "ผู้พิพากษาดัฟฟีได้ดำเนินการพิจารณาคดีที่ยาวนานและซับซ้อนอย่างยิ่งสองคดีซึ่งเป็นที่มาของการอุทธรณ์เหล่านี้อย่างรอบคอบ เป็นกลาง และน่าชื่นชม ความยุติธรรมของกระบวนการพิจารณาคดีที่เขาเป็นประธานนั้นไม่ต้องสงสัยเลย" United States v. Yousef, 327 F.3d 56, 173 (2d Cir. 2003). ^{[ 12 ]}

งานของดัฟฟี่ในด้านคดีแพ่งรวมถึงการดำเนินคดีที่ยากลำบาก เช่น การเป็นประธานในคดีฟ้องร้องทรัพย์สินของอิหร่าน ซึ่งเกิดขึ้นหลังจากการยึดทรัพย์สินของรัฐบาลอิหร่านภายหลังการจับตัวประกันชาวอเมริกัน^{[ 13 ]}เขายังเป็นประธานในการต่อสู้ในการเสนอซื้อหุ้น ซึ่งบริษัท Gulf & Western Industries, Inc. ได้เสนอซื้อหุ้น A&P อย่างไม่เป็นมิตร^{[ 14 ]}

ดัฟฟี่เป็นประธานในการพิจารณาคดีลิขสิทธิ์Grand Upright Music, Ltd. v. Warner Bros. Records Inc. 780 F. Supp. 182 (SDNY 1991) ซึ่งวอร์เนอร์ถูกฟ้องร้องเกี่ยวกับการใช้ตัวอย่างเพลง "Alone Again (Naturally)" ของ Raymond "Gilbert" O'Sullivan โดยแร็ปเปอร์Biz Markieในเพลง "Alone Again" ของเขา ดัฟฟี่ถูกวิพากษ์วิจารณ์เกี่ยวกับความเห็นของเขาในคดีGrand Upright v. Warnerส่วนหนึ่งเป็นเพราะดัฟฟี่เริ่มต้นความเห็นของเขาด้วยคำตักเตือนในพระคัมภีร์ไบเบิลว่า "เจ้าอย่าขโมย" และต่อมาได้อ้างถึงอัยการสหรัฐฯ ว่าควรดำเนินคดีอาญา ตามโครงการละเมิดลิขสิทธิ์ของคณะนิติศาสตร์ UCLA และคณะนิติศาสตร์โคลัมเบีย ความเห็นของผู้พิพากษาดัฟฟี่ในคดีGrand Upright v. Warnerนั้น "เป็นความเข้าใจที่ไม่ชัดเจนของผู้พิพากษาเกี่ยวกับข้อเท็จจริงและประเด็นที่อยู่ต่อหน้าเขาในคดีนี้" ^{[ 15 ]}

ผู้พิพากษาดัฟฟีได้พิจารณาคำร้องหลังการพิจารณาคดีของจำเลยวาดีห์ เอล-ฮาเก (เลขานุการส่วนตัวของบิน ลาเดน) ซึ่งถูกตัดสินว่ามีความผิดฐานสมคบคิดฆ่าชาวอเมริกัน เอล-ฮาเกถูกพิจารณาคดีร่วมกับผู้ที่ประสานงานการวางระเบิดสถานทูตสหรัฐฯ ในแอฟริกาตะวันออก และต่อมาได้ยื่นคำร้องขอพิจารณาคดีใหม่ โดยอ้างว่ารัฐบาลล้มเหลวในการเปิดเผยเทปวิดีโอและบันทึกการสอบสวนนาน 28 ชั่วโมงระหว่างอัยการ เจ้าหน้าที่เอฟบีไอ และพยานของรัฐบาลอย่างทันท่วงที ในความเห็นที่ยาวถึง 54 หน้าของเอกสารเสริมของรัฐบาลกลาง ผู้พิพากษาดัฟฟีปฏิเสธคำร้องขอพิจารณาคดีใหม่ หลังจากการพิจารณาพยานหลักฐาน สหรัฐอเมริกา กับ บิน ลาเดน, 397 F.Supp.2d 465 (SDNY 2005) ศาลอุทธรณ์เขตที่สองยืนยันคำตัดสิน "ด้วยเหตุผลที่ศาลชั้นต้นระบุไว้ในบันทึกและคำสั่งที่ครอบคลุม..." ในคดี In re Terrorist Bombings of US Embassies in East Africa, 2011 WL 222386 (2d Cir. 26 มกราคม 2011)

ดัฟฟี่ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งในศาลอุทธรณ์แห่งสหรัฐอเมริกาประจำเขตที่เก้า [ ^{14 ] เขา}ได้เขียนความเห็นส่วนใหญ่ที่เผยแพร่แล้วหลายฉบับสำหรับศาลดังกล่าว^{[ 16 ] [ 17 ] [ 18 ]}

ตามข้อมูลจากThe Almanac of the Federal Judiciary (2004) ทนายความที่เคยขึ้นศาลต่อหน้าดัฟฟี่ได้บรรยายว่าเขาเป็นผู้พิพากษาที่ไม่น่าคบหาและยากที่จะเผชิญหน้า โดยอ้างคำพูดของทนายความคนหนึ่งว่า “เขาอารมณ์แปรปรวน เขาอาจจะโหดร้ายได้” ^{[ 19 ] [ 20 ]}อย่างไรก็ตาม คนอื่นๆ ตั้งข้อสังเกตว่า “ตลอดระยะเวลา 20 ปีในฐานะสมาชิกของศาลยุติธรรมของรัฐบาลกลาง ผู้พิพากษาดัฟฟี่ได้สร้างความประทับใจให้แก่ผู้ฟ้องร้อง ทนายความ คณะลูกขุน และเพื่อนร่วมงานของเขาในฐานะผู้พิพากษาที่มีความเชี่ยวชาญด้านกฎหมายอย่างหาได้ยาก ซึ่งเข้าถึงแก่นแท้ของคดีได้อย่างถูกต้อง เป็นมนุษย์ที่มีสามัญสำนึก อารมณ์ขัน และความอ่อนน้อมถ่อมตนเป็นพิเศษ” ^{[ 5 ]}ตามข้อมูลจาก The Copyright Infringement Project ของ UCLA Law และ Columbia Law School ดัฟฟี่เป็น “หนึ่งในผู้พิพากษาที่ถูกกลับคำตัดสินบ่อยที่สุดในศาลอุทธรณ์เขตที่สอง เขาถูกคณะผู้พิพากษาของศาลอุทธรณ์ตำหนิในปี 1996 เนื่องจากปฏิบัติกับทนายความที่ขึ้นศาลต่อหน้าเขาอย่างไม่เหมาะสม” ^{[ 15 ]}