Police arrested Kyi Lin, the gunman, shortly after the shooting.^[13][4] The gunman had also shot and killed Nay Win, a taxi driver who attempted to intervene.^[14][15] Allegations emerged in social media that Kyaw Swe, the Minister of Home Affairs and former Commander of South-west Command in Pathein, Ayeyarwady Region had orchestrated the killing.^[4] The assistant secretary of the Home Affairs Ministry, Maung Maung Myint, issued a statement on 1 February 2017, denying the allegations as "rumors."^[4]

Subsequent police investigations uncovered that the plot to assassinate Ko Ni had begun in April 2016 when three former Burmese military officers met at a Yangon teahouse.^[7] The three officers included Zeyar Phyo, a retired military intelligence captain, Aung Win Khine, a retired lieutenant colonel, and Lin Zaw Tun, an ex-colonel who formerly served in the office of the commander-in-chief Min Aung Hlaing from 2011 to 2015, and had departed to become a Union Solidarity and Development Party politician.^[7] The three had concocted a scheme to find a gunman to kill Ko Ni. Zeyar Phyo gave Aung Win Khine US$80,000 to pay for the operation, and the latter sourced Kyi Lin, an ex-convict, as the hitman.^[7]

Police investigations revealed that the assassination was orchestrated by a group of former military officers, including Zeyar Phyo, a retired intelligence captain, Aung Win Khine, a retired lieutenant colonel, and Lin Zaw Tun, an ex-colonel. The conspirators recruited Kyi Lin to carry out the attack, reportedly providing $80,000 for the operation. Allegations also surfaced linking high-ranking officials, but these were denied by the Ministry of Home Affairs.

การลอบสังหารโค นี ถูกตีความอย่างกว้างขวางว่าเป็นการโจมตีโดยเจาะจงเพื่อต่อต้านความพยายามของเขาในการปฏิรูปการเมืองและระบบกฎหมายของเมียนมาร์ องค์กรแอมเนสตี้ อินเตอร์เนชั่นแนล ระบุว่าการสังหารครั้งนี้มี "ลักษณะทั้งหมดของการลอบสังหาร" และเรียกร้องให้มีการสอบสวนอย่างละเอียด

งานศพของโค นี เมื่อวันที่ 1 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2560 เป็นเหตุการณ์ที่น่าเศร้าอย่างยิ่ง มีผู้มาร่วมไว้อาลัยหลายพันคน รวมถึงบุคคลจากหลากหลายศาสนาและเชื้อชาติ^{[ 8 ]}การเสียชีวิตของเขาส่งผลกระทบอย่างมากต่อเมียนมาร์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในหมู่ผู้ที่สนับสนุนการปฏิรูปประชาธิปไตยและความปรองดองระหว่างศาสนา แม้จะมีอิทธิพลของเขา แต่สิ่งที่น่าสังเกตคือ ออง ซาน ซู จี ผู้นำพรรคสันนิบาตแห่งชาติเพื่อประชาธิปไตย (NLD) ไม่ได้เข้าร่วมงานศพ ซึ่งก่อให้เกิดข้อโต้แย้งบางประการ งานศพของโค นี กลายเป็นสัญลักษณ์ของการต่อสู้เพื่อประชาธิปไตยในเมียนมาร์อย่างต่อเนื่อง และการสูญเสียอันน่าเศร้าของหนึ่งในผู้สนับสนุนที่สำคัญที่สุด^{[ 4 ]}พิธีนี้มีผู้คนจากทุกสาขาอาชีพเข้าร่วม ซึ่งเน้นย้ำถึงความโศกเศร้าที่แพร่หลายในหมู่ประชาชน ครอบครัวและเพื่อนของเขา พร้อมด้วยสมาชิกของ NLD ได้แสดงความเคารพขณะที่เขาถูกฝังที่สุสานยายเวย์ในย่างกุ้งซึ่งเป็นที่ฝังศพของบุคคลสำคัญหลายคน การฝังศพของเขาถือเป็นการสิ้นสุดชีวิตที่อุทิศตนเพื่อส่งเสริมความยุติธรรม สันติภาพ และการปฏิรูป^{[ 16 ]}

การลอบสังหารโค นี ก่อให้เกิดปฏิกิริยารุนแรงจากหลายภาคส่วน ทั้งภายในเมียนมาร์และในระดับนานาชาติ ผู้นำอาวุโสจากสันนิบาตแห่งชาติเพื่อประชาธิปไตยแสดงความตกใจและเสียใจ โดยทิน อูผู้นำอาวุโสของพรรค กล่าวถึงการสังหารครั้งนี้ว่าเป็น "ความสูญเสียครั้งใหญ่สำหรับประเทศชาติและสำหรับกองกำลังประชาธิปไตย" ^{[ 17 ]}การเสียชีวิตของเขาไม่ได้ถูกมองว่าเป็นเพียงความสูญเสียส่วนตัวเท่านั้น แต่ยังเป็นการโจมตีต่อการเปลี่ยนผ่านของเมียนมาร์ไปสู่ประชาธิปไตย ซึ่งเต็มไปด้วยความท้าทายอยู่แล้ว

ในระดับนานาชาติ การลอบสังหารครั้งนี้ได้รับการประณามอย่างกว้างขวางเอกอัครราชทูตสหรัฐฯประจำเมียนมาร์สก็อต มาร์เซียลซึ่งรู้จักโค นิเป็นการส่วนตัว ได้แสดงความเสียใจ โดยกล่าวว่า "สิ่งที่ผมอยากจะพูดก็คือ แน่นอนว่าพวกเราทุกคนต่างตกใจและเสียใจมาก ผมรู้จักโค นิ และความมุ่งมั่นของเขาที่มีต่อประเทศชาติและประชาธิปไตย" ^{[ 6 ]}

การลอบสังหารโค นี ถือเป็นจุดเปลี่ยนสำคัญในการต่อสู้เพื่อประชาธิปไตยของเมียนมาร์ ผลงานของเขาด้านกฎหมายรัฐธรรมนูญ การสนทนาระหว่างศาสนา และการสนับสนุนสิทธิมนุษยชน ยังคงเป็นแรงบันดาลใจให้แก่ผู้คนจำนวนมาก นักวิชาการ นักกิจกรรม และนักการเมืองต่างอ้างถึงผลงานของเขาอยู่บ่อยครั้งว่าเป็นแนวทางสำหรับการปฏิรูปในเมียนมาร์

การลอบสังหารเขาเน้นย้ำถึงอันตรายที่นักปฏิรูปและชนกลุ่มน้อยต้องเผชิญในประเทศที่กองทัพยังคงมีอำนาจเหนือกว่า งานรำลึก หนังสือ และการอภิปรายทางวิชาการยังคงดำเนินต่อไปเพื่อยกย่องชีวิตและผลงานของเขา ทำให้มรดกของเขายังคงอยู่ต่อไปในการแสวงหาประชาธิปไตยและความเสมอภาคของเมียนมาร์

โค นี ได้กลายเป็นสัญลักษณ์ของการต่อต้านระบอบเผด็จการและเป็นแสงสว่างนำทางสำหรับผู้ที่ต่อสู้เพื่อความยุติธรรมในเมียนมาร์ ชีวิตของเขาเป็นเครื่องเตือนใจถึงการเสียสละของผู้ที่กล้าท้าทายโครงสร้างอำนาจที่ฝังรากลึก

การเคลื่อนไหวของโก นี เพื่อเรียกร้องสิทธิให้กับชุมชนโรฮิงยา ได้เน้นย้ำถึงการเลือกปฏิบัติอย่างเป็นระบบที่พวกเขาเผชิญ การเรียกร้องของเขาให้ยกเลิกกฎหมายสัญชาติปี 1982 และให้สิทธิอย่างเต็มที่แก่ชาวโรฮิงยา ได้ส่งเสียงตอบรับไปทั่วโลก แม้ว่าความพยายามของเขาจะถูกตัดขาดไป แต่ก็ยังคงมีอิทธิพลต่อการอภิปรายเรื่องสิทธิของชนกลุ่มน้อยในเมียนมาร์

Kyi Lin ตอบโต้อย่างรวดเร็วเช่นกัน โดยระบุว่าการฆาตกรรมเป็นการ "ลอบสังหาร" และเรียกร้องให้มีการสอบสวนอย่างละเอียด องค์กรดังกล่าวอธิบายว่า Ko Ni เป็น "นักรณรงค์ด้านสิทธิมนุษยชนที่ไม่รู้จักเหน็ดเหนื่อย" ซึ่งการเสียชีวิตของเขาควรได้รับการสอบสวนอย่างเต็มที่เพื่อให้แน่ใจว่ามีการรับผิดชอบ^{[ 18 ]} Zeyar Phyo ได้รับโทษจำคุก 5 ปีฐานทำลายหลักฐานในการพิจารณาคดี หลังจากที่ข้อกล่าวหาเบื้องต้นเกี่ยวกับการให้เงินสนับสนุนการลอบสังหารถูกยกเลิกอย่างกะทันหันก่อนการตัดสิน^{[ 18 ]} Aung Win Khine หลบหนีการจับกุมและยังคงลอยนวลอยู่^{[ 18 ] [ 7 ]} Lin Zaw Tun ไม่ถูกจับกุมหรือถูกตั้งข้อหาสำหรับการมีส่วนร่วมของเขา^{[ 7 ]}ในเดือนธันวาคม 2020 ผู้สนับสนุนชาตินิยมของ Kyi Lin สามคนได้รับโทษจำคุก 1 ปีในคุกแรงงานหนัก ฐานสวมเสื้อยืดที่มีสโลแกนข่มขู่ระหว่างการพิจารณาคดีของ Kyi Lin ^{[ 19 ]}

ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2563 อัยการได้ยื่นอุทธรณ์พิเศษต่อศาลฎีกาของเมียนมาร์เพื่อลงโทษผู้ที่เกี่ยวข้องกับการฆาตกรรมโค นิ ให้หนักขึ้น^{[ 14 ]}