Modellerซึ่งมักเขียนในรูปแบบMODELLERเป็นโปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่ใช้สำหรับ การสร้าง แบบจำลองโฮโมโลยีเพื่อสร้างแบบจำลองโครงสร้างตติยภูมิ และโครงสร้างจตุรภูมิ (พบได้น้อยกว่า) ของโปรตีน ^{[ 2 ] [ 3 ]}โปรแกรมนี้ใช้วิธีการที่ได้รับแรงบันดาลใจจากสเปกโทรสโกปีนิวเคลียร์แมกเนติกเรโซแนนซ์ของโปรตีน (โปรตีน NMR) ซึ่งเรียกว่าความพึงพอใจของข้อจำกัดเชิงพื้นที่โดยใช้เกณฑ์ทางเรขาคณิตชุดหนึ่งเพื่อสร้างฟังก์ชันความหนาแน่นของความน่าจะเป็นสำหรับตำแหน่งของแต่ละอะตอมในโปรตีน วิธีการนี้อาศัยการจัดเรียงลำดับ อินพุตระหว่างลำดับ กรดอะมิโนเป้าหมายที่จะสร้างแบบจำลองและโปรตีนแม่แบบที่มีโครงสร้างที่ได้รับการแก้ไขแล้ว

โปรแกรมนี้ยังรวมฟังก์ชันที่จำกัดสำหรับการทำนายโครงสร้างแบบ ab initioของ บริเวณ ลูปของโปรตีน ซึ่งมักมีความแปรผันสูงแม้ใน โปรตีน ที่คล้ายคลึงกันและจึงยากที่จะทำนายได้ด้วยการสร้างแบบจำลองความคล้ายคลึงกัน

Modeller ถูกเขียนขึ้นครั้งแรกและปัจจุบันได้รับการดูแลโดยAndrej Saliที่มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย ซานฟรานซิสโก^{[ 4 ]}โปรแกรมนี้ทำงานบนระบบปฏิบัติการUnix , Linux , macOSและWindowsเป็น ซอฟต์แวร์ ฟรีสำหรับการใช้งานทางวิชาการส่วนติดต่อผู้ใช้แบบกราฟิก (GUI) และ เวอร์ชัน เชิงพาณิชย์จัดจำหน่ายโดยAccelrysเว็บเซิร์ฟเวอร์ ModWeb สำหรับการสร้างแบบจำลองโครงสร้างโปรตีนเชิงเปรียบเทียบนั้นใช้ Modeller และเครื่องมืออื่นๆ สำหรับการสร้างแบบจำลองโครงสร้างโปรตีนอัตโนมัติ โดยมีตัวเลือกในการฝากแบบจำลองที่ได้ลงในModBaseเนื่องจากความนิยมของ Modeller จึงมี GUI ของบุคคลที่สามหลายตัวสำหรับ MODELLER ให้ใช้งานได้:

• EasyModeller เป็นซอฟต์แวร์ฟรีและเป็นหนึ่งใน GUI ของบุคคลที่สามรุ่นแรกๆ สำหรับ Modeller ^{[ 5 ]}เวอร์ชันล่าสุด (EasyModeller 4.0) รองรับระบบปฏิบัติการLinuxและWindows
• UCSF Chimeraมีอินเทอร์เฟซที่ใช้งานง่ายสำหรับ Modeller
• PyMod เป็น ปลั๊กอิน โอเพนซอร์สฟรีสำหรับPyMOLและมีอินเทอร์เฟซที่ครอบคลุมสำหรับ Modeller ^{[ 6 ] [ 7 ]}รองรับLinux , WindowsและmacOS
• MaxMod เป็น GUI แบบสแตนด์อโลนสำหรับ MODELLER บนWindows ^{[ 8 ]}

• รายชื่อซอฟต์แวร์ทำนายโครงสร้างโปรตีน

• เว็บไซต์อย่างเป็นทางการ
• ม็อดเว็บ
• EasyModeller - ส่วนต่อประสานผู้ใช้แบบกราฟิก (GUI) สำหรับโปรแกรมสร้างโมเดล
• อินเทอร์เฟซ UCSF Chimera สำหรับ Modeller
• PyMod - ปลั๊กอิน PyMOL สำหรับ Modeller
• MINT - อินเทอร์เฟซผู้ใช้แบบกราฟิกสำหรับนักสร้างโมเดล
• MaxMod - โปรแกรม GUI แบบสแตนด์อโลนสำหรับโปรแกรมสร้างโมเดลบนระบบปฏิบัติการ Windows