MBN Explorer ( MesoBioNano Explorer ) เป็นซอฟต์แวร์สำหรับการจำลองพลศาสตร์โมเลกุลการปรับโครงสร้างให้เหมาะสมและ การจำลอง Monte Carlo แบบจลนศาสตร์ออกแบบมาเพื่อการวิเคราะห์เชิงคำนวณแบบหลายระดับของโครงสร้างและพลศาสตร์ของกลุ่มอะตอมและอนุภาคนาโนโมเลกุลชีวภาพและระบบนาโน วัสดุโครงสร้างนาโน สถานะต่าง ๆ ของสสาร และอินเทอร์เฟซต่าง ๆ^{[ 1 ]}ซอฟต์แวร์นี้ได้รับการพัฒนาโดยศูนย์วิจัย MBN

MBN Explorer สืบทอดประสบการณ์ที่ได้รับจากการพัฒนาซอฟต์แวร์แพ็กเกจ Cluster Searcher โดยเริ่มตั้งแต่ราวปี 2000 ในฐานะโค้ดพลศาสตร์โมเลกุลแบบคลาสสิกสำหรับการจำลองระบบหลายอนุภาคที่โต้ตอบกันผ่านศักยภาพ Morse และ Lennard-Jones ^{[ 2 ]}ศักยภาพระหว่างอะตอมที่หลากหลายและความเป็นไปได้ในการรวมกลุ่มอะตอมเข้าเป็นบล็อกแข็งได้รับการแนะนำในช่วงปี 2005–2007 เวอร์ชันแรกของ MBN Explorer ได้รับการเผยแพร่ในปี 2012 ในฐานะโค้ดคอมพิวเตอร์อเนกประสงค์ที่ช่วยให้สามารถจำลองระบบโมเลกุลต่างๆ ที่มีระดับความซับซ้อนแตกต่างกันได้^{[ 3 ]}

MBN Explorer ช่วยให้สามารถอธิบายระบบโมเลกุลแบบหลายระดับได้โดยใช้แนวทาง Monte Carlo แบบจลนศาสตร์^{[ 4 ]}และพลศาสตร์โมเลกุลที่ขับเคลื่อนด้วยการฉายรังสี^{[ 5 ]}ด้วยแนวทาง Monte Carlo ซอฟต์แวร์นี้ช่วยให้สามารถจำลองกระบวนการขับเคลื่อนการแพร่กระจายที่เกี่ยวข้องกับระบบโมเลกุลในช่วงเวลาที่ยาวนานกว่ามาก ซึ่งไม่สามารถทำได้ในการจำลองพลศาสตร์โมเลกุลแบบดั้งเดิม^{[ 6 ]} ซอฟต์แวร์นี้ช่วยให้สามารถรวม ศักยภาพระหว่างอะตอมประเภทต่างๆเพื่อระบุปฏิสัมพันธ์มากกว่าหนึ่งรายการกับอะตอมหรือกลุ่มอะตอมที่เฉพาะเจาะจงได้

MBN Explorer รองรับรูปแบบวิถีอะตอมมาตรฐานหลายรูปแบบ เช่น XYZ (รูปแบบข้อความ), DCD ^{[ 7 ]} (รูปแบบไบนารี) และ DCD+XYZ (รูปแบบไฮบริด) นอกจากนี้ยังรองรับ รูปแบบไฟล์ Protein Data Bank ^{[ 8 ]} (pdb) สำหรับอธิบายโครงสร้างสามมิติของโมเลกุลชีวภาพ

คุณสมบัติขั้นสูงของโปรแกรมประกอบด้วย:

• การแบ่งส่วนหยาบที่ยืดหยุ่นและความเป็นไปได้ในการจำลอง พลวัตของ วัตถุแข็ง
• ความเป็นไปได้ในการจำลองพลศาสตร์โมเลกุลเชิงสัมพัทธภาพ^{[ 9 ]}ของ อนุภาค อัลตร้าสัมพัทธภาพในตัวกลางผลึก
• การจำลองการเปลี่ยนแปลงทางเคมีที่เกิดจากการฉายรังสีโดยใช้พลศาสตร์โมเลกุลที่ขับเคลื่อนด้วยการฉายรังสี^{[ 5 ]}

MBN Explorer เสริมด้วย MBN Studio ^{[ 6 ] [ 10 ]}ซึ่งเป็นโปรแกรมอเนกประสงค์สำหรับการสร้างแบบจำลองและการออกแบบโมเลกุล รวมถึงการแสดงภาพและการวิเคราะห์ผลลัพธ์ของการจำลองที่ดำเนินการด้วย MBN Explorer เครื่องมือสร้างแบบจำลองโมเลกุลในตัวสามารถใช้สร้างโมเลกุลชีวภาพที่แยกเดี่ยวและละลาย วัสดุโมเลกุลควบแน่น ท่อนาโนคาร์บอนและแผ่นกราฟีน อนุภาคนาโน และตัวอย่างผลึกได้

MBN Explorer ถูกนำไปใช้ในโครงการวิจัยต่างๆ ในสาขาวิทยาศาสตร์วัสดุ นาโนเทคโนโลยี และความเสียหายจากรังสี:

• ARGENT - การรักษาด้วยรังสีขั้นสูงที่สร้างขึ้นโดยใช้ประโยชน์จากกระบวนการและเทคโนโลยีระดับนาโน^{[ 11 ]}นี่คือโครงการเครือข่ายสหวิทยาการที่เกี่ยวข้องกับกลุ่มวิจัยต่างๆ พันธมิตรทางวิชาการและอุตสาหกรรม โดยได้รับเงินทุนจากโครงการกรอบงานที่เจ็ด (FP7) ของสหภาพยุโรป
• PEARL - ผลึกโค้งเป็นระยะสำหรับเครื่องกำเนิดคลื่นผลึก^{[ 12 ]}นี่คือโครงการระหว่างประเทศที่ได้รับการสนับสนุนจากโครงการ Horizon 2020 (H2020) ของสหภาพยุโรป
• Nano-IBCT - ข้อมูลเชิงลึกระดับนาโนในการบำบัดมะเร็งด้วยลำแสงไอออน^{[ 13 ]}
• VINAT - การวิเคราะห์เชิงทฤษฎี การออกแบบ และการทดสอบเสมือนจริงของความเข้ากันได้ทางชีวภาพและคุณสมบัติทางกลของวัสดุนาโนที่ใช้ไทเทเนียม^{[ 14 ]}

• การเปรียบเทียบซอฟต์แวร์สำหรับการสร้างแบบจำลองกลศาสตร์โมเลกุล
• รายชื่อซอฟต์แวร์สำหรับการสร้างแบบจำลองโครงสร้างนาโน
• เอ็นเอ็มดี
• โกรแมคส์
• แลมม์พีเอส

• เว็บไซต์ศูนย์วิจัย MBN