ตอร์เรสเข้าร่วมระบบเยาวชนของแอตเลติโก จูเนียร์ ตั้งแต่อายุ 10 ขวบ จนกระทั่งได้ลงเล่นในฐานะนักฟุตบอลอาชีพครั้งแรกในปี 2002 ใน ฤดูกาล 2004จูเนียร์คว้าแชมป์รายการ Finalización ซึ่งเป็นแชมป์อาชีพครั้งแรกในอาชีพของเขา แมคเนลลีเป็นส่วนหนึ่งของ " ยุคทอง " ของจูเนียร์ ซึ่งรวมถึงผู้เล่นอย่างมาร์ติน อาร์ซัวกาและโอมาร์ เซบาสเตียน เปเรซด้วย

ในปี 2548 เขาได้ย้ายไปอยู่กับCúcuta DeportivoเขามีบทบาทสำคัญในFinalización ปี 2549โดยช่วยให้สโมสรคว้าแชมป์เป็นครั้งแรกและทำประตูได้ในเลกที่สองของรอบชิงชนะเลิศกับDeportes Tolima ^{[ 2 ]}

เขายังได้เข้าร่วมการแข่งขันโคปาลิเบอร์ตาดอเรสในปี 2007ซึ่งเขาทำประตูได้ในเกมที่พบกับนาซิอองนาล ของอุรุกวัย ช่วยให้คูคูตาผ่านเข้ารอบรองชนะเลิศ แต่พ่ายแพ้ให้กับโบคา จูเนียร์สซึ่ง เป็นแชมป์ในที่สุด

ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2551 ตอร์เรสได้เข้าร่วมทีมโคโล-โคโล ทีมยักษ์ใหญ่ของชิลีอย่างเป็นทางการ ด้วยค่าตัว 2,200,000 ดอลลาร์สหรัฐ กลายเป็นนักเตะที่สโมสรซื้อมาด้วยค่าตัวแพงที่สุดในขณะนั้น^{[ 3 ]}เขาเข้ามาแทนที่เพื่อนร่วมชาติอย่างจิโอวานนี เอร์นันเดซที่ย้ายไปอยู่กับจูเนียร์ ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2551 มีรายงานว่าแอตเลติโก นาซิอองนาลจะเสนอราคา 3,000,000 ดอลลาร์สหรัฐ แต่โคโล-โคโลกล่าวว่าเขาไม่ขายและเสนอราคาอย่างน้อย 4,500,000 ดอลลาร์สหรัฐ ซึ่งมากกว่าสองเท่าของราคาที่ซื้อมา^{[ 4 ]}

ตอร์เรสคว้าแชมป์ลีก 2 สมัยกับสโมสร ได้แก่คลอซูรา 2008และคลอซูรา 2009โดยทำประตูได้ 2 ประตูในเกมกับลา เซเรนาซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของเส้นทางสู่แชมป์ปี 2009 ^{[ 5 ] [ 6 ]}เมื่อวันที่ 3 มีนาคม 2009 ตอร์เรสโชว์ฟอร์มยอดเยี่ยมในเกมที่ชนะปัลเมราส 3-1 ที่สนามเอสตาดิโอ ปาเลสตรา อิตาเลียโดยทำประตูได้ 1 ประตูและแอสซิสต์อีก 1 ครั้ง^{[ 7 ]}แม้จะได้รับชัยชนะที่สำคัญ แต่โคโล-โคโลก็ไม่สามารถผ่านเข้ารอบแบ่งกลุ่มโคปา ลิเบอร์ตาดอเรส 2009ได้

เมื่อวันที่ 31 มกราคม 2010 ในการแข่งขันนัดที่สองของลีกตอร์เรสทำประตูและส่งให้เพื่อนร่วมทีมทำประตูในชัยชนะ 3–1 เหนือโคเบรโลอา [ ^{8 ] ใน}การแข่งขันนัดถัดมา เขาส่งให้เพื่อนร่วมทีมทำประตู 2 ครั้งแก่เอเซเกียล มิราเยสในชัยชนะ 3–0 เหนือซานติอาโก วันเดอเรอร์ส^{[ 9 ]}

ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2554 ตอร์เรสได้ขอออกจากสโมสร^{[ 10 ]}

ในเดือนมกราคม 2011 หลังจากปฏิเสธการย้ายไปสโมสรวาสโก ของบราซิล เขาก็ย้ายกลับไปยังประเทศบ้านเกิดและเซ็นสัญญายืมตัวกับแอตเลติโก นาซิอองนาลเป็นเวลาหนึ่งปีพร้อมออปชั่นซื้อขาด^{[ 11 ] [ 12 ]}กับสโมสร เขาคว้า แชมป์ Apertura ปี 2011และ2013รวมถึงแชมป์Copa Colombia ปี 2012 ด้วย นอกจากนี้เขายังถูกยืมตัวไปเล่นให้กับซาน หลุยส์ในลีกเม็กซิโก ในช่วงสั้นๆ หลังจบ Apertura ปี 2011

หลังจากคว้าแชมป์ Apertura ปี 2013 กับนาซิอองนัลได้ไม่นาน ตอร์เรสก็ย้ายไปตะวันออกกลาง และเซ็นสัญญากับสโมสร อัลชาบับในซาอุดีอาระเบียด้วยค่าตัว 4.5 ล้านดอลลาร์สหรัฐ^{[ 13 ]}เขาเล่นให้กับสโมสรซาอุดีอาระเบียหนึ่งฤดูกาล โดยทำประตูได้ 1 ประตูจากการลงเล่นในลีก 22 นัด เขาออกจากสโมสรด้วยวิธีที่ก่อให้เกิดข้อถกเถียง หลังจากส่งเรื่องร้องเรียนไปยังฟีฟ่าเนื่องจากไม่ได้รับเงินเดือนเป็นเวลา 5 เดือน^{[ 14 ]}

ตอร์เรสกลับมาเล่นให้จูเนียร์ในปี 2015 ซึ่งเป็นสโมสรที่เขาประเดิมการเล่นอาชีพครั้งแรกในปี 2001 ^{[ 15 ]}เขาเล่นในฤดูกาล Apertura กับสโมสร โดยลงเล่น 19 นัดและยิงได้ 2 ประตู ขณะที่จูเนียร์ตกรอบก่อนรองชนะเลิศด้วยฝีมือของอินเดเปนเดียนเต เมเดลลิน^{[ 16 ]}

ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2558 ตอร์เรสกลับมาที่นาซิอองนาลและเซ็นสัญญาสามปีกับสโมสร^{[ 17 ]}ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2558 เขาคว้าแชมป์แรกกับสโมสรได้สำเร็จ คือแชมป์ Finalizacion พ.ศ. 2558 เขาคว้าแชมป์Copa Libertadores พ.ศ. 2559กับนาซิอองนาล และทำประตูสำคัญได้ในเกมกับโรซาริโอ เซ็นทรัลในรอบก่อนรองชนะเลิศ ขณะที่ได้รับเลือกให้ติดทีมยอดเยี่ยมประจำทัวร์นาเมนต์^{[ 18 ]}ในปีเดียวกันนั้น เขายังเป็นส่วนหนึ่งของทีมที่เอาชนะจูเนียร์เพื่อคว้าแชมป์Copa Colombia พ.ศ. 2559เขายังคว้าแชมป์เพิ่มอีกสองรายการในปี พ.ศ. 2560 ได้แก่Recopa Sudamericanaในเดือนเมษายน และแชมป์ Apertura พ.ศ. 2560 ในเดือนมิถุนายน

ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 2018 ตอร์เรสเซ็นสัญญากับเดปอร์ติโบกาลีและเล่นในรอบชิงชนะเลิศฤดูกาล 2018 ร่วมกับพวกเขา^{[ 19 ]}

ในเดือนธันวาคม 2018 ผู้อำนวยการ ของคลับลิเบอร์ตาดได้แสดงความคิดเห็นว่าโค้ชของสโมสรเลโอเนล อัลวาเรซ ซึ่งเป็นชาวโคลอมเบียเช่นเดียวกับตอร์เรส ต้องการดึงตัวผู้เล่นรายนี้มาร่วมทีม^{[ 20 ]}ไม่กี่วันต่อมา การย้ายทีมได้รับการยืนยัน และตอร์เรสเซ็นสัญญากับสโมสรในปารากวัยเป็นเวลาสองปี นอกจากนี้ยังมีเงื่อนไขการปล่อยตัวมูลค่า 500,000 ดอลลาร์สหรัฐ^{[ 21 ]}เขาร่วม ทีมกับ อเล็กซานเดอร์ เมฆิอา เพื่อนร่วมชาติชาวโคลอมเบีย ซึ่งเคยเป็นเพื่อนร่วมทีมของเขาที่แอตเลติโก นาซิอองนาล เขาคว้าแชมป์โคปาปารากวัยปี 2019กับสโมสร^{[ 22 ]}ในเดือนมกราคม 2020 สโมสรตัดสินใจยกเลิกสัญญาของเขา โดยสาเหตุหลักมาจากอาการบาดเจ็บหลายครั้งและผลงานที่ต่ำกว่าความคาดหวัง^{[ 23 ]}

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2563 ผู้เล่นชาวโคลอมเบียได้กลับไปยังประเทศบ้านเกิดของเขา คราวนี้ไปที่Alianza Petrolera [ ^{24 ] ใน}เดือนธันวาคม พ.ศ. 2563 เขาได้ออกจากสโมสร โดยอ้างว่าอาการบาดเจ็บและCOVID-19เป็นเหตุผล^{[ 25 ]}

เมื่อวันที่ 22 ธันวาคม พ.ศ. 2564 หลังจากไม่ได้ทำกิจกรรมใดๆ มาหนึ่งปี เขาได้ประกาศเกษียณอายุ^{[ 26 ]}

ตารางคะแนนและผลการแข่งขันแสดงจำนวนประตูที่เปรูทำได้ก่อน โดยคอลัมน์คะแนนจะแสดงคะแนนหลังจากที่ฟาร์ฟานทำประตูได้แต่ละครั้ง

รายชื่อประตูระดับนานาชาติที่ Jefferson Farfán ทำได้^{[ 35 ]}

เลขที่	วันที่	สถานที่จัดงาน	ฝ่ายตรงข้าม	คะแนน	ผลลัพธ์	การแข่งขัน	อ้างอิง
1	11 กุมภาพันธ์ 2552	เอสตาดิโอ เอร์นัน รามิเรซ วิลเลกาส , เปเรย์รา , โคลอมเบีย	เฮติ	2–0	2–0	เป็นกันเอง	[ 36 ]
2	28 มีนาคม 2552	เอสตาดิโอ เอล กัมปิน , โบโกตา , โคลอมเบีย	โบลิเวีย	1–0	2–0	รอบคัดเลือกฟุตบอลโลก 2010	[ 37 ]
3	22 มีนาคม 2556	เอสตาดิโอ เมโทรโปลิตาโน โรแบร์โต เมเลนเดซ , บาร์รังกียา , โคลอมเบีย	โบลิเวีย	1–0	5–0	รอบคัดเลือกฟุตบอลโลก 2014	[ 38 ]
4	1 กันยายน 2559	สนามกีฬา Metropolitano Roberto Meléndez, Barranquilla, โคลอมเบีย	เวเนซุเอลา	2–0	2–0	รอบคัดเลือกฟุตบอลโลก 2018	[ 39 ]