คลองจรเข้สามพัน ( ไทย: คลองจระเข้สามพัน หรือคลองจรเข้สามพันอ่านว่า[ kʰlɔ̄ːŋ t͡ɕɔ̄ː.rākʰêː sǎːm pʰān ] ) หรือเรียกอีกอย่างว่าแม่น้ำจรเข้สามพันหรือลำจรเข้สามพันเป็นทางน้ำในจังหวัดกาญจนบุรีและสุพรรณบุรีประเทศไทย. เป็นแม่น้ำสาขาของแม่น้ำท่าจีน

ชื่อของแม่น้ำนี้แปลได้คร่าวๆ ว่า "จระเข้สามพันตัว" ซึ่งสันนิษฐานได้ว่าเป็นเพราะในอดีตเคยมีจระเข้ชุกชุม หรืออาจหมายถึงจระเข้สามสายพันธุ์ แม่น้ำสายนี้ถือว่ามีความสำคัญทางประวัติศาสตร์และโบราณคดี เนื่องจากพื้นที่ต้นน้ำในอำเภออู่ทองจังหวัดสุพรรณบุรี เคยเป็นชุมชนโบราณ การขุดค้นพบหยกแกะสลักโบราณที่มีลักษณะคล้ายจระเข้หรือมังกรนอกจากนี้ อู่ทองยังเคยมีชื่อว่า จระเข้สามพัน^{[ 1 ]} นอกจากนี้ อู่ทองในอดีตยังเคยมีชื่อว่า จระเข้สามพัน^{[ 2 ]}

คลองโชคาสามพันแยกจากแม่น้ำถวนในจังหวัดกาญจนบุรี จากนั้นไหลผ่านอำเภอพนมถวนและอำเภออู่ทอง ก่อนจะบรรจบกับแม่น้ำท่าหวาที่บ้านไผ่งอย หลังจากนั้นไหลผ่านตลาดบางหลี่ในอำเภอสองพีหนองจังหวัดสุพรรณบุรี ไปยังปากคลองสองพีหนอง และสุดท้ายบรรจบกับแม่น้ำท่าจีน^{[ 2 ]}