สโมสร Leo FC ก่อตั้งขึ้นครั้งแรกในชื่อLeo Santos & Sonsในปี 2004 เริ่มต้นในลีกดิวิชั่น 3 ของยิบรอลตาร์ ประสบกับฤดูกาลที่ยากลำบากและจบอันดับรองสุดท้ายอย่างน่าผิดหวังจากลีก 11 ทีม โดยอยู่เหนือ Req Duo Athletic เพียงทีมเดียวในฤดูกาล 2004–05 ฤดูกาลถัดมา Leo Santos & Sons จบอันดับที่ 10 อีกครั้ง แต่ทำผลงานได้ดีขึ้นเนื่องจาก Bay Side FC ทีมใหม่ที่เพิ่งเข้าร่วมลีก จบอันดับสุดท้ายของตาราง 12 ทีม การพัฒนาเริ่มเห็นได้ชัดเจนมากขึ้นในฤดูกาล 2006–07 โดยจบอันดับที่ 6 อย่างน่าประหลาดใจ และในฤดูกาลถัดมาก็ทำได้เช่นเดียวกัน อย่างไรก็ตาม ทั้งสองครั้งพวกเขาจบฤดูกาลห่างจากโซนเลื่อนชั้นมาก โดยมีคะแนนตามหลังแชมป์ Shamrock 101 และ Sporting Club Gibraltar เกือบ 30 คะแนน ในปี 2007 และ 2008 ตามลำดับ

ฤดูร้อนปี 2008 เกิดการปรับโครงสร้างฟุตบอลของยิบรอลตาร์ครั้งสำคัญโดยสมาคมฟุตบอลยิบรอลตาร์ทีมสำรองถูกถอดออกจากระบบฟุตบอลและไปอยู่ในลีกสำรองแยกต่างหาก ส่งผลให้ดิวิชั่นสามถูกยกเลิก และทีมชุดใหญ่ทั้งหมดถูกย้ายไปอยู่ในดิวิชั่นสองของยิบรอลตาร์รวมถึงลีโอ ซานโตส แอนด์ ซันส์ ด้วย ด้วยการเลื่อนชั้นอย่างไม่คาดคิด และการเซ็นสัญญากับผู้เล่นจำนวนมากจากทีมสำรองที่ถูกยุบ สโมสรจึงจบฤดูกาลแรกในลีกรองด้วยอันดับที่ 5 อย่างน่าประหลาดใจ การกลับมาของอดีตทีมยักษ์ใหญ่ฟุตบอลยิบรอลตาร์อย่างบริทาเนีย XIในปี 2009 ทำให้จบฤดูกาล 2009–10 ด้วยอันดับที่ 7 ที่ไม่น่าประทับใจนัก และการเกิดขึ้นของสโมสรป้อนผู้เล่นให้กับทีมใหญ่ๆ จากดิวิชั่นพรีเมียร์ของยิบรอ ลตาร์ (เช่น ยิบรอลตาร์ ไพลอตส์, เพกาซัสและเรด อิมป์ส ) ทำให้ทีมอื่นๆ ในดิวิชั่นสองเซ็นสัญญากับผู้เล่นได้ยากขึ้น

เพื่อที่จะแข่งขันกับสโมสรน้องใหม่ที่เกิดขึ้น ในปี 2011 ลีโอได้เซ็นสัญญาสปอนเซอร์ซึ่งทำให้พวกเขาเปลี่ยนชื่อเป็นลีโอ เอฟซี ปาริลลาในอนาคตอันใกล้ อย่างไรก็ตาม ผลงานนอกสนามกลับไม่ดีขึ้น และสโมสรก็ตกอยู่ในครึ่งล่างของตาราง ในปี 2013 สมาคมฟุตบอลยิบรอลตาร์ได้รับการยอมรับเข้า เป็นสมาชิกเต็มรูปแบบ ของยูฟ่าส่งผลให้มีเงินทุน ความสนใจ และผู้เล่นต่างชาติหลั่งไหลเข้ามาในวงการฟุตบอลยิบรอลตาร์เป็นจำนวนมาก ในขณะที่ทีมอื่นๆ มีความสามารถในการแข่งขันมากขึ้นจากผลพวงนี้ ลีโอ ปาริลลา กลับมีผลงานที่ตกต่ำลงอย่างต่อเนื่อง และจบอันดับที่ 13 จาก 14 ทีมในฤดูกาล 2014–15 ในตอนท้ายของฤดูกาลนี้ ลีโอได้เปลี่ยนชื่อเป็นเพียงลีโอ ฟุตบอล คลับฤดูกาลต่อๆ มา พวกเขาก็กลับมาอยู่ในสถานะทีมกลางตารางอีกครั้ง

มีการเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่ในสโมสรเมื่อวันที่ 15 มิถุนายน 2017 โดย Dani Herrera ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้อำนวยการฝ่ายฟุตบอล ขณะที่อดีตนักฟุตบอลทีมชาติสเปนCatanhaได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้จัดการทีมสำหรับฤดูกาลที่จะมาถึง^{[ 7 ]}โดยมีเป้าหมายที่จะเลื่อนชั้นเป็นครั้งแรก อย่างไรก็ตาม Catanha ออกจากทีมในช่วงก่อนเปิดฤดูกาล และ Norberto Alonso Simón ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งแทนเมื่อวันที่ 27 กันยายน Simón ออกจากสโมสรเมื่อวันที่ 21 ธันวาคม 2017 หลังจากที่สโมสรถูกเข้าครอบครอง^{[ 8 ]} แม้ว่าเขาจะได้รับการแต่งตั้งใหม่อีกครั้งในวันที่ 12 มกราคม 2018 ด้วยทีมที่สร้างใหม่ทั้งหมด ฟอร์มของ Leo ดีขึ้นอย่างมาก รวมถึงชัยชนะเหนือ Cannons ทีมจ่าฝูงในช่วงพักฤดูหนาวด้วยสกอร์ 8–0 ซึ่งเป็นสถิติ ^ของสโมสร[ ^{9 ]}และสโมสรก็ขยับขึ้นตารางไปจบอันดับที่ 5 เหนือ Cannons ในที่สุด

ซิมอนออกจากสโมสรหลังจากจบฤดูกาล และถูกแทนที่โดยโรเจลิโอ รามาจเก อดีตผู้จัดการทีมลีโอ เมื่อวันที่ 26 มิถุนายน 2018 ^{[ 10 ]}อย่างไรก็ตาม ผลงานที่ย่ำแย่ทำให้เขาถูกปลดในช่วงพักฤดูหนาว โดยปาโก ซานเชซ เข้ามาทำหน้าที่แทนจนจบฤดูกาล^{[ 11 ]}หลังจากที่ลีกทั้งสองระดับในยิบรอลตาร์รวมกันในเดือนมิถุนายน 2019 ดานี อมายา อดีต ผู้จัดการทีม กลาซิส ยูไนเต็ดได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้จัดการทีมเมื่อวันที่ 15 มิถุนายน โดยมีซานเชซเป็นผู้ช่วย^{[ 12 ]}อย่างไรก็ตาม ความพยายามเข้าซื้อกิจการถูกขัดขวางโดยสมาคมฟุตบอลยิบรอลตาร์ในเดือนสิงหาคม 2019 หากไม่มีการลงทุนเพิ่มเติม สโมสรจึงลาออกจากลีกและยุติการดำเนินงาน^{[ 13 ]}