เรคเกอร์เซ็นสัญญาเล่นให้กับอินเดียนาอย่างเป็นทางการในเดือนพฤษภาคม 1997 หลังจากให้คำมั่นสัญญาด้วยวาจาในระหว่างปีที่สองของโรงเรียนมัธยม^{[ 14 ]}เขาเลือกที่จะสวมเสื้อหมายเลข 4 ^{[ 15 ]}แม้จะเป็นเพียงนักศึกษาปีหนึ่ง เรคเกอร์ก็ได้รับบทบาทตัวจริงจากไนท์ และในปีแรกของเขา เขานำทีมในด้านการขโมยบอลด้วยค่าเฉลี่ย 1.5 ครั้งต่อเกม และเป็นผู้เล่นอันดับสองในด้านเวลาการเล่น (939) และคะแนนต่อเกม^{[ 12 ]}เขาทำคะแนนสูงสุดในอาชีพในขณะนั้น 29 คะแนนในการแข่งขันกับโอคลาโฮมาในระหว่าง การแข่งขัน NCAA ปี1998 ^{[ 12 ]}เขาจบฤดูกาลด้วยการลงเล่นเป็นตัวจริง 30 จาก 32 เกม โดยมีค่าเฉลี่ย 12.8 คะแนน 3.9 รีบาวด์ 2.8 แอสซิสต์ และ 1.5 ขโมยบอล โดยมีอัตราการยิงจากสนามเกือบ 50% ในปีแรกของเขา เขาเล่นในตำแหน่งฟอร์เวิร์ดตัวเล็กเป็นหลัก และได้รับการเสนอชื่อให้เป็นผู้เล่นเกียรติยศของ All-Big Ten ^{[ 16 ]}

ในฐานะนักศึกษาปีสอง เขาได้รับการพิจารณาว่าเป็นหนึ่งในผู้เล่นรอบนอกชั้นนำของทีมอินเดียนาอยู่แล้ว^{[ 16 ]}และยังเพิ่มค่าเฉลี่ยการทำคะแนนของเขาขึ้นอีก โดยทำคะแนนได้สองหลักใน 26 จาก 34 เกมที่ลงเล่น (ใน 12 เกม เขาทำคะแนนได้ 20 คะแนนขึ้นไป) ^{[ 12 ]}เขาเป็นผู้ทำคะแนนสูงสุดของทีมด้วยค่าเฉลี่ย 16.1 คะแนนต่อเกม^{[ 17 ]}เขาลงเล่นเป็นตัวจริง 33 จาก 34 เกม และเล่นรวมทั้งหมด 1,080 นาที (31.8 นาทีต่อเกม) ^{[ 18 ]}ฤดูกาลปีสองที่ประสบความสำเร็จของเขาทำให้เขาได้รับเลือกให้ติดทีม All-Big Ten Third Team และเขายังได้รับรางวัล Academic All-American อีกด้วย^{[ 12 ]}ในช่วงสองปีที่เขาอยู่ที่อินเดียนา เขาทำคะแนนได้ 954 คะแนน^{[ 12 ]}

แม้จะประสบความสำเร็จที่อินเดียนา แต่ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2542 เขาได้ประกาศความปรารถนาที่จะย้ายไปเรียนที่อื่น โดยระบุว่าเขาไม่ "พอใจกับการพัฒนาในฐานะผู้เล่น" ^{[ 19 ]}เขาจำกัดตัวเลือกไว้ที่แอริโซนานอร์ทแคโรไลนาฟลอริดาไอโอวาและนอเทรอดามและในที่สุดก็ตัดสินใจย้ายไปแอริโซนา^{[ 7 ]} เนื่องจากกฎการย้ายทีมของ NCAA เขาจึงต้องพักการ แข่งขันในฤดูกาล พ.ศ. 2542–2543 เขาเลือกหมายเลขเสื้อ 2 ^{[ 20 ]}และเข้าเรียนที่มหาวิทยาลัยแอริโซนาในภาคเรียนฤดูใบไม้ร่วง^{[ 12 ]}

เรคเกอร์และคนอื่นๆ อีกหลายคนประสบอุบัติเหตุทางรถยนต์เมื่อวันที่ 10 กรกฎาคม พ.ศ. 2542 ใกล้ เมืองดูรัง โกรัฐโคโลราโด^{[ 5 ] [ 7 ]}เรคเกอร์เป็นผู้โดยสารร่วมกับแฟนสาวของเขา เคลลี่ เครก (อายุ 19 ปี) และน้องชายของเธอ เจสัน เครก (อายุ 17 ปี) ในรถฟอร์ด ทอรัสที่ขับโดยเพื่อนของพวกเขา จอห์น ฮอลล์เบิร์ก (อายุ 23 ปี) ^{[ 21 ]}ขณะที่พวกเขากำลังเดินทางบนถนนเคาน์ตีโรด 240 ไปยังเมืองดูรังโกเพื่อไปงานรื่นเริง รถบรรทุกที่ขับโดยบ็อบ ฮาร์ดวิค ได้รุกล้ำเข้ามาในเลนกลางและชนกับรถอีกสองคันด้วยความเร็ว 70  ไมล์ ต่อชั่วโมง ^{[ 21 ]}มีผู้เกี่ยวข้องในอุบัติเหตุทั้งหมด 15 คน^{[ 3 ]}จอห์น ฮอลล์เบิร์กเสียชีวิต ขณะที่เรคเกอร์ เคลลี่ และแจสเปอร์ เครก ได้รับบาดเจ็บสาหัสจนต้องเข้ารับการผ่าตัด^{[ 21 ]}การบาดเจ็บของเรคเกอร์รวมถึงแผลฉีกขาดที่หูซ้าย บาดแผลที่ศีรษะ และความเสียหายที่ข้อมือและนิ้วโป้งซ้าย^{[ 5 ] [ 21 ]}

หลังเกิดอุบัติเหตุ เรคเกอร์เริ่มเข้ารับการรักษาเพื่อฟื้นฟูอาการบาดเจ็บ และเปลี่ยนใจเลือกเรียนต่อที่มหาวิทยาลัย โดยตัดสินใจย้ายไปเรียนที่ไอโอวาแทนที่จะเป็นแอริโซนา ปัจจัยหนึ่งที่ส่งผลต่อการตัดสินใจนี้คือความตั้งใจของเรคเกอร์ที่จะอยู่ใกล้ทั้งพ่อของเขา (ซึ่งอาศัยอยู่ในวอชิงตัน ไอโอวา ) ^{[ 5 ]}และแฟนสาวของเขา เคลลี่ เครก ซึ่งอยู่ในชิคาโก อิลลินอยส์และยังคงพักฟื้นจากอุบัติเหตุ^{[ 22 ]}ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2543 เขาได้กลับมาฝึกซ้อมที่ไอโอวาซิตี ไอโอวาภายใต้การดูแลของโค้ชสตีฟ อัลฟอร์ด [ ^{5 ] เดิมที}เขาไม่มีสิทธิ์ลงเล่นจนถึงเดือน มกราคม พ.ศ. 2544 ^{[ 23 ]} แต่ เขาพักเพียงภาคการศึกษาแรกที่ไอโอวา^{[ 22 ]}เนื่องจาก NCAA ได้อนุมัติการยกเว้นให้เขากลับมาเล่นได้เร็วกว่ากำหนดหนึ่งภาคการศึกษา เนื่องจากมีส่วนเกี่ยวข้องกับอุบัติเหตุ ซึ่งถือเป็นกรณี "สถานการณ์พิเศษ" หลังจากที่เรคเกอร์ยื่นอุทธรณ์ต่อ NCAA เพื่อขอสิทธิ์ในการลงเล่นคืน^{[ 24 ]}

ที่ไอโอวา เขาเลือกที่จะสวมหมายเลข 24 ซึ่งเป็นหมายเลขเสื้อของเขาสมัยเรียนมัธยมปลาย เขาได้รับบทบาทสำคัญในโปรแกรมทันที และเขากลายเป็นผู้เล่นตัวจริง: หลังจากลงเล่นเป็นตัวจริง 18 เกมแรกของฤดูกาล เขาได้รับบาดเจ็บกระดูกสะบ้าแตกและต้องพลาดการแข่งขันที่เหลืออีก 15 เกม^{[ 12 ]}ในเกมที่เขาลงเล่นในฤดูกาลจูเนียร์ เขาเล่นเฉลี่ย 33.6 นาทีต่อเกม^{[ 25 ]}ทำคะแนนเฉลี่ย 18.1 แต้ม (สูงสุดในอาชีพ) รีบาวด์ 3.9 ครั้ง แอสซิสต์ 2.7 ครั้ง และสตีล 1.1 ครั้ง ขณะที่ยิงสามแต้มได้ 43% (สูงสุดในอาชีพอีกครั้ง) ^{[ 12 ]}แม้ว่าเขาจะลงเล่นในฤดูกาลนั้นไม่นานนัก แต่เขาก็ยังได้รับเกียรติหลายอย่าง (รางวัล All-Big Ten Honorable Mention, รางวัล All-Big Ten Academic Team, รางวัล NABC All-District Second Team) ^{[ 12 ]}

ในฤดูกาลสุดท้ายของเขา เรคเกอร์ยังคงมีบทบาทสำคัญอีกครั้งที่ไอโอวา โดยได้รับมอบหมายให้เป็นตัวจริงและเป็นผู้ทำคะแนนสูงสุดของทีม ด้วยคะแนนเฉลี่ย 17.1 คะแนน นอกจากนี้เขายังเป็นผู้นำด้านการขโมยบอลด้วยจำนวน 56 ครั้ง (เฉลี่ย 1.6 ครั้ง) อยู่ในอันดับที่สองในการส่งบอล (รวม 88 ครั้ง เฉลี่ย 2.5 ครั้ง) และอยู่ในอันดับที่สามในการรีบาวด์ (รวม 119 ครั้ง เฉลี่ย 3.4 ครั้ง) ^{[ 10 ]}เขาทำคะแนนสูงสุดในอาชีพส่วนตัวได้ 31 คะแนนในการแข่งขันกับมิสซูรี^{[ 12 ]}และได้รับเลือกให้ติดทีม All-Tournament ในการแข่งขัน Big Ten ปี 2002ในระหว่างการแข่งขัน เรคเกอร์ทำคะแนนชัยชนะได้สองครั้งติดต่อกัน ครั้งหนึ่งกับวิสคอนซินและอีกครั้งกับทีมเก่าของเขา อินเดียนา^{[ 26 ]}ในที่สุดไอโอวาก็แพ้ในรอบชิงชนะเลิศให้กับโอไฮโอสเตทในตอนท้ายของฤดูกาล เรคเกอร์ได้รับเลือกให้เป็น MVP ของทีมไอโอวาร่วมกับเรจจี้ อีแวนส์และยังสร้างสถิติใหม่สำหรับเปอร์เซ็นต์การยิงลูกโทษในหนึ่งฤดูกาลด้วย 88.5% ^{[ 12 ]}ในช่วงสองปีที่เขาอยู่ที่ไอโอวา เขาทำคะแนนรวมได้ 926 คะแนน

เมื่อสิ้นสุดฤดูกาลสุดท้ายของเขา เขาได้รับการเสนอชื่อให้เป็นAP Honorable Mentionในช่วงสี่ปีของการเล่นบาสเกตบอลในระดับวิทยาลัย เขาสามารถทำคะแนนรวมได้ 1,880 คะแนน โดยเฉลี่ย 15.8 คะแนน^{[ 10 ]}