ทะเลสาบอุนางิอยู่ในเขตภูเขาไฟอิบุซึกิ ที่ใหญ่กว่า และแอ่งภูเขาไฟอาตะใต้ ที่เก่ากว่า เนื่องจากน้ำในทะเลสาบไหลลงสู่แอ่งภูเขาไฟอุนางิไม่นานหลังจากหรือระหว่าง การปะทุที่ก่อให้เกิดแอ่งภูเขาไฟอิ เคดะ เมื่อ 6400ปีก่อน^{[ 4 ] [ 5 ]}แนวรอยแตกของปล่องภูเขาไฟทางตะวันออกเฉียงใต้ของแอ่งภูเขาไฟได้พัฒนาขึ้น ทำให้เกิดการปะทุของแอ่งภูเขาไฟที่ก่อให้เกิดทะเลสาบอุนางิ และที่ปลายสุดของแอ่งนั้นคือฐานหินภูเขาไฟยามากาวะที่พุ่งขึ้นจากแอ่งภูเขาไฟยามากาวะ^{[ 4 ]}แอ่งภูเขาไฟอิเคโซโกะอยู่ใกล้กับแนวปล่องภูเขาไฟจากแอ่งภูเขาไฟอิเคดะไปทางเหนือมากกว่า แอ่งภูเขาไฟนาริกาวะอยู่ทางใต้ ระหว่างแอ่งภูเขาไฟอุนางิและแอ่งภูเขาไฟยามากาวะ ซึ่งถูกน้ำทะเลถมกลับเข้าไปบางส่วน^{[ 4 ]}