เมื่อทราบว่าสามารถแปล เกมเพลย์ ของ Magic ออนไลน์ได้โดยอาศัยผลงานที่ LLS ได้ทำไว้ WotC จึงเริ่มทำงานออกแบบ ไคลเอนต์ Magic Onlineใหม่ในปี 2546 แม้ว่าพวกเขาจะชื่นชมผลงานที่ "ก้าวล้ำ" ของ LLS แต่พวกเขาก็เลือกที่จะยกเลิกสัญญากับ LLS และนำการพัฒนามาทำเองภายในบริษัท เพื่อให้สามารถมุ่งเน้นไปที่ทิศทางที่จำเป็นในการปรับปรุงไคลเอนต์สำหรับผู้ชมทั่วโลก^{[ 10 ]}

การแสดงผลงานครั้งแรกของทีมใหม่คือการเปิดตัวเวอร์ชันที่ 8 ทางออนไลน์ ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2546 ซึ่งกำหนดไว้อย่างทะเยอทะยานเพื่อให้ตรงกับการเปิดตัวเวอร์ชันกระดาษ เป้าหมายคือการเปิดตัวซอฟต์แวร์เวอร์ชัน 2 พร้อมฟังก์ชันการทำงานใหม่และนำการเปลี่ยนแปลงกฎที่เวอร์ชันที่ 8นำมาใช้มาใช้ อย่างไรก็ตาม ด้วยการเปลี่ยนจาก LLS ไปเป็นนักพัฒนาภายในพร้อมกับกำหนดเวลาที่แน่นอน ทำให้เกิดปัญหาการพัฒนาหลายประการที่ไม่ได้รับการแก้ไขก่อนการเปิดตัว^{[ 10 ]}เวอร์ชัน 2 เปิดตัวตามกำหนด แต่เซิร์ฟเวอร์ล่มอยู่ตลอดเวลา และมีข้อผิดพลาดเกี่ยวกับกฎและบั๊กอื่นๆ มากมาย เกมจึงเข้าสู่โหมดไม่ต้องจ่ายเงินในขณะที่เปิดเซิร์ฟเวอร์เบต้าชั่วคราวเพื่อให้ผู้เล่นได้ฝึกฝนการเล่นในรูปแบบที่ต้องจ่ายเงิน^{[ 10 ]}

เพื่อเป็นการชดเชยสำหรับปัญหาเหล่านี้ Wizards วางแผนที่จะจัดงาน "Chuck's Virtual Party" ซึ่งเป็นการแข่งขันฟรีในช่วงสุดสัปดาห์หลังจากปัญหาคลี่คลายลง น่าเสียดายที่ปรากฏว่าผู้ใช้แต่ละรายใช้หน่วยความจำในเวอร์ชัน 2 มากกว่าการออกแบบที่เบาของเวอร์ชัน 1 ^{[ 12 ]}ผลที่ตามมาคือเซิร์ฟเวอร์ล่มอีกครั้งเนื่องจากรับภาระหนัก

เมื่อมองย้อนกลับไป บางคนมองว่าการตัดสินใจถอด Leaping Lizard ออกนั้นเป็นเพราะความโอหัง^{[ 13 ]}อย่างไรก็ตาม คนอื่นๆ ชี้ให้เห็นถึงความยุ่งยากบางประการในการบำรุงรักษาในภายหลัง ซึ่งบ่งชี้ว่า Leaping Lizard ไม่ได้ส่งมอบ โปรแกรม ที่ยืดหยุ่น มากนัก ซึ่งโดยธรรมชาติแล้วมีขนาดใหญ่ เกินไป และยากต่อการปรับปรุง Wizards of the Coast กล่าวว่า "อินเทอร์เฟซและแบ็กเอนด์เวอร์ชัน 2.5 ของ Leaping Lizard ไม่สามารถปรับขนาดได้ตามที่เราต้องการ มันไม่ได้ถูกเขียนขึ้นโดยคำนึงถึงผู้ใช้หมื่นคน แต่เขียนขึ้นโดยคิดถึงผู้ใช้เพียงไม่กี่พันคน" ^{[ 4 ]}ตามที่นักพัฒนาระบุ มีข้อจำกัดที่เข้มงวดอยู่ที่ 4,400 ผู้เล่นในเวอร์ชัน 2.5 ^{[ 4 ]}ไม่ว่าอย่างไรก็ตาม Wizards ตัดสินใจว่าเวอร์ชัน 2.0 ไม่คุ้มค่าที่จะสนับสนุนอย่างไม่มีกำหนด พวกเขาตัดสินใจที่จะบำรุงรักษาเวอร์ชัน 2.0 ในเบื้องหลัง แต่จะเริ่มทีมพัฒนาใหม่เพื่อสร้างMagic Online ขึ้น มาใหม่ตั้งแต่ต้น ผลงานของโครงการใหม่นี้จะเรียกว่าMagic Onlineเวอร์ชัน 3 ซึ่งประกาศครั้งแรกในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2547 ^{[ 10 ]}

แพลตฟอร์มเวอร์ชัน 2 ถูกปิดลงเมื่อวันที่ 9 เมษายน พ.ศ. 2551 เพื่อเตรียมการเปิดตัวเวอร์ชัน 3 ^{[ 14 ]}

Magic Onlineเวอร์ชัน 3 นอกจากจะรองรับฐานผู้เล่นที่ใหญ่ขึ้นมากผ่านเซิร์ฟเวอร์หลายแห่งแล้ว ยังมีอินเทอร์เฟซที่ได้รับการปรับปรุงและคำแนะนำในเกมที่ขยายเพิ่มเติมอีก ด้วย ^{[ 15 ]}วันที่วางจำหน่ายซึ่งเดิมวางแผนไว้ในช่วงปลายปี 2549 เลื่อนออกไปหลายครั้ง แต่ในที่สุดก็ผ่านการทดสอบเบต้าและเปิดตัวสู่สาธารณะในวันที่ 22 เมษายน 2551 ^{[ 10 ]}ปฏิกิริยาเริ่มต้นต่อเวอร์ชัน 3 นั้นวิพากษ์วิจารณ์เค้าโครงอินเทอร์เฟซผู้ใช้ใหม่ และผู้เล่นพบว่าโครงสร้างเซิร์ฟเวอร์ไม่เสถียรอย่างที่คาดไว้^{[ 10 ]}

เหตุการณ์สำคัญที่เรียกว่า "Kiblergate" เกิดขึ้นในปี 2013 ขณะที่ WotC กำลังเตรียมเวอร์ชัน 4 ของไคลเอนต์ ในการแข่งขัน Magic Online Championship Series ที่เล่นผ่านไคลเอนต์ ซึ่งมี รางวัล 25,000 ดอลลาร์สหรัฐและคำเชิญเข้าร่วมการแข่งขัน Magic: The Gathering World Championshipไบรอัน คิบเลอร์ชนะเกมมากพอที่จะผ่านเข้ารอบสุดท้ายไม่ว่าเขาจะชนะหรือแพ้ก็ตาม อย่างไรก็ตาม ก่อนเกมสองเกมสุดท้าย เขาได้ขาดการเชื่อมต่อกับ เซิร์ฟเวอร์ Magic Onlineและไม่สามารถล็อกอินกลับเข้ามาได้ทันเวลา เนื่องจากเขาไม่ได้เข้าร่วมในเกมเหล่านั้น เขาจึงถูกพิจารณาว่าสละสิทธิ์และถูกตัดสิทธิ์ คิบเลอร์ได้โพสต์ข้อความบนโซเชียลมีเดียเพื่อบ่นและแนะนำให้ผู้เล่นคนอื่นลบMagic Onlineออกจากคอมพิวเตอร์ ซึ่งทำให้ราคาเฉลี่ยของ การ์ดดิจิทัล Magic Onlineลดลง 11% ในหนึ่งวัน และกระตุ้นให้ WotC เร่งดำเนินการเปลี่ยนไปใช้เวอร์ชัน 4 ^{[ 10 ]}

Magic Onlineเวอร์ชัน 4 เปิดให้สาธารณะทดลองใช้ในวงกว้างเมื่อวันที่ 4 กันยายน 2012 ^{[ 16 ]}ทั้งเวอร์ชัน 3 และเวอร์ชัน 4 ทำงานพร้อมกัน โดยผู้เล่นสามารถเลือกเล่นบนแพลตฟอร์มใดก็ได้ จนกระทั่งวันที่ 26 มิถุนายน 2014 เมื่อเวอร์ชัน 3 ถูกปิดตัวลง ในวันที่ 16 กรกฎาคม 2014 เวอร์ชัน 4 กลายเป็นไคลเอนต์เดียวสำหรับ Magic: the Gathering Online ^{[ 17 ] [ 10 ]}

ณ เดือนมีนาคม 2014 ด้วยการวางจำหน่ายVintage Mastersการ์ดเกือบทั้งหมดที่สามารถใช้ในการแข่งขันได้อย่างน้อยหนึ่งรูปแบบที่รองรับก็มีให้ใช้งานแล้ว การ์ดที่เหลือส่วนใหญ่ที่สามารถใช้ในการแข่งขันได้แต่ยังไม่ได้พิมพ์นั้นโดยพื้นฐานแล้วถือว่าไม่คุ้มค่าที่จะใช้ในการแข่งขัน (เช่น การ์ดที่ใช้ความสามารถได้เฉพาะในระหว่างการดราฟต์เท่านั้น) ชุดแรกสุดที่มีให้ใช้งานเมื่อวางจำหน่ายคือInvasionซึ่งวางจำหน่ายในรูปแบบสิ่งพิมพ์ในเดือนตุลาคม 2000 ชุดต่อๆ มาทั้งหมดมีให้ใช้งานทางออนไลน์เช่นกัน ยกเว้นชุดเสริมล้อเลียนตัวเองบางชุด (Un-sets) และชุดสำหรับผู้เล่นหลายคน (เช่นConspiracy ) ในช่วง 10 ปีแรกของ "Magic Online" ชุดต่างๆ ที่วางจำหน่ายทางออนไลน์จะวางจำหน่ายหลังจากวางจำหน่ายในรูปแบบกระดาษไปแล้วสามหรือสี่สัปดาห์ เพื่อเอาใจผู้ค้าปลีกแบบ "หน้าร้าน" ^{[ 4 ]}อย่างไรก็ตาม มีการกำหนดนโยบายลดระยะเวลาล่าช้านี้ (เหลือประมาณสองสัปดาห์) เพื่อให้ผู้เล่นมืออาชีพ (ซึ่งมักใช้ "Magic Online" สำหรับการทดสอบ) สามารถเตรียมตัวสำหรับกิจกรรม Pro Tour (ซึ่งมักจะเกิดขึ้นสองสัปดาห์หลังจากวางจำหน่ายชุดใหม่) และเพื่อ "เพิ่มความสอดคล้อง" ระหว่าง Magic ในรูปแบบกระดาษและออนไลน์^{[ 18 ]} Wizards of the Coast ได้ปล่อยการ์ดก่อนการบุกรุก (Pre- Invasion) เพิ่มเติม ทางออนไลน์ ในฤดูใบไม้ร่วงปี 2548 Mirageได้ถูกปล่อยออกมาทางออนไลน์ เก้าปีหลังจากที่พิมพ์ออกมาในปี 1996 ^{[ 19 ]} ชุดนี้ถูกเลือกให้เป็นชุดแรกสุดที่สามารถใช้งานได้บนMagic Onlineเพราะเป็นชุดแรกที่ได้รับการออกแบบโดยคำนึงถึงทั้งการเล่นแบบ Limited และ Constructed และเป็นชุดแรกที่ตั้งใจให้เป็นส่วนหนึ่งของบล็อกสามชุด นอกจากนี้ Wizards ยังเป็นเจ้าของสิทธิ์ในงานศิลปะใน บล็อก Mirage อย่างชัดเจน และ บล็อก Mirageไม่มีAnte Card (ต่างจากIce AgeและHomelands ) ได้รับการยืนยันแล้วว่าเป้าหมายสุดท้ายของผู้พัฒนาคือการทำให้ชุดเสริมทุกชุดตั้งแต่Mirageเป็นต้นไปสามารถใช้งานได้ทางออนไลน์^{[ 20 ]}

สำหรับการ์ดที่วางจำหน่ายก่อนMirage ได้มีการสร้าง ชุดสะสมพิเศษเฉพาะ MTGO ที่เรียกว่าMasters Editionsชุดเหล่านี้มีขนาดตั้งแต่ 195 ถึง 269 ใบ การ์ดส่วนใหญ่ในชุดใดชุดหนึ่งนั้นไม่เคยมีให้เล่นใน Magic Online มาก่อน โดยปกติแล้วจะมีการยกเว้นเพื่อสร้างสภาพแวดล้อมการเล่น Masters Edition แบบจำกัดที่สนุกสนาน หรือเพื่อให้การ์ดที่มีภาพประกอบเฉพาะนั้นสามารถเล่นได้ทางออนไลน์ Masters Edition ชุดแรกวางจำหน่ายเมื่อวันที่ 10 กันยายน 2550 ตามด้วยMasters Edition IIในปี 2551, Masters Edition IIIในปี 2552 และMasters Edition IVในต้นปี 2554 ณ เดือนมกราคม 2554 Magic Online ขาดการ์ดประมาณ 800 ใบจากชุดก่อน Mirage และ Portal ^{[ 21 ]} การ์ดที่หายไปส่วนใหญ่ไม่ได้ส่งผลกระทบต่อการเล่นเกมปกติ เนื่องจากการ์ดเก่าหลายใบกลายเป็นของล้าสมัย หรือมีการพิมพ์ซ้ำที่ใช้งานได้ออกมาแล้ว การ์ดก่อน Mirageเกือบทั้งหมดที่ถือว่าคุ้มค่าสำหรับการแข่งขันได้ถูกปล่อยออกมาทางออนไลน์แล้ว การ์ด Power Nine ได้รับการวางจำหน่ายในชุดที่เรียกว่า "Vintage Masters" พร้อมกับการ์ดที่เหมาะสำหรับการแข่งขันซึ่งมีอยู่ในชุด Conspiracyซึ่งวางจำหน่ายในช่วงเวลาจำกัดในเดือนมิถุนายน 2014 ^{[ 22 ]}การเพิ่ม Vintage (ซึ่งแทนที่รูปแบบ "Classic" ทางเลือก) ทำให้รูปแบบการ์ดกระดาษที่ได้รับการรับรองทั้งหมดสามารถเล่นได้บน "Magic Online" ในเดือนพฤษภาคม 2015 การ์ดบางส่วนจากบล็อก Tempestได้รับการวางจำหน่ายอีกครั้งในชุดที่เรียกว่า "Tempest Remastered"

ชุดการ์ดตั้งแต่MirageถึงInvasionวางจำหน่ายทุกๆ สองสามเดือนตั้งแต่ปี 2006 ถึง 2011 ในเดือนเมษายน 2006 Visionsซึ่งเป็นชุดที่สองของMirage Block ได้วางจำหน่ายทางออนไลน์ ชุดที่สามWeatherlightวางจำหน่ายในวันที่ 12 ธันวาคม 2007 ^{[ 20 ]} Tempest block ได้วางจำหน่ายครบชุดแล้วStrongholdวางจำหน่ายในวันที่ 13 เมษายน 2009 และExodusวางจำหน่ายในวันที่ 7 ธันวาคม 2009 สำหรับ Urza's block นั้นUrza's Sagaวางจำหน่ายในวันที่ 29 มีนาคม 2010 ตาม ด้วย Urza's Legacyในเดือนมิถุนายน และUrza's Destinyวางจำหน่ายในวันที่ 13 เมษายน 2011 Mercadian Masques block ตามมาในเดือนธันวาคม 2011 Masques block วางจำหน่ายในรูปแบบ Booster Packs ที่มีการ์ดจากทุกภาคเสริมของ block นั้น หลังจากที่ชุดการ์ด Mercadian Masques วางจำหน่าย การ์ดทั้งหมดตั้งแต่ชุด Mirageเป็นต้นไปก็มีให้ดาวน์โหลดออนไลน์แล้ว ยกเว้นการ์ดบางใบจากชุดPortal

นับตั้งแต่ ชุด Amonkhetในปี 2017 ชุดการ์ดออนไลน์จะวางจำหน่ายพร้อมกับชุดการ์ดแบบกระดาษในวันเดียวกับที่จัดงานพรีรีลีส: ชุดการ์ดออนไลน์จะพร้อมใช้งานและสามารถนำไปใช้ในการแข่งขันได้ในวันเดียวกับที่จัดงานพรีรีลีสแบบกระดาษ

Wizards of the Coast อนุญาตให้นักสะสมที่รวบรวมการ์ดดิจิทัลครบชุดจากส่วนขยายเดียวสามารถแลกเปลี่ยนเป็นชุดการ์ดกระดาษจากโรงงานได้ในราคา 25 ดอลลาร์ (บวกค่าจัดส่งและค่าดำเนินการ) ^{[ 27 ]}การ์ดธรรมดาและการ์ดฟอยล์ต้องแลกแยกกันและไม่สามารถผสมกันในคำสั่งแลกรับเดียวได้ แต่ละชุดมีสิทธิ์แลกรับได้นานถึง 4 ปีหลังจากวางจำหน่ายทางออนไลน์ โปรแกรมนี้ถูกสร้างขึ้นมาเพื่อลดความสงสัยและความไม่แน่นอนเกี่ยวกับการลงทุนในการ์ดเสมือนจริง^{[ 4 ]}

The redemption policy offers a medium of exchange between the digital card market and the physical card market, though this is one-way only as there is no way to convert paper cards to digital cards. However, during Pax Australia in summer 2013 Wizards of the Coast announced that "reverse redemption" (the ability to turn physical, paper cards to the digital cards of "Magic Online") is a potential upcoming improvement to stay ahead of increased competition in the digital card game market.^[28]

ตั๋วเข้าร่วมกิจกรรมทำหน้าที่เป็น หน่วย สกุลเงินในเกมโดยปริยาย ความต้องการตั๋วเหล่านี้ได้รับการสนับสนุนจากตั๋วหลายหมื่นใบที่ใช้ไปในแต่ละวันเพื่อชำระค่าเข้าแข่งขัน ตั๋วทุกใบในตลาดถูกซื้อมาจาก Wizards of the Coast ในราคา 1 ดอลลาร์สหรัฐ ซึ่งเป็นราคาพื้นฐาน เนื่องจากตั๋วสามารถแลกเปลี่ยนระหว่างผู้เล่นได้และมีมูลค่าคงที่โดยประมาณเป็นดอลลาร์ ราคาการ์ดในห้องซื้อขายจึงมักระบุเป็นตั๋ว เมื่อขายเป็นเงินในตลาดรอง ตั๋วจะมีมูลค่าต่ำกว่า 1 ดอลลาร์สหรัฐเล็กน้อย Play Points ถูกนำมาใช้ในเกมในปี 2015 และเป็นสกุลเงินในเกมรองที่ไม่สามารถแลกเปลี่ยนระหว่างบัญชีได้^{[ 31 ]}

เกม Magic Onlineอนุญาตให้ผู้เล่นใช้การ์ดชุดเดียวกันในหลายเด็คได้ เนื่องจากจำนวนสำเนาสูงสุดของการ์ดในเด็คโดยทั่วไปคือ 4 ใบ (ข้อยกเว้นหลักคือการ์ดที่ดินพื้นฐาน) การ์ดที่ซ้ำกันเกินใบที่สี่จึงไม่จำเป็นสำหรับการสร้างเด็คและสามารถแลกเปลี่ยนทิ้งได้

เนื่องจากความสะดวกในการแลกเปลี่ยนการ์ดที่ไม่ต้องการหรือการ์ดส่วนเกินค่าใช้จ่ายในการทำธุรกรรมบนMagic Onlineจึงต่ำมาก ในขณะที่ในชีวิตจริง เงินที่ได้จากการหาซื้อการ์ดในราคาที่ดีกว่าจากร้านค้าอื่นอาจไม่คุ้มกับค่าใช้จ่ายในการตรวจสอบร้านค้าอื่น (ค่าน้ำมัน เวลา ความพยายาม ฯลฯ) แต่การค้นหาราคาอื่นๆ ของการ์ดที่คุณต้องการซื้อหรือขายทางออนไลน์นั้นง่ายและรวดเร็ว ซึ่งช่วยให้เกิดการแข่งขันและทำให้ราคาต่างๆ ปรับตัวเข้าสู่ราคาตลาดได้อย่างรวดเร็ว

ข้อเสียอย่างหนึ่งของตลาดคือ เนื่องจากตั๋วเป็นหน่วยหลักของสกุลเงินในเกม ส่วนต่างระหว่างราคาเสนอซื้อและราคาเสนอขายของการ์ดจึงถูกกำหนดไว้ที่หนึ่งตั๋ว ทำให้การซื้อขายการ์ดอย่างรวดเร็วค่อนข้างไม่มีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังมีผลกระทบอื่นๆ เช่น การ์ดที่มีราคาต่ำกว่าหนึ่งตั๋วจะต้องเสนอขายเป็นจำนวนมาก (หรือใช้วิธีการแลกเปลี่ยนแบบปกติ) ในแต่ละช่วงเวลาจะมี "บอท" ออนไลน์จำนวนมาก ซึ่งเป็นผู้ขายที่เสนอราคาซื้อและขายวัตถุดิจิทัลได้ละเอียดถึงทศนิยมสองตำแหน่ง (โดยรักษาสมดุลของบัญชีตั๋วเศษส่วนสำหรับผู้ใช้เมื่อจำเป็น) ยิ่งไปกว่านั้น ในเดือนสิงหาคม 2552 จำนวนการ์ดที่อนุญาตต่อการซื้อขายหนึ่งครั้งได้ถูกเพิ่มขึ้นจาก 32 เป็น 75 ทำให้มีความยืดหยุ่นมากขึ้น และในปี 2556 ขีดจำกัดนี้ได้ถูกเพิ่มขึ้นอีกเพื่อให้สามารถซื้อขายได้สูงสุด 400 การ์ดต่อการซื้อขายหนึ่งครั้ง

เกม Magic Onlineได้สร้างตลาดรองที่ประกอบไปด้วยผู้ค้าอัตโนมัติ ซึ่งกลายเป็นวิธีที่พบได้บ่อยที่สุดในการหาการ์ด ผู้ค้าเหล่านี้ หรือที่รู้จักกันในชื่อ "บอท" คือบัญชีที่ใช้โปรแกรมที่ออกแบบมาเพื่อซื้อขายการ์ดในราคาและคุณภาพที่แตกต่างกัน บอทแบบง่ายๆ อาจจะซื้อการ์ดแรร์สามใบใดก็ได้ด้วยตั๋วหนึ่งใบ และเสนอการ์ดแรร์สองใบใดก็ได้ที่มันมีด้วยตั๋วอีกใบ บอทที่ซับซ้อนกว่านั้นสามารถรักษาข้อมูลราคาโดยละเอียดและสังเกตแนวโน้มได้ ตัวอย่างเช่น หากมีผู้ค้าจำนวนมากขายการ์ดใบเดียวกัน นั่นเป็นสัญญาณว่าราคาเสนอซื้อสูงเกินไป และควรหยุดซื้อการ์ดนั้นหรือลดราคาเสนอซื้อโดยอัตโนมัติ สุดท้ายนี้ บอทบางตัวได้รับการออกแบบมาเพื่อช่วยโฆษณาราคาของผู้ขายรายอื่นและให้ผู้ใช้ได้ทราบถึงมูลค่าโดยทั่วไปของการ์ดที่พวกเขามี

ผู้เข้าร่วมการดราฟท์และไพ่ที่พวกเขาเพิ่งได้รับมานั้นเป็นแหล่งสำคัญของไพ่เดี่ยวในตลาด ผู้ชนะในการแข่งขันใดๆ มักจะได้รับจำนวนแพ็คที่ใช้ในการเข้าร่วมอย่างสมดุล ตัวอย่างเช่น ผู้ที่ชนะ 3 แพ็คใน การดราฟท์ Onslaught-Onslaught-Legionsจะได้รับ 2 แพ็คของOnslaughtและ 1 แพ็คของLegionsซึ่งเป็นจำนวนที่พอดีสำหรับการจัดงานในลักษณะเดียวกันอีกครั้ง พร้อมกับค่าตั๋วสองใบ สำหรับผู้ที่ไม่โชคดีนัก หรือผู้ที่ต้องการตั๋ว พวกเขาสามารถขายไพ่เดี่ยวจากแพ็คที่เปิดแล้วเพื่อช่วยลดค่าใช้จ่ายในการดราฟท์ครั้งต่อไป

ผู้เล่นทัวร์นาเมนต์ออนไลน์บางคนหาเงินทุนสำหรับการเล่นอย่างต่อเนื่องโดยการขายแพ็คการ์ดที่พวกเขาได้รับเป็นรางวัล และการ์ดพิเศษที่พวกเขาเปิดได้เพื่อแลกเป็นตั๋ว ซึ่งพวกเขาจะนำไปใช้ในการเข้าร่วมทัวร์นาเมนต์อื่นๆ ต่อไป แม้ว่าจะมีผู้เล่นที่ประสบความสำเร็จจำนวนน้อยมากที่สามารถเล่นทัวร์นาเมนต์ได้อย่างต่อเนื่องไปเรื่อยๆ ด้วยวิธีนี้ (เรียกว่า "การเล่นแบบไม่มีที่สิ้นสุด") แต่ความสำเร็จในระดับนี้ไม่ใช่เรื่องปกติ

เมื่อMagic Onlineเปิดตัวในฤดูร้อนปี 2002 ชุดการ์ดที่วางจำหน่ายในขณะนั้นคือ ชุด Odyssey ช่วงปลาย ส่งผลให้ ชุด Invasion ที่ออกมาก่อนหน้านี้วางจำหน่ายใน Magic Onlineเพียงช่วงเวลาสั้นๆ เท่านั้นปริมาณการ์ดที่จำกัดนี้ ประกอบกับความต้องการที่เพิ่มขึ้นเมื่อ ฐานผู้ใช้ Magic Onlineเติบโตขึ้นและเซิร์ฟเวอร์มีความเสถียรมากขึ้น ส่งผลให้ราคาการ์ดบางใบในช่วงแรกพุ่งสูงขึ้น การ์ดหายากจากชุดแรกๆ เหล่านี้มีราคาสูงกว่าการ์ดแบบกระดาษมาก การ์ดแรร์ยอดนิยมขายใน eBay ได้ราคาสูงกว่าการ์ดแบบกระดาษถึง 5-10 เท่า และแม้แต่การ์ดธรรมดาก็ยังมีราคาสูง ชุด Odysseyและ7th Editionก็มีจำนวนการพิมพ์ที่สั้นกว่าปกติเช่นกัน แต่ไม่มากเท่ากับชุด อื่นๆ

เพื่อแก้ปัญหาการขาดแคลนการ์ดชุด Invasion ทาง Wizards จึงเริ่มนำแพ็คการ์ดชุด Invasion มามอบเป็นรางวัลในทัวร์นาเมนต์พิเศษแทนรางวัลปกติ

การแข่งขันในปี 2009 มีผู้เล่นเพียง 8 คน ได้แก่ ผู้ชนะการแข่งขันชิงแชมป์ประจำฤดูกาล 7 รายการ และผู้เล่นยอดเยี่ยมแห่งปีของ Magic Online ^{[ 32 ]}ในปี 2010 การแข่งขันได้ขยายออกไปเป็น 12 คน ได้แก่ ผู้ชนะการแข่งขันชิงแชมป์ประจำฤดูกาล 10 รายการ ผู้เล่นยอดเยี่ยมแห่งปีของ Magic Online และผู้ชนะจากรอบคัดเลือกโอกาสสุดท้าย^{[ 33 ]}การแข่งขัน Magic Online Championship ปี 2017 มีผู้ชนะการแข่งขัน Magic Online Championship ครั้งก่อน ผู้เข้ารอบสุดท้ายของการแข่งขันเพลย์ออฟประจำฤดูกาล 4 รายการ ผู้ชนะจากการแข่งขันแบบเปิด 8 รายการ และส่วนที่เหลือเป็นผู้เล่นที่ได้รับการคัดเลือกทั่วไป จนกระทั่งการแข่งขันมีผู้เล่นครบ 24 คน

โครงสร้างของทัวร์นาเมนต์มีการเปลี่ยนแปลงไปในช่วงหลายปีที่ผ่านมา โดยปกติแล้วจะประกอบด้วยรูปแบบการแข่งขันที่แตกต่างกันสามถึงสี่รูปแบบ (ซึ่งรวมถึงอย่างน้อยหนึ่งรูปแบบการแข่งขันแบบ Constructed และหนึ่งรูปแบบการแข่งขันแบบ Limited) โดยใช้ระบบสวิสและมีการแข่งขันรอบเพลย์ออฟหลังจากตัดตัวผู้เล่น 2 หรือ 4 อันดับแรก

ผู้เล่นที่มีคุณสมบัติในแต่ละฤดูกาลทั้งสี่ (ผู้เข้ารอบสุดท้ายของการแข่งขันเพลย์ออฟในแต่ละฤดูกาลและผู้ชนะจากการแข่งขันโอเพ่นสองรายการ) นอกจากจะได้รับคำเชิญเข้าร่วมการแข่งขัน Magic Online Championship ประจำปีแล้ว ยังได้รับรางวัลอื่นๆ อีกมากมาย รวมถึงชุดการ์ดฟอยล์ระดับพรีเมียมของทุกการ์ดใน Magic Online, บูสเตอร์พาร์คและการ์เดนส์ และสิทธิ์ในการขายการ์ดเมื่อต้องกลับบ้านในอีกครึ่งปีข้างหน้า และคำเชิญเข้าร่วม Magic: The Gathering Pro Tour ครั้งต่อไป^{[ 34 ]}

การแข่งขันชิงแชมป์ประจำปี ตั้งแต่ปี 2017 มีเงินรางวัลรวม 200,000 ดอลลาร์ ผู้ชนะการแข่งขันจะได้รับเงินรางวัลมากถึง 40,000 ดอลลาร์ และผู้เข้าร่วมทั้ง 24 คนจะได้รับส่วนแบ่งจากเงินรางวัลรวม^{[ 34 ]}นอกจากนี้ ผู้ชนะจะได้รับคำเชิญเข้าร่วมการแข่งขัน Magic Online Championship ครั้งต่อไป รวมถึงสิทธิ์ระดับ Platinum ในPro Players Clubเป็นระยะเวลาหนึ่ง (ประมาณหนึ่งปี)